lens, align.

Lang ist Die Zeit, es ereignet sich aber Das Wahre.

every LIFE has a moment.

2013-12-28 10:28:51 | music13
Monarch of the Glen
("Monarch of the Glen" by KENNETH BARKER)



□ José González and St. Vincent

Step Out


2013年の締めくくりを飾るに相応しい新たな名曲。
本能を揺さぶるプリミティブなコーラス。



□ Nick Murray & Dominik Schwarzer / "Lift"

I Can Feel You (ft. Tyler Gurwicz & Jenny Bae)




Ipadair

□ iPad Air やっと届きましたo(*゜▽゜*)o Wifi + Cellular 64GB Silver です。ニューヨーク出張に間に合って良かった。。!ふんわり軽い使用感!4Gでどこでも高速でつながる快適さ。




□ 研究開発において、『技術力で競争』というスローガン自体がもう通用しないのには半ば同意。エンジニアリングって雨後の筍だから、国際的な水平連携力だけがイニシアチブに直結する。こればっかりは政治がどうこう出来る次元じゃないよね。


□ バイオでもだけど、「装置」を用意出来ると利益が進展するという確証があって、如何に自明なことであっても、誰も責任を取りたくないと思ってる時点でリソースが足りてないんだよね。これは経済に乗ってこないという意味で、政治にキックスタートを期待するのは間違い。金の周りにしか体制は出来ない。




□ CrapBio's Quantum Atomic Capture Sequencer (QuACseq) with their SHTseq System: DNA Sequencing Takes a Quantum Leap:

>> http://thescienceweb.wordpress.com/2014/02/05/dna-sequencing-takes-a-quantum-leap/

Initially, QuACseq D-500 can only be purchased by governments in return for handing over all fiscal, legislative & military power to CrapBio




□ ArchiLD: Hierarchical Visualization of Linkage Disequilibrium in Human Populations

>> http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3897757/




□ Illumina Launches Accelerator Program for Startups Working on NGS: $100,000 w/ customer networks, financial modeling

>>http://www.genomeweb.com/sequencing/illumina-launches-accelerator-program-startups-working-ngs




Invitae:
Personal "Omics" Cloud and #GenomeManagement - #PMWC14 http://fb.me/2xRAiAJ7D




□ Toward More Transparent and Reproducible Omics Studies Through a Common Metadata Checklist and Data Publications

>> http://online.liebertpub.com/doi/pdf/10.1089/omi.2013.0149

By integrating DELSA researchers’ collective experiences with omics guidelines and publication requirements, one simplified, yet informative. NanoPubs and MicroPubs are two newer publication avenues that could serve to quickly and accurately share information.




Fielddata_3

□ "THE FIELD GUIDE to DATA SCIENCE" by Booz Allen Hamilton

>> http://www.boozallen.com/media/file/The-Field-Guide-to-Data-Science.pdf

Excellent stuff!
If you only have knowledge of how items are connected to 1 another, start with Graph-based methods





pubchem:
PubChemRDF is released. It helps facilitate PubChem data integration and use with semantic web technologies. http://1.usa.gov/1db9Y4T




micheldumontier:
#FALDO paper on semantic sequence annotations now available on BioRxiv
http://www.biorxiv.org/content/early/2014/01/31/002121 … #bioinformatics #semanticweb




□ G-BLASTN: accelerating nucleotide alignment by graphics processors: http://m.bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2014/01/24/bioinformatics.btu047.abstract




□ A Universal Method for Species Identification of Mammals Utilizing NGS for the Analysis of DNA Mixtures:

>> http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0083761

メタ哺乳類ゲノミクス
#metamammagenomics
見たまんまゲノミクス

ゲノム読んで生態との関連を見出すよりも、異系統のゲノムが適応環境を探る動的なプロセスの方に興味がある。




□ Quantum Biosystems demonstrates First Reads using Quantum Single Molecule Sequencing: http://www.quantumbiosystems.com/we-did-a-presentation-pmwc-with-prototype-demo.html




dgmacarthur:
Excellent 2014 predictions in the sequencing space by @OmicsOmicsBlog:

>> http://omicsomics.blogspot.com/2013/12/peering-through-flowcell-glass-darkly.html

"All these changes in sequencing market, particularly for the companies built physical mapping platforms, OpGen, BioNano Genomics & Nabsys."




