商業・法人登記のオンライン申請について
第３ 電子証明書の取得
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji60.html#05
「商業登記規則第102条第５項第２号（他の法令において準用する場合を含む。）に規定する法務大臣が定める電子証明書」に，下記の二つの電子証明書が追加された。
例えば，取締役会議事録の電子署名として利用することができるわけである。
とはいえ，添付書面情報の作成者が印鑑提出者である場合及び法令の規定により登記の申請書に添付すべき書面に押印した印鑑につき市町村長の作成した証明書を添付しなければならない場合は，除かれている。
本日申請分から，この取扱いが認められている。
（４）その他
ア
「Cybertrust iTrust Signature Certification Authority」
（サイバートラスト株式会社）
（弁護士ドットコム株式会社が被認証者になっているものに限る。）
イ
「GlobalSign CA 2 for AATL」
（ＧＭＯグローバルサイン株式会社）
（添付書面情報作成者本人又はＧＭＯクラウド株式会社が被認証者になっているものに限る。）
ｃｆ. 令和２年６月１２日付け「商業・法人登記の申請書の添付書面を電磁的記録で作成している場合について利用することができる電子署名が拡張」
令和２年６月２日付け「法務省の通知全文～取締役会議事録の電子署名，「リモート型」と「クラウド型」を認める」
第３ 電子証明書の取得
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji60.html#05
「商業登記規則第102条第５項第２号（他の法令において準用する場合を含む。）に規定する法務大臣が定める電子証明書」に，下記の二つの電子証明書が追加された。
例えば，取締役会議事録の電子署名として利用することができるわけである。
とはいえ，添付書面情報の作成者が印鑑提出者である場合及び法令の規定により登記の申請書に添付すべき書面に押印した印鑑につき市町村長の作成した証明書を添付しなければならない場合は，除かれている。
本日申請分から，この取扱いが認められている。
（４）その他
ア
「Cybertrust iTrust Signature Certification Authority」
（サイバートラスト株式会社）
（弁護士ドットコム株式会社が被認証者になっているものに限る。）
イ
「GlobalSign CA 2 for AATL」
（ＧＭＯグローバルサイン株式会社）
（添付書面情報作成者本人又はＧＭＯクラウド株式会社が被認証者になっているものに限る。）
ｃｆ. 令和２年６月１２日付け「商業・法人登記の申請書の添付書面を電磁的記録で作成している場合について利用することができる電子署名が拡張」
令和２年６月２日付け「法務省の通知全文～取締役会議事録の電子署名，「リモート型」と「クラウド型」を認める」
とすると，御指摘のケース，書面の場合には，Y社の代表取締役は，認印を押印すればよい（法的には，押印さえも不要）ので，今回追加された２つの電子署名でよいと考えられます。
とはいえ，今回の措置は，あくまで例外的な取扱いであることを考えると，「添付書面情報の作成者」が申請人である会社以外の会社等の代表者である場合も，当該会社等の代表者として印鑑を提出しているので，商業登記に基礎を置く電子証明書による電子署名をせよ，という理屈も成り立ち得るかと。
公表されている内容からは，詳細が不明であり，追って運用の細目が明らかになって行くものと思われます。
NSRに「商業登記のオンライン申請において利用できる電子証明書に関するＱ＆Ａ（Ver.1.0）」がＵＰされましたが、そのｐ１０～ｐ１１によれば、先生のおっしゃた『「添付書面情報の作成者が印鑑提出者である場合」とは，申請人である会社の代表者として印鑑を提出している者を意味する』という考えではなく、Ｙ社（代表取締役ｙ）も商業登記電子署名であることを要する（リモート署名又はクラウド型電子署名は利用不可）としていますね。
さらに、このＱ＆Ａの微妙なのは、「印鑑提出を行っている法人」と書いてあり、印鑑提出者基準ではなく、印鑑提出法人基準と読めます。
となると、株式申込証又は総数引受契約書の作成者である代表取締役ｙが印鑑提出をしていない場合、別の代表取締役が印鑑提出をしているでしょうから、Ｙ社は「印鑑提出を行っている法人」に当たるので、ｙがリモート署名又はクラウド型電子署名をした株式申込証又は総数引受契約書は使用できないということになります。
代理人司法書士は、ｙが印鑑提出者か否か、（印鑑提出任意化後）Ｙ社が印鑑提出法人か否か、知るよしもないのですが、先生はどう思われますか？
Ｑ＆Ａは、法務省の確認があって出されているものだと思いますが、Ver.1.0ということで、割り引いて読むべきなのか・・・。
したがってあり得ない。
主宰者でないものが・株式申し込み証や総数引き受けなどに署名するのはおかしい。したがってあり得ない。」とは？？？
「印鑑を提出していない代表取締役ｙ」と「印鑑を提出している代表取締役ｚ」の２名の代表取締役がいるＹ社で、ｙが株式申込証や総数引受契約に署名することは、取引実務上、あり得ない、と仰っているのでしょうか？