lens, align.

Lang ist Die Zeit, es ereignet sich aber Das Wahre.

Breaking: Planck satellite: Maps detail Universe's ancient light.

2013-03-21 21:16:04 | Science News
Planckanomalies



esa:
Planck reveals an almost perfect Universe (with images) http://bit.ly/WFPFIT #Planck

maxplanckpress:
#Planck satellite: Maps detail #Universe's ancient light http://bbc.in/ZMn6s8 via @bbcnews #ESA

ScienceNewsOrg:
#Planck data refine universe's ingredient list: dark energy: 68.3% (prev: 72.8). dark matter: 26.8% (22.7). ordinary matter: 4.9% (4.5).

A spectacular new map of the "oldest light" in the sky has just been released by the European Space Agency.
The map was assembled from 15 months' worth of data acquired by the 600m-euro (£515m) Planck space telescope.

It details what is known as the cosmic microwave background, or CMB - a faint glow of microwave radiation that pervades all of space.

Its precise configuration, visible in the new Planck data, is suggestive of a cosmos that is slightly older than previously thought - one that came into existence 13.82 billion years ago.


This is an increase of about 50 million years on earlier calculations.
プランク衛星の宇宙背景放射の精密観測によって、宇宙の年齢が、考えられていたよりも約5千万年古いものだとわかったそうです。従来のビッグバンモデルでは初期の38万年で物質と光の分離が行われたとされ、この結果は理論の骨組みとは矛盾しないけど、温度変動の早期分布の説明に明らかな違いが…


□ Planck Legacy Archive (PLA)

>> http://www.sciops.esa.int/index.php?project=planck&page=Planck_Legacy_Archive

As of March 21st 2013, the PLA provides public data products from the first 15.5 months of Planck operations. It notably includes full-sky intensity maps at all nine Planck frequencies, maps of foregrounds components at high resolution, and the Cosmic Microwave Background fluctuations at unprecedented angular resolution. Angular power spectra and cosmological parameter grids are also provided, as well as the Planck Catalogue of Compact Sources and the Planck Sunyaev-Zel’dovich clusters catalogue.
今回の観測結果に関するパブリック・データも同時公開。



Reuters_co_jp:
「暗黒物質」の痕跡発見か、宇宙形成の謎解明に前進も http://bit.ly/14FP3HR pic.twitter.com/FWO2JIzg33




Bigdatasurvailliance


IHME_UW:
From @PLOSMedicine, article on the possibilities of incorporating geospatial mapping into biosurveillance: http://bit.ly/XbPa9A #ghdxdata




phylogenomics:
New post at #microBEnet Announcing Project MERCCURI (a.k.a Microbes in Spaaaaace!). #spacemicrobes http://www.microbe.net/?p=2069




TheACMG:
Breaking News: @theACMG releases highly anticipated Report on Incidental Findings in Genome Sequencing @ #acmgmtg- http://bit.ly/ZAdim1

ACMGによる臨床Exomeとゲノム・シーケンシングの偶発的所見に関する推奨事項:倫理とコンセンサス: ただし、Informatics toolsはミスセンス変異体について、未だ信頼性の低い予測因子であり、偽陽性の可能性を最小化に設定




Preview - Parallel Programming and Optimization with Intel® Xeon Phi™ Coprocessors by Manish Shah



□ Colfaxから、Xeon Phiによる並列アプリケーション開発と最適化プレビュー。BioinformaticsでMICアーキテクチャはメモリ帯域に懸念もあるね | Parallel Programming with Xeon Phi http://ja.scribd.com/doc/130979697/Preview-Parallel-Programming-and-Optimization-with-Intel%C2%AE-Xeon-Phi%E2%84%A2-Coprocessors




□ Gene-analysis firms reach for the cloud:

>> http://www.nature.com/news/gene-analysis-firms-reach-for-the-cloud-1.12634

Online bioinformatics companies rush to provide genomics platforms and software for hospitals.
The companies, many of them based in California’s Silicon Valley, have been tempted by a market in outsourced sequencing and analysis software that by 2016 could top $4 billion per year, according to BCC Research, a market-research company in Wellesley, Massachusetts (see ‘Genes in the marketplace’). “The sky’s the limit,” says Andreas Sundquist, chief executive of DNAnexus in Mountain View, California, which provides genetic-analysis software on its cloud-based platform and allows users to upload and run their own algorithms.