□ NanoString tops Omics stocks http://www.genomeweb.com/nanostring-pacbio-fluidigm-lead-december-charge-omics-tools-mdx-stocks


stock market: Among the top performers in the omics tools space were PacBio, which closed the year up 208%, and Affymetrix, up 170%

Among the other top gainers for the year were Accelerate Diagnostics (+203 %), Fluidigm (+168 %), and Illumina (+99 %).




□ PLINK 1.90 alpha: 100-1000x faster identity-by-state matrix computation, distance-based clustering, LD-based pruning

>> https://www.cog-genomics.org/plink2/






□ Climate change the state of the science (data visualization)




RichardDevine:
"Gibber": creative coding environment for audiovisual performance and composition:… http://instagram.com/p/h_jM5ADQkX/




Circos_blanc_gd
(Clockwise from top right, the genomes of a human, a chimpanzee, a mouse and a zebrafish are arranged in a circle, with each color square corresponding to a pair of chromosomes. Lines connect similar DNA sequences, visually emphasizing just how much DNA we share with other species. Image: Martin Krzywinski/EMBO)


□ Martin Krzywinski: Bioinformatics Scientist/Biological Data Designer:

>> http://mkweb.bcgsc.ca

CircosやHive Plotsなど、近年の生物学的データ視覚化のトレンドを築いたデザイナー

>> Circle of Life: The Beautiful New Way to Visualize Biological Data

>> http://www.wired.com/wiredscience/2013/11/wired-data-life-martin-krzywinski/#slideid-324601

Circos, an open source visualization tool that arranges tabular data in circular form. It was a simple idea, but transformative: It’s since been used for thousands of visualizations, and its distinctive aesthetic is synonymous with the informational richness of our moment.





Bioconductor:
http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/html/AtlasRDF.html … AtlasRDF Gene Expression Atlas query and gene set enrichment package.




□ The Multiscale Backbone of the Human Phenotype Network based on Biological Pathways

>> http://www.biodatamining.org/content/pdf/1756-0381-7-1.pdf

PHPN can discover genetic connections b/w PTs, characterizing the shared mechanisms in the former identifying unifying traits in the latter. Recognizing the connections b/w different traits/phenotypes is an integral first step in understanding the dynamic of most complex disease.




□ The New York Genome Center Purchases Illumina HiSeq X Ten Sequencing System:

>> http://www.nygenome.org/news/the-new-york-genome-center-purchases-illumina-hiseq-x-ten-sequencing-system/




□ Illumina TruSeq synthetic long-reads empower de novo assembly/resolve complex highly repetitive transposable elements http://biorxiv.org/content/early/2014/01/19/001834




□ llumina Launches Two New Platforms at JP Morgan Conference; Claims $1,000 Genome

>> http://bit.ly/L0TWDQ



□ Tech Specs of HiSeq X and NextSeq 500: http://res.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet-hiseq-x-ten.pdf … & http://nextgenseek.com/2014/01/illumina-hiseq-x-ten-and-nextseq-500-a-first-look/

"Illumina’s NextSeq 500 will have sequencing throughput of 150Gb with 400 Million 2x 150bp reads."




Gess


□ Graph-based computational analysis reveals a correlation of exon-skipping events w/ splicing/transcription/epigenetic

>> http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/12/24/nar.gkt1338.long

exon-skipping regions are then identified by iteratively navigating the sub-graph patterns to reveal those corresponding to a skipping event.




Cellimagecomp


GECellBiology:
The 2013 Cell Image Competition; view the beautiful cell images & vote for your favourite http://goo.gl/yCHYJL pic.twitter.com/0JBhY6SjRX




□ Comparison of Metatranscriptomic Samples Based on Alignment-free k-Tuple Frequencies for pyrosequencing 454, Illumina

>> http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0084348

three d2-type dissimilarity measures, one dissimilarity measure in CVTree, one relative entropy based measure & classical lp-norm distances.

