lens, align.

Lang ist Die Zeit, es ereignet sich aber Das Wahre.

Les Friction / "Les Friction"

2012-01-30 21:03:14 | music12
Lesfriction


□ Les Friction / "Les Friction"

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Come Back to Me
Sunday

Louder Than Words (Instrumental)
Come Back to Me (Instrumental)

Release Date; 24/01/2012
Label: Mariposa Lane Music Inc./ Would Work Sound LLC
Cat.No.; 885767991538
Format: CD + digitally.

>> http://lesfriction.com/
>> http://www.esposthumus.com/



>> tracklisting.


01. Louder Than Words
02. Torture
03. What You Need
04. Here Comes The Reign
05. World On Fire
06. Save Your Life
07. Sunday
08. String Theory
09. Come Back To Me


Instrumental Bonus Tracks Version (Download Only)
10. Louder Than Words (Intrumental)
11. Torture (Intrumental)
12. What You Need (Intrumental)
13. Here Comes The Reign (Intrumental)
14. World On Fire (Intrumental)
15. Save Your Life (Intrumental)
16. Sunday (Intrumental)
17. String Theory (Intrumental)
18. Come Back To Me (Intrumental)



Les Friction is Helmut Vonlitchen & Nihl Finch
Vocals: Paint



The year is 2048 AD. Humans are now able to leave their earthly home and travel to other dimensions. While traveling, a shell of their body remains on earth and functions at a reduced capacity.



However, with the sweetness of life often there follows the bitterness of mortality..... my brother, Franz, passed away in May. It was entirely unexpected. / As for me, I will begin to rebuild what was washed away, albeit in a form other than ES Posthumus. / Franz was an extraordinary talent...Most of all, however, I will miss his wit and humor... -Helmut Vonlichten.




双子の兄弟であり、それぞれ音響技師・考古学者という異色の取り合わせで作曲活動を行っていた、Franz VonlichtenとHelmut Vonlichten。

彼らの立ち上げたes.Posthumusというユニットは、まさに二人のセンスや世界観が融合した、遥遠の時と大地に憧憬を馳せる雄心勃々の音楽であり、これまでに数多の銀幕を賑わせて来たトレーラー・ミュージック(映画予告編音楽)の草分けとして、世界中の数十億人もの視線をスクリーンに釘付けにし、未知の体験に期待の胸の高鳴りを抱かせてきたに違いない。



その作曲手法の多くの部分に寄与していたFranz Vonlichtenがこの世を去ったのは、2年前の5月のことであるという。死因は公にされていないが、この悲劇には国境や人種を超えて膨大な数の哀悼の意が寄せられ、そして今また、彼の死に打ち拉がれる者が後を絶たない。


私も、その一人だ。2001年、E.S.Posthumusが衝撃的なデビューを飾った頃、おそらく私は人生でもっとも昏いどん底、絶望の中で右も左も知らず手探りで彷徨い歩いていた。あの時の私を支えてくれたのは、"Antissa"の哀愁に満ちながら、あてども無く悠久の地平を踏みしめていく力強さを分け与えてくれるような旋律で、あの暗闇の中、今の道程に導いてくれた篝火そのものであった。



"Les Friction"=(摩擦・衝突)という意味を持つ単語だが、兄とのユニットから"ES"の文字を受け継いでいるのも、どこか心憎い。セルフタイトルを冠したこのアルバムには、一つの舞台設定とともに、楽曲の世界観の主軸となるストーリーラインを設けている。以下に引用する。


西暦2048年、今や人類は故郷である地球を離れ、異次元へと旅立つことが可能であった。旅の最中、彼らの身体は生体機能を低下させたまま地球上に遺される。

多くの人にとって、これら異次元との往来は人生の余暇を豊かにし、刺激に駆り立てた。しかし、いつしか人は故郷において愛した者たちを省みることを忘れ、地球上の社会は退廃の途を辿り始めた。無政府状態に拍車がかかる頃、トラベラー達のもとに、数百万にも及ぶS.O.S.信号が届き出していた。それは彼らの家族たちからのものだった。

そして今、彼らは戦い、葛藤し、地球への帰路を拓こうとしていた。破滅の一途にある故郷を救うために。ここに物語が幕を開ける…




これをHelmutからFranzへの想いだとするのなら、このアルバムは、亡くなった兄弟へと託したメッセンジャーに他ならないのだろう。そう遠くない未来の出来事。たとえ空想の中であっても、いや、それが空想という兄弟の共有言語であったが故に、音楽という表現を以て、遥かな彼岸に届くかもしれない、そのメッセージを描く必要があったのだ。

それは空想の世界に没入することでも、煩わしい現実から逃れることでもない。人と人とが呼び交す『物語』に込められた、感情を突き動かす想いの力。愛であり、絆の寓話である。




Les Frictionのサウンド・ディレクションは事実、es.Posthumusを踏襲したものでありながら、『Furious』と評されるほどに、かつてないほど激情的で、叩き付けるような刺々しい響きに彩られる。新メンバーであるNihl Finchの指導のもと、神々しく、時に扇情的なPaintの歌声は、それ自体でフィルム・スコアとして流用可能なオペラチックな楽曲に、どこか時代回帰的な作用をもたらしている。



ESPの後進であったGlobus(Immediate Music)の成功以降、仰々しいオーケストラや大迫力の混声合唱に、甘美なポップネスを相乗するという手法は、一見目新しく映りながらも、この数年は、ある意味閉塞的とも言える楽曲の均一化・硬直を招いていた感も否めない。誰もが映画予告の音楽に一定の高揚感を覚えながらも、大して相違ない楽曲の定式化にウンザリする向きも少なくなかったはずだ。


Les Frictionも全く斬新な方向性を築いているとは言えず、むしろ"Makara"の頃から顕著であった、Hans ZimmerやCraig Armstrongなどに代表されるハリウッド・スコア風の楽曲への接近が、ここに来て確信に至ったと言えるほどに、ESPとしての独創性を欠いていると評することも出来るかもしれない。


しかしながら、そのような劇伴音楽市場において無視出来ない求心力とオリジナリティを積み重ねて来たのは、Vonlichten兄弟自身に他ならない。楽曲の節々に現れる『ポステュマス・クレッシェンド』とでも呼ぶべき、一点に向かって上り詰めていく展開は、彼らのトレードマークでもあり、今や映画音楽家の間でも類似の技法が多用されるほどだ。


レーベルはLes Frictionを"Rock Opera"ともGenreしているが、正に回帰とはそのことであり、Les Frictionが審らかにしたのは、1960年代から劇伴音楽に脈々と受け継がれる往年のロック・オペラの要素、それらを現代のサウンドに再び吹き込み、入れ子にした「今までにない試み」と言っても過言ではない。そして人々が囚われがちな『予告編音楽』というジャンル定義が、如何に還元的であったかという気付きも促されるものである。



"Les Friction"の内容に立ち返ると、その世界観を彩るトーンは余りにもダークで、同時に、どんな映像技術をもってしても表現に能わない、未体験かつ壮大な情景を描き出している。es.Poshumusのサウンドはループ要素が強くBGM性を持ち、どこか俯瞰的な音楽性を兼ね備えていたが、それに比して、Les Frictionは『物語』そのものに身を投じる内容と言い切って良い。


"Louder Than Words"は、アルバムのリード・トラックとして総ての要素が注ぎ込まれた会心作ではあるが、それでも豊穣な音楽世界を代弁するには及ばない。ここに刻まれた9つの楽曲の辿るドラマの連続性こそが、ストーリーテラーであるLes Frictionの輪郭をなぞる唯一の道程なのだ。


数少ないポップ・トラックである"What You Need"や"Sunday" ("Louder…"のメロディが一部引用)においても、Posthumus時代からのトレードマークである特徴的なクレッシェンドが登場する。(ただ、この技法自体は、1990年代中期のTrailer Musicプロダクションにおいて既に確立されていたものだと、私は記憶している。)


また今作では、とりわけ"World on Fire"などに顕著な様に、映画本編にも使用されていそうな最先端のサウンド・エフェクト、プログラミングが施されている部位が多く聴き取れ、このプロジェクトが、ESPの"進化形"であると銘打ったコンセプトを一際印象づけている。

(※ダウンロード盤限定の"Instrumental"は若干楽曲構成やミキシングが異なる。)


そして物語は、私が慟哭を禁じ得なかった"Come Back to Me"へと至る。




ピタゴラス哲学の教示『音楽は相反するあらゆるものの共鳴』は、es.Posthumusの挙げた作曲コンセプトの一つであった。そしてES,Posthumus = "Experimental Sounds, all things Past"という名に倣う如く、Vonlichten兄弟の物語は一つ幕を閉じ、そして今また、見えざる彼岸に向かい合って創作を交わしているのだ。




人は物語に生きているのではないのに、音楽だけは、人の生きる時間を、どうしようもなく物語に変えてしまう。過去は否応もなく、夢と現実とを一つにつないでいく。

「物語」は生存競争の手段を伝播する手段であり、モチベーションを高める作用がある。「音楽」は、そのような適応度地形において、ノイズと意味のある秩序性とを区別する本能の副産物でもあり、この情報量や負荷の度合いをコルモゴロフ複雑性と関連付ける洞察も可能である。


音楽が物語を、情動の揺らぎとともに伝播するということについて、そこに芸術以上の価値を認めることが出来そうだ。他でもない、音楽は人と人を繋ぐ想いを、時間という結晶に閉ざしたメッセンジャーである。太古のシャーマンや吟遊詩人が、そしてロック・スターがそうであったように。


そこでは人が空想に「耽る」ためではない、お互いに物語を共感し、誰かとの愛を、家族の絆を省みるという、人の営みにおいて普遍的な行為のきっかけとなる、感動の復権こそが図られている。



"Les Friction"は、人々の想いが衝突し擦れ合う不協和音のその先に、結び合う調和の行く果て、かつてes. Posthumusが夢見た音楽を、今も変わらぬ姿勢で標し続けているのだ。




*******************************************************************************

"Come Back to Me"

Do you hear me?

If I sing with Angels,
Will you hear me?
If I sing with Angels,
Will you cross the line?

I hear your voice but you're not here.
I walk the halls and I'm alone.
You're not coming home.

I'm holding out 'til we're out of time.
Would you pierce the veil?
Would you cross the line?
I can feel you here, souls redefined.
I can't let go of our design.
Would you pierce the veil?
Would you cross the line?

Come back to me!




私の声が聞こえる?

もし天使と歌えたなら、
あなたには届くかしら?
もし天使と歌えたのなら、
あなたは踏み越えて来てくれる?

君の声が聞こえる。だけどここには居ないんだ。
玄関を通っても 僕は一人。
この家には もう君が戻ってこないから

時の果てるまで待ち続けるよ
そのベールを破り捨てて
踏み越えて来てくれ
君の存在を感じる 魂が再定義されたんだ
僕は自分の殻を捨てられないよ
だから そのベールを破って
踏み越えて来て

僕のところに帰って来て







Article_Jan.4

2012-01-28 14:41:27 | Science News
Cumulative_rainfall
(Cumulative rainfall anomalies and vegetation index anomalies for East Africa, Sudan and Southern Africa.)


