公益法人が主たる事務所を移転したり，従たる事務所の新設又は廃止をしたりした場合には，公益認定法第１１条第１項第１号の規定により，行政庁の認定が必要であるが，軽微な変更（同項柱書ただし書，同法施行規則第７条第１項第１号又は第２号）に該当する場合がほとんどであるため，実際に認定が必要となるケースは，稀であるように思われる。
要は，所轄の行政庁が変更となるような場合に限り，認定が必要となるということである。
ただし，公益認定法第１３条第１項第２号の規定により，事後的に変更の届出が必要である。
なお，行政庁の認定が必要な場合であっても，認定は，効力発生要件とはされていないので，変更の登記における「原因年月日」は，あくまで「移転日」等である。また，変更の登記の申請書には，認定書を添付しなければならない（一般社団・財団法人法第３３０条，商業登記法法第１９条）。
公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律
（変更の認定）
第１１条 公益法人は、次に掲げる変更をしようとするときは、行政庁の認定を受けなければならない。ただし、内閣府令で定める軽微な変更については、この限りでない。
一 公益目的事業を行う都道府県の区域（定款で定めるものに限る。）又は主たる事務所若しくは従たる事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）
二 公益目的事業の種類又は内容の変更
三 収益事業等の内容の変更
２ 前項の変更の認定を受けようとする公益法人は、内閣府令で定めるところにより、変更に係る事項を記載した申請書を行政庁に提出しなければならない。
３ 前項の申請書には、内閣府令で定める書類を添付しなければならない。
４ 第五条及び第六条（第二号を除く。）の規定は第一項各号に掲げる変更の認定について、第八条第一号（吸収合併に伴い当該変更の認定をする場合にあっては、同条各号）の規定は同項第二号及び第三号に掲げる変更の認定について、前条の規定は同項の変更の認定をしたときについて、それぞれ準用する。
（変更の届出）
第１３条 公益法人は、次に掲げる変更（合併に伴うものを除く。）があったときは、内閣府令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
一 名称又は代表者の氏名の変更
二 第十一条第一項ただし書の内閣府令で定める軽微な変更
三 定款の変更（第十一条第一項各号に掲げる変更及び前二号に掲げる変更に係るものを除く。）
四 前三号に掲げるもののほか、内閣府令で定める事項の変更
２ 行政庁は、前項第一号に掲げる変更について同項の規定による届出があったときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律施行規則
（軽微な変更）
第７条 法第十一条第一項 ただし書の内閣府令で定める軽微な変更は、次に掲げる変更とする。
一 行政庁が内閣総理大臣である公益法人の公益目的事業を行う都道府県の区域の変更（定款で定めるものに限る。）又は事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）であって、当該変更後の公益目的事業を行う区域又は事務所の所在場所が二以上の都道府県の区域内であるもの
二 行政庁が都道府県知事である公益法人の事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）であって、当該変更前及び変更後の事務所の所在場所が同一の都道府県の区域内であるもの
三 公益目的事業又は収益事業等の内容の変更であって、公益認定を受けた法第七条第一項 の申請書（当該事業について変更の認定を受けている場合にあっては、当該変更の認定のうち最も遅いものに係る次条第一項の申請書）の記載事項の変更を伴わないもの
要は，所轄の行政庁が変更となるような場合に限り，認定が必要となるということである。
ただし，公益認定法第１３条第１項第２号の規定により，事後的に変更の届出が必要である。
なお，行政庁の認定が必要な場合であっても，認定は，効力発生要件とはされていないので，変更の登記における「原因年月日」は，あくまで「移転日」等である。また，変更の登記の申請書には，認定書を添付しなければならない（一般社団・財団法人法第３３０条，商業登記法法第１９条）。
公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律
（変更の認定）
第１１条 公益法人は、次に掲げる変更をしようとするときは、行政庁の認定を受けなければならない。ただし、内閣府令で定める軽微な変更については、この限りでない。
一 公益目的事業を行う都道府県の区域（定款で定めるものに限る。）又は主たる事務所若しくは従たる事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）
二 公益目的事業の種類又は内容の変更
三 収益事業等の内容の変更
２ 前項の変更の認定を受けようとする公益法人は、内閣府令で定めるところにより、変更に係る事項を記載した申請書を行政庁に提出しなければならない。
３ 前項の申請書には、内閣府令で定める書類を添付しなければならない。
４ 第五条及び第六条（第二号を除く。）の規定は第一項各号に掲げる変更の認定について、第八条第一号（吸収合併に伴い当該変更の認定をする場合にあっては、同条各号）の規定は同項第二号及び第三号に掲げる変更の認定について、前条の規定は同項の変更の認定をしたときについて、それぞれ準用する。
（変更の届出）
第１３条 公益法人は、次に掲げる変更（合併に伴うものを除く。）があったときは、内閣府令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
一 名称又は代表者の氏名の変更
二 第十一条第一項ただし書の内閣府令で定める軽微な変更
三 定款の変更（第十一条第一項各号に掲げる変更及び前二号に掲げる変更に係るものを除く。）
四 前三号に掲げるもののほか、内閣府令で定める事項の変更
２ 行政庁は、前項第一号に掲げる変更について同項の規定による届出があったときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律施行規則
（軽微な変更）
第７条 法第十一条第一項 ただし書の内閣府令で定める軽微な変更は、次に掲げる変更とする。
一 行政庁が内閣総理大臣である公益法人の公益目的事業を行う都道府県の区域の変更（定款で定めるものに限る。）又は事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）であって、当該変更後の公益目的事業を行う区域又は事務所の所在場所が二以上の都道府県の区域内であるもの
二 行政庁が都道府県知事である公益法人の事務所の所在場所の変更（従たる事務所の新設又は廃止を含む。）であって、当該変更前及び変更後の事務所の所在場所が同一の都道府県の区域内であるもの
三 公益目的事業又は収益事業等の内容の変更であって、公益認定を受けた法第七条第一項 の申請書（当該事業について変更の認定を受けている場合にあっては、当該変更の認定のうち最も遅いものに係る次条第一項の申請書）の記載事項の変更を伴わないもの