PCoA is to find X1,X2,…,Xn,where
Xi is a vector in an N-dimensional Euclid space, N<n, to optimize the
function min Σ(||Xi-Xj|| - dij)^2




Body_feel


moorejh:
Body Atlas Reveals Where We Feel #Happiness and Shame - summary of PNAS paper

>> http://blogs.discovermagazine.com/d-brief/2013/12/30/body-atlas-reveals-where-we-feel-happiness-and-shame/#.UsHWGPRDvmc … #physiology pic.twitter.com/4Bx2mkfT2u




□ ntegrative analysis of histone ChIP-seq & transcription data using Bayesian mixture models: naive separate analysis

>> http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2014/01/07/bioinformatics.btu003.short




□ PaleoDB Navigator Alpha 1.0: new app explore the Paleobiology Database maps extinct species in space, time & taxonomy

>> http://paleobiodb.org/navigator/




□ WaferGen Bio-systems Acquires a Leading NGS Library Preparation Business, Announces Changes to its Board of Directors

>> http://www.wafergen.com/wafergen-bio-systems-acquires-a-leading-next-generation-sequencing-ngs-library-preparation-business-and-announces-changes-to-its-board-of-directors/

The fully automated Apollo 324 library prep with innovative new applications and integrated products that include the SmartChip TE platform.

the acquired business was composed of an up-front cash payment of $2.0 million, a $1.25 million secured promissory note due on Jan. 6, 2017




□ Google invests into DNAnexus: aging-driven big data bioinformatics without the Hadoop Ecosystem?

>> http://pimm.wordpress.com/2014/01/03/google-invests-into-dnanexus-aging-driven-big-data-bioinformatics-without-mapreduce-hadoop/




□ DNAnexus builds online hub for scientists to store and share genetic data:

>> http://venturebeat.com/2014/01/03/dnanexus-builds-online-hub-for-scientists-to-store-and-share-genetic-data/




NCBI:
Introducing the New Human Genome Assembly: GRCh38

>> http://wp.me/p2Tuqy-6x




□ A Taxonomy of Innovation: based on the people designing for and the complexity of the systems in which you operate.

>> http://hbr.org/2014/01/a-taxonomy-of-innovation/ar/1




□ 日本政府 各府省の保有データのオープンデータ化 試行版

>> http://data.go.jp




□ What We’ve Learned about Evolution from the LTEE: 長期進化実験から得られたもの。リターンエピスタシスと動的モデルを組み込んだ、LTEE集団50,000世代の適応度の予測軌道 http://telliamedrevisited.wordpress.com/2013/12/08/what-weve-learned-about-evolution-from-the-ltee-number-2/




Excavator


□ EXCAVATOR: detecting copy number variants from whole-exome sequencing data

>> http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2013-14-10-r120.pdf

EXCAVATOR combines a three-step normalization procedure with a novel heterogeneous hidden Markov model algorithm and a calling method that classifies genomic regions into five copy number states. We validate EXCAVATOR on three datasets and compare the results with three other methods. These analyses show that EXCAVATOR outper- forms the other methods and is therefore a valuable tool for the investigation of CNVs in large- scale projects, as well as in clinical research and diagnostics.


a novel heterogeneous HMM-based algorithm (HSLM) that, by exploiting the sparseness of coding regions throughout the genome, allows for the detection of both small isolated events and large alterations. Testing HSLM on synthetic data showed that it was able to detect, with a comparable accuracy, large genomic regions covered by many exons as well as small genomic regions covered by few exons. Moreover, synthetic simulations were also exploited to compare the performance of HSLM to the CBS algorithm.





□ Variation Ontology for annotation of variation effects and mechanisms in any organism and genetic / nongenetic origin

>> http://genome.cshlp.org/content/early/2014/01/02/gr.157495.113.full.pdf




□ IRB develops ChroGPS, a new generation visual browser of the epigenome

>> http://www.eurekalert.org/pub_releases/2013-12/ifri-idc122013.php

This is a software application that provides easily interpretable maps from which to analyse and understand the immense volume of epigenetic and genetic data available




Flowcap


□ Flow Cytometry Bioinformatics:

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aphelion.

2013-12-20 04:37:11 | 写真
Aphelion
(iPhone5s, Camera, iPhoto.)



凛と透き通る大気に佇む。



Am_a_rock_2
(iPhone5s, Camera, iPhoto.)



ここは、私がTwitterのアイコンにも使用している写真を撮影した場所。(7年くらい前?)



Quo_vadis_2
(iPhone5s, Camera, iPhoto.)