GinnyBarbour:
#PLoS NTDs: Climate Teleconnections and Recent Patterns of Human and Animal Disease Outbreaks dx.plos.org/10.1371/journa…
東・南アフリカ及びスーダンの気候変動と疾病発生の時空間パターン相関。
Extremes in climate conditions forced by the El Niño/Southern Oscillation (ENSO) lead to severe droughts or floods, ideal ecological conditions for disease vectors to emerge, and may result in epizootics and epidemics of Rift Valley fever and chikungunya.

However, the immune status of livestock (Rift Valley fever) and human (chikungunya) populations is a factor that is largely unknown but very likely plays a role in the spatial-temporal patterns of these disease outbreaks. As the frequency and severity of extremes in climate increase, the potential for globalization of vectors and disease is likely to accelerate. Understanding the underlying patterns of global and regional climate variability and their impacts on ecological drivers of vector-borne diseases is critical in long-range planning of appropriate disease and disease-vector response, control, and mitigation strategies.





□ FX: an RNA-Seq analysis tool on the cloud. >> http://fx.gmi.ac.kr/
クラウド上で並列実行可能なRNA-Seqツール。ローカルHadoopクラスタ上でインストール可能
GMI-SNU FX: X is a user-Frendly RNA-Seq gene eXpression analysis tool, empowered by the concept of cloud-computing. With FX, you can simply upload your RNA-Seq raw FASTQ data on the cloud, and let the computing infra to do the heavy analysis.





□ BioWeatherMap

>> http://bioweathermap.org/

The BioWeatherMap initiative is a global, grassroots, distributed environmental sensing effort aimed at answering some very basic questions about the geographic and temporal distribution patterns of microbial life.





Predictrna


□ Improved prediction of RNA tertiary structure with insights into native state dynamics

>> http://t.co/OTwgbzyU [Bioinformatics]

RSIM ネイティブ状態ダイナミクスの知見からRNA立体構造予測を改良
We propose RSIM, an improved RNA fragment assembly method that preserves RNA global secondary structure while sampling conformations. This approach enhances the quality of predicted RNA tertiary structure, provides insights into the native state dynamics, and generates a powerful visualization of the RNA conformational space. RSIM is available for download from http://www.github.com/jpbida/rsim.

RSIMによるRNA立体配座空間予測。基本的にフラグメント・アセンブリによるモンテカルロ法の改良プロセス。MC自体がリファイン実装可能なのだが、ループ構造の選択に独自手法を適用、FARNAやRNA2D3Dを凌ぐベンチマークを示すらしい。



□ 直接シミュレーション・モンテカルロ法に分子間ポテンシャルを実装するという提案。あらゆる球面体モデルに適用可能。 Direct simulation Monte Carlo method for an arbitrary intermolecular potential http://ow.ly/8FQ4p




Spse


□ A Semantic Problem Solving Environment for Integrative Parasite Research: Identification of Intervention Targets for Trypanosoma cruzi

>> http://t.co/mdA5NXUG

The SPSE uses biomedical ontologies as the core knowledge resource and data model along with related Semantic Web technologies. Early in this project we realized the importance of provenance to scientists' data analysis needs. Hence, domain-specific (i.e., semantic) provenance [13] has been tightly integrated within the SPSE. The SPSE provides an environment for researchers to query the data as well as the associated provenance information, all stored in a RDF triples, with or without external databases, using a visual query tool.

SPSE: セマンティクス環境による生物学問題解決プラットフォーム。視覚的クエリツールCuebeeを使用し、複雑な構文を不要で研究者の呼び出しに対応。外部データベースの有無に関わり無く、照会情報のRDFトリプルを提供する。




Bio_Network:
SoMART, a web server for plant miRNA, tasiRNA and target gene analysis dlvr.it/171gM8
>> http://somart.ist.berkeley.edu/
miRNA/tasiRNA解析の為のサーバとリソース、sRNA Mapper
The server includes four sets of tools: 'Slicer detector' for detecting sRNAs targeting input genes, 'dRNA mapper' for detecting degradome (d)RNA products derived from input genes, 'preMIR detector' for identifying miRNA precursor (MIR) or tasiRNA precursor (TAS) of input sRNAs, and 'sRNA mapper' for mapping sRNAs onto input genes.





□ SOAP3: Ultra-fast GPU-based parallel alignment tool for short reads

>> http://t.co/Uj3b6vnA

SOAP3 is the first short read alignment tool that leverages the multi-processors in a graphic processing unit (GPU) to achieve a drastic improvement in speed. We adapted the compressed full-text index (BWT) used by SOAP2 in view of the advantages and disadvantages of GPU.





emblebies:
Web Services (via REST/SOAP) for several EMBOSS sequence translation tools are now available at the EBI: bit.ly/coZ99k




sebhtml:
I finished porting the Ray genome assembler to the plugin architecture of RayPlatform. github.com/sebhtml/ray/tr… #Ray #RayPlatform #illumina




□ Understanding Big Data: Analytics for Enterprise Class Hadoop and Streaming Data

>> http://t.co/IM0MNixu

IOD2011で公開されていたらしいFlashbookの書籍版。






BrainCatalog:
Linked data in a federation: FedX bit.ly/wUqdO1
FedX is a practical framework for transparent access to Linked Data sources through a federation. It incorporates new sophisticated optimization techniques combined with effective variants of existing techniques and is thus a highly scalable solution for practical federated query processing.





□ Sustainability of Bioinformatics Databases: バイオインフォマティクス関連データベースの運用状況。リソースのコストで淘汰傾向。EUはELIXIRに統合を計画 / NAR DB Collecition http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D1.full
These recent developments show that the importance of the public database resources, which is obvious to any biologist, needs to be constantly highlighted to the national and international financing bodies.


In Europe, coordination of the bioinformatics infrastructure is planned through the EU-sponsored ELIXIR (European Life Sciences Infrastructure for Biological Information, http://www.elixir-europe.org) project, which aims at guaranteeing seamless access to biological information by integrating data generators and data centers throughout Europe.





Devpre


Sagebio:
Developing predictive molecular maps of human disease through community-based modeling bit.ly/whMR8T #openscience #bigdata
Sage Bionetworks Commons project, including the efforts made to date in building a computational platform and a data and model repository that includes the associated analysis tools, as well as the development of data sharing rules and policies. We explain how this environment will drive us toward the generation of better maps of disease and become a forum for reproducible and reusable data and analyses.


Community involvement will be necessary to address the many concerns that such a complex endeavor will encounter, including ways to incentivize data sharing, to promote the appropriate attribution for the data generators and map builders and to address policy issues associated with the protection of human data. Engagement of stakeholders across different constituencies to drive the development of the policies and resources necessary for the project is crucial

SageBioコモンズ: ヒト疾患予測分子マップ開発をコミュニティベースでモデリング: クラウドソース・データ共有の最適なコミュニティ帰属。




Isacomm

Chris_Evelo:
Nature Genetics publishes our commentary "Towards interoperable bioscience data": bit.ly/xMIw7p
Toward interoperable bioscience data
To make full use of research data, the bioscience community needs to adopt technologies and reward mechanisms that support interoperability and promote the growth of an open 'data commoning' culture. Here we describe the prerequisites for data commoning and present an established and growing ecosystem of solutions using the shared 'Investigation-Study-Assay' framework to support that vision.

バイオサイエンス・データの相互運用・報酬メカニズムを検討する。ISA commonsはコミュニティ帰属の国際的生態系リソースとしてメソッドを呈示している。

>> http://isacommons.org/

The ISA Commons is a growing community that uses the ISA metadata tracking framework to facilitate standards-compliant collection, curation, management and reuse of datasets in an increasingly diverse set of life science domains.





Tekmira_snalp_schematic4813821464


□ Embattled RNAi Technology Tries New Tack

>> http://t.co/hs0iKFnq

RNAi技術の晒されている深刻な状況と、見通されている可用性。ハイコンテンツ・スクリーニング。ランダム・フォレスト法による分類モデル選択フレームワーク等。
High-content screening for RNAi can provide a rich source of high-dimensional phenotypic data to explore the effects of knockdown in a variety of ways that move beyond simple threshold-based selection methods.


“We developed a series of tiered models in order to refine groups into finer populations, allowing us to apply gene ontology (GO) enrichment analysis methods to provide functional annotations and hence prioritize genes for follow-up analysis.”





SAGRudd:
Molecular Diagnosis of Infantile Mitochondrial Disease with Targeted Next-Generation Sequencing = #awesome j.mp/y5WE1P
We performed “MitoExome” sequencing of the mitochondrial DNA (mtDNA) and exons of ~1000 nuclear genes encoding mitochondrial proteins and prioritized rare mutations predicted to disrupt function. Because patients and healthy control individuals harbored a comparable number of such heterozygous alleles, we could not prioritize dominant-acting genes… The results underscore the potential and challenges of deploying NGS in clinical settings.





BrainCatalog:
National Center for Biomedial Ontology is having a Hackathon: j.mp/ziL2uE




CSHLnews:
CSHL's @mike_schatz explains some aspects of next-gen #sequencing's "storage saga" in this @GenomeWeb story bit.ly/slFRp4 #genomics



genomeresearch:
MT @attilacsordas: CRAM format mentioned in Storage Saga by @GenomeWeb bit.ly/wA799a paper at tinyurl.com/6p2ofpj


Storage Saga
>> http://www.genomeweb.com/informatics/storage-saga
sequencing technology is evolving at a much faster pace. At present, the per-base cost of sequencing is dropping by about half every five months, and this trend shows no sign of slowing down. Also, by some estimates, there are 1,700 high-throughput sequencers in operation across the globe, sequencing more than a million human genomes ? upwards of 13 petabases ? per year. Factor in all of these variables, and the logarithmic graphs start looking like signs of a data-management doomsday.





Roche_com:
More details regarding the @Illumina offer can be found on this dedicated website: transactioninfo.com/roche #ngs




LifeSciWorld:
Seattle Genetics and Millennium Report Data from Phase I Trial of ADCETRIS(TM ... - MarketWatch (press release) bit.ly/y2ALGt




Rcompanies

□ Analyzing US Government Contract Awards in R

>> http://t.co/idizcXRv

Rで米国政府の契約受注状況を分析する。連邦政府の予算配分・入札競争を可視化。
As I was exploring open data sources, I came across USA spending. This site contains information on US government contract awards and other disbursements, such as grants and loans.


First, we note that 15.7 billion dollars in federal contracts were obligated to vendors in the state of Maryland in the fiscal year 2011. Next, we note that about 11.5% of the total federal money allocated in contracts went to Lockheed Martin! In fact, the top 10 companies in terms of dollar value of contracts received were given 41% of all the contracted dollars, which amounts to about 6.5 billion dollars. The top 100 contractors received 72% of all contracted dollars.





