ジュール・ヴェルヌの小説に描かれた地底世界の探検から4年。17歳に成長したショーンは、謎の島から発信された暗号文を受け取る。
不仲な義父ハンクと協力して解読したところ、その暗号は“神秘の島”の存在を示すものだった。
彼らはヘリコプターの操縦士父娘と共に旅立ち、“嵐の目”を通って島にたどり着く。
そこは動物たちのサイズが逆転した不思議な島で、ショーンは消息不明だった冒険家の祖父アレキサンダーと再会する。
犯罪を犯しておきながら、上から目線で話す息子、そういう年頃なんだろうけど、なんでそんなに偉そうなんだ。ガタイのいいお父さんに一発殴ってもらいたい。途中、無理矢理、お父さんの胸筋芸が出てきます。
秘密の島は神秘的なんですが、ところどころ「天空の城ラピュタ」を彷彿とさせます。まぁ、親子で楽しめる映画かな。