Announcement: "Petaflops-Over-Scale Computer and Life Science Applications".

シンポジウムのお知らせ：
「超ペタフロップス級コンピュータと実験生物学の連携による生命現象への挑戦」
Petaflops-Over-Scale Computer and Life Science Applications


【日　時】2009年2月5日（木）10:00-17:40
　　 　　 2009年2月6日（金）10:00-12:35

【場　所】理研横浜研究所 交流棟ホール
http://www.yokohama.riken.jp/outline/access/index.html

【懇親会】2月5日（木）17:50-20:00

【参加費】無料（懇親会費 3,000円）

【申込方法】事前登録要：http://mdgrape.gsc.riken.jp/pcla/pcla09.html


【概　要】

現在理研では、10ペタフロップス超の性能をもつ次世代 スーパーコンピュータの開発が着々と進められており、それに合わせて理化学研究所での各種研究活動との連携について議論が進められています。

その中でも特に、近年の 生命現象の定量化の進展から、生命科学における大規模シミュレーション・情報処理の可能性が注目されています。特に横浜研究所は、大規模計算を活用する上で有効な生命研究データを大量に産生するポテンシャルを有しています。

そこで、横浜研 究所を中心に、基幹研究所・神戸研究所・播磨研究所を含めて実験的な方法に基づく生命現象の解析と大規模シミュレーション・情報処理による計算生物学の連携を考えるシンポジウムを開催いたします。

本シンポジウムでは、特に、以下の３つの領域について議論します。

１．構造生物学と分子シミュレーション
タンパク質の立体構造をベースにしたシミュレーションや計算機上での分子設計・創薬研究

２．大規模実験データと情報処理技術
次世代シーケンシング施設やXFELから生み出される大量データの解析のための情報技術

３．細胞生物学と数理モデル化
細胞生物学データの定量化とそれに基づくシミュレーショ ン・モデル化


皆さまの参加をお待ちしております。




#English information

Announcement:
Symposium on “Petaflops-Over-Scale Computer and Life Science Applications”.

Date:
February 5 (Thu) 10:00-17:40
February 6 (Fri) 10:00-12:35

Place:
The main lecture hall (Koryuto Hall) in the main office building,
RIKEN
Yokohama Institute
http://www.yokohama.riken.jp/english/outline/access/index.html

Reception:
February 5 (Thu) 17:50-20:00
(Fee: 3000yen)

Registration:
http://mdgrape.gsc.riken.jp/pcla/pcla09.html
（Admission Free.）

At the plenary symposium, the following three areas would be discussed:

1. Structural Biology and Molecular Simulation
Computational and simulation molecular design and drug discovery researchbased on three-dimensional [3D] protein structure (s).

2. Large-scale Experimental Data and Information Processing Technology
Information technology for analyzing massive data produced through the next generation sequencing facility (ies) and XFEL.

3. Cellular Biology and Mathematical-modeling
Quantification of cellular biology data, and simulation-modeling based on it.

*The presentations will be given in Japanese




□ clip.

□ 表面気温の年サイクルの位相変化
Changes in the phase of the annual cycle of surface temperature p435
A. R. Stine, P. Huybers & I. Y. Fung
doi:10.1038/nature07675

Abstract: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvbp
Article: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvbq



□ 南極氷床表面の1957年の国際地球観測年以後の温暖化
Warming of the Antarctic ice-sheet surface since the 1957 International Geophysical Year p459
Eric J. Steig et al.
doi:10.1038/nature07669

Abstract: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvbx
Article: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvby



□ 生態:生態学的ネットワークおよび社会組織ネットワークに対する単純な二者間協力モデル
A simple model of bipartite cooperation for ecological and organizational
networks pp463 - 466

Networks of co-operative interactions occur in both ecological and socio-economic situations, with plant pollination by animals and interactions between manufacturing and contracting companies being respective examples.

This work proposes a parsimonious model for co-operative networks that predicts the specific properties of real ecological and socio-economic networks, demonstrating that similar principles of co-operation might underlie both situations.

Serguei Saavedra, Felix Reed-Tsochas and Brian Uzzi
doi:10.1038/nature07532

Abstract: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvbz
Article: http://ml.emailalert.jp/c/adcRadhs4cyumvb1



□ 波動関数を元に戻す
　 (from "Nature Physics 2009/01" Reserch Highlights.)

>> http://www.natureasia.com/japan/physics/updates/200901.php

波動関数の崩壊は、量子物理学における最も興味深く、また誤解される要素の1つである。シュレーディンガーの猫は、箱を調べることによって死んでいるか生きているかを確認できるが、それまでは両方の状態にあると考えられている。N Katzらは、正しい方法で箱を調べればこの「崩壊」を逆転できることを実験で示した。

量子的なふるまいの観察についていえば、超伝導回路は猫よりはるかに優れている。回路の状態（2つの可能性のうちの1つ）は「弱」測定を用いて調べることができる。否定的な結果からは、部分情報のみが得られる。そして、波動関数の崩壊の逆転が依存するのは、この不完全性である。たとえ一方の状態になる可能性が他方より高いにしても、我々にわかるのは系がそれぞれの状態になる可能性だけである。Katzらは、マイクロ波パルスを印加して、これらの確率を逆転し、同じ弱測定を繰り返した。ほかの否定的な結果が得られれば、系は初期状態に戻る。Katzらの実験では、70%の確率でこれが起こった。

【関連】

>> http://blog.goo.ne.jp/razoralign/d/20080708 (ページ下部)

（量子物理：輪廻が「シュレーディンガーの猫」を救う）

>> http://www.nature.com/news/2008/080702/full/454008a.html

Physicists reverse quantum?classical transition.
Zeeya Merali