□ boolean3 (beta) an R package for modeling causal complexity

>> leftcensored.skepsi.net/2012/01/24/an…

Additional theoretical content can be found at the Boolean Statistics homepage. Braumoeller and Carson have a 2011 paper titled “Political Irrelevance, Democracy, and the Limits of Militarized Conflict” in the Journal of Conflict Resolution that provides a useful example of the approach.





ribozyme:
GNS BioModel platform to perform Bayesian inference networks #PMWC




□ QIAGEN to Provide siRNA Libraries in Labcyte Acoustically Compatible Microplates

>> http://t.co/QW0OgSws

Labcyte Inc., the developer of acoustic liquid handling, and QIAGEN, the leading global provider of sample and assay technologies, announced today that QIAGEN FlexiPlate siRNA reagent libraries are now available in Labcyte Echo® qualified microplates. These microplates enable researchers to use the Echo® liquid handler to miniaturize the transfer of small interfering RNA reagents.





plantbiology:
Current Biology 'Rapid Establishment of Genetic Incompatibility through Natural Epigenetic Variation' ow.ly/8Idhn




SciSolutions:
#genetics RNA therapeutics: beyond RNA interference and antisense oligonucleotides bit.ly/zgtXVs




kaythaney:
RT @NatureNews: Most popular on our site now: Going paperless: The digital lab ow.ly/8GXk9




hadleybeeman:
Data Catalog Vocabulary (DCAT): RDF vocab for gov data catalogs. W3C Editor's draft, 2012 bit.ly/w7CpEv #W3C #eGov #GLD #linkeddata




Socrates_Logos:
German Hackers Building DIY Satellites For New Uncensored Internet bit.ly/zJH8Jd
The Hackerspace Global Grid was borne out of a call to action at the Chaos Communication Congress in Berlin, where hackers of all stripes gather to mull the issues of the day as they relate to their craft. Hacker activist Nick Farr?motivated by legislation like the Stop Online Piracy Act (SOPA) in the U.S.?called on the community to contribute to a project that would remove the power of censorship from governments and corporations by creating an uncensored Internet in the free frontier of space.





AIP_Publishing:
Researchers hide 3D object with "plasmonic cloak" ow.ly/8IsCZ #AIP_PT




NatureJapan:
「1着になれる」ウマの遺伝子 (Nature Communications): NPG Nature Asia-Pacific nature.asia/yb8mCX
競走馬の走速度を高める遺伝子の起源が明らかになった。(中略)Tアレルが祖先型であることがわかったが、Cアレルについては、英国原産の雌馬に由来するサラブレッド種の基礎段階でCアレルが一度導入されていたことが判明した。18世紀と19世紀の著名な競走馬において、Cアレルがまれにしか見られなかったが、最近の有力な種馬を介して、現存種において拡散したことを指摘している。 サラブレッド種の運動能力が、有利な環境だけでなく、運動能力に有意な影響を与える座位におけるDNA多型の最適な組み合わせを受け継ぐことにも依存している





tri_iro:
強零集合モドキみたいな概念を考えると、コルモゴロフ複雑性の増大度が非常に遅いけれどK-トリビアルでない0-1列を大量に作れることが分かったので、予想通り、強零集合モドキで、そういう自然数列の並びのランダム性に切り込めそうという感想。





yucca_watanabe:
未知small RNAのマッピングをしたいのですが(イントロン領域にあたる可能性も考慮して),精度重視でTopHatとNovoalignとどちらが良いとか,もっと良いものがあるとか,ご存知の方いらっしゃいますか.#ngsfield





yuifu:
カーゴカルトプログラミングを真似て、「カーゴカルト統計(学)」という言葉を思いついたけど、英語圏で既出だった。日本でも広めたい。 // Computational Intelligence: Cargo Cult Statistics …mputational-intelligence.blogspot.com/2011/11/cargo-…

One of the nice things about working in a world-class ecology group is the statistical rigor with which ecologists analyse their results. Unfortunately, this rigor is often missing in computational intelligence…





□ Bioinformatics week in Odaiba 2011(BiWO2011)

>> http://www.cbrc.jp/biwo2011/




CBRC_info:
明日2012年1月24日より4日間、CBRC公開ワークショップを中心に、バイオインフォマティクス関連の学術集会をBiWO2011(Bioinformatics Week in Odaiba)cbrc.jp/biwo2011/index…と題して集中開催致します。奮ってご参加ください。




□ CBRC/Biwo2011: お台場で開催中のバイオインフォマティクス関連学術集会。今日は『次世代シークエンサ研究の現在』関連ツイートが少なくて残念。Ust配信もないのは、暗黙にクローズド・コミュニティなりの効果を期待してるのかな。




□ シーケンスアプリケーション: ゲノム解析/エクソーム濃縮

>> http://t.co/nWL0QWsj

DHCなノリw
【エクソーム応援キャンペーン】7,350円でヒト全エクソン&UTRの濃縮が可能に!急速な勢いで進むエクソーム解析研究をさらに加速させるために、イルミナはご好評頂いているTruSeqエクソーム濃縮キットの応援キャンペーンを実施いたします。









Milyoo / "Archeology"

2012-01-25 22:53:17 | music12
Milyoo_arch



□ Milyoo / "Archeology"

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Colours
Swoon

Release Date; 05/Dec./2011
Label; Opit Records
Cat.No.; OPT007CD
Format: 1xCD, Digitally

>> http://milyoo.wordpress.com/
>> http://opitrecords.bandcamp.com/releases


>> tracklisting.

01. Face To Face
02. Dasein
03. Field Work
04. Pulley
05. Colours
06. Tough Enough
07. Swoon
08. Down Like You
09. Get Some
10. Windows To Love


この2年間、主にUK Undergroundシーンにおいて急速に注目を集めているDub Step コンポーザー、Tommy WilsonのMilyoo名義によるデビューアルバム。才媛Subeena主宰のOPITレーベルよりリリース。



『考古学』のタイトルが示す通り、Milyooの紡ぎだすサウンドはダブステップという一辺倒の手法を擬えたものではない。

レトロなディスコサウンドからシンセの旋律法、テープ・コラージュなど、テクノ・ハウスの文脈における古典的な手法に、それと不協和音をなすようなテクスチャの構造、いびつな低音や、どこかトライバルフレーバーさえ感じさせる断片化されたヴォイス・サンプリングを重ね、クラシカルとテクノロジーとのアスペクトに二層化された、情報化されていく現代のアーキビスト的時代精神を以て、そのスキームの邂逅が齎す新たな音楽の地平を見出している。



"Dasein"や"Pulley"などでも顕著なように、Milyooのサウンドの構造的な特徴は、楽曲の表層で踊る高調波と対を成すように潜航するBPMとの、それら界面層の摩擦が産み出すアンバランスでサイケデリックなグルーヴであると言える。


リードトラック"Face to Face"における生音のコラージュや、"Fieldwork"のストリングス・ループ、"Swoon"で聴かれるIDM系のドープなチルアウトも、Wilsonが所謂"DJ Track Maker"ではなく、一個のコンポーザーとしての姿勢で、その独自の低音法にマークを印証している。

民族的にも響くVocal Samplingは、部分的に非可聴であるほど切り刻まれ、一部はベースを構成するほど加工され、低音をブーストしているという。Milyooのスタイルを裏付けるのは、こうした『声』を扱う美学と、シンプルでありながら摩訶不思議な低音構造を配列する構造的な意匠に依るところが大きい。



こうして作曲家としての姿勢を一貫して作り込みを重ねられたサウンドは、Deep Houseにも接近して、"Floor Friendly"とも評価される所以であり、クラバーの訴求に相反するものではない。非常に器用な音楽とも言える。







fret_1.

2012-01-24 16:17:08 | music12

fret_1 by Equiloud and Leisure-B from EQUILOUD. on Vimeo.



□ "fret_1" a symbiosis of abstract animation and sound.

>> http://www.equiloud.de/
>> http://www.uweschweerlambers.de/

Music & Sound by Gerrit Elbrink
Animation by Uwe Schweer-Lambers

EquiloudというユーザのVJ作品が好き。これはもともとAutechre "Vose In"を基に製作されたモーション・グラフィック。



Gentle Giants from EQUILOUD. on Vimeo.



□ Gentle Giants.

Equiloudから、もう一作品。"fret_1"と同じく、VisualはUwe Schweer-Lambers氏によるもの。超高速でモーフィングする物体と次元移動、眩いレンズフレアに意識が飛ぶ。




bringoutyourdead (PART01) from Michael Rigley on Vimeo.



□ "bringoutyourdead" by Michael Rigley

先日紹介した"Network"の作者によるモーション・グラフィック。それにしてもあの作品の反響は凄い "Network" http://vimeo.com/34750078




Autechre - Gantz Graf from BASSICO on Vimeo.



□ Autechre - Gantz Graf

これは伝説的な作品だけど、アルゴリズムで生成しているように見えて実は全て手書きのグラフィック。当時はこれほど高度なモーフィングに連動するプログラムも無かった。




Rispcover

□ Richard Devine / "RISP" New EP Feb.1 Release!

>> http://www.nerdyframes.org/?p=19101
>> http://www.richard-devine.com/

Release Date; 01/Feb./2012
Label; Detroit Underground
Cat.No.; DU016
Format: 12"


リチャード・ディヴァイン待望のアーティスト名義のシングル。私が神格化する数少ない作曲家であり、テクノロジスト。自身名義では寡作過ぎるんだよね。作曲プロセスは"Euro rack modularとElektron Octatrackで配列決定"したもの。安定のアルゴリズムミュージック。

RISP is Richard Devine’s most advanced exploration of experimental acoustic space to date, now available from Detroit Underground. These compositions were created and initially sequenced on the Euro rack modular and Elektron Octatrack machines.


Advanced media technology driven by algorithm-based generative time structures forge new pathways to critical discourse across six tracks. Expect new forms of becoming especially reflection, restfulness and peaceful integration subsequent to witnessing crazy, chaotic, seemingly broken machines talking to one another, somehow harmonized via Richard Devine’s remarkable human/alien sound design.








Article_Jan.3

2012-01-22 17:53:01 | Science News
□ 生命は複雑系事象の網目を織り成す紐の絡まった結び目のようなもの。解けても何処かに消えるわけでなく、繋がりが変わるだけ。

思考や感情は、発語することで縺れ合う情報繊維を解いて、励起状態から電気的負荷を発散しエントロピーを保つ。では入力を隔絶された孤独な観測者はどうなるか。内部循環と自己摂動。その夢は入れ子の宇宙そのものの姿である。


言語は、現実空間を概念的に可換な発語認識の境界面を規定する。そして言語は共有によってしか発達せず、生物学的空間と共進化する。言語に規定された信号処理ベースの計算は自ずから観測者の行動を制約付きでアフォードし、認知の至る限界を前提している。




□ Sustainability of Bioinformatics Databases: バイオインフォマティクス関連データベースの運用状況。リソースのコストで淘汰傾向。EUはELIXIRに統合を計画 / NAR DB Collecition http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D1.full
These recent developments show that the importance of the public database resources, which is obvious to any biologist, needs to be constantly highlighted to the national and international financing bodies.


