lens, align.

Lang ist Die Zeit, es ereignet sich aber Das Wahre.

Creating Civilizations.

2013-04-27 16:23:49 | Science
Creatingcvil


MrPrudence:
Creating Civilizations - Robert Strati http://creatingcivilizations.tumblr.com/ Architectural/mathematical/notational schematic fictions via @socks_studio




Hyperbrowser


(Genomic HyperBrowser server: Schematic overview: HBサーバの統計分析・生体仮説検定までの概略図。モンテカルロ法によるP値評価が適切か、漸近計算を用いるかをシステムが決定し、最適化する )


□ The Genomic HyperBrowser: analysis web server for genome-scale data:
ゲノムスケールのデータ分析の為のオープンエンドWebサーバ。統計分析と仮説検定をシステムに包括

>> http://m.nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/04/29/nar.gkt342.full

The Genomic HyperBrowser (http://hyperbrowser.uio.no) is an open-ended web server for the analysis of genomic track data. Through the provision of several highly customizable components for processing and statistical analysis of genomic tracks, the HyperBrowser opens for a range of genomic investigations, related to, e.g., gene regulation, disease association or epigenetic modifications of the genome.





Swirl


□ RT @ScienceNOW: Breathtaking image of a hurricane swirling around Saturn's north pole pic.twitter.com/kDePPEIidW

土星の北極の嵐を捉えた衛星写真が凄すぎる。神威を感じる。




OBLIVION GFX Montage from GMUNK on Vimeo.



□ OBLIVION GFX Montage: (Bradley G Munkowitz/GMUNK) 今や国際的に引っ張りだこのグラフィック・デザイナー集団、GMUNKによる映画『オブリビオン』の為のモニターデザイン。ライトテーブル綺麗




□ Race, Poverty and Deprivation in South Africa: 南アフリカにおける人種、貧困、物的困窮:

>> http://jae.oxfordjournals.org/content/22/2/187.full.html

If a factor were likely to be the main contributor to the higher income and material deprivation of Africans, it would be education.

この所得分布や物質的剥奪濃度曲線を導いている“反実仮想分析”は、ベイズを用いた統計的因果推論の一つ。




Extremedb


□ ExtremeDB: A Unified Web Repository of Extremophilic Archaea and Bacteria

>> http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0063083

ExtremeDB is a freely available web based relational database which integrates general characteristics, genome-proteome information, industrial applications and recent scientific investigations of the seven major groups of 865 extremophillic microorganisms. The search options are user friendly and analyses tools such as Compare and Extreme BLAST have been incorporated for comparative analysis of two or more extremophiles and determining the sequence similarity of a given protein/nucleotide in relation to other extremophiles respectively. The effort put forth herein in the form of database, would open up new avenues on the potential utility of extremophiles in applied research.
極限性古細菌・微生物の統一レポジトリ。非情報系研究者に高度なUIを提供する流れの成果




□ ReviSTER: An automated pipeline to revise misaligned reads to simple tandem repeats

>> http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2013/05/15/bioinformatics.btt277.short

遺伝子座タンデムリピートを推定し配列のエラーを修正するプログラム




□ ACCUSA2: Multi-purpose SNV calling enhanced by probabilistic integration of quality scores

>> http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2013/05/16/bioinformatics.btt268.short




□ Fighting against uncertainty: An essential issue in bioinformatics

>> http://arxiv.org/abs/1305.3655v1

estimation problems on high-dimensional discrete spaces in which the number of possible discrete solutions is immense. In the analysis of biological data or the development of prediction algorithms, this uncertainty should be handled carefully and appropriately.

