別府石垣原の合戦は9月13日立石山から大友軍が小高い丘を下り、実相寺山から下った黒田軍と激突しほぼ一日で黒田軍の勝利で終わった。
大友軍の当主義統は9月15日黒田官兵衛(如水)に降伏した。その日は奇しくも関ヶ原で東軍が勝利し合戦が終わった日でもあった。
もちろん官兵衛はそのことは知らずに黒田軍はその後二つの隊に別れ本隊はまた国東半島の西軍安芸城と富来城を開城させ中津へ戻る。別働隊は別府から豊後森の角牟礼城(穴太積の石垣が残存)、日田の日隈城(この城にも穴太積の石垣あり)を開城させ中津で本隊と合流しそのまま小倉城攻めへへと進軍した。
黒田軍は意気高く、小倉城、佐賀城、柳川城を開城させ熊本の加藤清正と共に島津を攻めんと南下し八代、水俣付近まで来たときに家康からの停戦命令が届き中津へと帰着した。