GenoCon: International Rational Genome Design contest for Synthetic Biology.

□ First-ever contest in rational genome design based on semantic-web technology.

>> http://genocon.org/
>> http://www.riken.jp/engn/r-world/info/info/2010/100524/index.html


・セマンティック・ウェブを基盤とした「合理的ゲノム設計」の公開型最適化研究。

ブラウザ上でクラウド的にプログラミングを行うBio-Informatics研究の新領域の試みが、次世代グリーンイノベーションへと向けた、ゲノム設計技術者をサポートする為の国際コンテストという形式で実践されます。

（※ ゲノム研究のクラウド化自体は、既に海外では試験的に導入され、最近の国際シンポなどで有効性が謳われています。）


因みに理研のサイトでアカウントを取ってエントリーすれば、誰でも"SciNeS"上のセマンティック・ウェブにアクセスして利用できるようになります。（私もエントリーしてみました。）

『生物学/プログラミングいずれか未経験者でもOK』と間口が広いながらも、規定や説明、選考基準に関しては、生物学の専門外のプログラマーたちにも一定の評価を得ている吟味された内容です。私も含めて「後学の為に」という方は、良く「抱負」の項目を考えて応募してみては如何でしょうか。


（※ GenoConの差し当たっての目標は、ゲノム設計士という提案の喧伝の他に、こうした公開型研究がクラウドとして機能するかどうかを試験的にブートしてみたいといったところでしょう。また、現状、国内のドライ系の研究者の方はBioPerlやBioRubyなどの記述に慣れた人も多いと思うのだけれど、同時にin-vitroな安全性の評価を行える専門家が既に一定数いるということを勘案に入れるべきか。さもなければ選考が相補的になるような。。）



つい先日は、アメリカのJ. Craig Venter 研究所が全遺伝情報を人工的に合成した細菌を作製することに成功しており、まずは環境適応型の『人工生命』という未来の技術的視野において、その開発エンジニアとなり、DNA配列をデザインする「ゲノム設計者」の為の人材育成の必要性が評価されています。


また、この世界的動向に先立ち、日本のJST（科学技術振興機構研究開発戦略センター）は、「環境適応型作物のゲノム設計技術」という戦略イニシアチブを打ち出し、その中で「ゲノム設計」の概念を定義付けています。

>> http://crds.jst.go.jp/output/pdf/09sp11.pdf

（※ ここで言う"Rational (合理的)"の意味は、「定量的可塑性がある」≒「プログラム可能な」）



【概要】

GenoConは、オープン形式で共通の課題解決に取り組む「公開型最適化研究（オープン・オプティマイゼーション）」という連携研究の仕組みと情報基盤を新たに提供し、バイオマス工学やグリーンイノベーション分野の発展に貢献します。コンテスト形式を採用することで、世界中の研究者から合理的ゲノム設計の手法とプログラムを募集して蓄積し、クリエイティブコモンズのライセンスの下で積極的に共有化していくことで、情報合成生物学を発展させるための集合知を形成していきます。

グリーンイノベーションでは、石油などの化石資源に依存した有用物質生産から、再生可能な資源であるバイオマス資源への転換が求められています。特に、化石資源の少ないわが国では、将来海外の資源に頼ることなく有用物質の生産を行っていくために、多様な生物種のゲノム情報を資源として活用し、資源増産につながる機能性植物を合理的ゲノム設計（Rational Genome Design）によって創出する技術の進展が期待されています。

（中略）GenoConは、理研サイネスにセマンティックウェブ形式※7で収録されているゲノムデータやタンパク質データなどの公開データベース群を活用して合理的にデータ処理を行うプログラムを作成することにより、植物の生理機能を高めるための最適なDNA配列を参加者に設計してもらうコンテストです。

GenoCon「研究部門(本選)」は、ゲノム科学、環境科学、バイオインフォマティクスや情報科学など、幅広い分野の専門知識と安全管理に詳しい人材の育成が期待できます。将来的には、「ゲノム設計士」という資格制度の創設を目指していきます。

「生命」をデータ化して制御・干渉が可能な未来がくれば、地球の資源運用とともに、その文明やパラダイムには、人類史上かつてないほどの劇的な変化がもたらされるかもしれませんね。ゲノムは「受け継ぐ」ものから「転写・デザイン」するものへ。このミッシング・リンクに孕まれるリスクを評価する手段も、今後は講じられて行くべきでしょう。


"Life finds a way (生命は道を探す)"　これが生命の意志そのものなのか、環境との共進化と言えるのか。人間領域の制御触媒である記述形式、「情報データ」という電気信号を接地面として、マクロ・スケールで相互作用する、新たなランドスケープが拓けようとしています。




□ Clip.

□ Quantum Crack in Cryptographic Armour

>> http://www.nature.com/news/2010/100520/full/news.2010.256.html

量子鍵のクラック可能性

In standard quantum cryptographic techniques, Alice encodes each bit using the polarization of photons. When she sends these bits out, the polarization should be perfectly oriented in one of four directions, separated by 45 degrees (north, northeast, east or southeast).

In a perfect world, any hacking attempt would disturb a significant fraction of the bits' orientations, introducing errors just above the threshold. However, in practice, Alice cannot switch orientations for successive bits instantaneously ? each time she wants to send a bit with a new orientation, she has to change the voltage applied to the photon to shift its orientation. This gives the hacker time to swoop in and hijack the bit before it is sent out to Bob, measure it, and then send it on its way again.

「量子ハッカー」の時代来たる。鍵を作る時点の光子偏光に干渉し、通信を阻害しつつ、ランダムエラーの発生に付け込むという発想。量子鍵クラックについて、件の記事中で意見しているVadim Makarov氏が寄せたコメントによると、今回のアタックは現在知られている量子暗号システムにとっては脆弱で、脅威とは言えないと注釈。ただ、通信過程の両端にウィークポイントがあるのは昔から懸念されてますね。



□ NIH Proposes Conflict of Interest Rule
・日本の厚生労働省に相当する米NIHの研究助成をうける際の、利益相反の開示基準が厳正に。

>> http://www.medpagetoday.com/PublicHealthPolicy/Ethics/20269

The proposed changes would:

・Lower the threshold at which a researcher's financial interests require full disclosure to $5,000 from $10,000.
・Require institutions to create a plan to manage all identified financial conflicts of interest, which might include reducing or eliminating the conflict. Institutions would need to report the key elements of their plan to the NIH.
・Require every Public Health Service-funded institution to post on a website information on all significant financial conflicts of interest.
・Require investigators to undergo financial conflict of interest training before engaging in Public Health Service-funded research, and every two years thereafter.

□ THE FINANCIAL CRISIS COLLECTION.
　A multiple journal collection of themed issues and free articles on the
financial crisis:

>> http://www.oxfordjournals.org/subject/social_sciences/financialcrisis.html

OUPの経済学７誌上で掲載された世界規模の経済危機に関する論文を集めたオンライン論文コレクション、無料公開しています。(@oxfordJNLsJapan)