官報
https://kanpou.npb.go.jp/20160331/20160331t00013/20160331t000130502f.html
昨日（３月３１日）に公布された「登録免許税法施行規則の一部を改正する省令」（財務省令第１９号）により，同規則第２条の２第２項が新設（旧第２項は，第３項に）された。
これにより，日本政策金融公庫を抵当権者とする抵当権設定の登記申請において，従来債務者が法人である場合の非課税証明のために必要とされていた「登記事項証明書」については，登記申請書に「会社法人等番号」を記載することで代えることができることとなった。
本日（平成２８年４月１日）から施行である。
登録免許税法施行規則
第２条の２ 【略】
２ 前項第二号イに定める書類は、その登記が法別表第一第一号、第二号、第五号又は第八号（一）若しくは（二）に掲げる登記である場合においては、同項第二号イに掲げる法人の会社法人等番号（商業登記法（昭和三十八年法律第百二十五号）第七条（会社法人等番号）（他の法令において準用する場合を含む。）に規定する会社法人等番号をいう。）を記載した書類をもつてこれに代えることができる。
３ 前二項の規定は、法別表第三の一の三の項の第四欄に規定する財務省令で定める書類について準用する。この場合において、第一項中「株式会社国際協力銀行」とあるのは、「株式会社日本政策金融公庫」と読み替えるものとする。
ｃｆ． 結果公示案件詳細「登録免許税法施行規則（昭和４２年大蔵省令第３７号）の一部を改正する省令について」
http://search.e-gov.go.jp/servlet/Public?CLASSNAME=PCMMSTDETAIL&id=395090523&Mode=2
「本件は、行政手続法第３９条第４項第２号に該当するため、事前に案を公示して意見の募集を行いませんでした。」
「株式会社国際協力銀行等が法人の債権を担保するために設定する抵当権等に係る非課税登記の適用を受けるために登記申請書等に添付すべき当該法人の登記事項証明書について、一定の場合には当該法人の会社法人等番号を記載した書類に代えることができることとする。（第２条の２関係） 」
https://kanpou.npb.go.jp/20160331/20160331t00013/20160331t000130502f.html
昨日（３月３１日）に公布された「登録免許税法施行規則の一部を改正する省令」（財務省令第１９号）により，同規則第２条の２第２項が新設（旧第２項は，第３項に）された。
これにより，日本政策金融公庫を抵当権者とする抵当権設定の登記申請において，従来債務者が法人である場合の非課税証明のために必要とされていた「登記事項証明書」については，登記申請書に「会社法人等番号」を記載することで代えることができることとなった。
本日（平成２８年４月１日）から施行である。
登録免許税法施行規則
第２条の２ 【略】
２ 前項第二号イに定める書類は、その登記が法別表第一第一号、第二号、第五号又は第八号（一）若しくは（二）に掲げる登記である場合においては、同項第二号イに掲げる法人の会社法人等番号（商業登記法（昭和三十八年法律第百二十五号）第七条（会社法人等番号）（他の法令において準用する場合を含む。）に規定する会社法人等番号をいう。）を記載した書類をもつてこれに代えることができる。
３ 前二項の規定は、法別表第三の一の三の項の第四欄に規定する財務省令で定める書類について準用する。この場合において、第一項中「株式会社国際協力銀行」とあるのは、「株式会社日本政策金融公庫」と読み替えるものとする。
ｃｆ． 結果公示案件詳細「登録免許税法施行規則（昭和４２年大蔵省令第３７号）の一部を改正する省令について」
http://search.e-gov.go.jp/servlet/Public?CLASSNAME=PCMMSTDETAIL&id=395090523&Mode=2
「本件は、行政手続法第３９条第４項第２号に該当するため、事前に案を公示して意見の募集を行いませんでした。」
「株式会社国際協力銀行等が法人の債権を担保するために設定する抵当権等に係る非課税登記の適用を受けるために登記申請書等に添付すべき当該法人の登記事項証明書について、一定の場合には当該法人の会社法人等番号を記載した書類に代えることができることとする。（第２条の２関係） 」
この点について、現行の登録免許税法施行規則では、第２条の２第２項が削られてしまっております。そのため、現在では、会社法人等番号をもって非課税証明書に充てることはできないそうです。……と、恥ずかしながら、法務局から指摘を受けました（笑）。
いつのまに改正があったのだろう？といろいろ検索して、この内藤先生のブログ記事に辿り着きました。
当該条項は、 https://blog.goo.ne.jp/tks-naito/e/f75b5cc37645121912e4be1428835ce9 の記事に記載の改正時に削られてしまったようですが、時代に逆行するような改正に思われ、何故にそんな改正がなされたのか疑義を感じます。
https://www.nta.go.jp/information/other/shorui_shoryaku/index.htm
したがって，登記所の指摘は，おかしいと思います。
私もスジ論としては「おかしい」とは思うのですが、根拠条文であった規則第２条の２第２項（旧）の「会社法人等番号……を記載した書類をもつてこれに代えることができる。」が無くなってしまいましたので、会社法人等番号で足りるはず！と頑張ることができませんでした。
→ https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=342M50000040037
どこか他のところに根拠条文が移ったのでしょうか？
それとも、改正作業で手落ちがあって、改正趣旨とは違った効果を生んでしまったということなのでしょうか？
ご紹介いただいた、新しい投稿記事
https://blog.goo.ne.jp/tks-naito/e/92d6983a1973d1201e5bb2ac6f518f79
を読まずに、先ほどのコメントを書いてしまいました。
登記官に、「情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律」第１１条を示して、考えを改めてもらおうと思います。
勉強不足でお恥ずかしい限りですが、丁寧にご教示いただきまことにありがとうございました。