lens, align.

Lang ist Die Zeit, es ereignet sich aber Das Wahre.

2011 WHO Atlas of Health Statistics - Africa.

2011-10-29 10:31:04 | Science News
Whoatlasafrica



PLoSMedicine: WHOによるアフリカ大陸の健康統計アトラス、2011年度版が発行
2011 WHO Atlas of Health Statistics - Africa bit.ly/oajjoK Everything from under 5 mortality to % of popn who are mobile subscribers




□ Patents, diseases and access to health exploring global/local networks of intellectual property law in African public health http://www.genomicsnetwork.ac.uk/forum/events/seminars/title,25155,en.html




genomicsnetwork:
Reminder! ESRC Genomics Forum Autumn & Winter Seminar Series - eepurl.com/gwVIn




Schematic_representation_of_human_m


AIP_Publishing:
Understanding the complexity of the Lévy-walk nature of human mobility with a multi-scale cost/benefit model #AIP_CHAOS ow.ly/74WdG
地理的距離毎に隔てた三領域に関して、人間の確率分布状況とモビリティに発現するレヴィウォークモデルの複雑性を、人口変位のマルチスケールコストと利益モデルから読み解く。
This rich and suggestive interpretation of human mobility may characterize other complex random walk phenomena that may also be described by a N-piece fit Pareto distributions with increasing integer exponents. This study also suggests that distribution functions used to fit experimental probability distributions must be carefully chosen for not improperly obscuring the physics underlying a phenomenon.

Article3に示されたスキーマ図が面白い。short-day都市内trip、稀なMulti-day trip、近隣都市への中距離tripそれぞれの齎す人口変位への影響と幾何学的制約を表現。人間の移動状況の統計的性質の予測と利益現象をランダムウォークに適合させようとする試み




NEXTERION: SCHOTT TGS GmbH
We have published our new newsletter, this time a special about high sensetivity slides. Enjoy reading: p0.vresp.com/kEA1o0




NatureJapan:
Nature Highlights: 制御可能な自己テンプレーティングによる階層構造形成 nature.asia/nG2EVE




SAGRudd:
bioKepler project to create genomics scientific workflows = NSF funded competition against #bioinformatics industry? genomeweb.com/informatics/ns…




wyattsgirl:
Xconomy catches onto DNANexus story and genome data xconomy.com/san-francisco/…




□ DNAnexus, With Google Ventures and TPG’s Cash, Seeks Edge in $100B Genome Computing Market @Xconomy - http://xconomy.com/?p=160835




□ Illumina Leads $8M “strategic financing” Investment in GenoLogics to Help Manage DNA Data Overload @Xconomy - xconomy.com/?p=160964




Twitterandvaccination


PLoSCompBiol:
Twitter may influence the spread of disease - health - 17 October 2011 - New Scientist bit.ly/roYbvO (PLoS CB bit.ly/qbO0Fu)
Twitterのトラフィックが、インフルエンザの拡散に及ぼした影響を計量。所感スコアの判定が気になるが有意に見える。
There is great interest in the dynamics of health behaviors in social networks and how they affect collective public health outcomes, but measuring population health behaviors over time and space requires substantial resources. Here, we use publicly available data from 101,853 users of online social media collected over a time period of almost six months to measure the spatio-temporal sentiment towards a new vaccine.





tonets:
Algorithms for Molecular Biology | Random generation of RNA secondary structures according to native distributions almob.org/content/6/1/24…



Hmmer3bench


□ MSVアルゴリズムを用いたプロファイル型隠れマルコフモデル検索の加速。BLAST程度に高速化 RT @tonets: PLoS Computational Biology: Accelerated Profile HMM Searches http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002195
These methods are assembled in a pipeline in which high-scoring MSV hits are passed on for reanalysis with the full HMM Forward/Backward algorithm. This accelerated pipeline is implemented in the freely available HMMER3 software package.

Performance benchmarks show that the use of the heuristic MSV filter sacrifices negligible sensitivity compared to unaccelerated profile HMM searches. HMMER3 is substantially more sensitive and 100- to 1000-fold faster than HMMER2. HMMER3 is now about as fast as BLAST for protein searches.





Sagebio:
We have to overthrow idea it's a diversion from "real" work when scientists do high-quality research in the open on.wsj.com/vf3yg9




PLoSCompBiol: ISCBの提言により、米国を始めとする中等教育にバイオインフォマティクスを組み込もうという動き。教師へのリソースの提供も
Bioinformatics: Starting Early bit.ly/vw7qSJ New collection on teaching bioinformatics in high schools




Citationinlogscale


genetics_blog: Stephen Turner
PLoS: Persistence and Availability of Web Services in Computational Biology plosone.org/article/info:d…




□ [PDF] Pharmacogenetic testing affects choice of therapy among women considering tamoxifen treatment http://genomemedicine.com/content/pdf/gm280.pdf




YusukeKomiyama:
7会場パラ. 数値計算, エネルギーソリューション分野もあるみたい. #matlabexpo MATLAB EXPO 2011開催!社内外の講演者が通信、信号処理、制御設計に役立つ最新機能をご紹介します。 matlab.my/pN9Bzt via @MATLAB_jp




