数千万年の間にはDNA分子配列は分解してしまいます。しかし古代生物のDNAを現在の生物の持つDNAから推定する計算法が最近、開発されてきています。たとえば翼竜と共通祖先を持つ現存の動物、つまり鳥類、ワニ類、カメ類、のDNA配列を比較し、共通祖先のDNAを推定できます。相当程度の誤差が含まれますが仮想のゲノム群が得られる。この仮想のゲノムをシミュレーション上で一億年も進化にさらせば、そこに出現可能な無数のゲノムの一つがケツァルコアトルスのゲノタイプである、といえます。
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