In this review, I will explain several methods to combat this uncertainty, presenting a number of examples in bioinformatics. The methods include (i) avoiding point estimation, (ii) maximum expected accuracy (MEA) estimations, and (iii) several strategies to design a pipeline involving several prediction methods.



m_hama:
Briefings in Bioinformatic に、バイオインフォマティクスの推定問題における解の不確実性に関するレビュー論文がアクセプトされました。プレプリント版はarXivから入手可能です


Bioinformaticsの推定問題については、つい先週NIHから、P-valueやAUC推定の不安定さを指摘する論文が出てましたね The limits of p-values for biological data mining http://www.biodatamining.org/content/pdf/1756-0381-6-10.pdf




□ Global Bioinformatics Market Expected to Hit USD 7.5 Billion by 2017

>> http://www.biotechdaily.com/business_news/articles/294746327/global_bioinformatics_market_expected_to_hit_usd_75_billion_by_2017.html

バイオインフォマティクス市場は五年後に75億ドル規模に。収益は解析ソフトウェアと分析サービス。無数のツール、ペタバイト級商用プラットフォーム(GenoMiner等)、ストレージギャップに言及。でも統一規格が現れたら、ある程度収斂しそう




□ Elsevier Launches Genomics Data App in Collaborate with Illumina in BaseSpace: エルゼビアとイルミナが大規模ゲノムデータ共有アプリを立ち上げ。レビュー容易に http://www.prnewswire.com/news-releases/elsevier-launches-genomics-data-app-in-collaboration-with-illumina-208421961.html




DailyNewsGW:
ICR, Wellcome Trust, Illumina Launch Clinical Genetic Testing Effort http://bit.ly/13BV8Qq




GigaScience:
"squishome" in @biomemagazine Paving the way to large-scale biodiversity research: Xin Zhou on PCR-free metabarcoding http://www.biomedcentral.com/biome/paving-the-way-to-large-scale-biodiversity-research-xin-zhou-discusses-pcr-free-metabarcoding/




physorg_com:
#RNA capable of catalyzing electron transfer on early earth with #iron's help, study says http://phy.so/288172502 @georgiatech




ProMED_mail:
PRO/AH/EDR> MERS-CoV - Eastern Mediterranean (05): Tunisia ex Saudi Arabia/Qatar, fatal, RFI http://bit.ly/115pDlC




Too


□ Life Before Earth

>> http://arxiv.org/pdf/1304.3381v1.pdf

at biosemiotics perspective: Linear regression of genetic complexity, origin of life = 9 bn yrs ago
Linear regression of genetic complexity (on a log scale) extrapolated back to just one base pair suggests the time of the origin of life = 9.7 ± 2.5 billion years ago. Adjustments for potential hyperexponential effects would push the projected origin of life even further back in time, close to the origin of our galaxy and the universe itself, 13.75 billion years ago.

Evolution of advanced organisms has accelerated via development of additional information-processing systems: epigenetic memory, primitive mind, multicellular brain, language, books, computers, and Internet. As a result the doubling time of human functional complexity has reached ca. 20 years. Finally, we discuss the issue of the predicted "technological singularity" and give a biosemiotics perspective on the increase of life’s complexity.
ゲノム長と片対数グラフから、生命の起源は90億年前(地球形成よりも前)とする説。さりげにENCODEプロジェクトにも言及w 生物活性をメモリ、自己触媒をコーディング要素として哲学ぽい


physorg_com:
Researchers use Moore's Law to calculate that #life began before #Earth existed http://phy.so/285498237




□ Evolvability Is Inevitable:: Increasing Evolvability without the Pressure to Adapt:

>> http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0062186

種の進化に選択圧や生存競争は無関係?遺伝子型空間を介在した進化モデルを数理シミュレート。表現型発散と分布の受動ドリフトモデル 。
Why evolvability appears to have increased over evolutionary time is an important unresolved biological question. Unlike most candidate explanations, this paper proposes that increasing evolvability can result without any pressure to adapt.

The insight is that if evolvability is heritable, then an unbiased drifting process across genotypes can still create a distribution of phenotypes biased towards evolvability, because evolvable organisms diffuse more quickly through the space of possible phenotypes.

Furthermore, because phenotypic divergence often correlates with founding niches, niche founders may on average be more evolvable, which through population growth provides a genotypic bias towards evolvability. Interestingly, the combination of these two mechanisms can lead to increasing evolvability without any pressure to out-compete other organisms, as demonstrated through experiments with a series of simulated models.

Thus rather than from pressure to adapt, evolvability may inevitably result from any drift through genotypic space combined with evolution's passive tendency to accumulate niches.


