2012年に開催された「第1回京都マラソン」は、、予定した運営費4億円に対し、6億5千万円かかり、不足分を市が税金で穴埋めして批判の声が上がった。
翌年、参加料を2,000円値上げし、12,000円にしても、ランナー1人当たり47,000円かかり、やはり赤字。話題になった「10万円出場権」は、チャリティの概念に反すると名称変更を余儀なくされた。
京都の場合、広範囲にわたる交通規制や警備体制が必要なので、14,000人のランナーに対し、スタッフ15,000人（警備3,600人含む）となり、世話する人の方が多い不手際もあった。
一方、海外のマラソン大会は、費用の大半を参加料で賄うのが原則。沿道の声援200万人と人気がある「ニューヨーク・シティマラソン」の場合、ツアーを組む某旅行社の今年の募集要項では、登録料が7月4日締切で58,000円、8月15日締切で78,000円と高額だが、希望者が殺到しているとか。
また、多くの国では、外国人のエントリー料金を高くしているし、チャリティを全面に打ち出し、ランナーに協力を求めているが、日本の場合、発想が逆に近い。
次々に誕生する「都市型マラソン」は、「開催＝ステータス」の印象すら与え、観光客を呼び込む地域振興策として、自治体の財政支出を容易にしている。経済効果の側面を否定しないが、市民の理解・協力が不可欠だけに、収支の透明性が求められる。