□ FQXi:
Hubble's "snow angel" (or bipolar star-forming region): nasa.gov/mission_pages/… #astronomypic
The bipolar star-forming region, called Sharpless 2-106, looks like a soaring, celestial snow angel. The outstretched “wings” of the nebula record the contrasting imprint of heat and motion against the backdrop of a colder medium. Twin lobes of super-hot gas, glowing blue in this image, stretch outward from the central star.
□ eurogene:
a more comprehensive GWAS database:GWASdb - better than HuGE? Will it be kept updated? bit.ly/t5pKzm
GWASdb: a database for human genetic variants identified by genome-wide association studies
We have developed GWASdb that contains 20 times more data than the GWAS Catalog and includes less significant GVs (P?
Furthermore, GWASdb classifies these GVs according to diseases using Disease-Ontology Lite and Human Phenotype Ontology. It can conduct pathway enrichment and PPI network association analysis for these diseases. GWASdb provides an intuitive, multifunctional database for biologists and clinicians to explore GVs and their functional inferences. It is freely available at http://jjwanglab.org/gwasdb and will be updated frequently.
ヒト遺伝的変異のGWASデータベース。正確なキュレーションと統合リソース、遺伝的変異と疾患指向分析の包括的なアノテーションで構成。
サービス指向アーキテクチャでWebベースのクエリツールとして作成。大容量のSNPの処理、大規模DBの通信とWebサービスインターフェースの為にApache CXFを採用。
□ isgtw:
Researchers develop computer simulations of kinesin engines to show how they move in the brain. bit.ly/vmhNHl @UCSDnews @HHMINEWS
□ RNA interference (RNAi)
>> http://bcove.me/kr3emoyb
RNA interference (RNAi) is an important pathway that is used in many different organisms to regulate gene expression. This animation introduces the principles of RNAi involving small interfering RNAs (siRNAs) and microRNAs (miRNAs). We take you on an audio-visual journey through the steps of gene expression and show you an up-to-date view of how RNAi can silence specific mRNAs in the cytoplasm.
□ The challenges of success: dramatic growth of #openaccess early year-end edition http://ow.ly/7YXET #oa
□ PLoSCompBiol:
Comparative Microbial Modules Resource: Generation and Visualization of Multi-species Biclusters bit.ly/vGv6IS
微生物ゲノム比較モジュール: 多様種Biclustersの生成と可視化の為のJavaベース・システムによって、未知遺伝子の機能を同定する。
We use multi-species-cMonkey, an algorithm of our own construction that can integrate diverse systems-biology datatypes from multiple species to form biclusters, or condition-dependent regulatory modules, that are conserved across both the multiple species analyzed and biclusters that are specific to subsets of the processed species.
Our resource is an integrated web and java based system that allows biologists to explore both conserved and species-specific biclusters in the context of the data, associated networks for both species, and existing annotations for both species.
微生物ゲノム比較モジュール(CMMR)、Gaggleベースで横断データベースとして機能するのか。Sungear, Cytoscape (BioNetBuilder), FireGoose, データマトリックスビューア等の各種ツールと互換。
□ jrkelly:
DNA2.0 Integrates Synthetic Biology Open Language (SBOL) Into Gene Designer software
>> http://www.prweb.com/releases/2011/12/prweb9023333.htm
>> https://www.dna20.com/
DNA2.0 announces the integration of the first standardized information exchange framework for synthetic biology into the company's breakthrough gene design and assembly application.
DNA2.0 the leading provider of bioengineering solutions, today announced the integration of the Synthetic Biology Open Language (SBOL) into the company’s groundbreaking gene design and assembly tool, Gene Designer. SBOL is a synthetic biology standard exchange format that allows scientists to share, store, explore and publish genetic elements created through computer design.
This newly-released language forms the basis for Gene Designer’s integration of genetic parts from BIOFAB and enables a new feature in the application called Diagram. Diagram provides a clean visualization interface of designed sequences and eases scientific collaboration by enabling graphic exports of sequences.
□ iainh_z:
Data publishing framework for primary biodiversity data - new #opendata supplement in BMC Bioinformatics biomedcentral.com/bmcbioinformat…
Open access to primary biodiversity data is essential both for enabling effective decision making and for empowering stakeholders involved with and affected by the conservation of biodiversity [31-33]. Specifically with respect to scientific publishing, the ability to critically evaluate a published scientific hypothesis or scientific report is contingent on the examination, analysis, evaluation and, if feasible, re-generation of data on which conclusions are based.