EMBL_Events:
Registration is now open! EMBO Conference Series: Visualizing Biological Data (VIZBI 2012) 6 - 8 March 2012 - vizbi.org/2012/




□ 個人ヘルス・アシスタントとしてのSiri。緊急救命時にも役立ちそうなレスポンス。"How do I lose 10 pounds"にも的確に回答w Siri: iPhone’s new personal health assistant? http://shar.es/buDec




32nm:
Siri 試してみた。あれの裏側は wolframAlpha かと思った。readwriteweb.com/archives/apple…





gaou_ak:
Siriの音声認識もセマンティクスマッチングも回答データベースも実に素晴らしいのだが、見えないところで言うと、アプリケーションレイヤーでのAPI制御が徹底できている点がすごい。これはOSX以外の他のOSが真似できないところだ。


相互運用性の上で何ができるか、を考える上で、MacOS Xの「サービス」とSiriを考えるといろいろ示唆に富んでいる。バイオインフォマティクスにおいても。MobyやSADIの上にSiriができるだろうか。SW/LODでは?





_masaka:
Has Siri's tech been published in academic papers? b.qr.ae/nTm40d 機械学習によるタスク補助関連論文等多数。蓄積の成果。リンクされている特許の解説には未来図が(?@_masaka)これもRoemmele




EricTopol:
The relentless march of IBM Watson into healthcare...a good thing! bit.ly/uXiJZw




dritoshi:
イルミナが提供するNext-generation sequencing 用 cloud-computing 環境。MiSeq に対応しているが、将来的には HiSeq やほかのプラットフォームも使えるようにするとか。バクエンドはAWSら… htn.to/rXnvKN




ayrrisbio: Ayrris社の提供するcloud-baseのRNA-seq環境
Here are the details on our RNA-Seq analysis --> bit.ly/rrQ6bV




portablegenomic:
Illumina’s newest version of its MiSeq desktop sequencer reflects the Apple-inspired integration | Xconomy shar.es/bcc08




genomesunzipped:
Debating the future of genome sequencing in medicine at the #ICHG2011 conference bit.ly/pK1bTZ




taxacom:
Robert Guralnick [Taxacom] Biodiversity Informatics Training Workshop --- announcement tinyurl.com/5t9zdkh




biochem_fan:
開発中のWebGLによる分子ビューアは、三次元モデルの生成部とUI部(マウスによる視点移動など)を切り離しているので、後者だけを独立して利用することも可能である。そこで、Marching Cube法による三次元スカラー場の等値面ビューアを作ってみた。そのうち公開予定。


JmolはレンダリングにJava3Dなどを使わず、自前でZバッファ方式のレンダラを実装している。これはPCでは依存性が少なくなるという強みであるが、AndroidのようにCPUが弱い環境では、極力ハードウェアを利用する実装にしたほうがいいのではなかろうか?





synobu:
BioPortal Annotaorサービス. 入力した文章のどのタームがどのオントロジーのタームにヒットしたかを一覧表示してくれる. #nbdc_wlt bioportal.bioontology.org/annotator




PhysicsNews:
Collaborative physics: String theory finds a bench mate ow.ly/73c1L #physicsnews




NatureJapan:
地球温暖化防止のための目標の達成可能性を検証する (Nature Climate Change): NPG Nature Asia-Pacific nature.asia/nKALvy




□ Assessing Risk & Return: Personalized Medicine Development & New Innovation Paradigm: Kauffman Foundation shar.es/b4zZt @KauffmanFDN
As the biopharmaceutical industry faces declining productivity and innovation, personalized medicine?the concept that a person’s genetic makeup could be used to tailor medical care to that individual’s needs?offers promise for increasing economic returns, according to “Assessing Risk and Return: Personalized Medicine Development & New Innovation Paradigm.”





c_z:
こういうものが論文になるってのも凄いな。それだけ知識共有(の手法)の重要性がサイエンスで高まっているってことか。 RT @yokofakun: THE BIOSTAR PAPER !!!! ploscompbiol.org/article/info:d…




larry_parnell:
The curious case of SNP rs2880301. How an initial GWAS hit at 10e-218 (triglycerides) became a minor detective story bit.ly/sI2H2W




□ [Video Lecture] Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA http://www.jove.com/video/3340/single-read-and-paired-end-mrna-seq-illumina-libraries-from-10-nanograms-total-rna?utm_source=dlvr.it&utm_medium=twitter




Dev_journal:
Open Access: Reprogramming capacity of Nanog lies in DNA-binding domain that appeared in common vertebrate ancestor. bit.ly/tLVxBV




ExistenceG:
To test or not to test: How genetic testing affects your health insurance - insurancequotes.com/health_insuran…




ForbesTech:
Engineering Entrepreneur Alex Dickinson Takes Illumina Into The Cloud - Forbes onforb.es/u2AGsL




OxfordJNLsJapan:
【医学】Nicotine & Tobacco Researchより:タバコ企業が隠していたタバコの発がんリスクに関する文書の分析。 oxford.ly/o1We6v #cancer #smoking