PLOSCompBiol:
Angiogenesis: An Adaptive Dynamic Biological Patterning Problem ? new research in PLOS Comp Biol: http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002983




catalogueoflife:
Catalogue of Life, 2013 Annual Checklist is now online at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2013/




WRMarineSpecies:
Genetics sheds new light on one of the most enigmatic #marinespecies : the giant squid (Architeuthis) http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2013.0273




BioMedCentral:
A special bioinformatics challenge for DNA Day with truly awesome prize - http://ow.ly/jq06k #genomebiology #dnaday




GinnyBarbour:
MT @martinjburton: http://Datadryad.org is data repository used by BMJ Open. @trished #evidencelive” and >>> & @PLOS also




□ The Conceptual Link from Physical to Mental

>> http://blog.oup.com/2013/03/conceptual-link-physical-to-mental/

【OUP BLOG】物理主義者が考える物理と精神の関係とは




□ Computational models can predict response to HIV therapy without a genotype and may reduce treatment failure in different resource-limited settings

>> http://jac.oxfordjournals.org/content/early/2013/03/08/jac.dkt041.full

これすごいな。ジェノタイピング無しに薬剤応答を予測する計算モデル。TCEデータからウィルス負荷推定値を導くらしい。TCEsからランダムフォレスト法で薬剤応答を予測。in silico解析で治療失敗時の代替案をRLSsから識別。
Random forest models were trained to predict the probability of response to ART (?400 copies HIV RNA/mL) using the following data from 14?891 treatment change episodes (TCEs) after virological failure, from well-resourced countries: viral load and CD4 count prior to treatment change, treatment history, drugs in the new regimen, time to follow-up and follow-up viral load. Models were assessed by cross-validation during development, with an independent set of 800 cases from well-resourced countries, plus 231 cases from Southern Africa, 206 from India and 375 from Romania. The area under the receiver operating characteristic curve (AUC) was the main outcome measure.





tri_iro:
逆数学と型理論のワークショップ:ポール・シェファーのBΣ_2+∃kDNR(k)がWKLを導かないことの証明は、いわゆるbushy-tree forcingをBΣ2+¬Σ2の超準モデルで時空を圧縮して行う逆再帰理論の常套手段+二階部分にジェネリックを加えるという手法かー。





□ Huffington PostのHeLa細胞に関するライブ動画で、Jonathan Eisen氏が出演してるよ(゜∀゜) 個人ゲノムと提供者の子孫の権利とプライバシー。過去に訴訟の参考事例にも: Is 'HeLa' A Person? http://live.huffingtonpost.com/r/segment/human-nature-and/514fae11fe3444426e00038d
動画の中でJonathan Eisen氏は、HeLa細胞のゲノム・シーケンシングに際しては、家族の同意を得ることが医療の信頼と未来のために必要なんだと力説。データ・シェアリングによるリスクも




□ Forum: Current useful developments in the field integration of -Omics data

>> http://www.biostars.org/p/67514/

What are currently developments to watch in the field of data-integration of Omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, phenomics ) data?

Some time ago RDF and triplestores were the main development in the field and I guess they still are. Big data sets like Kegg and Uniprot are now available as RDF (Seehttp://linkeddata.org/) but I don't know how many people can and do integrate these data sources with their local produced data. . And you can't store your raw data in RDF, only your conlusions, leads , hypothesis etc.

In the Proteomics community a big development I guess is the increased reproducibilty of the datasets and standard data formats like mzML and mzIdent. But for the other Omics I don't know.





□ CRAM 2.0 release: ENA sequence data compression format, its supporting software toolkit & the CRAM reference registry http://www.ebi.ac.uk/ena/about/news#news_133




BioMedCentral:
#EvoBIO 2013: Seeking creative solutions to complex biological problems. Read more about it here: http://ow.ly/jtg8H




□ X-ray analysis on the nanogram to microgram scale using porous complexes: SCD analysis without the crystallization: http://www.nature.com/nature/journal/v495/n7442/abs/nature11990_ja.html?lang=ja




theAGU:
Warming could degrade U.S. Midwest farmlands while boosting African, Chinese harvests http://goo.gl/S1hn1




□ CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads: リード解析から直接インデル、スプライス部位、候補変異、キメラを検出、従来より高精度の予測を行うツール http://crac.gforge.inria.fr




Sagebio:
Read about our experience navigating cloud computing, the EU, and data governance. New post at http://sagebase.org/2013/03/26/cloud-computing-the-eu-and-data-governance-a-sage-bionetworks-white-paper/




PolkainIstanbul:
Syria/Turkey: #diplomacy & hard #friendship. Ankara denies mass deportation of Syrian refugees http://www.todayszaman.com/newsDetail_getNewsById.action?newsId=310988 … via @todayszamancom




wilbanks:
Spectacular paper comparing Celera vs Human Genome Project. Short version: fences for knowledge decrease use. http://economics.mit.edu/files/8647 (Intellectual Property Rights and Innovation: Evidence from the Human Genome)




□ Influence of chaotic synchronization on mixing in the phase space of interacting systems:

>> http://chaos.aip.org/resource/1/chaoeh/v23/i1/p013103_s1

カオス同期の混合: ノイズに関わらず相対距離エントロピーの減少はシステム内の同期を示唆。生物学・金融の時系列解析に有効かも




□ CPAT: Coding-Potential Assessment Tool using an alignment-free logistic regression model

>> http://nar.oxfordjournals.org/content/41/6/e74.full

統計的回帰モデルを用いたアライメントフリーなコーディングポテンシャル予測評価ツール。DNA配列・コドンバイアスの言語的特徴からFickett・Hexamerスコア等の要素を用いて計算。PhyloCSFより高速・高精度に分析




BioMedCentral:
#ISOpure, new computational purification tool, directly addresses effects of tissue contamination in #tumors http://ow.ly/jEMlU #cancer





AIP_Publishing:
Multi-bit binary decoder based on Belousov-Zhabotinsky reaction http://ow.ly/jHtNN #AIP_JCP




Chembl:
Scientific Data, new journal from NPG looks really great - but don't understand lower pricing for CC NC licenses. http://www.nature.com/scientificdata/




isatools:
"RT @wspoonr: BGI @GigaScience and NPG @ScientificData both into @isatools. Interoperability?" YES, indeed!




PLOSCompBiol:
Perspective:A Healthy Fear of the Unknown: Interpretation of Parameter Fits from Computational Models in Neuroscience http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003015 …




hornistyf:
エジプトのミイラのメタゲノム… /First insights into the metagenome of Egyptian mummies using next-generation sequencing.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23553074




MaliciaRogue:
And when speaking of statistics, we think of data. Have a look at a wrap-up on #OpenData status in Africa: http://globalvoicesonline.org/2013/04/05/opening-the-black-box-of-governance-alleviating-poverty-with-data/ … #OECDgfd




PLenArgentina:
#Argentina, Bolivia and Chile hold the planet’s largest reserves of lithium http://blogs.reuters.com/photographers-blog/2013/04/05/the-lithium-triangle/




KrisTorgeson:
"Politics trump data" finds study of Somalia famine & failure of "data-driven humanitarianism" in @plosmedecine http://blogs.plos.org/speakingofmedicine/2013/04/04/famine-in-somalia-and-the-failure-of-data-driven-humanitarianism/




rnomics:
Stanford creates biological transistors, the final step towards computers inside... http://bit.ly/10ngIcA #leclercfl_evolution




alltokyonews:
Africa: Japan's First PPP to Spearhead Innovation in Global Health - http://tinyurl.com/cks2quy - #ghitfund




Biopython:
Sadly the Open Bioinformatics Foundation (OBF) #GSoC 2013 application was unsuccessful, but still some possibilities… http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2013-April/010508.html




dnanexus:
Should the supreme court invalidate the patent on human #DNA? http://ow.ly/jRwpw via @washingtonpost




antdeclercq:
Tech & #OpenData for addressing social & political Qs in developing countries http://bit.ly/Zc0uiK by @MaliciaRogue via @globalvoices




□ Single photon from a quantum emitter? a matter of timing: quantum information processing, photons as logic operator http://phys.org/news/2013-04-photon-quantum-emitter.html




□ Systemic Risk & Stability in Financial Networks: the efficiency of the financial networks that emerge in equilibrium http://t.co/W4ube72qN0




□ Base Pair Biotechnologies: submitted multiple SBIR grants totaling $868,000: Custom Aptamer Discovery Updates: http://hosted-p0.vresp.com/1050611/16323e4d79/ARCHIVE


□ Nucleic Acid Aptamers for Diagnostics and Therapeutics: Global Markets: BCC Research Market Report: http://www.bccresearch.com/report/nucleic-acid-aptamers-global-markets-bio071b.html


日本でもリボミックといったアプタマー創薬の産学ベンチャーは登場してるけど、490億ドルと見積もられてるアプタマー医薬開発の国際市場は参入障壁(SELEX法)が高くて、関連技術でのSBIR取得なんて余程の成果を先行させないと無理なのかもしれない。立ち遅れたアンチセンス薬の咎でもある




JG_THE:
Mendley founders: 'Sale to Elsevier was opportunity to give users better content' - nothing to do with £65m then? http://www.timeshighereducation.co.uk/news/mendeley-founders-defend-sale-to-elsevier/2003094.article




hiromich_s:
東北大学は2014年度から、患者の遺伝子情報などを基に薬の投与の仕方を医師に助言できる新たな薬剤師の養成を始める_http://www.nikkei.com/article/DGXNZO53590700U3A400C1L01000/




climatenews:
Gallup global warming poll finds a growing number of Republicans are now ... - New York Daily News http://nydn.us/ZH4zme




