Article_Jul.1

□ Google I/O 2012 Keynote: ISB genomics application: Google Compute Engineによる、Exacycle技術とRF-ACEコードを用いたヒトゲノム解析並列化処理の可視化デモ

>> https://developers.google.com/compute/io

The demo he showed is a joint effort between Google and the Institute for Systems Biology (ISB). For the first demo, we ported ISB’s genomics research application to run on Google Compute Engine’s Linux virtual machines using a total of 10,000 cores (1250 8-core VMs). This port required little effort because Google Compute Engine offers an environment that is similar to ISB’s own cluster.

□ What Can Systems Theory of Networks Offer to Biology?

>> http://t.co/wB9TODZW

a framework to examine this notion of controllability via the controllability gramian, a matrix that captures how directions in the nodes' configuration space are attainable with a given external input [11]. The controllability gramian not only reveals the efficiency and time critical nature of steering the network, but also has a statistical significance in terms of its connection with measurement covariances and their determinant, the network entropy.

□ Xenome: A tool for classifying reads from xenograft samples: 異種移植片の配列データの分類、相同性評価。k-merベースの計量。ChIP-SeqとMeDIP-Seqにも応用可能。　http://www.genomics.csse.unimelb.edu.au/product-xenome.php



□ de Bruijn Graphベースのアセンブリはともかく、ホモロジー解析においてk-merを適用すると、コンティグが別物と認識されてIsoformを取りこぼすけど、アルゴリズムに手を加えると補正出来るよ！　というようなソースを読んだ記憶。




□ Crosslinking-MS analysis reveals RNA polymerase I domain architecture & basis of rRNA cleavage：クロスリンクマップとPol I核ホモロジーモデル http://nar.oxfordjournals.org/content/40/12/5591.full

RNAポリメラーゼ.Iのドメイン構造を質量分析から得たクロスリンク・マップから同定して、結晶構造を配置。三次元の大規模アセンブリ構造を導出し、Pol I及びPol IIの切断活性を評価。Pol IIIトポロジーデータと比較することで、三種のポリメラーゼの機能とアーキテクチャを解明

この"Crosslinking-MS analysis"という手法、他の適用例を検索してみたけど、他のDNA(RNA)領域におけるドメイン構造のホモロジーモデリングには応用できないかな？




□ RSeQC: Quality Control of RNA-seq experiments: RNA-Seq統合Rツール。PCRbias、GCbias、シーケシング深度、カバレッジ均一性の評価… SAM/BAMインポート、可視化モジュール code.google.com/p/rseqc/




□ BioStarQuestion:
Select contigs for quantification after assembly of RNA-Seq short read data? http://goo.gl/fb/K2tmD




□ VoSeq: A Voucher & DNA Sequence Web Application: User friendly database designed for day to day use in phylogenetic... http://www.plosone.org/article/metrics/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0039071




□ rnomics:
#RNA and its ionic cloud: solution scattering experiments and atomically detailed simulations #F1000 http://bit.ly/LyY4s8




□ Genomicswatch:
BGI demonstrated genomic data transfer at nearly 10 gigabits per second ... - http://Phys.Org http://bit.ly/MFSwJX
BGIが米中間で10Gbpsのゲノムデータ転送をデモンストレート。




□ NuGEN Announces 2012 Genomics Grant Challenge: Supporting NGS Studies with $10,000 Reagent Grant: 試料調整ソリューション非機密研究にグラント marketwatch.com/story/nugen-an…




□ Programmable DNA Scissors Found for Bacterial Immune System: CRISPR/CAS免疫システムによるゲノム編集 / 任意のDNA配列切断の為のRNA及びタンパク質プログラミング。 http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120628193020.htm?utm_medium=twitter&utm_source=twitterfeed


□ Programmable RNA Complex Could Speed Genome Editing in the Lab: CRISPRシステムによるRNAプログマラブルDNA切断酵素。こっちはハワードヒューズのニュースリリース。 http://www.hhmi.org/news/doudna20120628.html




□ Interacting mutations promote diversity: 遺伝的多様性とランダムフィットネス・パラメータの相関。新しい変異株が集団と併存する周期と相互作用。コンピュータ・モデルによる解析。 http://www.mpg.de/5876547/mutations_diversity




□ Text Mining Medicine: historic medical archives to discover knowledge that could inform today’s biomedical research http://the-scientist.com/2012/06/25/opinion-text-mining-medicine/
医療アーカイヴの知識と過去史料をつなぐ必要性。最新の『研究・臨床データ』が、過去の知見や資料と統合されることで、医療言語の語彙や非構造化テキストの矛盾、情報の過誤とリスクを再評価出来るという視点




