Cytoscape 2.4.0

□ Cytoscape 2.4.0.

>> http://www.cytoscape.org/
>> http://cytoscape.seesaa.net/
>> http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/Welcome

bio-informaticsのMLにて告知されていました。
Cytoscapeは生物学的ネットワークの可視化プラットフォーム。
昨年のVer2.3から更に機能強化を計ったVer 2.4.0がリリース。

テキストファイル、Microsoft Excel(.xls)ファイルからのネットワーク、アトリビュートインポート
SBML、PSI-MI、BioPAXファイルのサポ-ト
リモ-トファイルのURL指定によるインポ-ト
標準的なオントロジー記述フォーマットであるOBOファイルのネイティブサポ-ト
オントロジーの可視化
論文に使う図の制作に便利なラベルの位置調整、レジェンドの自動生成
Quick Find (Googleのサジェスト機能を模したノード、エッジ検索のためのプラグイン)
Java SE 5, 6のサポート

とにかく拡張性のあるプラットフォームなので、様々な環境でも工夫次第で活用できるのがポイント。（チュートリアルで紹介されている、Table Importを用いたMac、UnixでのPajekの応用など）Excelで保存しているネットワークやアレイから直接インポートできるため、システムの移行も容易に行えます。「オントロジーの可視化」については、新しいオントロジーサーバに移して、あらゆるOBO(Open Biological Ontologies)のサポートを可能にしています。特にビジュアライズ周りに関して

Node label position adjustment.
Automatic Visual Legend generator.
Node position fine-tuning by arrow keys.
The ability to override selected VizMap settings.

とあり、マッピングの際のアトリビュートの表示制御など、インターフェイスの躍進にも細心の注意を払われているようです。また、Ver.2.5への持ち越しと思われていた幾つかの機能も既に実装されているようですね。

この分野では類似した局所構造について、多岐なパースペクティブ（タンパク質シーケンス、トポロジー、遺伝子オントロジー）でデータマイニング（機能予測・比較）をするために、システムの切り替えや使い分けに、即時性と機動力が求められます。将来的には、よりユニバーサルなシステムで相互換のデータ集約演算、（メタデータや類似構造のデータベースから評価された）機能性サブネットワーク、パスウェイの創出といったステージへと向かうのかもしれません。