□ PLoSMedicine: WHOによるアフリカ大陸の健康統計アトラス、2011年度版が発行
2011 WHO Atlas of Health Statistics - Africa bit.ly/oajjoK Everything from under 5 mortality to % of popn who are mobile subscribers
□ Patents, diseases and access to health exploring global/local networks of intellectual property law in African public health http://www.genomicsnetwork.ac.uk/forum/events/seminars/title,25155,en.html
□ genomicsnetwork:
Reminder! ESRC Genomics Forum Autumn & Winter Seminar Series - eepurl.com/gwVIn
□ AIP_Publishing:
Understanding the complexity of the Lévy-walk nature of human mobility with a multi-scale cost/benefit model #AIP_CHAOS ow.ly/74WdG
地理的距離毎に隔てた三領域に関して、人間の確率分布状況とモビリティに発現するレヴィウォークモデルの複雑性を、人口変位のマルチスケールコストと利益モデルから読み解く。
This rich and suggestive interpretation of human mobility may characterize other complex random walk phenomena that may also be described by a N-piece fit Pareto distributions with increasing integer exponents. This study also suggests that distribution functions used to fit experimental probability distributions must be carefully chosen for not improperly obscuring the physics underlying a phenomenon.
Article3に示されたスキーマ図が面白い。short-day都市内trip、稀なMulti-day trip、近隣都市への中距離tripそれぞれの齎す人口変位への影響と幾何学的制約を表現。人間の移動状況の統計的性質の予測と利益現象をランダムウォークに適合させようとする試み
□ NEXTERION: SCHOTT TGS GmbH
We have published our new newsletter, this time a special about high sensetivity slides. Enjoy reading: p0.vresp.com/kEA1o0
□ NatureJapan:
Nature Highlights: 制御可能な自己テンプレーティングによる階層構造形成 nature.asia/nG2EVE
□ SAGRudd:
bioKepler project to create genomics scientific workflows = NSF funded competition against #bioinformatics industry? genomeweb.com/informatics/ns…
□ wyattsgirl:
Xconomy catches onto DNANexus story and genome data xconomy.com/san-francisco/…
□ DNAnexus, With Google Ventures and TPG’s Cash, Seeks Edge in $100B Genome Computing Market @Xconomy - http://xconomy.com/?p=160835
□ Illumina Leads $8M “strategic financing” Investment in GenoLogics to Help Manage DNA Data Overload @Xconomy - xconomy.com/?p=160964
□ PLoSCompBiol:
Twitter may influence the spread of disease - health - 17 October 2011 - New Scientist bit.ly/roYbvO (PLoS CB bit.ly/qbO0Fu)
Twitterのトラフィックが、インフルエンザの拡散に及ぼした影響を計量。所感スコアの判定が気になるが有意に見える。
There is great interest in the dynamics of health behaviors in social networks and how they affect collective public health outcomes, but measuring population health behaviors over time and space requires substantial resources. Here, we use publicly available data from 101,853 users of online social media collected over a time period of almost six months to measure the spatio-temporal sentiment towards a new vaccine.
□ tonets:
Algorithms for Molecular Biology | Random generation of RNA secondary structures according to native distributions almob.org/content/6/1/24…
□ MSVアルゴリズムを用いたプロファイル型隠れマルコフモデル検索の加速。BLAST程度に高速化 RT @tonets: PLoS Computational Biology: Accelerated Profile HMM Searches http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002195
These methods are assembled in a pipeline in which high-scoring MSV hits are passed on for reanalysis with the full HMM Forward/Backward algorithm. This accelerated pipeline is implemented in the freely available HMMER3 software package.
Performance benchmarks show that the use of the heuristic MSV filter sacrifices negligible sensitivity compared to unaccelerated profile HMM searches. HMMER3 is substantially more sensitive and 100- to 1000-fold faster than HMMER2. HMMER3 is now about as fast as BLAST for protein searches.