In Europe, coordination of the bioinformatics infrastructure is planned through the EU-sponsored ELIXIR (European Life Sciences Infrastructure for Biological Information, http://www.elixir-europe.org) project, which aims at guaranteeing seamless access to biological information by integrating data generators and data centers throughout Europe.





Noisepheno





PLoSCompBiol:
Adjusting Phenotypes by Noise Control dx.plos.org/10.1371/journa…

Our analysis is readily applicable to various types of noise control and to different types of system; for example, we can orthogonally control the mean and noise levels and can control system dynamics such as noisy oscillations. As an illustration we applied our method to HIV and yeast gene expression systems and metabolic networks. The oscillatory signal control was applied to p53 oscillations from DNA damage.

Furthermore, we showed that the efficiency of orthogonal control can be enhanced by applying extrinsic noise and feedback. Our noise control analysis can be applied to any stochastic model belonging to continuous time Markovian systems such as biological and chemical reaction systems, and even computer and social networks. We anticipate the proposed analysis to be a useful tool for designing and controlling synthetic gene networks.

This independence was shown to be rooted to a certain network structure satisfying Feinberg's deficiency zero theorem [24]?[26]. We will show that when such species independence occurs, the orthogonal control of mean and noise levels is not possible, but that the application of extrinsic noise or feedback could help achieve orthogonal control.

ノイズ制御による表現型の順応:振動性信号を調節し細胞内蛋白質濃度のノイズレベルを直交制御。意図した表現型を得る確率モデル。欠陥零定理を満たすネットワークでも有用。






□ Amazon Rolls out NoSQL Database Servicein the cloud called DynamoDB

>> http://www.genomeweb.com//node/1016…
>> DynamoDB

Amazon Web Services (AWS) has launched a fully managed NoSQL database service in the cloud called DynamoDB that aims to provide seamless scalability on the fly. AWS is claiming that their new service will offload administrative tasks such as hardware provisioning, setup, configuration, replication, software patching, and cluster scaling.

AWSがDynamoDB上でNoSQLサービス開始。分散システム基盤の超スケーラブル データベース。NoSQLは厳密なスキーマが無く、オミックス分野で有意な計算効率を発揮。

DynamoDBの追加容量、1GBあたり$1か。しかもSSD。NoSQLの顧客層としてゲノミクス分野に訴求するのは間違いないけど(モンサントによるゲノムデータ解析のユースケース有り)、何より昨今の個人研究、ガレージ生物学(Homebrew genomics)普及の一翼も担いそう。

Ion Proton Sequencer+DynamoDBという布陣でLet'sガレージ・ゲノミクス!(※予算一千万円)




Genegroove


portablegenomic:
GeneGroove: Portable Genomics is launching tonight the 1st iPhone App to play a unique melody from your genome data bit.ly/xeADvd

昨年も紹介した、自分のDNAデータを音楽に変換するiPhone appがリリース。23andMeにSNPを渡すことが条件。
Genome DataをMusic Fileに置換。iTunesでSync可能。DJ(プログラム?)によるオートアレンジ機能も。GeNumberはゲノム一意性をもちながら不可逆で、デコードされる心配はないらしい。




Apartgenome


□ Revealing stable processing products from ribosome-associated small RNAs by deep-sequencing data analysis

>> http://t.co/noBohY2n

APART, a novel automated computational pipeline, providing a complete workflow for the reliable detection of RNA processing products from next-generation-sequencing data. The major features include efficient handling of non-unique reads, detection of novel stable ncRNA transcripts and processing products and annotation of known transcripts based on multiple sources of information.

To disclose the potential of APART, we have analyzed a cDNA library derived from small ribosome-associated RNAs in Saccharomyces cerevisiae. By employing the APART pipeline, we were able to detect and confirm by independent experimental methods multiple novel stable RNA molecules differentially processed from well known ncRNAs, like rRNAs, tRNAs or snoRNAs, in a stress-dependent manner.

ディープ・シーケンシングデータの解析によるリボソーム関連低分子RNA安定加工種の検出。
新しく提案された自動計算パイプライン『APART』は低メモリに最適化。cDNAライブラリの読み取り実行時間も安定した線形の相関を示すのでローエンドマシンでもいける。




Matsseq

□ MATS: a Bayesian framework for flexible detection of differential alternative splicing from RNA-Seq data

>> http://bit.ly/wgRAJp

Ultra-deep RNA sequencing has become a powerful approach for genome-wide analysis of pre-mRNA alternative splicing. We develop MATS (multivariate analysis of transcript splicing), a Bayesian statistical framework for flexible hypothesis testing of differential alternative splicing patterns on RNA-Seq data.

MATS uses a multivariate uniform prior to model the between-sample correlation in exon splicing patterns, and a Markov chain Monte Carlo (MCMC) method coupled with a simulation-based adaptive sampling procedure to calculate the P-value and false discovery rate (FDR) of differential alternative splicing. Importantly, the MATS approach is applicable to almost any type of null hypotheses of interest, providing the flexibility to identify differential alternative splicing events that match a given user-defined pattern.

RNA-seqデータの差動選択的スプライシング識別に有用な多変量解析ベイズ・フレームワーク。ユーザ定義のパターンに対して柔軟性を持ち、ほぼ全てのパターンの帰無仮説に適用可能。




DailyNewsGW:
AB Sciex, Indigo to Market Mass Spec Solutions: read more bit.ly/xPGip7
The solutions streamline data acquisition and automate data review and are expected to accelerate the use of mass spec technologies by simplifying the workflows. The partnership is also expected to ensure better results in clinical research, forensic toxicology, and pre-clinical and clinical trials of new drugs





Yarqon


rnomics:
Fine-Scale Temporal Dynamics of a Fragmented Lotic Microbial Ecosystem: Microbial ecosystemsbit.ly/ADIwzS
Scaling is an important concept in landscape ecology, where it is usually used in a geographical, rather than temporal perspective34. A lesson from experiment described in this study is that a bacterial community can change drastically and rapidly and yet have an equally rapid recovery. Our data emphasize the need for a re-evaluation of the time scale of microbial sampling experiments beyond diurnal cycles, especially in dynamic environments such as fresh water streams, lakes and irrigated soil.

河川中の断片化された微生物生態系の細密スケール時間ダイナミクス: ヤーコン川上下流における生息状態の変化から従来の流水中の実験サンプリングを再評価する必要性




rnomics:
Increased sensitivity of next generation sequencing-based expression profiling after globin reduction in... bit.ly/zM2ZMU #BMC
We have removed globin transcripts from 6 human whole blood RNA samples with a human globin reduction kit and compared them with the same non-reduced samples using deep Serial Analysis of Gene Expression.The reduction of globin transcripts in whole blood samples constitutes a reproducible and reliable method that can enrich data obtained from next generation sequencing-based expression profiling.





Msb201199f2


□ Differential network biology

>> bit.ly/xVGJYw

Here, we review the technological developments and experimental designs that have enabled differential network mapping at very large scales and highlight biological insight that has been derived from this type of analysis. We argue that differential network mapping, which allows for the interrogation of previously unexplored interaction spaces, will become a standard mode of network analysis in the future, just as differential gene expression and protein phosphorylation studies are already pervasive in genomic and proteomic analysis.

差動ネットワーク生物学:生物システム環境の相互作用マップ。バイオインフォマティクスの大規模データセット差分解析と類似。この手法で蛋白質複合体の摂動時における関数関係の再構成を解明。

生物学的空間に置けるインタラクトーム間の関係性をノードで結索することは、高スループット化の進むデータの機能的解釈の地道なメソッドではある。もっとセマンティックな切り口もありそう。




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Merck4Bio:
Single-celled #organism can evolve multicellularity within months bit.ly/zTl26q
The origin of multicellular life, one of the most important developments in Earth’s history, could have occurred with surprising speed, US researchers have shown. In the lab, a single-celled yeast (Saccharomyces cerevisiae) took less than 60 days to evolve into many-celled clusters that behaved as individuals. The clusters even developed a primitive division of labour, with some cells dying so that others could grow and reproduce.

酵母が示唆する多細胞生命の迅速な発生:60日で単細胞生物から『スノーフレーク』状の多細胞生物を培養可能。古代における起源も意外と早い?




□ Sigma-Aldrich to Distribute TriLink's CleanAmp Products

>> http://www.genomeweb.com//node/10166…
>> http://www.trilinkbiotech.com/
>> http://www.sigmaaldrich.com/japan.html
TriLink BioTechnologies today said that Sigma-Aldrich will sell and distribute the firm's CleanAmp dNTPs globally.
The San Diego-based firm said that its CleanAmp dNTPs, which are designed for hot-start PCR, are an "ideal complement to Sigma-Aldrich's product and service offerings." It added that the latest advancement in CleanAMP dNTP chemistry provides "improved amplicon yield in endpoint PCR and earlier Cq values in fast cycling real-time PCR."


Financial and other terms of the agreement were not disclosed.

シグマ=アルドリッチ社がTriLinkBioの改良ホットスタートPCR、CleanAmp dNTPsの世界発売に向けてディストリビュート。プライマーの温度変化を阻止する製品として非常に優秀な評価があり、miRNA市場での訴求は大きそう




genetics_blog:
Interesting results in genomeweb survey: exome arrays > GWAS; RNA-seq, people plan to spend more $ on #bioinformatics genomeweb.com/forward/emailr…
Survey Finds Exome Arrays on the Upswing as GWAS, Gene Expression Apps Decline




OxfordJNLsJapan:
【科学・社会】学界におけるリサーチツールの共有:日本でのケーススタディ oxford.ly/wrr8VH
Sharing research tools in academia: the case of Japan
Although studies in the US have indicated that the trend of academic capitalism or commercialization deters material transfer, our results show limited negative impact in this regard. Second, this study examines the use of central repositories of research tools as a means to the wider dissemination of such tools. The results suggest that entrepreneurial scientists and scientists in public research organizations are more willing to provide their research tools through this publicly accessible system.

日本に学ぶ生命科学・材料科学分野での研究ツール共有・公開システムの中心的なリポジトリの利用。物質移動契約と成果のリターン、米国では商業主義的




SAGRudd:
Bioinformatics: Data compression facilitates genome assembly = #awesome; j.mp/yrCGDi
As genome sequence data sets continue to grow, there is a pressing need to develop accurate yet memory-efficient means of assembling genomesde novo. Using new computational tools, the authors assembled a human genome using less than 64 gigabytes of memory.





SAGRudd:
BamView: visualizing and interpretation of next-generation sequencing read alignments = #awesome j.mp/zB6kKT
BamView allows the user to study NGS data in the context of the sequence and annotation of the reference genome. Single nucleotide polymorphism (SNP) density and candidate SNP sites can be highlighted and investigated, and read-pair information can be used to discover large structural insertions and deletions. The application will also calculate simple analyses of the read mapping, including reporting the read counts and reads per kilobase per million mapped reads (RPKM) for genes selected by the user.