OxfordJNLsJapan:
【生物学・医学】Cerebral Cortex誌より、優秀な学生が計算の不安をいかに克服するかの脳研究 oxford.ly/oh2ZNu #mathematics #anxiety #education




rnomics:
Guide to aligning #RNA seq data: The purpose of this... bit.ly/sOE21e #Transcriptome_Assembly_Tools #RNA_Seq #rnaseq #RNA-seq @MyEN




koboldpupil:
確率論で使われる「ランダム」とは一体何を意味するのか。確率論の専門家に聞いてもバラバラの意見がかえって来るのですが、バラバラの意見を持っていると意識している人は少ないようです。ついでにいえば力学系で使われる「ランダム」も謎の表現です。RT @metaphusika:





PLoSONE:
New study tracks traders' understanding of the stock market using e-communication data bit.ly/uqnsvd




DailyNewsGW:
Biodesign Institute Wins $6.5M to Expand Biorepository: read more bit.ly/ocvzkA
The Biodesign Institute at Arizona State University will use a $6.5 million grant from the National Institutes of Health to expand its biorepository that supports researchers working under the Protein Structure Initiative's (PSI) structural genomics consortium.





portablegenomic:
Whole genome sequencing report by PHG Foundation: lot of useful informations, little about DTC-Genomics shar.es/bjoMO




kaori_yoshida:
Mendeley→bibtex→BibDesk で文献管理 RT @keitabando: HOWTO: Use #Mendeley to create citations using LaTeX and BibTeX. shar.es/bY0oM




Magnetic


AIP_Publishing:
The effect of electrostatic shielding using invisibility cloak #AIP_ADV ow.ly/78hfB




akf:
総額でいえば学振よりもすごい.応募資格に国の縛りはないので,日本の学生も出せるかも. : Facebook’s Fellowship Program for Current CS Ph.D. Students cccblog.org/2011/10/29/fac…




dritoshi:
生物系はあの分厚い The Cell (4.6 cm) を勉強しないと揶揄されがちだが、Learning Python (4.3 cm), PRML (4.6 cm) も十分厚く、そのあたりを全部読まないとならないバイオインフォマティクス研究者が一番大変であるという仮説はどうか?





freemusicarchiv:
"Why I Went CC-BY" bit.ly/ooLTyi Composer @ChrisZabriskie on why he removed the "NonCommercial" from his #CreativeCommons #ccmusic




appliedgenomics:
Forboding post from @nealunger of @fastcompany on the theft of Israel's a 9-million-strong biometrics database: bit.ly/uzqWMf




DailyNewsGW:
NIH Funds ASU's DNA Synbody Reagent Project: read more bit.ly/sIH4np




DailyNewsGW:
Synthetic Genomics, Plenus Form New Company to Leverage Genomics for Agricultural Applications: read more bit.ly/vyNKLc




yag_ays:
書いた "SAMtoolsのためのzshの補完関数 at WolfEyes Bioinformatics" yag-ays.jp/blog/archives/…



yag_ays:
gmapについてlocal wikiに書いてたメモに少し追記して書いた "SAM形式で出力できるアラインメントソフトウェア「GMAP」のセットアップと簡単な使い方 at WolfEyes Bioinformatics" bit.ly/sPNzAM




NCBI:
CDTree (protein domain hierarchy viewer/editor) is now bundled with Cn3D v.4.3 (macromolecular structure viewer): 1.usa.gov/svhY0g




_shk:
NBDCが作る統合DBに必要なオントロジーをまず模範的に作るのがいいんじゃないでしょうか。NBDCのDBガトップレベル的で、粒度は末端に行くに従って細かくなっていくので。





Republic, Lost from lessig on Vimeo.



lessig:
I just uploaded "Republic, Lost" on Vimeo: vimeo.com/31009503




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BioMedCentral:
Reading: Why video games are key to modern science ow.ly/76E5X #science #research #oa




Iswc2011


ISWC is the major international forum where the latest research results and technical innovations on all aspects of the Semantic Web are presented.

□ The 10th International Semantic Web Conference #ISWC2011 #COLD2011

>> http://iswc2011.semanticweb.org/home/




bioontology: NCBO
RT @FrankVanHarmele: Slides & scripted text from #ISWC2011 keynote http://www.cs.vu.nl/~frankh/spool/ISWC2011Keynote/






open_for_change:
MT @FrankVanHarmele: "Linked Data for the 4.5 billion people without web access": slidesha.re/vmvBhU #iswc2011



koujikozaki:
2)途上国向けLD利用端末 “@nobuotto: 同じくです RT @takechan2000: え?どうやって?RT @koujikozaki WebなしでLDを使えるようにしよう!という活動の紹介(途上国向. #ISWC2011” yfrog.com/klninuxj





secoresearch:
RT @ivan_herman: P Groth and Y Gil, Linked Data for Network Science bit.ly/owxcJg #iswc2011 #lisc2011 #linkeddata




frankolken:
Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems #ssws2011 (at #iswc2011) proceedings can be found at bit.ly/pG1y8n




takechan2000:
さてLinked Scienceとはなんでしょう?いまのところ最初のトークはバイオの巨大データ(シーケンサーとか)のワークフローの話。2番目はネットワークデータの分析を簡単にするツールの話。 3番目は世界規模のgeodataの扱いについて。 #lisc2011




takechan2000:
@koujikozaki Open Universityの諸々の学生用システムをLDでつなぐ.かなり大規模なチームでデータの収集を行っている.data.open.ac.uk で,データを公開.#iswc2011 #cold2011