□ The human gene connectome as a map of short cuts for morbid allele discovery ヒト遺伝子コネクトーム:生物学的距離とGPSアルゴリズムで対立遺伝子の検証容易に http://www.pnas.org/content/early/2013/03/15/1218167110.full.pdf


PLOS:
A GPS View of the Human Genome @rickilewis http://blogs.plos.org/dnascience/2013/04/11/a-gps-view-of-the-human-genome/




NTI_WMD:
"NNSA Defends Nonproliferation Cuts, Boosts Radiation Detection Funding" from Global Security Newswire @NTI_GSN http://bit.ly/10UskUG




ge_dna:
INFINITY LIFE! The time has come! Save Your Master-code for 200 or 50,000 years! THERE WILL BE NO MORE ONE-TIME LIFE! http://gedna.com

General DNA, Inc. http://gedna.com/ 自身の体組織の一部を長期間(200-5万年)保存してくれるというサービス。後から遺伝子技術でクローン再生できるかもと煽り。 この会社マジなのかどうか計り兼ねてたけど、こういうビジネスは増えるだろうね




ForeignAffairs:
1.25 billion clamoring voices makes Indian policymaking difficult, but the country needs more democracy, not less: http://fam.ag/10YKLXQ




IFRC_PS_Centre:
To deal with the trauma resulting from a complex emergency, Kenyan Red Cross organised psychosocial support in... http://fb.me/22BsRyqNQ







Deep Forest / "Deep Africa"

2013-03-17 21:04:23 | music12
Deep_africa



□ Deep Forest / "Deep Africa"

♪ <script type="text/javascript" src="http://mediaplayer.yahoo.com/js"></script>Yelele
How Long
Tiko

Release Date; 02.April / 2013
Label; Universal
Cat.No.; 3717526
Format: 1xCD, digital.

>> http://www.deep-forest.fr/


>> tracklisting.

01. Amber Opening
02. Dub Africa
03. Mosika
04. Yelele
05. Bedi
06. Atali Wowo
07. Wasis
08. Zoulawa
09. Ho Mambo
10. Alaake
11. Lomo
12. How Long
13. Tiko
14. Mosika Ending

All songs performed by Deep Forest (Eric Mouquet)
Drums: David Fall
guitar: Guimba Kouiate
Bass: Alune Wade
Vocals: Zama Magadulela, Lokua Kanza, Blick Bassy, Wasis Diop, Olyza, and Dany de Mouataba




Deep Forestこと、Eric Mouquetが世界各地の土着音楽を取材したエレクトロニック・ミュージック・プロジェクト、"Deep Project"の第三弾として放つ"Deep Africa"。


タイトルの通り、今作はDeep Forestとしての原点に立ち返り、Baka Pygmiesの民族音楽をコラージュした1stアルバム同様、アフリカをテーマにしている。しかし内容はアフリカ大陸の広汎に渡る音楽素材をもとに構築される。

Deep Projectの先行2作、"Deep Brasil"と"Deep India"とは異なり、今回は取材地域出身の特定アーティストを連名として冠していないが、クレジットに記述されているとおり、アフリカの現地ミュージシャンを多数招いたコラボレート作品であるという方向性は変わっていない。




"Amber Opening"で示される通り、今作はどちらかというと、現地の伝統音楽のエスニックな土臭さよりも、ドリーミーなシンセサイザー(あるレビューサイトは、Pink Floydの"Shine On You Crazy Diamond"を引き合いにしているほど)や、"World Mix"のようなハウスビートがふんだんに使用され、エリックの創作性が前面に出た内容となっている。

"Music.Detected_"の方法論と1stアルバムの様式を融合させたような形とも言えそうだ。



同時に、90年代のアルバム、"Boheme"、"Comparsa"のような、現地ミュージシャンのパフォーマンスから溢れ出る極彩色のエナジーを感じさせるような、往時の力強さはやや抑えられているものの、"Deep Africa"における声の身体表現は、コーラスワーク、サンプリングともに非常に繊細に計算され尽くした、まさにオブリガードの意匠を極めたもので、おそろしく丁寧に練り上げられた楽曲が粒揃いと言える。



ヴォーカリストや器楽演奏は、南アフリカ、コンゴ、カメルーン、セネガル、コートジボワール、マリなど、アフリカ各地から、勢力的に活動を行う著名人を起用。"Deep India"とは異なり、扱われる主題は古来の伝統音楽そのまま形というよりも、パフォーマーのルーツに根ざしたフォークロア風の歌謡が主立っている。



シングル・カットされる予定であった"Dub Africa"は、まさに失われた2000年代の空白を経て転生した"Deep Forest"のエッセンスを凝縮した象徴的な楽曲である。ジャズ・テイストを醸し出す"Mosika"は、Ericに大きな影響を与えたJoe Zawinulを彷彿とさせるもので、"Deep India"でも同様のパフォーマンスを披露している。



