puzzled_heart.

(iPhone Camera; iPhoto.)


□ illitheas feat. Tiff Lacey

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Little Heart (Club Mix)




□ Chicane feat. Vigri

♪ Sólarupprás (Disco Citizen's Remix)




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□ Little Heart

Its a test of mind to you
All the sleeve I need to proof
Then its time to walk away
So im back on you again
Its always a past
Now I broke your heart
Smiling through the pain
When I broke your little heart again


When I see you, I've lost of your forgiveness
Until I'll see, little mind is witness


I was lost of your forgiveness
But to new it was be with us
So I reach my gloss to you
Touch the gloss you're faces behind
Ever realize how could, and leaving you all these time
You waiting for a sign, I was coming back for you
We are in the edge to start again
I have a little heart into


When I see you, I've lost of your forgiveness
Until I'll see, little mind is witness


I was lost of your forgiveness
But to new it was be with us




あなたの気持ちを確かめさせて
この解答用紙を全て埋めたなら
私はもう行くから
もう一度　あなたに背を向けて
何もかも過ぎたこと
こんなに傷つけてしまったのに
痛みを堪えて笑ってくれる
また壊してしまったのね　あなたの小さな心を

あなたに会うたび　許してくれない気がするの
今度会うまでは　この小さな気持ち　抱えているわ

あなたは許してくれないわね
でも新しい何かが　いつからか一緒にいたのよ
この輝き　あなたまで届くかしら
ほら眩さに触れて　振り向けばそこに
何もかも　やっと分かったの　
いつだって　あなたを残して行った訳も
徴しを待ってくれていたのね
こうして戻って来れた　あなたの元に
私たちは再びスタートラインを踏んでいる
この中に　小さな心臓を宿して

あなたに会うたび　許してくれない気がするの
今度会うまでは　この小さな気持ち　抱えているわ

rubbish_talk.21

□ 『種の保存』は必ずしも『個体の生存』に先行しない。種とは、群様のパターンを記憶しつつ慣性的に進行するエネルギーの一次的時空間構造それ自体であり、ライフゲームが生命を模しているのではなく、逆に生命がライフゲームを擬えているのだ。実は種の保存は個体を担保しない。それは見かけだけなのだ


以上から導きだされるのは、特定の種に属する個体同士にアフォードされた『振舞い』がエネルギーの群態、つまり種の保存について優位に働くという尺度が有効だとすれば、そのように翻訳する『意思』が見かけ上のものだということ。生命の意思は必然的に過程を構築し、そして影のように確かな存在である




□ 生命事象における意識の「機械論と決定論」というダブルスタンダードを取る場合、「思考する主体」の知能が、ライフゲームの蓋然性に依って定義されるのだとしたら、意思決定が自動化されたインタラクションであっても、介在する機構の背中である主観は「私が考えている」としか認識出来ないであろう




□ 生命活動の秩序立ったように見える群様は、一種の干渉縞（モアレ）に擬えられるのかも。任意の適応度地形において、相互作用因子を規定する「場のオーダー」を要素ごとに還元したフィルターを限りなく重ねていくことで、その定量的な干渉からライフゲームのような見かけ上の動態が炙り出されるとか




□ 手段-過程-結果を二元的に語ること自体バカバカしいのだけど、結果はエントロピーの過渡状態であり、手段はより汎用性を求められる。結果よりも過程を先ずるのは正しい。手段が波及させる因果と、結果の影響力の総体に相関があるとは限らないからだ。

「手段を目的にしてはならない」とは言うけれど、「手段を目的にしてアベレージが出る」という条件なら、そうするべきだ。




□ 法人格を人格的糾弾する行為って、大抵がお寒い人情劇だったりする上に、それで満足して問題の本質をゴッソリ見落とすことが多い。だけど、システマの問題を単人格の標的にすり替えるのは、人間の原始的な欲求なのかもしれない。




□ どんな物語にも、どの映像や音楽にも、構成に先立つ言葉が在る。語られる表象であり、語らざる言語である。物語は表現を超越しないし、表現は真実と相容れない。しかし互いの言葉は行間から切り出されている。即ち沈黙だけが虚実双べて抱くことが出来る。発語の瞬間に、世界はどちらかに滑るのだ。

Article_Jul.1

□ Google I/O 2012 Keynote: ISB genomics application: Google Compute Engineによる、Exacycle技術とRF-ACEコードを用いたヒトゲノム解析並列化処理の可視化デモ

>> https://developers.google.com/compute/io

The demo he showed is a joint effort between Google and the Institute for Systems Biology (ISB). For the first demo, we ported ISB’s genomics research application to run on Google Compute Engine’s Linux virtual machines using a total of 10,000 cores (1250 8-core VMs). This port required little effort because Google Compute Engine offers an environment that is similar to ISB’s own cluster.