Gwas4models


NatureRevGenet:
Review (in GWAS Series). G. Gibson on 20 arguments for and vs two main models for the genetic basis of complex traits: bit.ly/wKWAOd
Genome-wide association studies have greatly improved our understanding of the genetic basis of disease risk. The fact that they tend not to identify more than a fraction of the specific causal loci has led to divergence of opinion over whether most of the variance is hidden as numerous rare variants of large effect or as common variants of very small effect. Here I review 20 arguments for and against each of these models of the genetic basis of complex traits and conclude that both classes of effect can be readily reconciled.





jeff_hayes:
[Editorial] Addiction?a global problem with no global solution bit.ly/zbTYE5
international drug conventions protect public health, or otherwise, and concludes that national policies aligned with risks of different drugs are needed. The authors state: “The cultural positions of different drugs vary enough to preclude universal policies on how to deal with all illicit or indeed licit drugs. From the perspective of public health, we need to move towards a control system that is more aligned with the risks that different drugs pose to users and shows an understanding of the effects of different regulatory approaches on drug use and harm.”





Onepernextdoor


□ NYT uses R to map the 1%
>> http://www.r-bloggers.com/nyt-uses-r-to-map-the-1/
The on-line version of the article included interactive features like this interactive map showing where your household ranks in the country and in local regions. The print edition, however, included some different (and necessarily static) representations of US wealth data, such as this map of where the wealthiest 1% live





□ CODEX: Exploration of semantic changes between ontology versions

>> http://www.izbi.de/codex

2つのオントロジー差分を検知するツール
The CODEX (Complex Ontology Diff Explorer) application allows for determining semantic (complex) changes between two versions of an ontology. The application is based on a general diff algorithm called COntoDiff (Complex Ontology Diff) which applies rules to iteratively compute the most compact (semantically richest) diff between two ontology versions.





PLoS:
Analysis of 500 scholarly article tweets 88% discuss it 9% are author/publisher originated 27% use conclusions bit.ly/AEsIwD #scio12




□ Annotating limma Results with Gene Names for Affy Microarrays: r-bloggers.com/annotating-lim…
I could annotate each probeset ID with a gene symbol, gene name, Ensembl ID, and have that Ensembl ID hyperlink out to the Ensembl genome browser.





GeneticAlliance:
Calling all social science researchers! Improve your genetics literacy with a new online course from NCHPEG & NIH: ow.ly/8wKJb
The nature/nurture debate has confounded research on social and behavioral phenotypes since the late nineteenth century. This program takes the position that the debate is unhelpful and misleading, because no gene operates outside of an environment - beginning with the environment of the cell and extending to the influences of the external world.

社会科学者の為の遺伝学教育とリソース:社会的行動表現型の古典的研究の混乱から、ゲノミクスが社会・行動科学に齎す影響を正しく評価する為の教育プログラム




□ Big Data Bibliography: http://t.co/Vw27vELg
business intelligence to data mining and machine learning, to cloud services and NoSql Data Stores to data visualization.





WBLifeSci:
Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics ow.ly/1gQfN5




□ sFFT: Sparse Fast Fourier Transform

>> http://groups.csail.mit.edu/netmit/sFFT/

We consider the sparse Fourier transform problem: given a complex vector x of length n, and a parameter k, estimate the k largest (in magnitude) coefficients of the Fourier transform of x. The problem is of key interest in several areas, including signal processing, audio/image/video compression, and learning theory.

We propose a new algorithm for this problem. The algorithm leverages techniques from digital signal pro- cessing, notably Gaussian and Dolph-Chebyshev filters. The resulting algorithm is structurally simpler than its predecessors. As a consequence, we are able to extend considerably the range of sparsity, k, for which the algorithm is faster than FFT, both in theory and practice.







Trends_Endo_Met:
“Article of the Future” video showing an improved, intuitive and interactive interfacethe Science Direct redesign! articleofthefuture.com
The Article of the Future project- an ongoing initiative aiming to revolutionize the traditional format of the academic paper in regard to three key elements: presentation, content and context.

エルゼビアの『未来のアーティクル』科学出版プラットフォームの過去と展望について振り返る動画。紙媒体とインタラクティブ・データとの比較など。謎の感動。音楽のメロディがeRaっぽい




dgmacarthur:
Longevity genetics paper retracted by Science reappears - this time in PLoS ONE: retractionwatch.wordpress.com/2012/01/18/seb…




the_Node:
We've made a Twitter list of labs and institutes. twitter.com/#!/the_Node/la… Is your lab on Twitter?




BrainCosmos:
Learning and Generalization under Ambiguity: An fMRI Study :PLoS Computational Biology bit.ly/yICzp2




F1000:
Figshare, the science data-sharing site has released a shiny new website cot.ag/Ai1jxh @figshare #opendata #openscience




betterbio:
Still a necessary discussion RT @GCPworks: Resveratrol researcher faked data, report says; what drives academic fraud? lat.ms/zv0IAA




DiscoverMag:
Science finds better way to teach science: getting rid of the hallowed (& stultifying) classroom lecture bit.ly/zXsL5d by @dhfreedman




BioMedCentral:
RT @bmcmatt: Springer permits commercial use for its hybrid #openaccess program bit.ly/zHqmhS Great move by Springer! NC licenses...




creativecommons:
Springer's Open Choice to publish all its #openaccess content under #CC BY: bit.ly/AnNsg9




ca_tweet:
Springer社が全てのオープンアクセスコンテンツでCC-BYライセンスを採用し商用利用が可能に current.ndl.go.jp/node/19963




FutureProofNSW:
Future Proof: System migrations to archives (a research paper from the digital archives team) bit.ly/xL0fzj #archives
This research paper discusses three problems with using the term transfer to describe the processes that precede ingest into the digital archives and recommends instead the adoption of a project-based, system migration approach.

デジタルアーカイブに関するプロジェクトベースでのシステム移行の問題『転送でなく移行』『ファイルレベルでアプローチしない』 『線形モデルでの保全プロセス』『管理権の制御システム』




ageimo:
sciencedirect.com/science/articl… 有限時間の軌道断片の軌道安定/不安定性指数の提案。この分解の仕方は面白い。分解は共変的になるようになっているし。有限時間だと、分解は空間計量の取り方によるので、なかなかファイナルアンサーはないけど、共変性は分解が持つべきいい性質だと思う。





NatureJapan:
Nature Cover Story: 研究への寄付 民間からの資金提供で落とし穴を避けつつ恩恵を得るための方法 nature.asia/zWmncq




4pdf:
an introduction to systems biology design principles of biological circuits: bit.ly/xzpWR9




elsevierjp:
RT @Luke0629 これ面白そう。愛情と誠実に関する生物学的心理学研究の総論。"Love is more than just a kiss: A neurobiological perspective of love … bit.ly/xaowhm




Deathstar

thinkgeek:
Physics paper finds Death Star could destroy Earth, but not Jupiter: j.mp/w0R1xo Good to know. #science
デス・スターは地球を破壊出来るけど、木星は無理?惑星の重力結合エネルギーを上回るジュール量から試算。地球では2.25x10^32J、木星ではその千倍必要




□ DBCLS: LinkedData Study Meeting.



dbcls:
第3回LinkedData勉強会 の中継を開始します (Broadcasting live at ustre.am/fg0g)

□ Metadata of Microbial Metagenome
・微生物メタゲノムのメタデータ:サンプル採取の環境情報をオントロジーと紐付ける。
・Metagenome Environmental Ontology (MEO): バイオーム・環境情報を辞書や気温推移等の外部の様々なデータと関連づける
・MEOの問題点:オントロジーのライセンス。作業が労働集約的。

上述したヤーコン川での上下流の環境状態における微生物の生息状態の時間的ダイナミクスの論文といい、サンプル採取のメタデータも今後見直されていく必要もあるだろうな。オントロジー自体が柔軟にデータの変化に同期できるシステムであることも大事。




yayamamo:
メタゲノムのメタデータ。昨年行ったハッカソンの記録で概要が分かります。wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/B…ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化 #lodjp
オントロジーのライセンスは厄介。なるべく既存のオントロジーを利用しよう、という考えと対立しかねない。ScienceCommonsの見解としてCC0が推奨されている。 sciencecommons.org/resources/read… #lodjp





wintermelon:
MicrobeDB.jp microbedb.jp/MDB/index.html #lodjp




□ Occupy Nigeria: Photos From Abuja | Nigerian Entertainment Today http://t.co/pj0Cwx32




□ Nigeria's First Forensic DNA Laboratory http://t.co/sviZJzpE
Utah-based Sorenson Forensics is designing and implementing the first professional law enforcement DNA laboratory in Nigeria.

ナイジェリアに初の法医学DNAラボを設立。米ソレンソン社:アフリカには未だ法医学的遺伝子検査を行う素地が殆どないという現実。




□ rubbish_talk.

□ 脱原発問題は、エネルギー資源を運用(特にサプライ側)するのに必須な冗長性システムを、どのように移行して行くかという論点に切り換わろうとしている。消費形態を変えるという視点での議論は頭打ちで、供給の冗長性において原発の破綻リスクを評価し代替エネルギーに置換する経済的利点の計量が急務




□ 情報拡散が記憶に与える時間感覚への影響を検証したい。例えばメディアで共有されたトピックについて、2002年に10年前を想起する事柄の印象と、2012年に10年前を想起した事柄の経過時間(懐かしさスコア)の感覚と、年代ごとの分布。情報端末普及により共有が密になった部分と疎になる部分




Appleibooks2lowensohn


□ iBooks Authorでブログのレビュー記事全部まとめてみようかな~♪ 権利関係が気になる。電子書籍形態ではなく、電子書籍になるのだろうか。その辺の公開設定出来るのかな




□ iTunesUのファイリング機能クソ便利。今まではiTunes経由で動画にアクセスするだけだったけど、管理が出来るように。これからMendeleyみたく共有とかソーシャルサービスとかアノテーション機能(動画内でも)も充実して行くんだろうか。その先にはiPaper(論文版)が?




□ 特定のトピックに関連する市場の動向に対して、例えば「日本で○○が普及しない理由」は、とかの説明に「価格が高いままだから」「ライセンスの扱い方が違うから」と、表層の現象面のみをあげつらった記事は本当に価値が無いなと。要素に還元してはならない。要素間の力学的関係に踏み込まないとダメ。







Twins In Mind / "Sad In Joy" Album Competition.