私は幼い頃から直観で信じていたのだけど、それぞれの生命種が「何かをする為に、何かを進化させることはない」ということ。なぜなら、それはシステマとモチベーションが前後交錯した詐術に近いのだから。ただ意志というものが感じられるなら、それは予め決定論的にビルドインされた機能の影なのだと。

数千年先の未来、何世代も崖に住み続けたペンギンの中に、飛べるようになるものが現れるかもしれない。その偶然は恰も、ペンギンが飛ぶことを願って適応したという意志が感じられるのかもしれない。


EurekAlertAAAS:
Computer scientists suggest new spin on origins of evolvability : http://ow.ly/ksFKU




□ Kolmogorov Complexity of Categories: programming language for describe categories, functors & natural transformations http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-38164-5_25




□ Open Questions: A logic (or lack thereof) of genome organization:

>> http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1741-7007-11-58.pdf

ゲノム組成における論理の欠乏。統計的アプローチでは相互作用に関する推定に不利。機械論的仮説ではどうか
Many approaches to the question have looked for statistical signatures of sequence under selective constraint. However, selection could, for example, be on the process of transcription not the product of transcription. A stronger, or perhaps complementary, approach is to start with a mechanistic hypothesis.





TechnionLive:
DNA and other biomolecules combine to create computing power, capable of solving equations and ? someday ?... http://fb.me/2EkGbm0j2




□ Discovering how we evolved: Evolving genes lead to more evolving genes:ヒト進化を促すFOXP2調節遺伝子。GC含量、再結合速度の比較にバイオインフォマティクス応用 http://sangerinstitute.wordpress.com/2013/05/21/discovering-how-we-evolved-evolving-genes-lead-to-more-evolving-genes/

FOXP2 in Europeans, but not in Asians/Africans. Does this mean that Europeans have enrichment conferring a different advantage?

The selected genes have multiple roles in cellular development, signalling, reproduction and immunity. Selection of these genes in Europeans is more likely to reflect local population adaptations to the climate, diet or pathogens that they encountered as their ancestors spread across Europe after splitting from the ancestors of Asian populations.




sangerinstitute:
Surprising discoveries about human development revealed by Qasim’s technique to find selection signatures. bit.ly/10LZjHs #evolution

ゲノミクスやジェネティクスやBioinformaticsで「○○が出来るようになる」ネタは面白いけど、統計をとったくらいで「ある遺伝子の進化への作用が分かる」というのは、詐術に近い部分が大きいのではないかと思う。作用系の数理的体系の確立がないから、統計的手法に縋るのであって




□ Algebraic classifiers: a generic approach to fast cross-validation, online training, and parallel training http://jmlr.org/proceedings/papers/v28/izbicki13.pdf




n0rr:
Implications of fidelity difference between the leading and the lagging strand of DNA for the acceleration of evol. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3472163/




□ RNA-seq Workflows & Tools: various workflows for analyzing differential gene/exon/isoform expression w/ RNA-seq data http://figshare.com/articles/RNA_seq_Workflows_and_Tools/662782




□ NIH is losing $1.7 billion from sequestration and other cuts, lowering its budget to $29.15 bn: グラントがNIH依存なのも考えものかな http://news.sciencemag.org/scienceinsider/2013/05/sequesters-5-cut-rolls-through-b.html




ins20:
政府 「日本版NIH」構想で臨床試験・治験のDB構築へ:  菅義偉官房長官は22日の産業競争力会議で、6月中旬にまとめる「健康・医療戦略」の骨子を提示した。 http://bit.ly/16PQa9Y




tjvision:
Too clever by half. Software for Bayesian analysis of biogeography from UC Berkeley named... BayArea. https://www.datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.8346r




□ Vertebrate Taxonomy Ontology: extinct/extant comprehensive hierarchy. Based on the NCBI, PaleoDB, TTO & AmphibiaWeb http://bioportal.bioontology.org/ontologies/50317/




□ http://re3data.org launched: registry of research data repositories: funding organizations, libralies, publishers http://www.re3data.org/