"Yelele"と"Atali Wowo"は、"World Mix"にも通づる疾走感に溢れたトラック。初期Deep Forestの多幸感に満ちたハウスチューンだが、当時よりもクセが少なく、ドライビングミュージックにも適した響きとなっている。コートジボワールの女性シンガー、 Olyzaが湿っぽく歌い上げる"Bedi"は、アルバム中でも異彩を放つ美しいバラード。


国際的にデビューも果たしているセネガルのシンガーであり、Jazzistでもある、Wasis Diopの渋いボーカルとエスニックコーラスとの対比が眩しいダウンテンポ、"Wasis"は彼自身の名を冠した楽曲。後半の陽気な展開は"Comparsa"の懐かしい作風を思い起こさせる。

"Tiko"では、"Sweet lullaby"を彷彿とさせるアフリカン・チャントと、Deep Forestの壮大なアンビエントの音色が、サックスの叙情豊かな旋律をまとって、原初の大地を紫気に染め上げる宙の黄昏を眼前に浮かび上がらせる。セネガルのベーシスト、Alune Wadeの演奏も素晴らしい。


また、どの曲に参加しているのかは現時点では不明だが、カメルーンのボーカリストDany de Mouatabaは、myspace上でもDeep ForestやEnigma直系のニューエイジ楽曲を自ら発表するコンポーザーの顔も持っている。 http://www.myspace.com/mouataba



そして"How Long"、アフリカン・コーラスとエフェクト越しの英語歌詞が叙情たっぷりに歌い上げる内容で、同様にワールドミュージックを欧州のPOP市場に持ち込んだPeter Gabriel ("While the earth sleeps"で共作)の影響も強く窺える。テクノコンポーザーとしても、今も衰えない鋭いセンスを披露しており、この曲に至って、エリックを90年代ニューエイジ・ミュージックの忘れ形見として見る評価を改めざるを得ないだろう。

"How long it takes, how many years, how long to save the world?"


先進諸国による資源の搾取と飢餓、人権問題、未だ各地で紛争が絶えず、およそ人類の抱える負の部分の皺寄せの大部分を背負わせされているアフリカという大地への祈りと、音楽という共通言語による世界への願い。

彼が四川大地震や東日本大震災の被災者者に捧げた"won't be long"とは対になる、アイロニーも含んだ曲想であることは間違いなさそうだが、これはどこか人類全体に根源的なノスタルジーと原体験を感じさせるアフリカの風土・文化への、テクノロジーサイドの彷徊と憧憬を顕すものであるのかもしれない。







rubbish_talk.22

2013-03-17 17:48:49 | 日記・エッセイ・コラム
Chandra_x



「宇宙は自らの正体を知る為に心を造った」
ある学者がそう言った。

言葉と心。
意識が現象よりも上位でアプリオリであるはずがない。
しかし共振しているのだ。
混沌の渦を巻く量子が生命を縁取っている。
虚数で記述されるフラクタルが、
局所の振舞いを全体にフィードバックするように。

感情が胸の奥の虚無に向かって流れ落ちる瞬間、
心が芽生える。意識を抱く。
私たちは人に為り変わり、人に恋をする。
あたかも自らを擁する宇宙の相似であるように。
あの特異点を巡って、時に抗おうとする。
しかし私たちが宇宙の映しであるなら、
その心は孤独に還らざるを得ないのだ。
心は不可能性の軛でしかない。

だけど心は時に勝るのだ。
必然と反復こそが、事象を司るのだから。
宿命とは、それ自体が導線であって、
発火の瞬間まで自らを照らし出せないのだ。







Comet Pan-Starrs and Crescent Moon.

2013-03-06 15:36:43 | Science News

Comet Pan-Starrs Moonset from Dan Finnerty on Vimeo.



□ Beautiful Time-Lapse Videos Show Comet Flying Near Crescent Moon

>> http://www.wired.com/wiredscience/2013/03/pan-starrs-time-lapse/?cid=co6389084




□ Colfaxから、Xeon Phiによる並列アプリケーション開発と最適化プレビュー。BioinformaticsでMICアーキテクチャはメモリ帯域に懸念もあるね | Preview - Parallel Programming and Optimization with Intel® Xeon Phi™ Coprocessors http://ja.scribd.com/doc/130979697/Preview-Parallel-Programming-and-Optimization-with-Intel%C2%AE-Xeon-Phi%E2%84%A2-Coprocessors




bio_insilico:
Genomics Conference Illustrates That Illumina Is Outpacing The Competition - Seeking Alpha:... http://bit.ly/ZUUoXW #biotech #genomics
ゲノム・シーケンシング市場のillumina社の優位。特許侵害で連邦裁陪審が$96Mの罰金も、Ion ProtonとOxford Nanoporeの立ち後れで依然リード。独自のPore開発に着手。66億ドルに及ぶ市場成長にイニシアチブ。