ISWC2011:
Vote for the Linked Data-a-thon applications userpages.uni-koblenz.de/~cms/survey/in… #ldthon2011 #iswc2011




laroyo:
Petland's expectations: (1) to derive maximum value individuals need interoperable ontologies --> market forces for semweb #iswc2011




LinkedScience: Tomi Kauppinen
Sebastian Nordhoff on defining dialects, languages, and language families . #LISC2011 #ISWC2011 CEUR-WS.org/Vol-783/paper7…


takechan2000:
[Nordhoff] 人類学者?世界の言語・方言の取り扱い方。言語をsubsumptionのツリーで表現する。へえ、、、#lisc2011





lysander07:
wrt. 'Integr. Video Lectures DS' at #yovisto we have semantic time-based annotations for +10.000 videos bit.ly/shHlBs #iswc2011




phaase:
Our Conference Explorer wins Linked Data-a-thon Best Demo Award - thanks to all who voted! #iswc2011 #linkeddatathon iwb.fluidops.com:7880




ak07: Arne Kunisch
Linked Data Browser: check out Visor (Alpha) at visor.psi.enakting.org from Igor Popov available for Chrome, Firefox, Safari #ISWC2011


Visor Tutorial Video from Igor Popov on Vimeo.



Igor Popov: There is also a short video introduction to Visor that you can see here http://vimeo.com/24174055 #ISWC2011 #ontology #visualization







Linked Open Data チャレンジ Japan 2011.

2011-10-19 22:47:58 | Science
Loddatasets_20110919_1000px
(The Linking Open Data cloud diagram.)


□ Linked Open Data チャレンジ Japan 2011.

>> http://lod.sfc.keio.ac.jp/challenge2011/index.html

「Linked Open Data チャレンジ Japan 2011」では、これまで見られなかった新たなデータづくり、データを共有する仕掛けや、データの活用アイデアなどを「作品」として募集します。作品の分野は問いません。異なる分野のデータをマッシュアップした作品や、様々な分野でLinking Open Data運動を進めている方々の活動も作品として募集します。また、企業がビジネスとして推進している作品、個人や学生の皆さまからの発想豊かな作品など、幅広い応募を期待します。





BMC_series:
A hitchhikers guide to the Galapagos - probably the best titled research we've ever had at #BMCEvolutionaryBiology: bit.ly/pW0nGW




CellCellPress:
Why is the NIH building sequencing centers in Africa? To reverse the neocolonial imprint on foreign-funded research? bit.ly/pAMxLu




CaliperLS:
@Caliperls Kevin Hrusovsky talks about Benefits Of Mapping The Human Genome with Fox Business. bit.ly/q0NYHu via @foxbusiness




BioSpace365:
Biochemist salary data. http://j.mp/qgNRzm #salaries #biotechcareers #research




takechan2000:
情報オブジェクトと非情報オブジェクトに扱いまで言及。これは僕的には言い過ぎだとおもうけどなあ... @fumi1 CIDOC Recom. for Object ID for LOD bit.ly/qbwaI6





metamx:
O'Reilly interview with Metamarkets' CTO Michael Driscoll, discussing the Big Data stack (at Strata 2011) bit.ly/pIll5z




tkwsm:
@dritoshi GenBankに"PYTHAGORASWITCH"をクエリーにblastpしたら、D-alanine--D-alanine ligaseが、PYTHAGORASという配列を持っていることがわかりました。単位ください。





NatureJapan:
Nature Highlights: アンチセンスで運動ニューロン疾患のSMN2を救済 nature.asia/qgGh2C




eurogene:
How Much Are We Missing in SNP-by-SNP Analyses? "important genetic variants can be obscured" 1.usa.gov/qUO8EL




AIP_Publishing:
Anatomy of a bit: Information in a time series observation http://ow.ly/6PI3z #AIP_CHAOS




genome_gov:
New study: NIH Undiagnosed Diseases Program diagnoses patients whose cases have stumped all other MDs. http://qoo.ly/7au




AIP_Publishing:
Smartphone apps win spot on satellite launch #AIP_PT http://ow.ly/6PgIF


Kolmostatics

AIP_Publishing:
Kolmogorov similarity scaling for one-particle Lagrangian statistics #AIP_POF http://ow.ly/6Qvlv




_masaka:
How Siri Works ? Interview with Tom Gruber bit.ly/owkxWI 例の音声対話型検索がAI利用とはグルーバーの仕事だったのか。タスク、データ、アーキテクチャの焦点を絞ったのが成功要因と。SWとの関係興味深い。昨年の記事





kota_kasahara:
学生が論文アブストラクトの対訳をやっているんだけど、ある程度量が貯まったらdomain-specificな機械翻訳用のコーパスとして使えるんじゃないかなあと思ってる。





