今日は、同一の節から分岐したアイルランドとイングランドの遺伝子を比較してみました。
検体の採取日は、アイルランドが3月10日、イングランドが6月2日でした。
およそ3カ月の違いがありました。
表示を、日付（DATE）から変異数（DIVERGENCE）に変更してみました。
アイルランドが5、イングランドが７となっています。
系統図からは、ロックダウン中のイングランドの患者が、ロックダウン前のアイルランドの患者から、多数の感染者、おそらく10人以上を経て感染したように見えますが、3ヵ月後の変異が2つだけだったというシナリオでした。
今日は、Nextstrain のデータの中で、武漢から報告されたものを紹介します
3月27日に採取された検体で、変異がゼロ
1月1日の検体で変異９（十数分後削除）
採取日 1月26日、変異８
Beijing/DT-travelUSA01/2020
データ提供日が1週間前、北京の感染疾患センターからのデータですが、採取日が2月29日、おそらく中国人男性、イランのテヘランにて暴露
それなのに、変異がゼロです。
もうこれは、めちゃくちゃですね。
可能性としては、一度変異したのがすべて元に戻るように変異したということが考えられます。
ファウチだったらこれは、「リバースミューテーター・エスクァイア」とか名付けるかもしれません。
南アフリカ出身のジャーナリスト
世界が騒ぐアフリカのＨＩＶ感染率とエイズ死亡率に疑問を持ち、母国南アフリカでエイズ死亡者の実像の取材を開始した
イラク出身のジャーナリスト
バイオ兵器関連で「河岡義裕」の名前が出てくるビデオ
ここで入口に立てた感じ
ブッシュ対ゴア事件
フロリダ州で使用されたバタフライバロット（電子投票システム）
左側上から2番目のアル・ゴアに投票したつもりが、右側の1番上の候補者に投票してしまった人が続出した可能性があった
ブッシュは左側1番上で、間違いようがなかった
こんなの ↓ だったら、もっと間違える
先日紹介した、台湾からの「早く気が付けよ」シグナルは、Nextstrainの系統図から削除されていましたが、今度は、イランから2月21日に採取されたサンプルで変異数が20というこちらも「スーパーミューテイター」様からの報告がありました。
それとも、イランには旧暦とかあるのでしょうか。
そういえば、イランからはＨＰＶネガティブの子宮頸がんも多数報告されていませんでしたか？メルケル細胞ポリオーマウイルス陽性子宮頸がん
このクリニックの医師の仮説：ウイルス感染後、全身の症状が治まった後も、嗅覚や味覚に関する腺に感染したウイルスのＲＮＡがウイルスタンパク質を作り続け、本来の腺が作るべき嗅覚や味覚に関わるタンパク質の産生を妨害し、その結果、嗅覚や味覚が失われる。
We hypothesize that a viral replication process is present in the protein secreting glands in the nose and the mouth which is sustained by a dynamic process involving continuous rounds of de novo virus infection and replication, as in (1). We hypothesize that with the initial systemic viral infection the viral RNA enters into specific protein secreting glands in the nose and mouth, replicating their genomes. These are commonly single stranded RNAs which may generate viral factories which can direct the products of proteins and construction of new viral particles which can continue to infect these glands. While the systemic viral infection is eliminated this local process can continue to generate viral RNA which is toxic to the protein secretions generated by these protein secreting glands. This toxicity can inhibit secretion of some of the endogenously secreted proteins [so-called growth factors (2)] produced by these glands. These endogenous proteins consist of multiple chemical moieties (3) including cAMP, cGMP and sonic hedgehog (4-7). Stem cells, which maintain the receptors of both olfactory epithelial cells for smell and taste bud receptor cells for taste, require continual stimulation by these secreted proteins for these receptors to function. Since these receptors turnover as rapidly as every 24 hours, inhibition of these secretions inhibits receptor growth causing loss of smell and taste (8).