生物多様性プライマリデータの為のデータパブリッシング・フレームワーク。Open Accessによる保全への効果的な意思決定とインフラストラクチャ。
□ Detecting Novel Associations in Large Data Sets
>> http://www.sciencemag.org/content/334/6062/1518.abstract
>> http://www.exploredata.net/ (Software)
<foot size=1>Identifying interesting relationships between pairs of variables in large data sets is increasingly important. Here, we present a measure of dependence for two-variable relationships: the maximal information coefficient (MIC). MIC captures a wide range of associations both functional and not, and for functional relationships provides a score that roughly equals the coefficient of determination (R2) of the data relative to the regression function.
MIC belongs to a larger class of maximal information-based nonparametric exploration (MINE) statistics for identifying and classifying relationships. We apply MIC and MINE to data sets in global health, gene expression, major-league baseball, and the human gut microbiota and identify known and novel relationships.
MINE:大規模な多元数データセット解析:2変数依存性の最大情報係数(MIC)から統計情報の関係性を識別するソフトウェア
□ GenomeBrowser: http://genome.ucsc.edu/
We now support Variant Call Format (VCF) a line-oriented format for single nucleotide variants, indels, copy number and structural variants.
□ The Human DNA Methylome - Epigenome Browser
http://bit.ly/ssg1wS
□ CSHLnews:
RNA book published by @CSHLPress finds its way into @Choice_Reviews' 2011 Top 25 list of academic titles bit.ly/uskybx
□ LucigenCorp:
Cloning solutions to GC-Rich genomes to maximize insert stability: pJAZZ® vector. bit.ly/tXm2Rk
□ yannabraham:
Excellent review about exome sequencing #NGS nature.com/nrg/journal/v1…
Exome sequencing as a tool for Mendelian disease gene discovery
Over the past 2 years, experimental and analytical approaches relating to exome sequencing have established a rich framework for discovering the genes underlying unsolved Mendelian disorders. Additionally, exome sequencing is being adapted to explore the extent to which rare alleles explain the heritability of complex diseases and health-related traits.
□ genegroove:
The Hottest Holiday Gadgets for the Self tracker, your genome music included via @techonomy and @adajane onforb.es/t7zyOg
□ Ruth_Saunders:
I WANT a GeneGrove: it uses SNP data to make your own, personalised song (portablegenomics.com) I wonder what my DNA sounds like...
23andMe、及びdeCODEmeからOpenSNPに転送された自分のDNAデータを音楽に変換するiPhone app『GeneGroove』が、portable genomicsから今月リリース予定。
□ synbiotic:
Biologie de synthèse, développement, potentialités et défis - MESR : enseignementsup-recherche.gouv.fr enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid58770/biolo…
>> BIOLOGIE DE SYNTHÈSE : DÉVELOPPEMENTS, POTENTIALITÉS ET DÉFIS [pdf]
Le rapport réalisé par le groupe de travail Biologie de synthèse à la demande du ministère vient de paraître.
La BS se définit par la conception intentionnelle de systèmes biologiques artificiels, en couplant modélisation mathématique et méthodes biomoléculaires. Son émergence s'appuie sur la puissance analytique de la biologie moléculaire (-omiques) et sur les modèles prédictifs et explicatifs qui en intègrent les résultats (biologie systémique), ainsi que sur la chute drastique des coûts du calcul scientifique et de la lecture et écriture de l'ADN.
フランスにおける合成生物学開発とイニシアチブの国家戦略。(KBBE: Knowledge Based Bio-Economy)への貢献。
学際的な研究センターの創設と雇用、大学院プログラムへの助成。ERASysBioなどの国外活動、フランス語によって統一されたネットワークの形成・プログラミングプロセスの統合。2015年度までに欧州の枠組みにおけるプラットフォームの作成。
□ ca_tweet:
欧州委員会（EC）がオープンデータ戦略を発表、2012年春にデータ利用のためのポータルサイト開設へ current.ndl.go.jp/node/19746
2011年12月12日に欧州委員会は、欧州全体で毎年400億ユーロの経済効果をもたらすものと期待されるとして「欧州オープンデータ戦略」（Open Data Strategy for Europe）を発表したようです。ECのプレスリリースによると、EU及びEU加盟各国のデータを広く活用できるようにすることを目的に、2012年春にもオープンデータポータルサイトを開設するようです。
Digital Agenda: Turning government data into gold
>> http://europa.eu/rapid/pressReleasesAction.do?reference=IP/11/1524
□ Synthetic Biology Explained
From selective breeding to genetic modification, our understanding of biology is now merging with the principles of engineering to bring us synthetic biology.
□ synt_biology:
?1 billion spent on homeopathy and anthrosophic medicine in EU | New Europe bit.ly/vCLuNm
これは…
□ OpenAIRE_eu:
OpenAIREplus (2nd Generation of #OpenAccess Infrastructure for Research in Europe) was launched... tinyurl.com/bn2g5my
Paving the way to an open scientific information space: OpenAIREplus ? linking peer-reviewed literature to associated data.