□ Sagebio:
We have to overthrow idea it's a diversion from "real" work when scientists do high-quality research in the open on.wsj.com/vf3yg9
□ PLoSCompBiol: ISCBの提言により、米国を始めとする中等教育にバイオインフォマティクスを組み込もうという動き。教師へのリソースの提供も
Bioinformatics: Starting Early bit.ly/vw7qSJ New collection on teaching bioinformatics in high schools
□ genetics_blog: Stephen Turner
PLoS: Persistence and Availability of Web Services in Computational Biology plosone.org/article/info:d…
□ [PDF] Pharmacogenetic testing affects choice of therapy among women considering tamoxifen treatment http://genomemedicine.com/content/pdf/gm280.pdf
□ YusukeKomiyama:
7会場パラ. 数値計算, エネルギーソリューション分野もあるみたい. #matlabexpo MATLAB EXPO 2011開催！社内外の講演者が通信、信号処理、制御設計に役立つ最新機能をご紹介します。 matlab.my/pN9Bzt via @MATLAB_jp
□ EMBL_Events:
Registration is now open! EMBO Conference Series: Visualizing Biological Data (VIZBI 2012) 6 - 8 March 2012 - vizbi.org/2012/
□ 個人ヘルス・アシスタントとしてのSiri。緊急救命時にも役立ちそうなレスポンス。"How do I lose 10 pounds"にも的確に回答w Siri: iPhone’s new personal health assistant? http://shar.es/buDec
□ 32nm:
Siri 試してみた。あれの裏側は wolframAlpha かと思った。readwriteweb.com/archives/apple…
□ gaou_ak:
Siriの音声認識もセマンティクスマッチングも回答データベースも実に素晴らしいのだが、見えないところで言うと、アプリケーションレイヤーでのAPI制御が徹底できている点がすごい。これはOSX以外の他のOSが真似できないところだ。
相互運用性の上で何ができるか、を考える上で、MacOS Xの「サービス」とSiriを考えるといろいろ示唆に富んでいる。バイオインフォマティクスにおいても。MobyやSADIの上にSiriができるだろうか。SW/LODでは？
□ _masaka:
Has Siri's tech been published in academic papers? b.qr.ae/nTm40d 機械学習によるタスク補助関連論文等多数。蓄積の成果。リンクされている特許の解説には未来図が（?@_masaka）これもRoemmele
□ EricTopol:
The relentless march of IBM Watson into healthcare...a good thing! bit.ly/uXiJZw
□ dritoshi:
イルミナが提供するNext-generation sequencing 用 cloud-computing 環境。MiSeq に対応しているが、将来的には HiSeq やほかのプラットフォームも使えるようにするとか。バクエンドはAWSら… htn.to/rXnvKN
□ ayrrisbio: Ayrris社の提供するcloud-baseのRNA-seq環境
Here are the details on our RNA-Seq analysis --> bit.ly/rrQ6bV
□ portablegenomic:
Illumina’s newest version of its MiSeq desktop sequencer reflects the Apple-inspired integration | Xconomy shar.es/bcc08
□ genomesunzipped:
Debating the future of genome sequencing in medicine at the #ICHG2011 conference bit.ly/pK1bTZ
□ taxacom:
Robert Guralnick [Taxacom] Biodiversity Informatics Training Workshop --- announcement tinyurl.com/5t9zdkh
□ biochem_fan:
開発中のWebGLによる分子ビューアは、三次元モデルの生成部とUI部(マウスによる視点移動など)を切り離しているので、後者だけを独立して利用することも可能である。そこで、Marching Cube法による三次元スカラー場の等値面ビューアを作ってみた。そのうち公開予定。
JmolはレンダリングにJava3Dなどを使わず、自前でZバッファ方式のレンダラを実装している。これはPCでは依存性が少なくなるという強みであるが、AndroidのようにCPUが弱い環境では、極力ハードウェアを利用する実装にしたほうがいいのではなかろうか?
□ synobu:
BioPortal Annotaorサービス. 入力した文章のどのタームがどのオントロジーのタームにヒットしたかを一覧表示してくれる. #nbdc_wlt bioportal.bioontology.org/annotator
□ PhysicsNews:
Collaborative physics: String theory finds a bench mate ow.ly/73c1L #physicsnews
□ NatureJapan:
地球温暖化防止のための目標の達成可能性を検証する （Nature Climate Change）: NPG Nature Asia-Pacific nature.asia/nKALvy
□ Assessing Risk & Return: Personalized Medicine Development & New Innovation Paradigm: Kauffman Foundation shar.es/b4zZt @KauffmanFDN
As the biopharmaceutical industry faces declining productivity and innovation, personalized medicine?the concept that a person’s genetic makeup could be used to tailor medical care to that individual’s needs?offers promise for increasing economic returns, according to “Assessing Risk and Return: Personalized Medicine Development & New Innovation Paradigm.”
