■阿蘇郡
1、内牧手永（手永会所・内牧町）
・内牧町（別当、庄屋）・内牧村 ・宮原村 ・宇土村 ・小里村 ・分内牧村 ・西湯浦村 ・黒流村 ・小園村
・小池村 ・今村 ・小倉村 ・綾野村 ・小野馬田村 ・山田村 ・小野田村 ・役犬原村 ・小野田新村 ・西町村
・今西町村 ・竹原村 ・蔵原村（学頭坊、知行）・黒川村（御客分）・坊中町（別当）・黒川村 ・田代村 ・成川村
・乙姫村 ・永草村 ・赤水村 ・車帰村 ・的石村 ・跡ケ瀬村 ・狩尾村
2、南郷高森手永（手永会所・吉田新町）
・吉田村 ・下市村 ・上中村 ・下中村 ・下積村 ・二子石村 ・厚尻村 ・竹崎村 ・市下村 ・津留村 ・冬野村
・高森町 ・本市村 ・高森町 ・村山村 ・上色見村 ・色見村 ・白川村
3、南郷野尻手永（手永会所・津留村）
・永野村（大中野、幸子、大坂畑、所尾畑、下切、小笹）・草ケ部村（社倉、小崎、本郷）・芹口村（原口、馬場）
・田下村（水湛、菅山、水迫、下尾野、栖原、岩原）・野尻村（胡桃原、蔵地、向津留）・尾下村 ・矢津田村（吉尾野、小村）
・東野尻村（津留、上津留、重井野、永野）・河原村（味鳥、黒岩、仁田水、市尾野）・上矢津田村（峯宿、中村、祭場）
3、南郷菅尾手永（手永会所・菅尾村）
・柳村（西竹原、東竹原、旅草、梶原）・小倉村（早憎、高畑、下山）・樺山村（楢崎、神働）・柏村（神木、八矢、二津留、花寺）
・玉目村（目畑、稲生、藏木山、仁瀬本、丸小野、大野原）・塩出迫村（今村、米山、大久保、大迫、大見口、上指尾）
・菅尾村（神前、大師、竿渡、馬見原町、長崎）・柳井原村（方ヶ野、斗塩、黒原、次苅、土戸）・名ヶ薗村（上原、馬場野、市原、鎌野）
・尾野尻村（大野）・小嶺村（貫原、楮原、松原）・木原谷村（西原、小中竹、高須）・河口村（梅木鶴、栗林、尾ケ分、栗藤）
4、小国（北里）手永（手永会所・宮原町→北里村）
・黒淵村（仁田切、滴水、室原、小屋、奥山、原、小藪、岩下、山角、下津留、杉平、宝来、げそ）・城村（古池、柿木、江布）
・片田村（若宮）・杉田村（開田、脇戸、手形野、矢津野、平瀬、鳥越、上井出、下井出、畑中）・土田村 ・町分請（湯原、龍泉寺）
・宮原村（上仁瀬村、開田、下仁瀬村、上田、蔵原、殿町、奥保、広瀬）・西村（尾江田、柿迫、童子院）
・御境目／西里村（赤水、松野、野里、岳湯、杉屋所、取尾野、打越、中尾、岩爪）・幸野村（小原田、馬場）
・萩原村（下明星、湯津留、長田、志屋、柿峯、折立、矢田上、田原、田中、田代、小竹、浅瀬）
・江古尾村（鬼白、別所、狩持、高原）・北里村（堀田、山川、湯山、上村、幸津留、高地、川原）
・上田村（西原、蔵伝寺、坂下、仁瀬、谷川、塩井川、広田、地福寺、上村、楢ノ木）
・万成寺町（星原、和田、堀木、南平、内河野、名原、大津留）・蔵園村（小園）・波居原村（長迫、尾蕨、中村、旗通）
・満願寺村（志賀瀬、荒谷、鬼淵、波居原、千光寺、比良、動馬木、中園）・柿迫村（萩津留、垂玉）
・赤馬場村（扇、黒原、田中、市原、田野原、星和、黒川、白川、小田）
・馬場村（野目、田代、中村、黒原、立山、陳内、森園、鬼山、竹熊、年手、牛房草）
・下城村（市井野、坂下、石井、杖立、宇土、蔵本、小園、川平、中園、弓田、北河内）
・御境目／桑津留村（湯平、護身寺、池鶴、塚瀬、走込、向鶴、山下）・湯田村（中嶋田、樋口、城尾、阿蔵野）
・中原村（陳、米山、和田、樟本、四分一、爪上、松山）・松木村（坂下、大竹原、陳前、轟木、田尻、柳迫、古閑、南林、折立）
5、久住手永（手永会所・久住村）久住手永は肥後領と豊後領（直入郡）が混在しているが阿蘇郡の扱いとなっている）
・桐迫村 ・久住村 ・阿蘇野村 ・白丹村 ・安原村 ・稲葉村 ・産山村 ・田尻村 ・山鹿村 ・大利村
・片俣村 ・赤仁田村 ・小園村 ・滝水村 ・中江村 ・波野村 ・小池野村