□ Ubiquitous clinical sequencing: finding rare disease mutations: The data are much easier to share, process and query http://www.biomedcentral.com/biome/ubiquitous-clinical-sequencing-matthew-bainbridge-talks-about-finding-rare-disease-mutations/




DFID_Research:
Integrating Global and National Knowledge to Select Medicines for Children: The Ghana National Drugs Programme http://ow.ly/lhf0J




□ The Ultimate Biotech Diversification Strategy: The $80bn behemoth has increased by intriguing compounds into pipeline http://www.fool.com/investing/general/2013/05/26/the-ultimate-biotech-diversification-strategy.aspx




Krionarheim:
Will gov. make progress? Building a More Equitable Global R&D System http://blogs.plos.org/speakingofmedicine/2013/05/24/demonstrating-progress-building-a-more-equitable-global-rd-system/ … @SuerieMoon @jarottingen @PLOSMedicine #WHA66




□ First GWAS hits for cognitive ability: SNPbased heritability estimates significant fraction of total genetic variance http://infoproc.blogspot.jp/2013/05/first-gwas-hits-for-cognitive-ability.html




isatools:
ORCID codefest 2013 http://wp.me/pXDzM-8p




cytoscape:
cytoscape.js 2.0 released! JavaScript library for network visualization. https://groups.google.com/forum/?hl=en&fromgroups#!topic/cytoscape-discuss/GV2vr4d4EQI




bioclinica:
Data importing/exporting and integration considerations. http://ow.ly/lnJa2




□ Bioinformatics Law examines legal issues associated w/ tools, procurement& licensing, in-house&contracted development http://apps.americanbar.org/abastore/index.cfm?pid=5450067&s

Locust / "You'll Be Safe Forever"

2013-04-22 19:43:00 | music13
Ybsf



□ Locust / "You'll Be Safe Forever"

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>The Flower Lady
The Washer Woman
Corporal Genesis

Release Date; 16/04/2013
Label; Editions Mego
Cat.No.; eMEGO 162
Format: 1xCD, Vinyl, iTunes

>> http://www.markvanhoen.com

>> tracklisting.

01. Fall For Me
02. I Hear A Quiet Voice
03. Strobes
04. The Worn Gift
05. Just Want You
06. Remember
07. Oh Yeah
08. Do Not Fear
09. More Like Prayer Than Science
10. The Washer Woman
11. The Flower Lady
12. Subie
13. Corporal Genesis


All titles composed, produced & performed by Louis Sherman & Mark Van Hoen
Voices by Jennifer Restivo & found sources
Recorded at Woodstock Electric NY 2012
Front cover: Amanda Charchian
Design: Stephen O’Malley





印象派電子音楽として90年代テクノ・アンビエントシーンでカルトな支持を集めたMark Van Hoenの、実に12年ぶりとなるLocust名義によるアルバム。本名名義で2011年に発表された"The Revenant Diary"に続き、アヴァンギャルド・ドローン系のサウンドを急進的にプロデュースするEditions Megoからのリリースとなる。



Locustの音色と言えば、20世紀前半から連綿と続く前衛音楽史の古い香りを漂わせながら、当世的とも言えるエッジの効いたビートワークやサンプリングを熟し、かと思えば妙にキャッチーなメロディを挟み込んで来たりと、どこか捉え所のない、分裂的な狂気と暗鬱とした詩情を渾然一体にしたシュールな魅惑を放っている。

宗教音楽、民族音楽等のエスニック素材も、プリミティブな心象を共鳴させるための内面の表現として用いられ、それはあたかも前衛芸術の方法論にも似ている。



"You'll Be Safe Forever"では、そんなLocustの特徴はそのままに、前時代的とも言えるアナログな音色(Alesis Andromeda, ARP Axxe, and Crumar Orchestrator等を使用)は、昨今のソフトウェア技術により、更に有機的に繋がり、繋ぎ目のない滑らかな悪夢と、纏わり付くような体温を具現化している。



今作は、過去にもコラボレートしたことのある、ブルックリンを拠点に活動する作曲家、Louis Shermanとの連名による作品となっている。楽曲の素材の多くは、Mark Van Hoenが2006年までに制作したものを用いており、Shermanのスタジオで即興の肉付けやアレンジが行われたという。このあたりの制作過程は"The Revenant Diary"を踏襲したものとも言える。