そもそもOxford Nanoporeの開発は、Illuminaも出資してるんだけどね。Numis証券はナノポア展開のリスクを理由に25%15億ドルの見積もりをカット。イルミナは継続してSBSへの集中よりも、Nanoporeを含む新技術への分散投資を展開、市場での存在感をアピール。

つい先日のMoleculoの技術買収も革命的だったよね。




□ BRANCH: boosting RNA-Seq assemblies with partial or related genomic sequences

>> http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2013/03/14/bioinformatics.btt127.abstract

BRANCH improved the sensitivity and precision of transfrags generated by Velvet/Oases or Trinity by 5.1-56.7% and 0.3-10.5%, respectively. These improvements added 3.8-74.1% complete transcripts and 8.3-33.8% proteins to the initial assembly.





EurekAlertAAAS:
Lost frog DNA revived: Lazarus Project : http://eurekalert.org/e/51c7 (from @UNSWnews)




□ Ian Stewart『数学で生命の謎を解く』読了 http://www.amazon.com/Mathematics-Life-Ian-Stewart/dp/0465022383 … バイオインフォマティクスや数理生物学にも言及してるけど、エンジニアリングの一分野として突き放してる。私はデータの先があると思う。この人あまり詳しくないのかな?アラカルトって感じがした




appistry: How OpenStack upended the private cloud market overnight
"Appistry… developing new methods for analyzing genomes." via @gigaom http://gigaom.com/2013/03/14/how-openstack-upended-the-private-cloud-market-overnight/

OpenStackベースのクラウド市場が新興企業に与えた変化。ゲノム関連ではNGSデータの解析ストレージ部門のayrrisBioを擁するAppistryが、防衛、金融部門でも高評価。日本のゲノムベンチャーにとっても参入機会じゃないかな




Pipelineoverview


□ RNA-seqパイプラインにおける複数ツールの有用性を示した図。exon-DEではDSGSeq、transcript quantificationではcufflinks, eXpressにアドバンテージ。iReckonはリソース高負荷 http://seqanswers.com/forums/showpost.php?p=98949&postcount=32&buffer_share=75dad&utm_source=buffer




Lpnmdpct


multiscalebio:
Video of Eric Schadt #AGBT13 @pacbio - Whole Human Genome SMRT Seq Reveals Uncharacterized Structural Variations http://aa314.o1.gondor.io/webinar/whole-human-genome-smrt-sequencing-reveals-uncharacterized-variations-providing-a-path-to-more-informed-diagnostic-testing/

PacBioによる臨床レベルでのSMRT-seqと診断テスト連携モデル。Leveraging Predicive Network Models to Drive Personalized Cancer Therapyが、かなりの具体像

>> Understanding Accuracy in SMRT® Sequencing.

Single Molecule, Real-Time (SMRT®) DNA sequencing achieves highly accurate sequencing results, exceeding 99.999% (Q50) accuracy, regardless of the DNA's sequence context or GC content. This is possible because SMRT Sequencing excels in all three categories that are relevant when considering accuracy in DNA sequencing:





RoyalAstroSoc:
The largest structure in the Universe? 4 billion light years long, according to new MNRAS paper by Clowes et al http://www.ras.org.uk/news-and-press/224-news-2013/2212-astronomers-discover-the-largest-structure-in-the-universe




□ A Brain-to-Brain Interface for Real-Time Sharing of Sensorimotor Information: http://www.nature.com/srep/2013/130228/srep01319/full/srep01319.html … 昨年、脳内イメージのモーフィングがYouTubeで試験されてたけど、あの発展?




DailyNewsGW:
NIH Awards TriLink $130K to Develop RNA Sample Prep Method for NGS http://bit.ly/145ezRZ



TriLinkBioTech:
TriLink Awarded SBIR Phase I Grant: Improved Library Preparation Workflows for Next Generation Sequencing http://ow.ly/i8PSU

TriLink社が、NIHからSBIRグラントを受領。NGSでゲル精製不要のワークフローの開発と改善。SBIRは特にバイオ製薬にとって登竜門と言えるのだけど、4Gシーケンサーの導入に伴う試薬の安価・簡便化の流通を見越した動きなのかも。




TriLinkBioTech:
Standard control sequences aim to make genetic engineering more predictable. http://ow.ly/iRSx4




□ ビッグデータとしてのDNAライブラリ品質。NEBNext®Ultra DNA Library Prep Kitと他社プラットフォーム互換: 小麦ゲノムの高密度スキムシーケンシング Creative Approaches to NGS: http://genengnews.com/gen-articles/creative-approaches-to-next-gen-sequencing/4751/




