遺伝子発現制御配列の推定方法

出願番号 : 特許出願２００５－２９７９９２ 出願日 : ２００５年１０月１２日
公開番号 : 特許公開２００７－１０８９４９ 公開日 : ２００７年４月２６日
出願人 : 味の素株式会社 発明者 : 西尾 陽介 外２名

発明の名称 : 遺伝子発現制御配列の推定方法

【課題】DNAアレイ等の遺伝子発現プロファイリング実験結果から得られた類似の発現パターンを示す遺伝子の上流領域に共通して存在する、遺伝子発現制御配列のモチーフを推定する方法を提供する。
【解決手段】（１）遺伝子発現プロファイリングにおいて類似の発現パターンを示す遺伝子の上流領域を入力配列とし、入力配列を１０～４０ｂｐの長さの構成要素配列に分解し、（２）各構成要素配列に関し、構成要素配列に相同な配列を検索し、検索された相同な配列及び構成要素配列からなる配列群に関してモチーフを作成し、（３）作成されたモチーフから配列の保存性を表わす統計量を算出し、（４）ゲノム配列からサンプリングした、モチーフと同一の数及び長さの配列からなる配列群から（３）の工程と同じ方法で算出された統計量と、（３）の工程で算出された統計量との有意差を検定し、有意差のあるものを、遺伝子発現制御配列の推定モチーフとして選択する。