先日、コメント欄にSTAP細胞のトランスクリプトーム解析に関する考察を貼って頂きました。
この方は、ES細胞とSTAP幹細胞両者のゲノムを次世代シークエンサーで解析した公開データを解析され、ここにあるSTAP幹細胞ゲノムデータは限りなくES細胞と同一であることを指摘された方です。私もその解析と考察は読ませて頂いておりました。このデータの取得の際に提供されたDNAサンプルがもしかしたら「誤って」ES細胞のものをSTAP幹細胞のものとして出してしまった、と言い訳されるかもしれず、それをもってES細胞の混入だ、と結論できない可能性があります。
簡潔にいえば、彼らには言い逃れの余地がいくらでもあるので、それは決定的な不正の証拠にはならないと思います。ただ、このような考察をして頂くことで、真実解明へ一歩近づいたことは確かです。重要な貢献であり、敬意を表します。
さて、今回のトランスクリプトーム解析結果についての考察では、「STAP細胞」の遺伝子発現パターンが実験によってかなり差があることを問題にされていました。そして、
「少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．」
と書かれています。
そもそも「STAP細胞」とはクローンではありません。CD45陽性の細胞を集めて来て刺激を与え、生き残った細胞からOct4-GFP陽性細胞を集めたものです。昨日の記事でも書きましたが、STAP細胞はそもそもheterogeneityの高い細胞集団だということです。おそらく、実験ごとにかなり異なった組成の細胞集団なのではないかと推察します。
このことは殆どの生命科学の現場で実験を行っている研究者なら予想はつきます。毎回異なった材料を使って実験を行えば、結果はさまざまであり、それが何に起因するのかはよくわからない状況となります。そこで大抵の細胞生物学者はそこからクローニングをし、その細胞について様々な実験を行う、という手法をとります。
しかし、このSTAP細胞は増殖性が悪く、長期には培養できないため、クローニングもできない。そこでヘテロな集団のまま解析することになります。これは細胞生物学的には最悪なのですが、生物学的にはアーティファクトが入りにくく、培養によるバイアスがかからないため、余程真実に近づくことができる良い方法だと思います。
しかし、上記の指摘にもあるように実験ごとに細胞集団が異なると、常に異なる結果が出てきます。技術的にさらに進み、細胞一つ一つのトランスクリプトーム解析ができるようになればこの辺りの悩みは解決できるのですが、今はまだそこまで来ていません。ともかく、ことほど左様に、STAP細胞とは雑多な細胞の集団なのです。上記の指摘ではSTAP細胞のトランスクリプトーム解析結果が毎回異なっていると指摘されていますが、それは全くもって当たり前のことである、としか言いようがありません。
批判するならば、それだけ異なるデータの中からどうして、あるデータだけを取り出しES細胞や他の細胞と比較したのか？ということでしょう。どのような基準でその特定のデータを選んだのか？恣意的に選んだのではないのか？本来ならばその辺りのことも論文中に書かれていなくてはならないはずです。しかし、ざっと見たところその基準等については何ら説明はありませんでした。ここも私が論文の構成が甘い、という点です。それだけ毎回異なるのであれば、例えば10回分をまとめ、平均化したデータを作り、STAP細胞集団の平均的データ、という名目をつけて使用するのも一つの手かもしれません。
重要なポイントは「STAP細胞」とは性質の定まった確固たる「細胞」ではない、ということです。ともかくそのようなSTAP細胞の性質についてあの論文では議論していたのです。例えばTCR再構成があった、といっても、おそらく100以上の（大体は10000個くらいの）細胞からDNAを抽出し、そのDNAを用いてPCRを行いTCR再構成があるとかないとか言っているわけです。この100~10000個の細胞の中の例えば1個でもTCR再構成があればPCRで再構成されたTCRのバンドは検出できるでしょう。PCRは非常に感度の高い検出法です。（だからこそウイルス感染の有無などのチェックに用いられる）したがって、件のNature論文におけるSTAP細胞のPCR産物の泳動像などは実はまったく証拠にもなってないくらいのデータではあるのです。だから私は甘いな、と思ったわけです。しかし、それを体細胞の証拠として言挙げているのであるから、当然そのSTAP細胞からできたとされる様々の分化組織、キメラ動物の組織にもTCR再構成が見えるのだろうと思っていました。
しかし、そうではなかった。では何をもって、分化した組織やキメラ動物の組織となった細胞は元のマウスの（分化した）体細胞であったとするのか？ なんの証拠もないのです。論文の題名、アブストラクトに書かれている主張を裏付けるだけのデータがない論文は撤回し、必要充分なデータを揃え、再度投稿するべきだと思います。