□ DNAnexusのCEOへの取材。BGIなどの遺伝子データ転送インフラにクラウド運用で対抗。Hadoopの課題はリアルタイム・クエリ: DNA Crunchers Ditch Hadoop for Homegrown Software http://www.wired.com/wiredenterprise/2013/02/genetic-data-glut

Spiral Genetics社のCEOって弱冠25歳なのかー!シアトルのDNA解析企業。




dnanexus:
We believe! @pathogenomenick's candid chat with Clive Brown on Oxford@nanopore's 'delay'. http://ow.ly/isoQN #AGBT13 #genomics
AGBT13で明かされた、Oxford Nanoporeが何時までたってもリリースされないわけ。ASICの再設計と脂質二重層の安定化の問題




□ Repurposing CRISPR as an RNA-Guided Platform for Sequence-Specific Control of Gene Expression - genome engineering: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(13)00211-0




appliedgenomics:
HeLa cell line #genome sequenced: "widespread abnormalities" in number/structure of chromosomes and chr. shattering: http://www.science20.com/news_articles/genome_hela_cell_line_sequenced-106181




InsideScience:
http://bit.ly/XIYpyH - Building Unbreakable #Codes Beyond Earth's Bounds - #Quantum satellites may beam down powerful data encryption keys




NatureJapan: Membrane potential dynamics of grid cells
Nature ハイライト:脳が空間と時間を結びつける仕組み http://nature.asia/Woucnq




NatureJapan: Coherent state transfer between itinerant microwave fields and a mechanical oscillator
機械振動と量子状態記憶
>> http://www.nature.com/nature/journal/v495/n7440/full/nature11915.html




n0rr:
そういうわけでNGSが運用できてないみたいな話は研究者の世代交代が済んだら解決してしまう程度の問題かもしれない


kome_kome:
@n0rr 一晩、議論できそうですね。概ね同意しますが、Human scienceのようなappliedなところと、純粋なscienceではまた変わりますし、当面はいわゆるゲノマーが多様な生物で必要なので、まだbioinformaticsの専門家は必要な気はします。


アメリカの医療分野でのRT-seqでは、DNA解析と臨床をつなぐゲノムアドバイザーを仲介するモデルも構想されてるけど、単にデータ処理という見方をすれば、いずれインフラが完成された時点でbioinformaticianである必要性はなくなるのかもしれない。エンジニアの一方面になる




□ Benchtop Sequencers ? Ion out sells, MiSeq out performs: Ion Torrent 62%: 54% PGM: 8% Ion Proton: MiSeq shares 38%: http://t.co/8muyhj9P2a




portablegenomic:
The next revolution in genomics is just starting: Epigenomics AG/FDA/ Epi proColon® http://shar.es/j0TOz




□ Translational bioinformatics: integrating increasingly voluminous amounts of molecular / clinical data (PLoS) http://www.ploscollections.org/article/browseIssue.action?issue=info:doi/10.1371/issue.pcol.v03.i11




□ DSK: k-mer counting with very low memory usage: 27mers of a human genome dataset using only 4GB: moderate 160GB/17.9h http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/23325618/




□ Oxfold: kinetic folding of RNA using stochastic context-free grammars and evolutionary information:

>> http://t.co/99cz2fa98y




InSequence:
At AGBT, Illumina Highlights Moleculo, New Applications for HiSeq and MiSeq, Planned Improvements http://bit.ly/13g1hXa




□ RIPSeeker: a statistical package for identifying protein-associated transcripts from RIP-seq experiments http://m.nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/28/nar.gkt142.short?rss=1




□ A tool for the coordinate transformation of next-generation sequencing reads for comparative genomics/transcriptomics http://www.scfbm.org/content/pdf/1751-0473-8-6.pdf




CloudSigma:
CloudSigma & SAP will present "Cloud for savings, #Cloud for quality" for @HelixNebulaSC in #Brussels http://fb.me/1llnOth6X #iaas




rnomics:
Tools & Techniques: Cost-Effective Vector-Based sh#RNA Expression, Conditional #RNAi in... http://bit.ly/13MUX4X #rnomics_rna




Dev_journal:
Hypothesis: Recent data suggest that an important early step in planarian regeneration is neoblast specialization. http://ow.ly/hClGf