□ What Can Systems Theory of Networks Offer to Biology?

>> http://t.co/wB9TODZW

a framework to examine this notion of controllability via the controllability gramian, a matrix that captures how directions in the nodes' configuration space are attainable with a given external input [11]. The controllability gramian not only reveals the efficiency and time critical nature of steering the network, but also has a statistical significance in terms of its connection with measurement covariances and their determinant, the network entropy.

□ Xenome: A tool for classifying reads from xenograft samples: 異種移植片の配列データの分類、相同性評価。k-merベースの計量。ChIP-SeqとMeDIP-Seqにも応用可能。　http://www.genomics.csse.unimelb.edu.au/product-xenome.php



□ de Bruijn Graphベースのアセンブリはともかく、ホモロジー解析においてk-merを適用すると、コンティグが別物と認識されてIsoformを取りこぼすけど、アルゴリズムに手を加えると補正出来るよ！　というようなソースを読んだ記憶。




□ Crosslinking-MS analysis reveals RNA polymerase I domain architecture & basis of rRNA cleavage：クロスリンクマップとPol I核ホモロジーモデル http://nar.oxfordjournals.org/content/40/12/5591.full

RNAポリメラーゼ.Iのドメイン構造を質量分析から得たクロスリンク・マップから同定して、結晶構造を配置。三次元の大規模アセンブリ構造を導出し、Pol I及びPol IIの切断活性を評価。Pol IIIトポロジーデータと比較することで、三種のポリメラーゼの機能とアーキテクチャを解明

この"Crosslinking-MS analysis"という手法、他の適用例を検索してみたけど、他のDNA(RNA)領域におけるドメイン構造のホモロジーモデリングには応用できないかな？




□ RSeQC: Quality Control of RNA-seq experiments: RNA-Seq統合Rツール。PCRbias、GCbias、シーケシング深度、カバレッジ均一性の評価… SAM/BAMインポート、可視化モジュール code.google.com/p/rseqc/




□ BioStarQuestion:
Select contigs for quantification after assembly of RNA-Seq short read data? http://goo.gl/fb/K2tmD




□ VoSeq: A Voucher & DNA Sequence Web Application: User friendly database designed for day to day use in phylogenetic... http://www.plosone.org/article/metrics/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0039071




□ rnomics:
#RNA and its ionic cloud: solution scattering experiments and atomically detailed simulations #F1000 http://bit.ly/LyY4s8




□ Genomicswatch:
BGI demonstrated genomic data transfer at nearly 10 gigabits per second ... - http://Phys.Org http://bit.ly/MFSwJX
BGIが米中間で10Gbpsのゲノムデータ転送をデモンストレート。




□ NuGEN Announces 2012 Genomics Grant Challenge: Supporting NGS Studies with $10,000 Reagent Grant: 試料調整ソリューション非機密研究にグラント marketwatch.com/story/nugen-an…




□ Programmable DNA Scissors Found for Bacterial Immune System: CRISPR/CAS免疫システムによるゲノム編集 / 任意のDNA配列切断の為のRNA及びタンパク質プログラミング。 http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120628193020.htm?utm_medium=twitter&utm_source=twitterfeed


□ Programmable RNA Complex Could Speed Genome Editing in the Lab: CRISPRシステムによるRNAプログマラブルDNA切断酵素。こっちはハワードヒューズのニュースリリース。 http://www.hhmi.org/news/doudna20120628.html




□ Interacting mutations promote diversity: 遺伝的多様性とランダムフィットネス・パラメータの相関。新しい変異株が集団と併存する周期と相互作用。コンピュータ・モデルによる解析。 http://www.mpg.de/5876547/mutations_diversity




□ Text Mining Medicine: historic medical archives to discover knowledge that could inform today’s biomedical research http://the-scientist.com/2012/06/25/opinion-text-mining-medicine/
医療アーカイヴの知識と過去史料をつなぐ必要性。最新の『研究・臨床データ』が、過去の知見や資料と統合されることで、医療言語の語彙や非構造化テキストの矛盾、情報の過誤とリスクを再評価出来るという視点




□ New Role For RNAi Discovered: Epigenetic memory may pass RNA silencing from 1 generation to the next: エピジェネティックメモリの恒久遺伝 redorbit.com/news/science/1…




