特例有限会社は、定款の定めによって、監査役を置くことができる（会社法第３２６条第２項、整備法第１７条第１項）。したがって、監査役を置く旨の定款の定めを廃止する定款の変更をした場合には、監査役は、当該定款の変更の効力が生じた時に退任することになると考えるのが合理的である。定款の定めを廃止する以上、監査役を置くことはできないからである。
清算株式会社の監査役については、同じく会社法第３３６条の規定が適用除外（会社法第４８０条第２項）となっているが、当該定款の変更の効力が生じた時に退任する旨の規定（会社法第４８０条第１項第１号）が手当てされている。
特例有限会社については・・・手当て漏れであると思われる。でき上がった条文の解釈としては、「規定がない以上退任しない」とする立場もあり得るのかもしれませんが、そう解すると、当該定款の変更の決議自体が無効ということになってしまう。しかし、そのように解するよりは、監査役を置く旨の定款の定めを廃止する定款の変更の決議は、現任監査役を解任する趣旨であると解して、退任の登記を認める方が理に適っているように思われる。
旧有限会社法においても有限会社に監査役を置く場合には定款の規定を要する（第３３条第１項）とされていたし、定款の根拠がなければ、法律上の監査役ではないことになるのであるから、「登記原因を何とするかはともかく、退任する」は、妥当だと考える（「退任」でよいであろう。）。
ｃｆ． 会社法であそぼ Ｑ＆Ａ３
http://kaishahou.cocolog-nifty.com/blog/2006/10/post_4866.html
旧株式会社の監査役である者の任期について、「なお従前の例による」（整備法第９５条）にもかかわらず、いわゆる「解凍理論」によって、監査役が存しなくなるような会社類型への移行をする場合に、会社法第３３６条第４項の規定により監査役の任期が満了することを認めていることからも、特例有限会社の場合に退任を認めないことは平仄を欠くであろう。
清算株式会社の監査役については、同じく会社法第３３６条の規定が適用除外（会社法第４８０条第２項）となっているが、当該定款の変更の効力が生じた時に退任する旨の規定（会社法第４８０条第１項第１号）が手当てされている。
特例有限会社については・・・手当て漏れであると思われる。でき上がった条文の解釈としては、「規定がない以上退任しない」とする立場もあり得るのかもしれませんが、そう解すると、当該定款の変更の決議自体が無効ということになってしまう。しかし、そのように解するよりは、監査役を置く旨の定款の定めを廃止する定款の変更の決議は、現任監査役を解任する趣旨であると解して、退任の登記を認める方が理に適っているように思われる。
旧有限会社法においても有限会社に監査役を置く場合には定款の規定を要する（第３３条第１項）とされていたし、定款の根拠がなければ、法律上の監査役ではないことになるのであるから、「登記原因を何とするかはともかく、退任する」は、妥当だと考える（「退任」でよいであろう。）。
ｃｆ． 会社法であそぼ Ｑ＆Ａ３
http://kaishahou.cocolog-nifty.com/blog/2006/10/post_4866.html
旧株式会社の監査役である者の任期について、「なお従前の例による」（整備法第９５条）にもかかわらず、いわゆる「解凍理論」によって、監査役が存しなくなるような会社類型への移行をする場合に、会社法第３３６条第４項の規定により監査役の任期が満了することを認めていることからも、特例有限会社の場合に退任を認めないことは平仄を欠くであろう。
旧有限会社法時代には、監査役が辞任し後任者を選任しないから、定款を変更するという場合しか考えたことがなく、先に定款を変更するという場合は考えたことがありませんでしたし、手元の文献に当たっても、本問に言及したものはありませんでしたので。
定款変更決議の重さを考えれば、後付けで監査役から辞任届をもらうというのは、妙な話ですよね。
会社法３３６条４項は、ある意味、有限会社を株式会社に取り込んだからできた条項だと私は考えますので、取締役会を置かない株式会社そのものである特例有限会社に関して、会社法下で、定款を変更して監査役を置く旨の定めを廃止した場合についての規定がないというのは、やはり手当て漏れではないでしょうか。