2012-01-22 11:44:17 | music12
Promo_competition



□ Twinds in Mind / "Sad in Joy"

>> https://www.facebook.com/pages/Twins-In-Mind/138545879563315

Release Date; 2012

>> tracklisting. (incorrect)

1. About Us
2. Beyond Vision
3. Breathing Sunlight
4. Eternal Fantasy
5. Floating Clouds
6. I Hear Your Voice
7. Intro
8. Sad In Joy
9. The Nighttime
10. Where Do We Go From Here
11. Fallacy Of Faith
12. Whispered Lullaby


All music composed by:
Adriaan Baussens (Belgium)
Ioannis Sioutis (Greece)



Enigma系Electronicaデュオ、Twins in Mindのニューアルバム・リリースに先駆けたコンペティションが行われています。

内容は上記のトラックリストを並び替えて、実際にリリースされるトラック順に近いものを当てた人に、アルバムのFree Download権を与えるというもの。回答は twinsinmind@telenet.beまで。








Network.

2012-01-15 09:17:44 | Science News

Network from Michael Rigley on Vimeo.



Network by Michael Rigley

>> http://vimeo.com/34750078

Information technology has become a ubiquitous presence. By visualizing the processes that underlie our interactions with this technology we can trace what happens to the information we feed into the network.





Uncertanitypreparation


□ Experimental demonstration of a universally valid error?disturbance uncertainty relation in spin measurements

>> http://www.nature.com/nphys/journal/vaop/ncurrent/full/nphys2194.html
>> http://arxiv.org/pdf/1201.1833v1 [full PDF]

A correct formulation of the error?disturbance uncertainty relation, taking recoil into account, is essential for a deeper understanding of the uncertainty principle, as Heisenberg’s original relation is valid only under specific circumstances. A new error?disturbance relation, derived using the theory of general quantum measurements, has been claimed to be universally valid.

Here, we report a neutron-optical experiment that records the error of a spin-component measurement as well as the disturbance caused on another spin-component. The results confirm that both error and disturbance obey the new relation but violate the old one in a wide range of an experimental parameter.


小澤の不等式成立を示した論文のタイトルは『スピン測定における誤差と攪乱に普遍的に有用な不確定性関係の実験的デモンストレーション』…ハイゼンベルクの不確定性原理では成立しない中性子のスピン方向の測定誤差と攪乱の実験パラメータに、測定前の量子揺らぎの項を追加して成立させるアクション。

間違っても不確定性原理が間違っているとか、そういう話ではない。より一般化して補完したという評価が妥当。


ハイゼンベルクの不等式に観測系の測定前の量子ゆらぎを加えるって、形而上学的思索の余地もあってロマンあるよね。波動収束に関して、観測行為が観測結果を導くコペンハーゲン解釈に無理があるって何十年間も言われてきたことで、測定前の状態が数式に介入するのは決定論復権の前触れかもと胸が高鳴る。

私は子供の頃から、宇宙は決定論的に進行しているに違いないという信仰めいたものを胸に秘めてきた。科学という姿勢とは無関係に、量子力学や非線形力学を学ぶことで、余計に空想は強くなったかもしれない。




Dnacosts


□ ロイターの示したDNAシーケンシングのコスト遷移。2006年を境にムーアの法則限界を遥かに下回っていることが良く分かる。実際のシーケンシングのコストは、DNAミススペリングや遺伝的グリッチを理解する為の膨大な作業や労働力に課せられる




Awesomics:
MT @EricTopol A $1000 whole genome sequence in 2 hrs on.wsj.com/wQHOxt & Reuters bit.ly/yIp8GB
Ion Torrent will sell the tabletop machine, called the Ion Proton Sequencer, for $99,000 to $149,000, making it affordable for large medical practices or clinics; existing sequencers cost up to $750,000.




DailyNewsGW:
Illumina Introduces One-Day Genome Sequencer; New Business Groups: read more bit.ly/wnCoS5
The firm's announcement comes on the same day that competitor Life Technologies introduced its Ion Proton Sequencer, a new instrument designed to sequence an entire human genome in a day for $1,000.

Illumina didn't provide the reagents costs for sequencing a whole genome with the new system, called the HiSeq 2500.





portablegenomic:
Life Technologies Rises Most Since 2009 on New Gene-Sequencing Machine - Bloomberg bloom.bg/xN3tgq via @BloombergNews




Synbiota:
A great article! It's what's next! “@raymondmccauley: The @WSJ highlights real work by biohackers at @BioCuriousLab: lnkd.in/tn-pqE




dritoshi:
HiSeq2500 の影であまり言及されていないが、MiSeq が PEで640万クラスターから1500万クラスターを出力するようになり約2倍のリード数が期待できる。リード長は 2x150bp から 2x250bp へ。スループットは 1Gb から 7 Gb へ。





thinkgenome:
Human Genome Sciences and Oncothyreon -- Strong Growth ...: From Yahoo! Finance: NEW YORK, NY-- - Biotechnology ... bit.ly/wuOyy2




1s20s1877050911005746gr1


MnlimasBio:
Understanding Science 2.0: Crowdsourcing and Open Innovation in the Scientific Method sciencedirect.com/science/articl… #oa #OpenAccess #OpenScience
The research team will now thoroughly analyze the data gathered in this second round of data collection. In parallel, the team has started to implement a simulator for testing the identified local rules of interaction in such a Crowdsourcing/Open Innovation context and other findings, comparing them with empirical data from other disciplines (e.g., management science).





Biocore


gilbertjacka:
#PLoS: Darwin Core: An Evolving Community-Developed Biodiversity Data Standard - awesome!! dx.plos.org/10.1371/journa…
Darwin Core continues to be integrated into new research communities. For example, the Nordic Genetic Resource Center (NordGen; http://www.nordgen.org) and Bioversity International (formerly IPGRI) (http://www.bioversityinternational.org) have sought to take advantage of Darwin Core on behalf of the European plant genetic resources and genebank community and, at the same time, share rich discipline-specific genetic resource information.

生物多様性データ運用基準『ダーウィン・コア』開発の進捗。遺伝資源データの拡張、GNA-Profileの統合等。




Darwin2009:
Molecular Ecology Special Issue: Social systems: demographic and genetic issues ow.ly/8skby
Animal societies are built on the two pillars of direct and indirect fitness; the former arise through cooperation and reciprocity, and the latter stem from kin selection and biological altruism. The exact role and correct interpretation of kin selection and inclusive fitness have been much debated recently…





Journalpcbi1002340g003


pvanbaarlen:
Very impressive: Genetic Co-Occurrence Network across 600 Microbes - functional coupling of genes to synthetic biology bit.ly/zujWiO




emblebi:
New computational technique reveals hidden genetic variants - Nature Genetics article w/ colleagues at TGAC and WTCHG: bit.ly/wtF1ID
Cortex makes it possible to compare many genomes using colour-coded de Bruijn graphs, and has already revealed new biological insights. For example, it was used in a joint assembly of over 150 genomes from the 1000 Genomes Project to show that each person has around 1.4 million DNA bases that differ from the “reference genome”; a significant amount of this divergence has a biological function.





Gos_main


WeigelWorld:
Database for "ecogenomic" data genomicobservatories.org
Our approach is to apply cutting-edge genomic technologies to observe the flux of genetic variation -- the Earth's "biocode" -- across human and natural ecosystems. We link these genetic data to other biophysical and socioeconomic data and integrate the resulting information in predictive models. These models aim to map the quality and distribution of biodiversity and the ecosystem services it provides under various scenarios of human activity.





synt_biology:
What happened to personalized medicine? : Nature Biotechnology : Nature Publishing Group bit.ly/xIUZVl
Personalized medicine falls a long way short of the predictive and preventative healthcare paradigm it once promised.




Equinox:
Ever wonder what your genes are trying to tell you? A new service exclusively at Equinox helps translate: buzz.mw/_3pdGu #Qblog
I handed my specimen to Berenc, who forwarded it on to Existence Genetics (EG), an LA-based company that developed what it calls a Nexus DNA Gene Chip, which purportedly can detect a large number of disease-causing variations in the human genome.





PathwayGenomics:
Pathway scientist collaborates with Salk Institute, helps discover gene crucial to lung and brain development cot.ag/zTwrif




Rcomputing:
Optimization for Finance with R r-bloggers.com/?guid=e25ed725…
The course covers Stochastic Programming, Optimization Methods in Finance (Quadratic and Integer Programming and Linear and Nonlinear Programming), Sparse Principal Components Analysis, and Kernel-Based Learning. There is also includes an introduction to the new ROI (R Optimization Infrastructure) package, which provides a unified interface to the many solvers available in R. Course slides (in English), R code and example data are all available at the course website linked below.


Optifin


Optimization in Finance: Linear and Nonlinear Programming (Stefan Kerbi)
>> http://t.co/7il35kXr [pdf]

・ asset liability management
・ portfolio selection (mean variance optimization)
・ risk management and again portfolio selection (actually the same: only variance substituted by a different risk measure)
・ pricing of options and hedging with derivatives, finding of arbitrage possibilities
・ via the intermediate purpose of statistics (e.g. ML-estimation)




Rcomputing:
Eisen and Elsevier have words over bill to end NIH Public Access Policy biostatmatt.com/?p=2041




SpringerSysBio:
Check out newly published Introduction to #Data Mining for the #Life #Sciences bit.ly/xGxByz. Great for beginners! #bioinformatics




Nbt2079f1


ayrrisbio:
#BigData in small places - Nature posts article regarding how to work with large data sets systematically bit.ly/wJlEOu HT @Kamou
In our experience, many biologists initially approach bioinformatics methods as a set of black box tricks in which the basic rules of rigorous experimentation somehow don't apply. Perhaps it is the mathematical comfort zone provided by E-scores and P-values that gives a false sense of absolute accuracy to the results of bioinformatics analyses, but it is puzzling how careful bench biologists turn into naive experimentalists once they sit at the computer.

Bioinformaticians can have the strongest effect on proper use of bioinformatics practices by helping in the design and execution of experiments and controls.