同じ構図で撮影してみました。
現在の姿。引き潮時はこんな感じ。気付いた人もいるかもしれないけど、アイコンでは逆さまにしてあります。私がこのブログに始めて投稿した写真でもあるので、感慨深いです。






GRAVITY

2013-12-16 20:05:53 | music13
Gravityposter



□ "Gravity" 『ゼロ・グラビティ』(邦題)

Gravity
Shenzou

Release Date: Dec. 13, 2013 (Japan)
Director: Alfonso Cuarón
Writers: Alfonso Cuarón, Jonás Cuarón
Stars: Sandra Bullock, George Clooney, Ed Harris

executive producer: Christopher DeFaria
producer: David Heyman

Music: Steven Price
Cinematography: Emmanuel Lubezki

>> http://wwws.warnerbros.co.jp/gravity/


</cemter>

At 372 miles above Earth,
There is nothing to carry sound.
No air pressure.
No oxygen.


Life in space is impossible.

Gravity_slide




儚いほどに透き通る層を重ねて
蒼い光の中に生命を抱く大気圏
このバイオスフィアもまた、
虚無の闇の揺り籠に浮かぶ
泡沫に過ぎないのだ。


宇宙遊泳ミッション中、不測の事故に見舞われたアストロノーツたちの生存劇を描くスリラー。という触れ込みで、大胆かつ革命的な映像体験を提示した記念碑的作品と言っていいだろう。

3Dで表現された地球の美麗で圧倒的な存在感。暗黒の顎門に生命を飲み込むような夜の表現。黄金の弧を描く太陽と成層圏のリング。千々に飛び交い、生命を脅かす刃と化した無機質な人工物の破砕片。


その視覚効果の進歩は、国際的なデブリ問題や衛星軌道を巡る宇宙情勢、そして現代の人間が抱える孤独といったテーマをバックグラウンドに、ついにScience-Fictionとリアリティの境界を融かしつつある。



とはいえ、そんな大それた解釈も必要ないかもしれない。本作はとにかく映画という媒体を通して、観客に如何に『仮想体験』を与えるかということのみに注力されており、シナリオは至ってシンプルに誂えてある。

然し乍ら、主人公の抱える過去のトラウマ、生命進化や個の超越を象徴する寓意やメタファーに満ちた記号の数々と、急ごしらえ感が拭えないわりには「お約束」をしっかり抑えていて、とても純度の高い密室系ドラマとして完成されている。


主役は決して「強く芯のある」モダンな女性像ではなく、どちらかというとパニックに翻弄され挫けつつも、励まされながら、あるいは生きることを「強いられて」、状況を打開していく等身大の人物像に仕上げられている。

ある悲劇を過去に経験し、現実から逃げ続けながら、『地球に私の帰りを待ってる人はいない』なんて厭世観を持ち合わせた女性のサバイバル、という点もハリウッドには珍しく当世的と言えよう。



繰り返すが、この映画は体感的に8割方がVFXで溢れていて、通常のSF映画よりも長時間に及ぶ濃密な宇宙映像を堪能することが出来る。手に汗握るはずのアクションシーンさえ、スリルそのものよりも、視覚いっぱいに広がるシーケンスの美麗さに息を呑むほど。

本格的に宇宙進出を遂げようとしている今の時代性と同期するように、映画という表現手段そのものを開拓しようとする実践が窺える。



本来は無音であるはずの宇宙空間のサウンドエフェクトも、宇宙服内部に伝わる振動音や機械装置の音、信号のパルスなどを巧みに音響効果に昇華し、煽情性に訴える手法をクリアしている。同様に機械的な効果音を多用した劇伴音楽のレイヤーがシームレスに溶け込むよう、巧みに配慮されているのも見事だ。


作曲家としては手がける映画は二作目となる、Steven Priceによるテーマ曲も、うんざりするほど既視感があるものの、実に無難ながら課題をこなしているといった印象。メインタイトルは、何も無い空間に孤独な軌跡を描くように始まり、徐々に力強い旋律を手繰り寄せて行く。


なかなか主音に落ちてこないメロディ、機械音や神秘的なアンビエントに、鋭利なテクノロジーの破片を思わす劈くようなノイズ、ときおり民族音楽調だったり教会のクワイアをサンプリングしてみたり、およそ考えられる限り、『この物語に相応しい音楽』の要素を凝縮出来ているのではないか。



『Gravity』の指す対象は曖昧だ。万有引力と言った通り、それは宇宙の普く存在が有する引き合う力である。地球の重力、人と人の絆、過去に押し戻される想い、未来へ紡がれる行動。

天と地、内と外も喪失し、よすがない無重力に晒されて、人は存在それ自体がベクトルとなる。彼や彼女を突き動かすのは、ただ眼前に浮かぶ『ホーム』へ降り立ちたいという衝動。その意識や感情がベクトルを制御する。