OpenAIREplus (2nd Generation of Open Access Infrastructure for Research in Europe) was launched in Pisa in early December. The 30 month project, funded by the EC 7th Framework Programme, will work in tandem with OpenAIRE, extending the mission further to facilitate access to the entire Open Access scientific production of the European Research Area, providing cross-links from publications to data and funding schemes. This large-scale project brings together 41 pan-European partners, including three cross-disciplinary research communities.
□ phylogenomics:
PLoS Biology: The Open Knowledge Foundation: Open Data Means Better Science shar.es/oPBQ1
Open Knowledge Foundation is a community that works to develop tools, applications, datasets, and guidelines to promote the open sharing of scientific data. This article focuses on the Open Knowledge Definition and the Panton Principles for Open Data in Science. We also discuss some of the tools the group has developed to facilitate the generation and use of open data and the potential uses that we hope will encourage further movement towards an open scientific knowledge commons.
オープンナレッジの統合と原則: データを科学出版の軛から開放する: 既に生物多様性研究で実現されている方法論など。
Open DataとFree Accessの定義の混同を払拭し、OKFにおけるデータは『パントンの原則』(pantonprinciples.org) とパブリックドメインを適用する
10年近く前、CSで放送してたアンチセンス薬の開発を巡るドキュメンタリーで、企業が参照ベースにした数々の大学の論文が開発段階に至って悉く役に立たず、計画自体が頓挫したという忘れ難い事例が紹介されていた。Open Dataの果たす役割は、共有データの評価を相互に証憑とする事でもある。
□ BioMedCentral:
Urgent: more action needed to stop SOPA ow.ly/808bP @creativecommons #openaccess #internet #opensource
□ whym:
「 #SOPA のどこがフリーウェブとウィキペディアにとって問題なのか」 j.mp/tk5oyT ウィキメディア財団法務部長による解説の日本語訳（途中） #wmja #jawp / 急作りな訳であまり知識もないので、間違いが多いかもしれません。編集を歓迎します
□ Sagebio: SageBionetworks
"Should Patients Get Direct Access to Their Lab Test Results? An Answer With Many Questions" bit.ly/tQIMZk but only one answer!
□ PLoSCompBiol:
How do birds communicate via their songs? bit.ly/vfc30l
A Hierarchical Neuronal Model for Generation and Online Recognition of Birdsongs
鳥の歌によるコミュニーケションと認識プロセスの階層型ニューラルモデル。ベイズ推定に基づいて、鳥の鳴き声の人工認識システムを構築する。
□ OxfordJNLsJapan:
Oxford Advanced Learner's Dictionaryのアプリ登場。iPhone、iPod touch、iPad対応です。詳しくはこちらをご覧ください。 oxford.ly/eltapps
□ gedankenstuecke:
This is so true: MT @RosieRedfield: What do genetics students really need to learn? (Hint: it's not Mendel.) rrteaching.blogspot.com
What genetics should all our students learn? ("Stop, you're teaching the wrong stuff!")
First, analysis of how phenotypes are inherited in crosses used to be the most powerful tool for understanding how organisms work. Even if students weren't going to go on to do this analysis themselves, as biologists they needed to understand how it was done. And following in the footsteps of the great geneticists was thought to be the best way to learn it. Second, genetic analysis is hard, and learning to do it trains the mind in rigorous thinking. Genetics students' experience at solving complex genetic problems was expected to make them better at solving all kinds of problems, in everyday life as well as academia.
遺伝子解析について学生が本当に学ぶべきこと 1.フェノタイプの働きの分析によって有機体を理解する 2.社会・倫理を含めた複雑な問題に向かう厳密な思考
□ 例題:
Here's an exam problem from our modern genetics course. http://bit.ly/tXKvUF
□ _masaka:
Can Tweets Predict Citations? bit.ly/tm4iIC
医療論文誌の掲載論文について、発表後にツイートされた数と論文DBにおける被引用数との関係を調査。発表から7日間のツイート数をtwimpact因子と呼んで社会インパクトを測る尺度に
□ Does Collocation Inform the Impact of Collaboration? http://t.co/7c1iXyra
Relationship between distance of coauthors and citations for four author relationships (first-last, first-middle, last-middle, and middle-middle) were investigated at different spatial scales. At all sizes of collaborations (from two authors to dozens of authors), geographical proximity between first and last author is highly informative of impact at the microscale (i.e. within building) and beyond.
The mean citation for first-last author relationship decreased as the distance between them increased in less than one km range as well as in the three categorized ranges (in the same building, same city, or different city). Such a trend was not seen in other three author relationships.