Hypios:
$20,000 problem has just been solved on Hypios: finding new incentives to reduce energy consumption. #openinnovation #crowdsourcing




tri_iro:
初日-11:ステファン・ルルー『無限点列ナッシュ均衡』……マーティンのボレル決定性をナッシュ均衡に拡張。これをボレルじゃなくて任意の部分集合に変えたら決定性公理と同値になるのかな。選好順序とか出してきたので社会選択理論かアローの定理の話でもするのかと思ったらそんなことはなかった。





yokofakun:
"Journal of Biomedical Semantics at BioHackathon 2011" blogs.openaccesscentral.com/blogs/bmcblog/…




TriLinkBioTech:
Selective Fluorometric Detection of Pyrophosphate w/ Copper(II)-2, 6-Bis(2-benzimidazolyl)pyridine Complex bit.ly/nc5Xuz




Watertrimer

AIP_Publishing:
Communication: Rigorous calculation of dissociation energies (D0) of the water trimer, (H2O)3 and (D2O)3 #AIP_JCP ow.ly/6Sr8N




DailyNewsGW:
Golden Helix, Expression Analysis Team on Cloud-based Solution for RNA-Seq Analysis: read more bit.ly/ppsyx6




BioMedCentral:
Journal of #Biomedical Semantics at #BioHackathon 2011 ow.ly/6TLl4 #JBiomedSemantics




gaou_ak:
MarkのBioHackathon 2011のサマリー、G-language Groupの説明が一番充実してる!bit.ly/rbYL6Y





dritoshi:
NGS解析ソフト CLC Genomics Workbench はアカデミック、固定1ライセンスで、625,000円の永久ライセンス。アップグレードするには別途、年間保守ライセンスを定価の20% (125,000円)を購入するそうです。goo.gl/n6hpw





riv7: ??? ▼
#PNAS Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae pnas.org/cgi/content/lo…




Linkedtv

_masaka:
Linked Literature, Linked TV ? Everything Looks like a Graph bit.ly/r5Omr0 120万の番組評価データ、1400万の書誌データをMahoutで解析、Gephiで視覚化、考察。実に盛り沢山




Ichgpostere1317946714742300x249



□ International Congress of Human Genetics 2011

>> http://www.ichg2011.org/


scienceblogsRSS:
23andMe blog: 23andMe Scientists Head to Montreal for ICHG/ASHG, Eh: The joint 12th International Congress of Hu... bit.ly/nac2gt




portablegenomic:
Gagner son Exome, c'est aujourd'hui possible: Join 23andMe at ICHG/ASHG 2011 - a Chance to Win an Exome! shar.es/boRSf #health20fr




lukejostins:
DW: All "so called complex disease" has a mitochondria etiology. Illustrate with a mendelian mtDNA disease. Hmm #ICHG2011

EW: Epigenomic screening can be diagnostically useful EVEN IF we don't understand it. e.g. machine learning #ICH2011




GenomicApps: Affymetrix, Inc.
D.Walace.CHOP. Sum of energy flow=sum of information=evolution. #ICHG2011 #Affx




dritoshi:
R + Bioconductor がインストールされた Amazon Machine Image. Amazon Elastic Compute Cloud や EC2 で動かせる。 / “Bioconductor - Cloud A…” htn.to/234uUN





Vaastid

genomeresearch:
N Schork discusses VAAST ID of disease variants genome.cshlp.org/content/21/9/1529.full #ICHG2011




lindaavey:
DNAnexus Raises $15 Million, Teams With Google To Host Massive DNA Database via @techcrunch techcrunch.com/2011/10/12/dna…




genome_gov:
Chakravarti: HapMap was success, now in phase 3, led to 1000 Genomes Project whose samples are used all over the world #ICHG2011




deannachurch:
MT @NCBI updated human genome annotation (GRCh37p5) is now available in the NCBI Map Viewer. 1.usa.gov/qvXnXj #ICHG2011 booth 217




La_bella_principessa

OxfordJNLsJapan:
レオナルド・ダヴィンチの悲劇の肖像画” La Bella Principessa”を再発見。j.mp/r7o7UF




biochem_fan:
jsdo.it/biochem_fan/qp… > WebGL による分子ビューア. 蛋白質のPDBファイルを読み込んで主鎖を曲線で表示できるようにしたものを公開。 @magic_kanata





tri_iro:
4日目-6:レッティンガー『計算可能曲線』…計算可能な方法で描ける曲線の限界とはいったい……うごごご。この類の話で優先法を使うのは珍しいので、個人的には計算可能性解析の中で(証明技法という意味で)一番注目している研究。しかし現状まだ結果的にも技法的にも未成熟なので、今後に期待。





Interwihsker

PLoSCompBiol:
Inter-whisker timing ploscompbiol.org/article/info%3…




lifesciNYC:
[Interesting] 3 of top 10 institutions in molecular bio & genetics in NY cshl.edu/images/stories… @RockefellerUniv @sloan_kettering @CSHLnews
TOP Institute: Cold Sprrng Harbor Laboratory / Citations Per Paper: 103.01