"You'll Be Safe Forever"は、アルバムの前半と後半で楽曲のトーンが光と陰のように別れている。"Fall for Me"から"Oh Yeah!"までの7曲の流れは、やや硬質のビートに官能的な囁きやヴォーカル、曲間にドローン系の小曲を挟むという構成。繊細なプログラミングは、当世的なエレクトロニカ作品とも言える。

Locust名義でヴォーカル曲を中心に据え、Trip Hopの名盤となった"Morning Light"を彷彿とさせるプロダクションでもある。



毛色が変わるのは"Do Not Fear"からの6曲。
オペラ風の女声コーラスのリードで、女優Jennifer Restivoのナレーションが囁く"Do not Fear"から、1950年代のレトロなSFムービーのBGMのような"More Like Prayer Than Science"。"Do Not Fear"はUlrich SchnaussがRemixを提供している。


"The Washer Woman"では、電子音の歪みが徐々に拡大し絶頂を迎えた瞬間、一気に荒涼とした空間が拓けるような、壮大なブルガリアン・チャントが鳴り響く。罅割れたビートから民族歌唱のループ、そして気味の悪いピチカートが印象的な"The Flower Lady"は、まさしくアルバムのハイライトと言って良い秀逸の楽曲。


"Subie"のやたら小気味の良いベースと、狂ったようにうねるオブリガードのアンバランスの妙が斬新。そして"Corporal Genesis"では、反転モノローグと冷たいアトモスフィアの中、ついに悪夢から醒め切らぬまま意識が遠のいて行くような、絶望感と多幸感を同時に覚えるようなアンビエント・ドローンと仕上がっている。



印象的なジャケット・アートは、Los Angelesで活躍し話題を集めている女性フォトグラファー/アーティスト、Amanda Charchianによる作品『The Mistress of Magic Holds Your Heart While You Sleep』。その悲嘆とも恍惚ともつかぬ涙を湛え生温かい影に抱かれる女性像は、まさに作品を聴くものの心象風景を捉え、その眠りの内まで離さないだろう。







Banco de Gaia / "Apollo"

2013-04-19 07:12:29 | music13
Apollo2



□ Banco de Gaia / "Apollo"

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Lamentations
All Sleeping
Hu!

Release Date; 08/Apr./2013
Label; Disco Gecko Recordings
Cat.No.; DSCGCKDIG013 / GKOCD012
Format: 1xCD / Digital

>> http://www.banco.co.uk

>> tracklisting.

01. Lamentations
02. Wimble Toot
03. Eternal Sunshine
04. For Such a Time
05. Apollon
06. Hu!
07. All Sleeping
08. Oreia
09. Acquiescence


All tracks written by T. Marks
except Lamentations and Acquiescence,
written by T. Marks and Z. Mahdi-Nau.


Additional musicians:
Lamentations: Vocals by Zhenia Mahdi-Nau
Wimble Toot: Saxophone by Matthew Jenkins
Hu!: Additional drums by Ted Duggan
All Sleeping: Flutes by Tim Wheater; Violas by Patrick Dunn; Guitar by Toby Marks
Acquiescence: Vocals by Zhenia Mahdi-Nau


Lamentations and Acquiescence originally written for Ancient Skies: www.ancientskies.info

Mastered by John Dent at Loud Mastering
Artwork by Dave Whitehead
except
Front cover design based on "Apollo and the Muses on Mount Helicon" by Claude Lorrain.
Original photograph (c) 2012 Museum of Fine Arts, Boston
Used with kind permission.