2020年5月22日 のNHKの記事に、日本での新型コロナワクチン開発の記事が載っていました。
「製薬会社などの企業主導型では東京 千代田区の「ＩＤファーマ」に1億2400万円、大阪市の「塩野義製薬」に13億900万円、熊本市の「ＫＭバイオロジクス」に10億6100万円、大阪 茨木市の「アンジェス」に20億円。」
とありました。
聞きなれない名前ですが「ＩＤファーマ」は、感染研とワクチンの共同開発をするということです。
治験を手配する業務や、
SeVベクターに山中4因子を搭載した高効率で安全なiPS細胞作製キット を作っている会社でした。
ベクターとして使用しているセンダイウイルスとは
肺炎の肺から分離されたそうです。
「1952年（昭和27年）、新生児肺炎の流行の際に、患者の剖検肺乳剤をマウスに経鼻接種したことにより分離された。1953年（昭和28年）、東北大学医学部（宮城県仙台市）の石田名香雄によって発見され、発見地の都市名にちなんで「センダイウイルス」と命名された。赤血球の溶血を引き起こすことは知られていたが、1957年（昭和32年）、大阪大学教授の岡田善雄によって異種の細胞を融合させる作用があることが発見され、オックスフォード大学のHenry Harrisがセンダイウイルスを使って人間とマウスのキメラ細胞を初めて作成するなど、バイオテクノロジーの分野で注目を集めることになった。現在でも宿主域が広く細胞傷害性の低いベクターとして分子生物学の実験に盛んに用いられている。 」
岡田先生のセンダイウイルスの写真
これもサイズがまちまちでした。サイズがまちまちなのは、新型コロナウイルスやＨＩＶと共通していますね。
センダイウイルスは、この本に出てきたような記憶が。
余談ですが、ＩＤファーマの所属するアイロムグループの株価変遷です。
2005年2月にバブルがありました。センダイウイルスベクターの特許取得が原因でしょうか。
今年の2月ごろから、少し上昇しましたが、トランプがヒドロキシクロロキンの話しを始めたころ下がっています。これは、他のワクチンや治療薬製造会社と一緒ですね。
4月末からの上昇は、80％自粛によってコロナが一気に大流行する兆しを見せた頃と一致しています。
2019年9月26日
当社子会社による中国江蘇瑞科生物技術有限公司社との遺伝子ワクチン技術に関するライセンス契約の締結決定のお知らせ
このライセンス契約では結核菌の遺伝子ワクチンを作るようですが、この中国の会社はＨＰＶワクチンも開発しているようです。
以上、山中先生がワクチンで儲けられるのかどうかは不明でした。
この実験結果は、配列決定した遺伝子がキメラであることを示唆しないか？
ーーーーーーーーーーーーー 以下記事コピー ーーーーーーーーーーーーーー
日経メディカルの5月２0日の記事
米スタンフォード大での新型コロナの抗体検査は1.4％が陽性
SARS-CoV-2の抗体生成は通常と異なる
――現時点で明らかになっていることは？
ボイド 今回の調査は、医療従事者や患者を対象にしている。現在（5月2週時点）のところ、検査結果が出た人の大部分が医療従事者だが、1.4％がポジティブ（陽性）という結果だった。約1万4000人のサンプルを検査した結果だ。
通常、ヒトは細菌やウイルスに感染した際、初期にIgM抗体が現れ、時間経過に従いIgG抗体ができる。ところが今回、IgMとIgGが同時に出てくるようなケースが散見された。通常の免疫反応と違うことが起こっている可能性がある。
これは驚くべき、興味深い新しい発見だと思っている。SARS-CoV-2は感染していながら無症状の状態が長く続く場合がある。免疫システムがその間、ずっとウイルスを検出し続けているのかもしれない。そのため、IgGの抗体が（IgMに対して）さほど遅れずにできるのかもしれない。ただしこれは推測だ。 こうした無症状や軽い症状の患者のケースの抗体反応については研究を継続していく必要がある。
