些か長文であるが，内閣府のＱ＆Ａは，「総会の現実開催場所」を定めない「オンライン総会」（バーチャルオンリー型）を許容する趣旨であるということである。
この場合，総会案内及び総会議事録の「開催場所」については，「オンライン会議システムによる開催」と記載することになるようである。
ｃｆ． 三重県環境生活部ダイバーシティ社会推進課NPO班
https://www.mienpo.net/news/200429_sokai/
http://www.pref.mie.lg.jp/common/content/000885607.pdf
※ 書いているうちに，結論がはっきりしたので，冒頭にまとめました。
新型コロナウイルス感染拡大に係るＮＰＯ法Ｑ＆Ａ by 内閣府
https://www.npo-homepage.go.jp/news/coronavirus/coronavirus-qa
Ｑ１. 新型コロナウイルスの感染拡大を受けて、社員総会が開催しづらい状況です。社員総会の開催を省略することはできますか。また、ＷＥＢやネットワーク経由で社員総会を開催、決議してもよいですか。
Ａ１．ＮＰＯ法人は、毎年１回必ず社員総会を開催することが義務づけられていますので、社員総会の開催を省略することはできません。
この法律では「社員総会の決議の省略」（法第14条の９）を定めており、書面と電磁的記録による社員総会の開催や「持ち回り決議」も制度上可能とされています。
また、社員が実際に集まらずとも、様々な新たなIT・ネットワーク技術を活用することによって、実際上の会議と同等の環境が整備されるのであれば、社員総会を開催したものと認められます。その場合、役員のみならず、社員も発言したいときは自由に発言できるようなマイクが準備され、その発言を他者や他の会場にも即時に伝えることができるような情報伝達の双方向性、即時性のある設備・環境が整っていることが必要です。
（出典：「解説特定非営利活動法人制度（平成25年５月）」P51～52）
上記を御参考にしていただき、社員総会について、柔軟な方法による開催を御検討ください。
上記の解説につき，バーチャルオンリー型が可能なのかという疑問があるようである。
株式会社の場合，会社法に，「株主総会の場所を定めて招集通知に記載せよ」という規定（会社法第２９８条第１項第１号，第２９９条第４項）があることから，バーチャルオンリー型は不可と解されている。その理からすると，ＮＰＯ法人については，法令に同様の規定はないので，絶対にダメとはいえないと解される（定款準則には規定があることから，おそらくほぼ全てのＮＰＯ法人の定款に同様の定めがあると思われるので，定款違反の問題は残る。）。
バーチャルオンリー型にこだわらず，理事長等が総会中に存在している所を便宜「開催の場所」と定めて通知し，他の社員や役員は，オンライン出席という運営（いわゆる「ハイブリッド出席型」）が現実的であろうと思われる。
ｃｆ． KCCNニュース
http://kccn.jp/data/katudouannai/kccnnews/202004kccnnews71naitou.pdf
「バーチャルオンリー型」に関する要望は，相当数あるようであり，超党派ＮＰＯ法人議員連盟に対して，同旨の要望書が提出されているようである。
ｃｆ． 要望書
http://www.npoweb.jp/2020/04/%e3%80%90%e7%ac%ac%ef%bc%92%e6%ac%a1%e8%a6%81%e6%9c%9b%e6%8f%90%e5%87%ba%e3%80%91%e6%96%b0%e5%9e%8b%e3%82%b3%e3%83%ad%e3%83%8a%e5%af%be%e5%bf%9cnpo%e6%b3%95%e4%ba%ba%e7%ad%89%e6%94%af%e6%8f%b4/
※ 「５．事務負担等軽減（１）」の部分
私は，上記のとおり「ハイブリッド出席型」又は「ハイブリッド参加型」が現実的であると思うが，法令上は許容され得ると解されるし，定款違反の点については，コロナ特例として許容される旨を，内閣府は，これを明らかにすべきであると考える。
京都市のＨＰにも，内閣府ＨＰのＱ＆Ａと同様の記載があったので，電話で問い合わせたところ，定款の定めにかかわらず，「総会の場所」を定めない「オンライン総会」を許容する趣旨であるということである。内閣府からの事務連絡もあるそうである。
ｃｆ． 新型コロナウイルスの影響に伴う特定非営利活動法人の社員総会の開催方法について