□ New Role For RNAi Discovered: Epigenetic memory may pass RNA silencing from 1 generation to the next: エピジェネティックメモリの恒久遺伝 redorbit.com/news/science/1…




□ Open problems in next-gen sequence analysis http://goo.gl/zC0gN



□ GENOSPACE:
Dana-Farber Informatics Team Launches GenoSpace to Link Genomic and Clinical Data via the Cloud http://t.co/DpaNazQv




□ PacBio:
Read Case Study: "The Next Frontier in Assembly ? Long Reads Offer Finished Genomes" with @mike_schatz http://pacb.com/pdf/CS_The_Next_Frontier_Assembly.pdf




□ i_314:
MethDB is a database for DNA methylation data. http://www.methdb.de/ #epigenetics




□ bioontology:
Interesting - will these start appearing in ontologies? The stunning healthcare hashtag project for disease http://vsb.li/DTxdY2




□ genomigence:
InSequence: New Illumina Kits will Streamline Workflow, Lower DNA Input, Increase Multiplexing: read more http://bit.ly/NSd3ho




□ BiotechGuide:
Pakistan desperately needs innovations like biotechnology http://sns.mx/YJhYy1




□ RyanMFierce:
Oracle rolls out #cloud apps for clinical trial recruitment http://bit.ly/LkAuuJ $ORCL #in #biotech #pharma




□ Microattribution & nanopublication as means to incentivize the placement of human genome variation data to public domain
http://t.co/icBiEQi9




□ RNA-Seq and human complex diseases: recent accomplishments and future perspectives: Hybridization- and tag-based… http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2012129a.html




□ Synthetic antibody libraries: designed synthetic DNA that facilitates the use of highly optimized human frameworks... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/22735944/




□ Awesomics:
Translational Bioinformatics: Discovering new drugs & diagnostics from 300 billion data points (Atul Butte, NIH video) http://youtu.be/o4KNG7nd938




□ sysbio:
Simultaneous Genome-Wide Inference of Physical, Genetic, Regulatory, and Functional Pathway Components: PLoS Com... http://bit.ly/OnGVEV




□ Qiagen Acquires Intelligent Bio-Systems, Maps Out Sequencing Strategy: キアゲンがIBS買収。Mini-20の展開に向け同社ワークフローやHANAプラットフォーム統合へ http://www.genomeweb.com/sequencing/qiagen-acquires-intelligent-bio-systems-maps-out-sequencing-strategy




□ Imaxio boosts genomics capacity with new equipment to prepare samples for high-throughput sequencing: http://pharmabiz.com/NewsDetails.aspx?aid=69805&sid=2

ImaxioがAgilent Bravoプラットフォームを本格的に技術吸収。三月頃のAffymetrixとLeicaの合同開発に続き、シーケシングプラットフォームの提携、プロトコルを最適化・自動化するという動きは、今後も活発になりそう。




□ eXpress: Streaming quantification for high-throughput sequencing: EMアルゴリズムに基づく、ターゲット配列定量化のためのストリーミング・ツール。メタゲノム分析等を含む http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html




□ iwasakiw:

文部科学省 科学技術・学術審議会 ライフサイエンス委員会（第67回）議事録、19-40ページにかけてバイオインフォマティクスに関する議論が展開されています。 http://www.lifescience.mext.go.jp/files/pdf/n1034_00.pdf

□ iReport: an integrated, one-step tool for the statistical analysis & biological interpretation of gene-expression data http://www.genengnews.com/new-products/gene-expression-analysis/4382/
伝子発現解析のためのワンステップツール。RNA-Seq、リアルタイムPCR、マイクロアレイ解析データの統合、双方向レポートを提供




□ phylogenomics:
The Tree of Life: Nice review on HiSeq/MiSeq rRNA sequencing from Caporaso et al #microbes http://goo.gl/fb/uhA0q




□ Reconstruction of Ribosomal RNA Genes from Metagenomic Data http://t.co/kPs6gSKx




□ rtginvestigator:
Cross-cultural collaboration to sequence 1000 rare diseases is announced @BGI_Events @ChildrensPhila http://bit.ly/LleShY




□ pta277:

携帯が送金を通じた遠距離リスクシェアリングを促進するという実証が出始めたけど、携帯は人の移動をそもそも活性化するという、武藤さんによる携帯シリーズ第2段：http://jae.oxfordjournals.org/content/early/2012/04/16/jae.ejs009.abstract

□ AIP_Publishing:
Vacuum nanoelectronics: Back to the future??Gate insulated nanoscale vacuum channel transistor http://ow.ly/bSWmA