NatureJapan:
人間の行動を変える効果のある映画作り (Nature Climate Change): NPG Nature Asia-Pacific nature.asia/r9syDw




dancing_infobio:
第25回生体生命工学研究会は特別講演1題,一般講演5題で10/26(水)14:00~ 工学部電気情報応物系1号館103号室で開催します.特別講演の講師は,システム生物学の若手ホープ,慶應義塾大学の荒川先生です. #東北大学





irenehames:
Open peer review & open access being discussed today by journal editors, excellent speakers bit.ly/pPswN0 , follow at #ISMTE2011 #li


trished:
Caroline Sutton #ISMTE2011 Time for publishers to focus on uses and reuses of OA articles (& data) and ways to build mineable knowledge





reiver:
PLoS Computational Biology: Monkeys and Humans Share a Common Computation for Face/Voice Integration ow.ly/6Y36s




TiPSc_news:
@Trends_Ecol_Evo Paleoecoinformatics: applying geohistorical data to ecological questions bit.ly/pahLbf




the_Node:
Bad news, part 2: European Court bans patents based on stem cells. (on the Node, via @eurostemcell ) fb.me/JW3Y5zD5
The European Court of Justice has today announced a landmark decision banning patenting of inventions based on embryonic stem cells. Several senior stem cell biologists have expressed their concern that the verdict, which is legally binding for all EU states, will drive development of stem cell therapies outside Europe.





eurostemcell:
Could patent ban drive research on stem cell therapies outside Europe? More on the European Court patent case verdict: bit.ly/orEXVG




ca_tweet:
Google Refineを活用してメタデータをLinked Data形式に変換する“Free Your Metadata” current.ndl.go.jp/node/19336

>> http://freeyourmetadata.org/




NatureJapan:
時間の量子論的解釈と相対論的解釈の峻別 (Nature Communications): Telling quantum and relativistic time apart nature.asia/pYDWK5




GenesDev:
G&D Research Highlights: Structural basis for histone H3 Lys27 demethylation by UTX/KDM6A - bit.ly/nyseVt




Riulinks

Research2Action:
Embedding #research into use ideas in the #policy space: The case of RIU Nigeria and SierraLeone. ow.ly/70zmJ via @DFID_Research




Articlepolio

PLoSMedicine:
Predictive model developed for polio: bit.ly/nhDZMx




cc_jp: CreativeCommonsJapan
「ヨーロピアナ(Europeana)、全てのメタデータをCC0ライセンスで公開する新たなデータ交換協定を採用」 creativecommons.jp/weblog/2011/10…
Towards a new Europeana Data Exchange Agreement
Europeana supports open re-use of the metadata provided by our content providers and aggregators




takahashim:
カレントアウェアネス・ポータルにRubyKaigiのURLが載っているのは感慨深い current.ndl.go.jp/node/19338





32nm:
Siri 試してみた。あれの裏側は wolframAlpha かと思った。readwriteweb.com/archives/apple…

We first ran into Siri nearly two years ago now and since then the company has been on a tear. During this year's SXSW Interactive, we quickly pegged it to run away with the BizSpark Accelerator competition and soon after it was acquired by Apple. Now, a partnership with Wolfram Alpha can really bring Siri to the next level.








This Moment.

2011-10-05 19:22:30 | music11



□ Nic Chagall Feat Jonathan Mendelsohn / "This Moment (Original Edit)"



This Moment

ずっとこの瞬間だけを望んでた
見送ってくれるのなら微笑みをむけてほしい
あきらめようとしても 引き返してしまうんだ
心が道筋を覚えてしまっているから

ずっとこの瞬間だけを求めてたんだ
想い出をなぞるだけの日々
もし取り戻すことが出来るのなら
追いかけずにいられない
ずっとこの瞬間だけを望んでたから


何もかも空回りのまま
こんなに遠くまで走り続けた
翼はとっくに捥がれてたんだ
あとは地面に打ち付けられるだけ

甘い物語の苦い終わり
もう会うこともない かつての友人たちみたいに
この想い出を消すなんて どうしても出来ないよ
いっそこの中に閉じ込めてくれ
鍵は君が持っていて


ずっとこの瞬間だけを望んでた
見送ってくれるのなら微笑みをむけてほしい
あきらめようとしても 引き返してしまうんだ
心が道筋を覚えてしまっているから

ずっとこの瞬間だけを求めてたんだ
想い出をなぞるだけの日々
もし取り戻すことが出来るのなら
追いかけずにいられない いられないよ
ずっとこの瞬間だけを望んでた
この瞬間だけ…







Theories of Systems with Limited Information.

2011-10-01 14:58:52 | Science News


□ Caslav Bruker: Theories of Systems with Limited Information
 Content - Quantum Theory and Beyond.

>> http://www.fqxi.org/community/articles/display/157

量子情報とランダムネスの概念の接続。宇宙の有限なストレージは、粒子のエンタングルメントの状態をエンコードするには不足しているため、ランダムな値を生成する?