FASEBopa:
Sequester cuts university research funds via @washingtonpost http://www.washingtonpost.com/local/education/sequester-cuts-university-research-funds/2013/03/16/08e9cc24-877a-11e2-9d71-f0feafdd1394_story.html?hpid=z4




physorg_com:
#Quantumalgorithm breakthrough http://phy.so/280916122




physorg_com:
Bugs in the atmosphere: Study finds substantial microorganism populations in troposphere http://phy.so/281345356 @georgiatech




debcha:
Mapping out the "musical geography" of concentration camps: sound, space, and control. http://shar.es/jgz8E /via @npseaver




carbonmeme:
IPCC urges Obama to raise awareness of science behind climate change http://bit.ly/XmDbVE




reid_jf:
Fork a paper! Version control for scientific research http://bit.ly/ZOIfpS via @ctitusbrown @_inundata




iMedicalApps:
Apple launches dedicated 'Apps for Healthcare Professionals' collection http://bit.ly/VEtpRt




SciDevNet:
India boosts budget for science, innovation, crops http://bit.ly/149hHwb #sci4dev




therightblue:
World's biggest pool holds 66 million gallons and cost £1billion to build | Mail Online http://www.dailymail.co.uk/news/article-2147443/Worlds-biggest-pool-holds-66-million-gallons-cost-1billion-build.html




nagix:
HadoopでSQLクエリ実行を可能にする製品やOSSプロジェクトは もうこんなに "More and more companies and open source projects are trying to let..." http://gigaom.com/2013/02/21/sql-is-whats-next-for-hadoop-heres-whos-doing-it/





mishimahryk:
日本人多型/変異頻度情報は,継続的にアップデートしなければならないし,GRCのゲノム配列もどんどんアップデートされて,アノテーションも別々にアップデートされるので,その組み合わせの更新を維持できるような仕組みであってほしいというのが趣旨です



hinaichigo:
@mishimahryk 文部科学省の資料みるとやっぱりオリジナルリファレンス作るのではなく、多型情報蓄積なのかなという気がしてきました(項目3-A) http://goo.gl/pDTXI





OUPMusic:
Music during World War II - an excerpt on our blog! http://oxford.ly/XjsF1i



OUPAcJapan:
【OUP BLOG】歌手・音楽研究者Sally Dunkleyに聞く:どのようにしたら現代の音楽家がルネッサンスの音楽を再現することができるのでしょうか?(動画) http://oxford.ly/VIpEKt





DaiskeIkegami:
Randomness の一般論を Polish space 上の σ-ideal から始めるのは難しいかもしれませんが,Pi^0_1 sets をもうちょっと拡げた effective な ideal から一般論とかが作れるといいですね。



tri_iro:
ELCのMartinの話も気になる。計算時間が指数のJ個のタワーになる関数で、関数を分解すると徐々にタワーが減り、十分回数分解すれば、指数時間計算可能、多項式時間計算可能、となる話。関数の分解の問題が、なぜ記述集合論・ランダムネスの理論・計算量理論で同時発生しているのかという謎。

極限可能数(Δ02)⊂Δ03⊂…算術的階層…⊂算術的定義可能数⊂Δ0ω⊂…⊂Δ0α(α





BerkeleyLab:
MT @esnetupdates: RT @wiredscience: In pursuit of #mathematical proofs, is humanity losing its edge to #computers? http://oak.ctx.ly/r/2qsv



IntelGirl111:
Nigeria: Boko Haram - Lagos Allays Fear of Terrorist Attack http://bit.ly/13JLdbT




AIP_Publishing:
Ernest Moniz is likely next US secretary of energy http://ow.ly/i5SBl #AIP_PT #DOE




bigcatscom:
Breaking the Cheetah Curse ? Part III - PLoS Blogs (blog) http://dlvr.it/316fgW




zuttimokimagure:
国際銀行カルテルが新自由主義 http://youtu.be/SkZzbPeEIj0  欧州の大半で国民健康保険と水道の民営化危機 http://eurpub.oxfordjournals.org/content/19/5/448.full … http://www.publicserviceeurope.com/article/1952/eus-water-privatisation-plans-irresponsible … オバマ国民民間保険制度 http://eigokiji.cocolog-nifty.com/blog/2012/04/post-3937.html?cid=95585008#comments




nonshu:
「私はそういう親に問いたい、最初から社会でお宅の子供の面倒を見ろということか」当たり前だ。次世代育成に貢献するのは社会の義務RT@shinoegg 区議『待機親に求められる人としてのマナー』とりあえず杉並区に引っ越したくないなと思った http://blog.tanakayutaro.net/article/62737267.html

家族解体して貨幣経済にぶっこんどいて、育児は「自己責任」しか認めないなんて都合良く美味しいとこだけ吸って行こうとする昭和気分の抜けない議員さんもいるんだなー。自民党は変わらないのかな?




aprilone78:
ホントかよ。そうなんだ。キスまでする男友達「キスフレ」、36%の女性が「いる」と回答! #mycomj http://news.mynavi.jp/news/2013/02/28/009/index.html

キスまでなら事故です☆~(ゝ。∂)