日本の寺院は４００年以上の歴史を持つか、１５０年未満の寺に大別できる。
それは、１６３１年（寛永８年）と１６９２年（元禄５年）、幕府によって「新寺建立禁止令」が出たことによって、２５０年の間、まったく寺が建てられなかった。
廃仏毀釈が終わる１８７７年（明治１０年）から新寺が建立されるようになる。
このように鵜飼秀徳『寺院消滅』に書かれてあります。
１６３２年(寛永９年）に幕府が提出させた、各宗派の本山に所属する寺の一覧表（末寺帳）によると、全国に１万２０８０ヵ寺あるそうです。
全国にある寺院のうち約１０％が明治以降の寺だと『寺院消滅』に書いてありますが、現在は７万ヵ寺以上ありますから、計算が合いません。
松浦静山『甲子夜話』には全国の寺院数が４０万ヵ寺以上と記されていて、浄土宗が１２万ヵ寺、東本願寺が８万ヵ寺、西本願寺が４万５千ヵ寺とのことです。
http://repo.komazawa-u.ac.jp/opac/repository/all/18471/KJ00005090886.pdf#search=%27%E7%94%B2%E5%AD%90%E5%A4%9C%E8%A9%B1++%E5%AE%89%E6%B0%B8%EF%BC%96%E5%B9%B4+%E5%AF%BA%E9%99%A2%E6%95%B0%27
別の論文には１０万ヵ寺程度ともあります。
https://system.jpaa.or.jp/patents_files_old/201205/jpaapatent201205_063-072.pdf#search=%27%E5%AE%89%E6%B0%B8%EF%BC%96%E5%B9%B4++%E5%AF%BA%E9%99%A2%E6%95%B0%27
この論文に指摘してありますが、人口３千万人で寺院が４０万ヵ寺以上もあるとなると、７０人が一つのお寺を維持していくことになるわけで、この数字には無理があると思います。
国立公文書館デジタルアーカイブで「諸宗末寺帳」を見ることができます。
https://www.digital.archives.go.jp/DAS/pickup/view/category/categoryArchives/0400000000/0407000000/00
そこには「天台と浄土真宗は除く」とありますから、寛永年間の寺院数は末寺帳に載っている１万２千ヵ寺よりも多かったことは間違いないでしょう。
千葉乗隆『真宗の組織と制度』によると、江戸時代に西本願寺の末寺が増えています。
天文年間（１５３２年～１５５５年）２５９ヵ寺（本願寺の東西分派前）
元和９年（１６２３年）１，０００ヵ寺
元禄７年（１６９４年）８，３３７ヵ寺（西本願寺の末寺のみ）
文化３年（１８０６年）９，６９９ヵ寺
嘉永７年（１８５４年）１０，２６４ヵ寺
新寺の建立が禁止された元禄以降も寺院が増えています。
とはいえ、『甲子夜話』にある数字ほどではありません。
寛永年間に道場の寺院化が急増したのは各宗共通の傾向であると、千葉乗隆師は説明しています。
惣道場・寄合道場・下道場・兼帯道場を、所属の寺または門徒から委任されて管理する僧を看坊または看主という。
個人建立の道場、または看坊道場が道場主の私有化を認められた場合、これを自庵（道場）と称する。
道場のまま寺号を許されたものもあるが、自庵化することで寺院として本山の末寺になったものが多い。
末寺帳の作製が看坊の自庵化、寺院化の大きな理由の一つである。
いったん末寺帳に登載されると、本山の直参化への動きが強くなる。
しかも、寛永の末寺帳は不備な点が多くあり、いずれ再調査される可能性が多分に予想されたので慶安年間にかけて本末の争いが多く生じている。
それに加えて、東西両本願寺の分派問題がからんでいる。
それとともに、キリシタン禁制に伴う宗門改めが普及し、寺請制による檀那寺の需要が寺院数の増加を要請した。
こうして道場の寺院化、看坊の自庵化、新寺創設が促進されることになった。
寺院数の増加についてネットを調べたら、「『福井県史』通史編3 近世一」にこのように書かれていました。
江戸中期以降になると、主として天台宗・真言宗などの旧仏教系寺院のなかには、「浮寺号」として台帳に寺号のみ残る廃寺が目立つようになった。呼寺号では満足できない一向宗の道場のなかには、これらの浮寺号を買得することによって、藩庁の寺院台帳上の寺号移動という形で古寺になろうとする道場が現れた。
http://www.archives.pref.fukui.jp/fukui/07/kenshi/T3/T3-5-01-02-03-02.htm
末寺帳には記載されていないけど、本願寺の末寺として認められている寺がかなりあるということでしょう。
そして、廃寺になった他宗の寺の寺号を買い取ること行われたとあります。
現在、宗教法人が売買されていることが問題となっていますが、江戸時代にも同じことが行われていたわけです。
森岡清美『真宗教団における家の構造』に、明治５年の真宗各宗派の末寺数が載っています。
西本願寺末 １１，３３１か寺（興正寺末約３０００か寺を含む）
東本願寺末 １１，２００か寺
専修寺末 ８０８か寺
仏光寺末 ３７９か寺
ちなみに、現在、西本願寺（浄土真宗本願寺派）の末寺は１０１８３ヵ寺ですから、幕末よりも寺院が減っていることになります。
廃仏毀釈で多くの寺院が廃寺になっています。
鹿児島県では千ヵ寺ちょっとあった寺院がゼロになりました。
平成２７年の仏教の寺院数は７７，２５４ヵ寺。
明治１０年は７２，５９９ヵ寺ですから、あまり変わりません。
http://www.bunka.go.jp/tokei_hakusho_shuppan/tokeichosa/shumu_kanrentokei/pdf/h26_chosa.pdf