Brukner and Zeilinger have analyzed how information can be stored in an entangled system. For example, it would take two bits of information to jointly encode entanglement into two particle spins, so that they are parallel to each other.

Once those two bits have been exhausted, there is no more storage space to encode extra spin information into either of the two entangled particles individually, says Brukner. As a result of this lack of extra encoded information, measuring the spin of one of the pair must yield a random value, while the spin of its partner will be immediately fixed, regardless of distance.



alphatucana:
Quantum mechanics may be random because the Universe lacks the storage space for exact results: http://ow.ly/6DS65




DainaChaviano:
#quantum #physics - Speed-of-light results under scrutiny at Cern -- goo.gl/injsk @quantum_tunnel @NJPhysics @FQXi @neiltyson




Nimblefigure


BioInfo: Nimblegen、イルミナ、アジレントのプラットフォームにおける、exome-seqとWGSのパフォーマンス比較
Performance comparison of exome DNA sequencing technologies #genomics #ngs ping.fm/Bn7K3




GenomeBiology:
More from our exome sequencing special issue: how do Agilent and Roche NimbleGen capture kits compare? bit.ly/pLBtFH #genomics




Japan National Institute of Genetics examines Hadoop for DNA / Genome Sequencing (Sanger's Burrows-Wheeler Aligner) #Bioinformatics #genomics

yaskaz:
日立と国立遺伝学研究所、ゲノムデータの処理へのHadoop適用を検証 - ニュース:ITpro nkbp.jp/oPF1zB #itprojp



OpenJDSF:
Hadoopでゲノム解析データ処理環境、コスト5分の1に 日立: japan.zdnet.com/cio/case-study… #MIC #Storage
今回の検証では、日立エントリーブレードサーバ「HA8000-bd/BD10」でHadoopの特長であるスケールアウトに適した検証環境を構築し、ゲノム解析プログラムはSanger研究所開発の「Burrows-Wheeler Aligner(BWA)」を使用した。





regvulture:
Revolution speed stats on Hadoop clusters: R language teaches 'meaningful' math to elephants. Revolution Analytics, … http://reg.cx/1R0U




ichiro_satoh:
続き。Hadoopの処理は負荷変動が大きく、負荷時も全リソースを使い切るわけでない。そうなるとHadoop専用クラスタよりも、パブリッククラウドを使うか、他用途のシステムに間借りする方がいいはず。

続き。Hadoopの最大の懸念は、Apache内の主導権争い。GoogleはMapReduce特許の利用をApacheにだけ許しているので、Apache以外でMapReduce実装は難しい。そうなると各社ともApacheなかで自社に都合がいい拡張を始めることになる。





promega:
The De-Ubiquitinylating Enzyme, USP2, Is Associated with the Circadian Clockwork and Regulates Its Sensitivity to Light http://ow.ly/6Fjty




rnomics:
FDM: a graph-based statistical method to detect differential transcription using #RNA-seq data:... bit.ly/puf0To #lifesciences @MyEN




BioInfo:
#NGx YY: Talking about SeqGene for RNA-seq and Exome with focus on protein coding and regulatory regions. bit.ly/pkQwBK




tonets:
Gephi, an open source graph visualization and manipulation software http://gephi.org/




LifeTechSelect:
Reversing Aging Process Of Human Adult Stem Cells Possible http://ow.ly/6EZJ3 via @mnt_stemcell






mndoci: Deepak Singh
Slides from #awsgenomics slideshare.net/mndoci/high-pe… #HPC #AWS



mndoci: Deepak Singh
A complete framework for parameterizing and solving dynamic programs. https://bitbucket.org/stevejb/dpsolve/src by @stevejb (cc @jeffbarr ) #AWS




TriLinkBioTech: 宇宙活動中の遺伝子解析に向けた、無重力環境下でのPCR駆動テスト。
Zero-Gravity Sequencing: bit.ly/pj0Tfv




yasser_ansari:
@23andMe doing Exome Sequencing for $999! That's crazy! And tempting... bit.ly/rmdOKc via @divabiotech



dritoshi:
Personal Exome Sequencing だそうです。raw data of 50 million DNA bases at high quality (80X coverage) が貰えて $999 だとか。 / “Exo…” htn.to/nLPt4Q




Hamrag_Yatlerot: /etc/init.d/hamrag
The Human Proteome Folding project Publishes Paper in Genome Research: The Human Proteome Folding project resear... bit.ly/nJ6Kls




DailyNewsGW:
Biotec Pharmacon, ArcticZymes, Affymetrix Reach New Deal for Shrimp Alkaline Phosphatase: read more bit.ly/ofWBKh




portablegenomic:
Geek Factor: the Genome Sequencing Cost Calculator @FlexGen BV flexgen.nl/index.php?cat=…




miRNANews:
BioPortfolio News Join Us for a Live Tweetchat on the Future of RNAi With Guest John Maraganor... bit.ly/pJGubQ BioPortfolio News




Chem_Central:
New research in Geochemical Transactions: Geophysical monitoring and reactive transport modeling of... goo.gl/CZmff




yag_ays:
Now browsing: "In the near future: genome sequencing for the masses | Code for Life" bit.ly/qSAQtD




GigaScience:
@kaythaney Wrote this recently about proteomics data: blogs.openaccesscentral.com/blogs/gigablog… Currently issues with main raw data repository need resolving.




galaxyproject:
Persistence and Availability of Web Services in Computational Biology, Schultheis, et al, PLoS One. bit.ly/oCPd7A




GenomeMedicine:
New Correspondence from Tim Hubbard & Stephanie Dyke describing implementation of Sanger Institute data-sharing policy bit.ly/mZ5ddD
The Wellcome Trust Sanger Institute has a strong reputation for prepublication data sharing as a result of its policy of rapid release of genome sequence data and particularly through its contribution to the Human Genome Project.