https://www.city.kyoto.lg.jp/bunshi/page/0000266710.html
この場合，総会案内及び総会議事録の「開催場所」については，「オンライン会議システムによる開催」と記載することになるようである。
ｃｆ． 三重県環境生活部ダイバーシティ社会推進課NPO班
https://www.mienpo.net/news/200429_sokai/
http://www.pref.mie.lg.jp/common/content/000885607.pdf
※ 書いているうちに，結論がはっきりしたので，冒頭にまとめました。
新型コロナウイルス感染拡大に係るＮＰＯ法Ｑ＆Ａ by 内閣府
https://www.npo-homepage.go.jp/news/coronavirus/coronavirus-qa
Ｑ１. 新型コロナウイルスの感染拡大を受けて、社員総会が開催しづらい状況です。社員総会の開催を省略することはできますか。また、ＷＥＢやネットワーク経由で社員総会を開催、決議してもよいですか。
Ａ１．ＮＰＯ法人は、毎年１回必ず社員総会を開催することが義務づけられていますので、社員総会の開催を省略することはできません。
この法律では「社員総会の決議の省略」（法第14条の９）を定めており、書面と電磁的記録による社員総会の開催や「持ち回り決議」も制度上可能とされています。
また、社員が実際に集まらずとも、様々な新たなIT・ネットワーク技術を活用することによって、実際上の会議と同等の環境が整備されるのであれば、社員総会を開催したものと認められます。その場合、役員のみならず、社員も発言したいときは自由に発言できるようなマイクが準備され、その発言を他者や他の会場にも即時に伝えることができるような情報伝達の双方向性、即時性のある設備・環境が整っていることが必要です。
（出典：「解説特定非営利活動法人制度（平成25年５月）」P51～52）
上記を御参考にしていただき、社員総会について、柔軟な方法による開催を御検討ください。
上記の解説につき，バーチャルオンリー型が可能なのかという疑問があるようである。
株式会社の場合，会社法に，「株主総会の場所を定めて招集通知に記載せよ」という規定（会社法第２９８条第１項第１号，第２９９条第４項）があることから，バーチャルオンリー型は不可と解されている。その理からすると，ＮＰＯ法人については，法令に同様の規定はないので，絶対にダメとはいえないと解される（定款準則には規定があることから，おそらくほぼ全てのＮＰＯ法人の定款に同様の定めがあると思われるので，定款違反の問題は残る。）。
バーチャルオンリー型にこだわらず，理事長等が総会中に存在している所を便宜「開催の場所」と定めて通知し，他の社員や役員は，オンライン出席という運営（いわゆる「ハイブリッド出席型」）が現実的であろうと思われる。
ｃｆ． KCCNニュース
http://kccn.jp/data/katudouannai/kccnnews/202004kccnnews71naitou.pdf
「バーチャルオンリー型」に関する要望は，相当数あるようであり，超党派ＮＰＯ法人議員連盟に対して，同旨の要望書が提出されているようである。
ｃｆ． 要望書
http://www.npoweb.jp/2020/04/%e3%80%90%e7%ac%ac%ef%bc%92%e6%ac%a1%e8%a6%81%e6%9c%9b%e6%8f%90%e5%87%ba%e3%80%91%e6%96%b0%e5%9e%8b%e3%82%b3%e3%83%ad%e3%83%8a%e5%af%be%e5%bf%9cnpo%e6%b3%95%e4%ba%ba%e7%ad%89%e6%94%af%e6%8f%b4/
※ 「５．事務負担等軽減（１）」の部分
私は，上記のとおり「ハイブリッド出席型」又は「ハイブリッド参加型」が現実的であると思うが，法令上は許容され得ると解されるし，定款違反の点については，コロナ特例として許容される旨を，内閣府は，これを明らかにすべきであると考える。
京都市のＨＰにも，内閣府ＨＰのＱ＆Ａと同様の記載があったので，電話で問い合わせたところ，定款の定めにかかわらず，「総会の場所」を定めない「オンライン総会」を許容する趣旨であるということである。内閣府からの事務連絡もあるそうである。
ｃｆ． 新型コロナウイルスの影響に伴う特定非営利活動法人の社員総会の開催方法について
https://www.city.kyoto.lg.jp/bunshi/page/0000266710.html
今後オンライン総会が増えそうですね。