□ c_z:
こういうものが論文になるってのも凄いな。それだけ知識共有（の手法）の重要性がサイエンスで高まっているってことか。 RT @yokofakun: THE BIOSTAR PAPER !!!! ploscompbiol.org/article/info:d…
□ larry_parnell:
The curious case of SNP rs2880301. How an initial GWAS hit at 10e-218 (triglycerides) became a minor detective story bit.ly/sI2H2W
□ [Video Lecture] Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA http://www.jove.com/video/3340/single-read-and-paired-end-mrna-seq-illumina-libraries-from-10-nanograms-total-rna?utm_source=dlvr.it&utm_medium=twitter
□ Dev_journal:
Open Access: Reprogramming capacity of Nanog lies in DNA-binding domain that appeared in common vertebrate ancestor. bit.ly/tLVxBV
□ ExistenceG:
To test or not to test: How genetic testing affects your health insurance - insurancequotes.com/health_insuran…
□ ForbesTech:
Engineering Entrepreneur Alex Dickinson Takes Illumina Into The Cloud - Forbes onforb.es/u2AGsL
□ OxfordJNLsJapan:
【医学】Nicotine & Tobacco Researchより：タバコ企業が隠していたタバコの発がんリスクに関する文書の分析。 oxford.ly/o1We6v #cancer #smoking
□ OxfordJNLsJapan:
【生物学・医学】Cerebral Cortex誌より、優秀な学生が計算の不安をいかに克服するかの脳研究 oxford.ly/oh2ZNu #mathematics #anxiety #education
□ rnomics:
Guide to aligning #RNA seq data: The purpose of this... bit.ly/sOE21e #Transcriptome_Assembly_Tools #RNA_Seq #rnaseq #RNA-seq @MyEN
□ koboldpupil:
確率論で使われる「ランダム」とは一体何を意味するのか。確率論の専門家に聞いてもバラバラの意見がかえって来るのですが、バラバラの意見を持っていると意識している人は少ないようです。ついでにいえば力学系で使われる「ランダム」も謎の表現です。RT @metaphusika:
□ PLoSONE:
New study tracks traders' understanding of the stock market using e-communication data bit.ly/uqnsvd
□ DailyNewsGW:
Biodesign Institute Wins $6.5M to Expand Biorepository: read more bit.ly/ocvzkA
The Biodesign Institute at Arizona State University will use a $6.5 million grant from the National Institutes of Health to expand its biorepository that supports researchers working under the Protein Structure Initiative's (PSI) structural genomics consortium.
□ portablegenomic:
Whole genome sequencing report by PHG Foundation: lot of useful informations, little about DTC-Genomics shar.es/bjoMO
□ kaori_yoshida:
Mendeley→bibtex→BibDesk で文献管理 RT @keitabando: HOWTO: Use #Mendeley to create citations using LaTeX and BibTeX. shar.es/bY0oM
□ AIP_Publishing:
The effect of electrostatic shielding using invisibility cloak #AIP_ADV ow.ly/78hfB
□ akf:
総額でいえば学振よりもすごい．応募資格に国の縛りはないので，日本の学生も出せるかも． : Facebook’s Fellowship Program for Current CS Ph.D. Students cccblog.org/2011/10/29/fac…
□ dritoshi:
生物系はあの分厚い The Cell (4.6 cm) を勉強しないと揶揄されがちだが、Learning Python (4.3 cm), PRML (4.6 cm) も十分厚く、そのあたりを全部読まないとならないバイオインフォマティクス研究者が一番大変であるという仮説はどうか?
