問題のケースにあれこれ詰め込み、配線も進展しました。
赤外線リモコンが誤動作する問題を残していますが、基本的な動作確認をすませました。
Power on resetがうまく掛からないようで、電源on→トレイを開いてdiskを乗せる→トレイを閉めるところまで来てもno diskの表示が消えません。この状態で、再度電源をoff→onすると正常に動き始めます。
リモコンの受信部の実装を見直して誤動作は防げるのではないかと思っていますが、とりあえずここで一段落させました。
背面のfanは念のために実装したもので、本当に回すかどうかは試運転の結果を見て考えます。