最初はなす術もなく慣性に流されていた主人公も、やがて決意を固めるに従って、次第に明確な輪郭を露わにして行くメロディラインを引き付けるが如く、この奇蹟の物語を導く重力によって、蒼き地球への帰還を成し遂げようとする。



人が人に遺すもの。その証が、死してなお生に刻まれるということ。「生き残る者」と「生き続ける者」を隔てる闇は、きっとさほど暗くないのだ。



米科学誌の『nature』は、この映画について異例のレビューを掲載している。
>> http://www.nature.com/news/space-spectacular-1.14201



※ちなみに、私が鑑賞した映画館では、主人公が寒がるシーンで、なぜか冷房がかかったような寒気が天上から降り注いで来たんですが、これ4D?と一瞬かん違いしてしまいました。







Hammock / "Oblivion Hymns"

2013-12-04 21:04:37 | music13
Oblivion_hymns



□ Hammock / "Oblivion Hymns"

Then the Quiet Explosion
Holding Your Absence

Release Date; 26/11/2013
Label; Hammock Music
Cat.No.; tba
Format 1xVinyl, 1xCD, Download

>> http://hammockmusic.com/oblivion-hymns


>> tracklising.

01. My Mind Was a Fog… My Heart Became a Bomb
02. Then the Quiet Explosion
03. Turning Into Tiny Particles… Floating Through Empty Space
04. Like a Valley With No Echo
05. Holding Your Absence
06. Shored Against the Ruins… Drowning In Ten Directions
07. I Could Hear the Water at the Edge of All Things
08. In the Middle of This Nowhere
09. Hope Becomes a Loss
10. Tres Dominé
11. Sleep (Bonus Track)
12. Cathedral (Bonus Track)



?Imagined and created by Marc Byrd and Andrew Thompson.

Strings - Love Sponge Quartet
Children’s choir contracted by Donna Oxley
Studio - LittleBig Sound, Nashville
Co-produced and engineered by Baeho “Bobby” Shin, Nashville


Vocals on “Tres Dominé” by Timothy Shoqalter
Accordion by Phil Madeira


Mixed by Julian Kindred at Nonsuch Park Studio, London
Mix assisted by David Oversby-Powell
Mastered by Taylor Deupree at 12k, New York


Artwork by Amy Pleasant




□ Hammock - My Mind Was a Fog... My Heart Became a Bomb




テネシー州ナッシュビルに拠点を置く、Marc ByrdとAndrew ThompsonによるPost Rock/Ambient デュオ、Hammockの6th Album。今作では、これまでにも徐々に色を強めて来たオーケストラによるポスト・クラシカルな作風に転向し、要所に聖歌隊の合唱もフィーチャーする、静謐かつシネマティックなディレクションが試みられている。



ポスト・ロックから、ポスト・クラシカルへ。
溢れる光とひずむ響きの彼方、誰もがたどり着く忘却の彼岸を描く。途方もない空間の拡がりを感じさせる翳んだ電子音響と、ボーイズクワイアの透明な歌声が重なる。

"Oblivion Hymns"においては、Hammockの蓄積した方法論の集大成であった"Departure Songs"のヴァラエティに富んだ内容から一転し、どこか寂寞を湛えた心象風景に共鳴するが如き旋律を奏で続ける。



ストリングスによる主旋律を覆うギターやパッドのアトモスフィア、また遥か遠くで輝きを放つ星々のようなオブリーガードは、従来よりも益々コントラストを強め、より微細な音像空間を構築している。

今作唯一のヴォーカル曲である"Tres Dominé"は、インディアナ州出身の新鋭フォークロックバンド、"Strand of Oaks"のTimothy Showalterが、伸びのあるトラッドな歌声を披露している。


Bonus Trackとして収められている"Sleep"及び"Cathedral"は、双方とも"Kenotic"の頃の、Hammock初期のストイックで静謐な作風に立ち返っており、ここでのシューゲイザーサウンドに対する、よりアコースティックなアプローチは、この10年でHammockが到達した一つの回帰点を表現し得るもの。




暗澹と静寂の帷に散りばめられた音色の破片は、まるで過ぎ去った幾億の人々の凍えた想いみたいに儚くきらめいて、降り積もることなく、舞い落ちる雪の結晶のように、ただ目覚めも知らず、眠ることさえ忘れて。だけど目を凝らし、耳を峙てると聞こえるのだ。そこにある万雷の讃歌が。