□ Open problems in next-gen sequence analysis http://goo.gl/zC0gN



□ GENOSPACE:
Dana-Farber Informatics Team Launches GenoSpace to Link Genomic and Clinical Data via the Cloud http://t.co/DpaNazQv




□ PacBio:
Read Case Study: "The Next Frontier in Assembly ? Long Reads Offer Finished Genomes" with @mike_schatz http://pacb.com/pdf/CS_The_Next_Frontier_Assembly.pdf




□ i_314:
MethDB is a database for DNA methylation data. http://www.methdb.de/ #epigenetics




□ bioontology:
Interesting - will these start appearing in ontologies? The stunning healthcare hashtag project for disease http://vsb.li/DTxdY2




□ genomigence:
InSequence: New Illumina Kits will Streamline Workflow, Lower DNA Input, Increase Multiplexing: read more http://bit.ly/NSd3ho




□ BiotechGuide:
Pakistan desperately needs innovations like biotechnology http://sns.mx/YJhYy1




□ RyanMFierce:
Oracle rolls out #cloud apps for clinical trial recruitment http://bit.ly/LkAuuJ $ORCL #in #biotech #pharma




□ Microattribution & nanopublication as means to incentivize the placement of human genome variation data to public domain
http://t.co/icBiEQi9




□ RNA-Seq and human complex diseases: recent accomplishments and future perspectives: Hybridization- and tag-based… http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2012129a.html




□ Synthetic antibody libraries: designed synthetic DNA that facilitates the use of highly optimized human frameworks... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/22735944/




□ Awesomics:
Translational Bioinformatics: Discovering new drugs & diagnostics from 300 billion data points (Atul Butte, NIH video) http://youtu.be/o4KNG7nd938




□ sysbio:
Simultaneous Genome-Wide Inference of Physical, Genetic, Regulatory, and Functional Pathway Components: PLoS Com... http://bit.ly/OnGVEV




□ Qiagen Acquires Intelligent Bio-Systems, Maps Out Sequencing Strategy: キアゲンがIBS買収。Mini-20の展開に向け同社ワークフローやHANAプラットフォーム統合へ http://www.genomeweb.com/sequencing/qiagen-acquires-intelligent-bio-systems-maps-out-sequencing-strategy




□ Imaxio boosts genomics capacity with new equipment to prepare samples for high-throughput sequencing: http://pharmabiz.com/NewsDetails.aspx?aid=69805&sid=2

ImaxioがAgilent Bravoプラットフォームを本格的に技術吸収。三月頃のAffymetrixとLeicaの合同開発に続き、シーケシングプラットフォームの提携、プロトコルを最適化・自動化するという動きは、今後も活発になりそう。




□ eXpress: Streaming quantification for high-throughput sequencing: EMアルゴリズムに基づく、ターゲット配列定量化のためのストリーミング・ツール。メタゲノム分析等を含む http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html




□ iwasakiw:

文部科学省 科学技術・学術審議会 ライフサイエンス委員会（第67回）議事録、19-40ページにかけてバイオインフォマティクスに関する議論が展開されています。 http://www.lifescience.mext.go.jp/files/pdf/n1034_00.pdf

□ iReport: an integrated, one-step tool for the statistical analysis & biological interpretation of gene-expression data http://www.genengnews.com/new-products/gene-expression-analysis/4382/
伝子発現解析のためのワンステップツール。RNA-Seq、リアルタイムPCR、マイクロアレイ解析データの統合、双方向レポートを提供




□ phylogenomics:
The Tree of Life: Nice review on HiSeq/MiSeq rRNA sequencing from Caporaso et al #microbes http://goo.gl/fb/uhA0q




□ Reconstruction of Ribosomal RNA Genes from Metagenomic Data http://t.co/kPs6gSKx




□ rtginvestigator:
Cross-cultural collaboration to sequence 1000 rare diseases is announced @BGI_Events @ChildrensPhila http://bit.ly/LleShY




□ pta277:

携帯が送金を通じた遠距離リスクシェアリングを促進するという実証が出始めたけど、携帯は人の移動をそもそも活性化するという、武藤さんによる携帯シリーズ第2段：http://jae.oxfordjournals.org/content/early/2012/04/16/jae.ejs009.abstract

□ AIP_Publishing:
Vacuum nanoelectronics: Back to the future??Gate insulated nanoscale vacuum channel transistor http://ow.ly/bSWmA