The practicalities of broad data sharing remain largely uncharted, especially to cover the wide range of data types currently produced by genomic studies and to adequately address ethical issues.

This paper describes the processes and challenges involved in implementing a data sharing policy on an institute-wide scale. This includes questions of governance, practical aspects of applying principles to diverse experimental contexts, building enabling systems and infrastructure, incentives and collaborative issues.





genomicslawyer:
GenomeWeb previews new Stanford spin-out, Personalis, w/ a focus on clinical interpretation of whole genomes: bit.ly/oPbmhp




AIP_Publishing:
FY 2012 Senate Defense Appropriations Bill: Science and Technology Programs #AIP_PRC http://ow.ly/6G5nr






OxfordJNLsJapan: オックスフォード大学の純古生物学者Martin Brasier教授が語る「細胞の隠れざる秘密について」。 oxford.ly/ouSdVK
Martin Brasier, Professor of Palaeobiology at the University of Oxford, talks about his forthcoming book 'Secret Chambers: The Hidden History of the Cell'.




the_Node:
Yukiko Yamashita won a MacArthur Fellowship - congratulations! Would anyone like to write a Node post about her work? fb.me/162LAPbLy




OxfordJNLsJapan:
【医学】Alcohol & Alcoholism 誌より:会社の飲み会、どうしていつもより酔ってしまうか、心理学者が解説。 oxford.ly/njiIdT PR: bit.ly/r8PYIU
Conditioned Tolerance to the Effects of Alcohol on Inhibitory Control in Humans.
Research Explains Why People Get Drunk at the Office Party.
The implications for drinking in a real life situation are that if you have an alcoholic drink somewhere new, for example, at the office party or in some other environment that you don’t associate with alcohol you may experience more of these effects of disinhibition because you lack the conditioned compensatory response that you would experience in your usual drinking environment.





OxfordJNLsJapan:
Thomson Reuter社が2011年のノーベル賞有力候補者24名を発表 science.thomsonreuters.com/nobel/




□ WolframAlphaは本当に飽きない。時間さえあれば弄ってる。企業情報なんかも株価やs相対パフォーマンス比較なんかを瞬時に計算してテンプレートで生成してくれるので便利もいいとこ。




dritoshi:
いややっぱり WolfAlpha おもしろい。"mother's father's cousin's daughter" で検索すると家系図が表示されて、blood relationship fraction の計算してくれる。 goo.gl/6cguh





_masaka:
SOA organised with RDF - update bit.ly/o3r65d 1000のウェブサービスなどからなるSOA構築にRDFを導入した事例をMLで報告。固定的なオントロジーを持たなかったことが変化に対応できるメタデータにつながった、と





yag_ays:
NCBI Imageがいつの間にか消えてグラフ検索系って無くなったのかと思ったけど,やっぱり他でも似たようなことやってる. iossifovlab.cshl.edu/figurome/





scrapper0:
うわ~炎上しとる。。線虫とハエのSirt過剰発現で長寿との論文を否定する論文と反論する論文が同じ号のNatureに。LennyもLindaも良く知ってるから読みふけってしまった。 nature.com/news/2011/1109…





bonohu:
「天然のシロイヌナズナ18系統のゲノムの塩基配列解読、アセンブリ処理、注釈付け、並びにそれらのトランスクリプトームについて報告」 / “ Multiple reference genomes and transcriptomes…” htn.to/fY7tHS




hideman2009:
【拡散希望】 10月13日(木)開催:玉川大学グローバルCOE特別ワークショップ「知能設計における普遍性と局所性 ~比較認知とロボットからのアプローチ~」 gcoe.tamagawa.ac.jp/jpn/event/new1…




s_kajita:
IROS二日目.午前はPerceptual Learningのセッション聴講.確率ベース情報処理,マルチモーダル情報統合で,未知物体の把握制御がうまく扱えるようになりつつある.知能ロボットの未来に明るい兆しを感じるな.





kirasato:
mixiのログイン画面と見紛う RT @fun9tion: これは… RT @hideman2009: 新学術領域「青春脳」(通称),ホームページも青春な雰囲気! npsy.umin.jp/amsr/index.html




ytb_at_twt:
PAの矛盾を証明したという話、証明したと主張したのが大御所(Edward Nelson)なだけに、多少は波紋が広がっている様子(みなさん様子見モードのようですが)。 t.co/1W2OYRsB