□ freemusicarchiv:
"Why I Went CC-BY" bit.ly/ooLTyi Composer @ChrisZabriskie on why he removed the "NonCommercial" from his #CreativeCommons #ccmusic
□ appliedgenomics:
Forboding post from @nealunger of @fastcompany on the theft of Israel's a 9-million-strong biometrics database: bit.ly/uzqWMf
□ DailyNewsGW:
NIH Funds ASU's DNA Synbody Reagent Project: read more bit.ly/sIH4np
□ DailyNewsGW:
Synthetic Genomics, Plenus Form New Company to Leverage Genomics for Agricultural Applications: read more bit.ly/vyNKLc
□ yag_ays:
書いた "SAMtoolsのためのzshの補完関数 at WolfEyes Bioinformatics" yag-ays.jp/blog/archives/…
□ yag_ays:
gmapについてlocal wikiに書いてたメモに少し追記して書いた "SAM形式で出力できるアラインメントソフトウェア「GMAP」のセットアップと簡単な使い方 at WolfEyes Bioinformatics" bit.ly/sPNzAM
□ NCBI:
CDTree (protein domain hierarchy viewer/editor) is now bundled with Cn3D v.4.3 (macromolecular structure viewer): 1.usa.gov/svhY0g
□ _shk:
NBDCが作る統合DBに必要なオントロジーをまず模範的に作るのがいいんじゃないでしょうか。NBDCのDBガトップレベル的で、粒度は末端に行くに従って細かくなっていくので。
Republic, Lost from lessig on Vimeo.
□ lessig:
I just uploaded "Republic, Lost" on Vimeo: vimeo.com/31009503
□ BioMedCentral:
Reading: Why video games are key to modern science ow.ly/76E5X #science #research #oa
ISWC is the major international forum where the latest research results and technical innovations on all aspects of the Semantic Web are presented.
□ The 10th International Semantic Web Conference #ISWC2011 #COLD2011
>> http://iswc2011.semanticweb.org/home/
□ bioontology: NCBO
RT @FrankVanHarmele: Slides & scripted text from #ISWC2011 keynote http://www.cs.vu.nl/~frankh/spool/ISWC2011Keynote/
Is data sharing the privilege of a few? Bringing Linked Data to those without the Web
View more presentations from Christophe Gueret
□ open_for_change:
MT @FrankVanHarmele: "Linked Data for the 4.5 billion people without web access": slidesha.re/vmvBhU #iswc2011
□ koujikozaki:
２）途上国向けLD利用端末 “@nobuotto: 同じくです RT @takechan2000: え？どうやって？RT @koujikozaki WebなしでLDを使えるようにしよう！という活動の紹介（途上国向． #ISWC2011” yfrog.com/klninuxj
□ secoresearch:
RT @ivan_herman: P Groth and Y Gil, Linked Data for Network Science bit.ly/owxcJg #iswc2011 #lisc2011 #linkeddata
□ frankolken:
Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems #ssws2011 (at #iswc2011) proceedings can be found at bit.ly/pG1y8n
□ takechan2000:
さてLinked Scienceとはなんでしょう？いまのところ最初のトークはバイオの巨大データ(シーケンサーとか)のワークフローの話。2番目はネットワークデータの分析を簡単にするツールの話。 3番目は世界規模のgeodataの扱いについて。 #lisc2011
□ takechan2000:
@koujikozaki Open Universityの諸々の学生用システムをLDでつなぐ．かなり大規模なチームでデータの収集を行っている．data.open.ac.uk で，データを公開．#iswc2011 #cold2011
□ ISWC2011:
Vote for the Linked Data-a-thon applications userpages.uni-koblenz.de/~cms/survey/in… #ldthon2011 #iswc2011
□ laroyo:
Petland's expectations: (1) to derive maximum value individuals need interoperable ontologies --> market forces for semweb #iswc2011
□ LinkedScience: Tomi Kauppinen
Sebastian Nordhoff on defining dialects, languages, and language families . #LISC2011 #ISWC2011 CEUR-WS.org/Vol-783/paper7…
□ takechan2000:
[Nordhoff] 人類学者？世界の言語・方言の取り扱い方。言語をsubsumptionのツリーで表現する。へえ、、、#lisc2011
□ lysander07:
wrt. 'Integr. Video Lectures DS' at #yovisto we have semantic time-based annotations for +10.000 videos bit.ly/shHlBs #iswc2011
□ phaase:
Our Conference Explorer wins Linked Data-a-thon Best Demo Award - thanks to all who voted! #iswc2011 #linkeddatathon iwb.fluidops.com:7880
□ ak07: Arne Kunisch
Linked Data Browser: check out Visor (Alpha) at visor.psi.enakting.org from Igor Popov available for Chrome, Firefox, Safari #ISWC2011
Visor Tutorial Video from Igor Popov on Vimeo.
Igor Popov: There is also a short video introduction to Visor that you can see here http://vimeo.com/24174055 #ISWC2011 #ontology #visualization