□ Twitterなどソーシャルメディアを辿って感染症の拡がりを即時的に追跡 / Correlation of socialmedia & epidemiology / Tracking infectious diseases on Twitter http://bit.ly/xnevnY

□ 昨年似たような論文を読んだ記憶があったなーと思ったら、こっちはTwitterが直接、感染経路に影響を与えるという内容だった / The Use of Twitter to Track Levels of Disease Activity http://www.plosone.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0019467

□ 正確にはこっちかも。感染症拡大時の情報に関するTweetのSentiment Scoreから影響を計量するという/ Assessing Vaccination Sentiments with Online Social Media l http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1002199







PublicAccessYAY:
Do you oppose #SOPA? Ask @DarrellIssa how he claims to support open internet while attacking #openaccess to science? bit.ly/y3w4ji



Klortho:
Article in The Atlantic on #rwa: "Why Is Open-Internet Champion Darrell Issa Supporting an Attack on Open Science?" bit.ly/zDx2OM



lessig:
Apologies and thanks to ISCB: They oppose the anti-open-access bill: maplight.org/us-congress/bi…




arxivblog:
World's Largest Quantum Computation Uses 84 Qubits techre.vu/x8pbsd




jeff_hayes:
Mobile Payments Could Replace Cash By 2016 yhoo.it/x53Wj1




□ Continuum Analytics.
Python, NumPy, SciPy for Big Data and High Performance Computing

>> http://www.continuum.io/




□ 社会性昆虫 - 細分特化されていないと考えられていた、ミツバチにおける労働階級の形成と身体的特徴の差異。/ Soldier Bees - It's Synthetic http://bit.ly/wk6Bb4




Prosym53 <object id="__sse10932561" width="350" height="374"> <param name="movie" value="http://static.slidesharecdn.com/swf/doc_player.swf?doc=prosym53-120110040117-phpapp01&stripped_title=prosym53-10932561&userName=pfi" /> <param name="allowFullScreen" value="true"/> <param name="allowScriptAccess" value="always"/> <param name="wmode" value="transparent"/> <embed name="__sse10932561" src="http://static.slidesharecdn.com/swf/doc_player.swf?doc=prosym53-120110040117-phpapp01&stripped_title=prosym53-10932561&userName=pfi" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" wmode="transparent" width="350" height="374"></embed> </object>
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□ 『第53回プログラミング・シンポジウムでデモを発表しました』- Preffers Research.

http://research.preferred.jp/2012/01/prosym53/

・ヒトの全塩基配列に対し,10000塩基中2000塩基が異なる塩基配列の全列挙でもそれなりの所要時間(100秒程度)で動くアルゴリズムを考案した
・それをライブラリとして実装し,使用するサーバーを作成した
・検索結果を閲覧するUIを実装した(このUIはjs_of_ocamlを用いて作成しました)





c_z:
CalIT2の巨大ディスプレイアレイやってるグループと協業する流れ。オフィスの壁を改造してディスプレイアレイを設置する事になりそう。そこにcytoscapeでネットワークやパスウェイを表示して実際に生物学者が使える環境に仕上げる事に。





OxfordJNLsJapan:
【掲載案内】「情報の科学と技術」の最新号にOUPのインド営業担当のKaushikが執筆した「インド学術図書館における電子リソース導入の傾向」の記事が掲載されています(和文)。 是非ご覧ください。  ow.ly/8p145








Chicane / "Thousand Mile Stare" - The Collectors Edition Box Set.

2012-01-08 07:03:53 | music12
1000milestare


□ Chicane / "Thousand Mile Stare" - The Collectors Edition Box Set.

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Windbreaks
Playing Fields
What am I doing here prt 1 (early demo male vox)
Flotsum & Jetsum

Release Date; 12/12/2011
Label; Modena
Cat.No.; MODENABOX5
Format: 2xCDs + USB Cassette
Note: Limited, individually signed collector’s edition

>> http://chicanemusic.co.uk/


>> tracklisting.

Thousand Mile Stare CD Album
01. Windbreaks
02. Thousand Mile Stare
03. Playing Fields feat. Kate Walsh
04. Going Deep (moogmonkey remix)
05. Goldfish
06. Flotsum & Jetsum
07. Super Mouflon
08. Going Deep (Original mix)
09. Fin des Jours



Demo USB/Cassette
01. What am I doing here prt 1 (early demo male vox)
02. Santanas
03. Where do i start (rough demo)
04. Jumbo
05. Playing Fields (beatless demo)
06. Stoned/hybrid (acoustic idea)
07. La Luna
08. The Bee
09. Flyover
10. 1000 mile (initial sketch)
11 1000 mile (alternate melody)
12 Offshore (live intro demo)
13 MoJavé



All Mixed Up
01. Offshore (Man called Adam Remix)
02. What am I doing here Prt 1 (McAuley & Walsh Remix)
03. Hiding all the Stars (Michael Woods Remix)
04. Locking Down (Dum Dum Project feat. The 1Shanti Remix)
05. Bruised Water (Adam K & Soha Dub)
06. Come Tomorrow (Soul Seekerz Dirty Dub)
07. Autumn Tactics (Thrillseekers Remix)
08. Come Back (Shockone Remix)
09. Where do I start (Armin Van Burren Remix)
10. Poppiholla (Freakazoid Remix)
11. Locking down (Niraj Feat Teymour Housego Remix)




1000mileboxphoto

“Thousand Mile Stare - the album, the remix album and the demo's form a very rounded picture of the artist, or artistry, which really equates to talent and bloody hard work.” -Louis, excerpt from A4 Booklet.



Chicane - Nick Bracegirdleをトランス・レジェンドの系譜に含めることに吝かでない向きも多いだろうが、今作のブックレットにあるように、彼の音楽性をジャンルで定義づけること自体ナンセンスだと認める人々もまた、クラブ・カルチャーとは無縁な所で多数存在することも確かだ。



"Thousand Mile Stare"においては、地球上至るところの国や人種の壁を超えて支持されて来た、Nickという人物の眼差す世界のアトモスフィア、あらゆる垣根を超えて展開され、人類の誰もが憧憬する、純粋で、儚くて、冷艶なまでの美を纏う近未来像が、その音色をもってして体現されている。


"Easy to assemble"、"Somarsault"、"Giants"において色濃さを増して来た、retro Disco/Funk influenceな懐古主義は、ここで一旦鳴りを潜め、"Thousand Mile Stare"を彩るのは、Chicaneのアイデンティティとも言える、繊細で淡いAmbientの音色と、独自の筆致で描き上げた先端のプログレッシヴ・ハウスへの回答とも受け取れるものである。


一方で、先行リリースされた"Going Deep"ではイギリスのラッパー、Aggi Dukesをフィーチャーし留まることを知らない実験への探究心も覗かせている。このMVもまた、彼の人気の爆心地となったIbizaなどの甘美なクラブ・カルチャーを、何処か下世話でDis的な視点で捉えており、Chicaneという一個のアーティストが辿った道程と、その時間に想いを至らせるに十分なアイロニーが込められているように感じる。






そんな欲望渦巻く光景とアンビバレントを築いている、遥か視界の彼方まで透き通ったガラス細工の広大な世界。それもまた、"Thousand Mile Stare"の向こうにある、音楽と人々の想像力を結びつける、果てを知らない地平の始まりに過ぎないのかもしれない。



一曲目"Windbreaks"は、お家芸の爽やか系アンビエント。どこか懐かしい感情を煽るベルの音色に誘われて、雲間から射す光のようなアトモスフィアが世界に色を与える。メロディラインが前作の"What Am I Doing Here?"からの引用。後半のドラムの疾走感が、これまでのイントロトラックと一線を画す。


track.2は表題曲。Solarstoneの"7 Cities"のリメイクといって良いほどソックリ。"Demos"では、序盤のピアノリフのスケッチや変遷が確認出来る。"Flotsum & Jetsum"でも、"Where do i start"の旋律がリユースされており、Chicaneの豊穣なインスピレーションと、その試行の数々を目の当たりに出来る。

こうしたことが叶う環境は、作曲家というアーティストの今後にとって良い影響を与えるだろう。この作品に未発表曲集である"Demos"が付随したのも、そういう意味では理にかなったことだと考える。



"Playing Fields"は、チル系ブレイクビーツ。2nd Behind the Sunの名曲"No Ordinary Morning"と同じリズムシーケンスを使用し、パッドも同系統。"Demos"ではBeatless Demoが確認出来る。Chicaneの薄雲を幾層にも重ねるような繊細なパッドの音色は誰にも真似出来ない。


"Goldfish"はエスニックなアンビエント。遥か地平を吹き渡る風のようなパッドに、Joseph Aquilinaの民族歌唱風のスキャットが情感豊かに漂う。アルバムを締めくくる"Fin des Jours"でも、彼のファルセットが響き渡るが、この声のあしらいは、最近Chill Outリスナーにも訴求している、Hammock等に代表される昨今のShoe Gaze/Post Rockバンドの趨勢を意識したものだとも感じられる。



"Demos"より、 "What Am I Doing Here (Early Demo Male Vox)"は原曲にはない展開があってジーンと来る。どうしてアルバムバージョンで、このパートがリジェクトされたのが不思議でならない。続く"Santanas"もイントロのコーラスで鳥肌。

"Jumbo"は神々しいパッドの光の中に教会風コーラスが降り注ぐ、哀愁の男性ボーカル曲。"Flyover"は単調だけれど、徐々に1st Album収録の"Red Skies"を彷彿とさせる展開に。ここでも冷艶なパッドの煌めきに目が眩む。


斯様に"Demos"では、未発表ながらも単曲として完成された作品が幾つかあり、此れ自体で、ファンならずとも聞き応えのある一つのアルバムとして聴ける要素が詰め込まれている。寧ろキャッチーさにおいては、どことなく淡く薄味な本編、"Thousand Mile Stare"を凌ぐ存在感があるかもしれない。



Remix CD、"All Mixed Up"では、名アレンジからレアリミックスまで、Chicaneの寡作ぶりにも関わらず、この15年余クラブを賑わせてきた新旧のトラックの「美味しいところ」が網羅されている。

特に一曲目の"Offshore (Man Called Adam Remix)" は、バレアリック・サウンドというGenreの確立に一翼を担ったと言えるほどの人気を誇る名曲で、これをTop Remixに推すファンも決して少なくはないだろう。


"Looking Down (Dum Dum Project ft.The Ishanti Remix")と、 同"Niraj ft.Teymour Housego Remix"は、それぞれ曲想をバングラビート、インド音楽風にアレンジ。ここでもChicaneのサウンドの通奏低音を奏でる、汎民族性というものに思い至る。



ちなみに、このBox Set。予約購入の先着700名弱は、記念ブックレットの裏面に"Early Birds"として名前が刻印されるのだが、私の名前は入っていなかった。安心した反面、少し寂しい気もする。その中に"Vangelis"の名前がさりげなく混ざってるが、マジなのだろうか?




*********************************************************************

Playing Fields (N Bracegirdle/K Walsh)

Softly the end of summer gives us her last rays,
To remember all the thunder of our glory days

Breaking through the clouds before us,
glimmers her last days.
Oceans mirror, light reflects horizons far away.

A sudden vision to turn this day around,
We'll keep hold of every fading summer.

Softly the end of summer gives us her last rays.
To remember all the thunder of our glory days.

Distance and time are moving,
gathering their speed
We are safe in here and now,
this moments all we need.

We'll climb the highest mountain we can find.
Will never let the lights go down around us……

When the day turns into night,
never let the sunset die.
You can feel your spirit fly.
We'll keep hold of every fading summer.

Softly the end of summer gives us her last rays.
To remember all the thunder of our glory days.

Distance and time are moving,
gathering their speed.
We are safe in here and now,
This moments all we need.