□ Apollo Album Preview Mix








□ "Wimble Toot" Official Video




東欧・中東・アジアの民族音楽を素材に、摩訶不思議なエレクトロニク・ミュージックを奏でる、Banco de Gaia (Toby Marks)の凡そ7年ぶりとなるOriginal Album。

2000年代におけるヒューマン・ライツの問題意識に根ざしたようなシンプル・シリアスな路線とは打って変わって、"The Magical Sounds of Banco de Gaia" (1999年)頃までのような、奇々怪々で妖気に溢れた、ある種パレード音楽的な様相を呈している。



1990年頃からエスニックな音源サンプルを駆使したBanco De Gaiaの音楽は、当時Enigmaなどがセンセーショナルなヒットを放った欧州クラブシーンの潮流にのって、特にアンダーグラウンドで絶大な支持を得たという。(デビュー当時の音源は、民族音楽のサンプル元の権利問題によって殆どお蔵入りとされている。)


その作風の親和性から、後年のゴア・サイケトランスの勃興に与えた影響も決して無視出来ないと考えられるが、Toby Marks本人は目もくれず、独自のアンビエント美学を貫いている。ただし、2004年の"You are here"では、とりわけ"Zeus No Like Techno"という曲において、当時人気の絶頂にあったJuno Reactorからの如実な感化も見受けられる。




これまでもチベット仏教やエジプト音楽など、あらゆる民族伝承を扱って来たBanco De Gaiaにとって、ギリシャ・ローマ神話というのは格好の素材だ。ここでの彼の音楽は、往時の豪胆さ、エナジー、斜に構えたウィットとユーモアセンスに長けており、叡智の神々の悪ふざけを描くに相応しい筆致に仕上がっている。



ジャケットアートに、クロード・ロランの『ヘリコン山のアポロンとミューズ』が引用されているが、人間のあらゆる知的文化活動の象徴である9人のミューズ(ムーサ)を統べる存在として、Apolloは畏怖と豪放さを纏った非常に繊細な性格をもって表現される。

このアルバムの"Apollon"という曲においては、そんな彼の飄々とした、しかし好奇心と情熱に満ちたモチベーションを実に牧歌的なタッチで捉えている。



しかし同時にアポロンという神は、恒に悲恋に呪われた男性格でもあった。愛した女神には拒絶され、彼女らは決まって命を落とす。時には自ら命を奪ってしまうという境遇を描くように、このアルバムは"Lamentations (哀歌)"の薄昏い幕開けを迎える。


このDead Can Dance、Lisa Gerrad風のスキャットは、Z. Mahdi-Nauという女声パフォーマーによって演じられている。彼女は絵画・芸術評論も嗜むアーティストであり、Ancient Skiesというバンドを率いている。"Lamentations"並びに"Acquiescence"の二曲は、同グループの作品をToby Marksがアレンジしたもの。

"Acquiescence"は『不本意な合意』、『諦め』というように、アルバム全体を覆う陽気さとは裏腹に、どこか神々の悪戯な振舞いの末路、その恨めしさや哀しさを表象するような、不穏で胸を揺さぶる響きを伴っており、"Apollo"の物語を非常に鮮烈に印象づけている。



"All Sleeping"では、"You are here"においても披露した、Toby Marksのシリアスなメロディメイクのセンスも堪能できる。ビザンチンチャント風の導入から、アジアのエスニック素材のマリアージュで構成される"Wimble Toot"では、前半の不協和音からトライバル・パーカッション、終盤のサキソフォンに至って、熱に浮かされた狂気の宴を高らかに謳歌するようで、この悪趣味さは流石にBanco De Gaiaの面目躍如と称えたい。



"Oreia"では、Banco de Gaiaが得意とする御馴染みのベースラインが浮上し、ギターやドラムなどの配剤から、バンドとしてのBanco de Gaiaの一つの到達点を示している。



1990年代中期から2000年代まで、6 degrees Recordsなどに代表されるエスノ・クロスオーバーなクラブミュージックの流行を支える一本柱であったと言っても過言ではないBanco de Gaiaの存在感は、アジアやインドの民族音楽にしろ、誰でも容易にグローバルな音楽に触れることが叶うこの時代に、まだ未踏の幻想郷が残されていることを示してはいないか。



神話の時代から語り継がれる神話。テクノロジーという幻灯機によって反復され、増殖を繰り返す神々の悪戯、翻弄される人間の普遍的な様式図。

ジャケットアートには、ロランの絵のほかに、NASAによる太陽の日蝕と、もう一つのシンボルが重ねられている。Toby Marksは、このアートワークの背後に込められた長大な物語を、近々公開する予定だとしている。