秘密保護法の成立前の２０１３年９月、会計検査院が、秘密指定を受けた書類が各省庁から提供されなくなる可能性があり、国の支出入全てを検査すると定めた憲法の規定上、問題があるとの懸念を内閣官房に伝えていたことが分かりました。
秘密保護法は同年１２月に成立。特定秘密を指定した行政機関が安全保障に著しい支障を及ぼす恐れがあると判断すれば、秘密の提示を拒むことができるとしている。一方で、憲法九〇条は検査院が毎年、国の収入や支出の決算を全て検査すると明示。検査院法も、検査院が書類の提出を求めた場合、応じなければならないとしています。
検査院によると、２０１３年９月１９日、秘密保護法案の政府原案の提示を受けた検査院は行政機関の判断で特定秘密を含む文書などの提示を拒む可能性があり、検査業務に支障が出かねないと内閣官房に文書を出した。内閣官房からは数日後に「検査院と行政機関で調整すれば提供を受けられる」と回答がありました。その後も検査院側が「（条文に）新たな規定を追加する必要がある」との意見を伝えたが、受け入れられなかったとしています。
１０月になり、幹部同士の話し合いで、秘密事項についても、検査院の検査上必要があれば行政機関は提供するとの内容の通達を出すことで合意した。ただ、それから２年たった現在も通達は出されていません。
検査院法規課は「これまでのところ、懸念したような事態は起きていない。今後も早期に通達を出すよう内閣官房にお願いしたい」としています。内閣官房内閣情報調査室は「憲法上の問題はないと認識している。通達は、法施行後の運用を見つつ適切な時期に出す」と説明しています。