We'll climb the highest mountain we can find.
Will never let the lights go down around us……

*********************************************************

静かに夏は過ぎた 彼女の最期の光芒を遺して
忘れもしない 稲妻のように駆け抜けた輝かしい日々

その煌めきの残滓が 彼女の相貌が
雲を裂き 海を染めて
水平線の彼方を照らしている

突如、現実に引き戻されて
褪せていく夏に囚われた日々

距離も時間もせわしないけれど
立ち止まってみて
ほら ここなら安らげる
皆 この瞬間を求めているのよ

どんなに高い山だって登っていける
そこで見つけた煌めき もう手放さないで


夜のとばりが降りようとも
沈む夕日を諦めないで
魂が浮遊するのを感じるはず
過ぎていく夏に しがみついて







Article_Jan.1

2012-01-07 17:49:31 | Science News
<iframe src="http://videocast.nih.gov/embed.asp?file=16668" width="350" height="288" frameborder="0">browser does not support iframe</iframe>


□ NIH - From the 'Genetic Code' to the 'Genetic Code'

>> http://videocast.nih.gov/launch.asp?16668

ayrrisbio:
Eric Lander indicates that we need a cellular circuitry mapping project to go to the next level." bit.ly/xjdbkB /via @OpenHelix
"Gene-Gene Interaction and Gene-Environment Interactions which might mean The Current Models are overestimating squared."

Eric LanderのNIH講演。何を置いてもスピーチが上手過ぎて聞き惚れる。




>Washinschools


WaterAidAmerica:
Check out cool new website mapping #water, #sanitation, #hygiene in schools in 30+ countries! Share your data too ow.ly/8kVhF




□ Demonstration of temporal cloaking.

>> http://www.nature.com/nature/journal/v481/n7379/full/nature10695.html

Alternatively, it may be desirable to cloak the occurrence of an event over a finite time period, and the idea of temporal cloaking has been proposed in which the dispersion of the material is manipulated in time, producing a ‘time hole’ in the probe beam to hide the occurrence of the event from the observer.

物理:時間の中に消え失せる
プローブ光ビームの前半部を加速し後半部を減速することによって、空間ではなく時間に人工的に穴を作るというものである。Fridmanたちは今回、光ファイバーを用いた系で、そのような時間クローキングを実証している。


この系では、プローブビームに明確な乱れをもたらす事象が、時間クローキングを発動させると全く起こっていないように見える。この効果は、光を遅い(赤色)成分と速い(青色)成分とに分割して時間ギャップを発生させる時間分割レンズを用いて達成される。今回の時間クローキングはピコ秒(1秒の1兆分の1)の時間スケールで実現されたが、この結果は完全な「時空間クローキング」に向けた重要な一歩になるかもしれない。





strataconf:
How we communicate information: Visualization & Interface sessions at #Strataconf can help you do it right bit.ly/vZJmbY




GenomicsIo:
New NIH genetics center focuses its lens on exome, despite doubts zite.to/yJsU1C via @zite
Less than half of the more than 7,000 heritable diseases identified thus far have a known genetic origin. So, on 6 December, to help pinpoint the DNA glitches behind these disorders and thereby hasten diagnosis and drug development, the Bethesda, Maryland?based US National Human Genome Research Institute (NHGRI) and National Heart, Lung, and Blood Institute announced the funding of the Mendelian Disorders Genome Centers Program, part of a larger bundle of genomics grants totaling more than $400 million toward projects it has also supported in the past.


Increasingly, given technological advances, scientists are advocating whole-genome sequencing over exome sequencing. Although the latter only contains one-fiftieth of the sequence length analyzed, about the cost saving is only half, at around $2,500 compared with $5,000 for the whole genome. This is because it is more expensive and labor intensive to process genetic material for exome sequencing,

exomeシーケシングはWGSの50分の1の読み取りで済むが、コストはハーフカットに留まり労働集約的




genetics_blog:
AnnotCompute: annotation-based exploration and meta-analysis of genomics experiments database.oxfordjournals.org/content/2011/b… #bioinformatics @myen




sciencebase:
Notre Dame researchers demonstrate new DNA detection technique - bit.ly/zaOlJ0
Physicists Carol Tanner and Steven Ruggiero led the team in the application of a new technique called laser transmission spectroscopy (LTS). LTS is capable of rapidly determining the size, shape and number of nanoparticles in suspension.


the team describes how they applied LTS as a novel method for detecting species-specific DNA where the presence of one invasive species was differentiated from a closely related invasive sister species.





ayrrisbio:
"Data is the 4th paradigm of science" - @derrickharris gives insight on #BigData bit.ly/yvm5QO
5 deep insights on big data
Hadoop is great and companies need to start analyzing all their data lest they risk losing their competitive edge. Gotcha. But there’s a heck of a lot more to think





Bioinformatic5:
Updated: Biomedical Research Insider: Data Integration platforms - Research and Service Delivery - Oracle bit.ly/xPavyV
Certainly the 'Omics platform is indicative of their aim to get to work in the translation medicine area (described as the North Star of their current thrust) - but it's an undeveloped product, not even fully implemented at Moffitt as far as we are aware. And that will be its first implementation - Moffitt hinted that this was the missing component in the Oracle solution the first time round.

トランスレーショナル医療におけるオミックス・プラットフォームの実装に向けたOracleソリューション。




□ htSeqTools: High-Throughput Sequencing Quality Control, Processing and Visualization in R

>> http://ow.ly/8f064
>> Bioconductor: http://t.co/dDTpTbHz

We provide efficient, easy-to-use tools for High-Throughput Sequencing (ChIP-seq, RNAseq etc.). These include MDS plots (analogues to PCA), detecting inefficient immuno-precipitation or over-amplification artifacts, tools to identify and test for genomic regions with large accumulation of reads, and visualization of coverage profiles.





Rationaldesigncrispr

□ Rational Design of CRISPR RNAs that Function with the Cas RAMP Module Complex to Cleave RNAs http://bit.ly/wIlFur
We also present data that indicate that the Cmr complex cleaves an endogenous complementary RNA in Pyrococcus furiosus, providing direct in vivo evidence of RNA targeting by the CRISPR-Cas system. Our findings indicate that the CRISPR RNA-Cmr protein pathway may be exploited to cleave RNAs of interest.





□ Biobank UK prepares to open for business

>> http://bit.ly/wKf9vg

ROLL up, roll up: the biobank is open for business. Medical, lifestyle and genetic data from 500,000 middle-aged Britons is to be made available to medical researchers worldwide through the Biobank UK project, which has spent five years recruiting volunteers.





□ SOLiDSequencing:
Life Tech Provides SOLiD Platform for University of Strasbourg's Genomax Project ow.ly/8iuRo
According to Seiamak Bahram, head of Genomax and a professor of immunology at Strasbourg University Hospital, "hundreds" of blood samples have been sequenced on the SOLiD platform, providing "an invaluable insight into the most common diseases."

Life Tech社が、ストラスブール大学のGenomaxプロジェクトにSOLiDプラットフォームを提供。総額140万ドルの資金援助を得て、数千のサンプルを管理するトランスレーショナル・バイオバンクの構築へ。地方自治体からも投資かぁ




Mol_Med:
40 Most Awesome iPad Apps for Science Students. ow.ly/7S8VT
『理系学生がインストールすべきiPadアプリ40選』定番がズラリと並ぶが、ReferenceでWolfram Alphaが二位に甘んじたのが意外。BiologyにランクインしたGeneIndexHDは最近PLoSでも取り上げられてた。




□ Preparation of high-quality next-generation sequencing libraries from picogram quantities of target DNA

>> http://genome.cshlp.org/content/22/1/125.long

New sequencing technologies can address diverse biomedical questions but are limited by a minimum required DNA input of typically 1 μg. We describe how sequencing libraries can be reproducibly created from 20 pg of input DNA using a modified transpososome-mediated fragmentation technique.

20pgからのSequencing Library.トランスポゾソーム仲介断片化技術により、ごく微量の試料から解析が可能に。ピコグラムとは随分と大きく(小さく)出たな




GarrettCobarr:
Open Science is born, gets a Wikipedia page. Write, add value or edit. wthink.me/xPSFxB #OpenScience #OpenData




creativecommons:
Brazil's Open Gov Data Portal licensed under CC BY; beta for now, full launch in April - goo.gl/id9H2




Presidentsintwitter

□ Presidents in Twitter: (A Pint of R) /
“idea of checking out how Presidents are doing in twitter.” http://wp.me/p1jsKA-J




Rcomputing:
Example 7.17 in Introduction to Monte Carlo methods with R xianblog.wordpress.com/?p=14054




Aqp_sp5_demo_1preview

□ A Quick Demo of SoilProfileCollection Methods and Plotting Functions (R-bloggers) http://t.co/CSZqNxNC




CellCellPress:
Chimeric Monkeys : Tachibana et al. generate the first chimeras from a nonhuman primate, the rhesus monkey. ow.ly/8jDqB




PLoS:
On open access, open science and Congress storify.com/digiphile/on-o… via @Storify
Yesterday, I heard about a bill introduced in December in the House of Representatives entitled the "Research Works Act." The bill catalyzed an open conversation on Twitter between Tim O'Reilly and Darrell Issa about H.R. 3699.





yuifu:
平成24年度 産業技術関連予算の概要(経産省)(PDF) meti.go.jp/main/yosangais… "○革新的バイオマテリアル実現のための人工遺伝子合成技術開発" //今回予算がついた「人工遺伝子」ってこれか。





synobu:
個別のデータベースやアノテーション更新など, インフラとしてあって当然と思っている資源は, 自転車操業で成立していて脆弱なものであることが多い.

アノテーションへの既存オントロジー導入のメリット, 1) 対象領域の語彙母集団の見積もりをしなくてよい. 2) アノテーション構造設計に「妥当な制約」を与えてくれる. オントロジーがそういうものだから当たり前といえば当たり前.





dritoshi:
CLCbio 用マシンを MacPro にしたおかげで、ユーザには CLCbioやローカルで動くゲノムブラウザを使ってもらいつつ、それでは賄えない部分は、自作のパイプラインを裏にインストールして実行できて便利すぎる。Mac OS X は本当に素晴しい。





c_z:
例の北国に作った日本産クラウド、一部顧客のデータ完全ロストという障害が起こってるのか。ここでの立ち回り方で会社の将来が決まるんだろうな。





tkwsm:
面白いなあ。これが本当なら日本人社長は米国人社員を日本の会社のシステムに阿吽の呼吸で取り込むことにすら成功している。 「我々は彼らを完全にお客さんとして処遇する仕組みを構築している。」 business.nikkeibp.co.jp/article/topics…





n0rr:
どうせ避妊する現代で浮気の適応的意義なんて

たまに不倫で避妊しないバカがいるから困る。




□ 氾濫する研究分野の現場と、ビジネス開発を接着する鍵は、データの網羅的なモデルドリヴンによる利用しかないと思う。これには回帰的な作用があって、開発目標からも研究の利用価値からも双方の視点で結びつくことが出来る。ただ、成果の共有に付随するパテントの問題の解決と制度確立が難題になりそう








The Great Gift.

2012-01-01 09:41:04 | music11
Greatgift
(iPhone 4S; Camera; iPhoto.)



生を受容をする時、その無価値さを信じている。
そして、この無価値さを受容する時、
また、生を信じている。

私の言葉はすべて傷そのもので、
この裂け目によってのみ、私の形は縁取られている。




□ Tunes of the Day

□ Max Richter / "Perfect Sense" O.S.T.

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Luminous



□ Everett / "The Storyteller"

Siren





On a Tuning World