共同研究における著者間の物理的距離と出版物の引用インパクトの相関。異なる空間スケール毎に定量観測。オープンアクセスの優位性は不確証
□ JSAI創立25周年記念合同研究会
シンポジウム 分子生物情報研究会 MBI (第47回SIG-MBI) → #sig_mbi
□ YusukeKomiyama:
ゲノム解析にスパコンが必要だと言われるとかえって高く感じてしまうが？-->ゲノムのマッピングには必要, 膨大なディスク容量が必要. 100-200PB. BGIでは1000PB利用している #sig_mbi
2n-ND競合システムを導出するラグランジャン. 保存量の定式化. 2変数ND競合システムの数値解. 例は捕食者と被捕食者
バイオ分野でのSBML (Systems Biology Markup Language) , 生命システムの仕様: 目的：生命システムの定量的に適した仕様記述言語の設計
カオスになるとどうなるか？アトラクタ構造の範囲の中で検査できないか？ --> 頻度がそもそも定義できない. 連続時間でないと難しい. 周期性があるのはラッキーなパターン
□ lapis_clothes:
企業には現在の問題を解決する部隊は必要だが、将来の問題を創り出す部隊も必要。「デザインとは、現在の問題解決だけでなく、未来の問題を創り出して、その解き方を考えること」 #sig_kst #sig_skl
いつも側にいるコラボレータ Google+を使った共同研究の進め方
View more presentations from Itoshi Nikaido
□ dritoshi:
Check out this presentation : いつも側にいるコラボレータ Google+を使った共同研究の進め方 http://www.slideshare.net/dritoshi/google-10610317
□ mothprog:
今だったか。Google+関係者はこれご存じなのだろうか。分子生物学会「もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら」 aeplan.co.jp/mbsj2011/progr… #MBSJ2011
□ takanzai:
共同研究＝遠距離恋愛仮説 #MBSJ2011 #lovenomizenza
□ 『コミュニケーション行動と遠距離恋愛カップルのライフスタイルに関する分析』(GPS,都市計画) Analysis of communication and long-distance lover's lifestyle http://t.co/aKecKbHh
Towards Database Integration Through RDF & Linked Data
View more presentations from yayamamo @ yayoi
□ yayamamo:
分生プレゼン資料アップしました。 Towards Database Integration Through RDF & Linked Data #mbsj2011 #2T18pI-5 slideshare.net/yayamamo/mbsj2…
□ n0rr:
ヒトのｉＰＳ細胞から肝細胞、製品化初成功 bit.ly/vnDMnt 肝細胞な 肝臓じゃないよ
□ yag_ays:
Now browsing: "カーゴ・カルト・プログラミング - Wikipedia" bit.ly/swUOQ3
□ tkuboyama:
8件目「変化検出のための極大整合連結集合」時系列ネットワーク構造変化の検出。NewmanのModularityの差分を指標に使いつつも興味ある局所構造の全列挙をするもの。 #sig_fpai
□ Twelfth Asian Logic Conference, 15-20 December 2011 (アジア論理学会議2011)
>> http://msor.victoria.ac.nz/Events/ALC2011/WebHome
□ tri_iro:
今回のアジア論理学会議2011は、超ランダムネス推しにつき、ほぼ全ての時間帯にランダムネス講演があるというアジアランダムネス会議の様相を呈してきている感じがしてますが、そのおかげで、結構、解析学・確率論・エルゴード理論っぽい話が聴けて楽しいです。
ALC2011・初日6 デヴィッド・ダイアモンドストーン『強ジャンプ追跡可能性の内在的枚挙可能性』強ジャンプ追跡可能実数はあるc.e.強ジャンプ追跡可能実数の下にあるという定理。系として、強ジャンプ追跡可能性とスーパーローであることが一致するとか。
ALC2011・2日目2 ノーム・グリーンバーグ(2)『強ジャンプ追跡可能性』（全体講演）強ジャンプ追跡可能性の歴史から始まり、ランダムネス・K-トリビアルなどとの関連性、ランダムネスによる特徴付け、強ジャンプ追跡可能性の次数構造などのサーヴェイ的な話。
ALC2011・アンドレ・ニース講演は3日目3。『Δ_2集合の複雑性をその変心で測る』 アーサー王伝説になぞらえたランダムネス物語。Ω王と円卓のランダムΔ_2騎士。Ω王はともかく、騎士は無限人くらいいそうなので、円卓を準備するのが大変ですね。
内容：『王の税法』に従う者としてK-トリビアルであり、不完全なランダムΔ_2騎士の従者は皆貧乏であり、王の税法は慈悲深く、慈悲深き税法に従うものは強ジャンプ追跡可能である。
アジア論理学会議(ALS2011)のAndre Nies講演、アーサー王伝説とRandomness（計算可能性理論）を絡めた話が面白そう。近いうちにTalkに追加されるかな。/ Andre Nies http://www.cs.auckland.ac.nz/~nies/