西村 あくまでも仮説だがこうは考えられないか。今回の抗体検査の結果でIgMと同時に検出したIgG抗体は、一般的なコロナウイルスに対するIgG抗体で、以前から存在していた。そして今回の抗体検査に交差的に反応したものではないか。
ボイド それは非常に重要なポイントだ。世の中にはかぜを引き起こすコロナウイルスがまん延している。そうしたコロナウイルスに対する抗体が、「今回、SARS-CoV-2として検出されるのではないか」という疑問があるだろう。ただ今のところ、我々が得た結果からはそうした交差反応はなかったと思っている。
というのも、まずSARS-CoV-2の特徴を示す受容体は他のコロナウイルスとは非常に異なるものであること。唯一、SARSを引き起こすSARS-CoVはSARS-CoV-2と近い特徴を持っているが、米国では感染者がほとんどいなかった。
今回のテストシステムで2年前の健康な血液検体200を調べたところたった1つだけ反応があった。これはIgMについて弱い陽性反応を示していたものだった。仮に交差反応を示すとすれば、反応が1つだけというのは説明がつかない。現在、他のコロナウイルスにかかった患者の血液も調べている。
ボイド 今回の調査は、医療従事者や患者を対象にしている。現在（5月2週時点）のところ、検査結果が出た人の大部分が医療従事者だが、1.4％がポジティブ（陽性）という結果だった。約1万4000人のサンプルを検査した結果だ。
通常、ヒトは細菌やウイルスに感染した際、初期にIgM抗体が現れ、時間経過に従いIgG抗体ができる。ところが今回、IgMとIgGが同時に出てくるようなケースが散見された。通常の免疫反応と違うことが起こっている可能性がある。
これは驚くべき、興味深い新しい発見だと思っている。SARS-CoV-2は感染していながら無症状の状態が長く続く場合がある。免疫システムがその間、ずっとウイルスを検出し続けているのかもしれない。そのため、IgGの抗体が（IgMに対して）さほど遅れずにできるのかもしれない。ただしこれは推測だ。 こうした無症状や軽い症状の患者のケースの抗体反応については研究を継続していく必要がある。
西村 あくまでも仮説だがこうは考えられないか。今回の抗体検査の結果でIgMと同時に検出したIgG抗体は、一般的なコロナウイルスに対するIgG抗体で、以前から存在していた。そして今回の抗体検査に交差的に反応したものではないか。
ボイド それは非常に重要なポイントだ。世の中にはかぜを引き起こすコロナウイルスがまん延している。そうしたコロナウイルスに対する抗体が、「今回、SARS-CoV-2として検出されるのではないか」という疑問があるだろう。ただ今のところ、我々が得た結果からはそうした交差反応はなかったと思っている。
というのも、まずSARS-CoV-2の特徴を示す受容体は他のコロナウイルスとは非常に異なるものであること。唯一、SARSを引き起こすSARS-CoVはSARS-CoV-2と近い特徴を持っているが、米国では感染者がほとんどいなかった。
今回のテストシステムで2年前の健康な血液検体200を調べたところたった1つだけ反応があった。これはIgMについて弱い陽性反応を示していたものだった。仮に交差反応を示すとすれば、反応が1つだけというのは説明がつかない。現在、他のコロナウイルスにかかった患者の血液も調べている。
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教科書にでてくる抗体産生の順番
新しい病原体に感染された場合、最初にＩｇＭができ、その後ＩｇＧができる
2回目以降は、記憶Ｂ細胞があるので、最初からＩｇＧができる
もしも抗原が古い病原体だったらＩｇＭとＩｇＧが同時にでてくる
新しい病原体と古い病原体のキメラだとしても、ＩｇＭとＩｇＧが同時に出てくる
この記事の検査では、スパイクタンパク質のＲＮＡ配列を元に抗原を作っている
スパイクタンパク質は、Nextstrainのゲノムをみると 右側の緑色の所で変異が多く報告されている（23402-23404）
Nextstrainのゲノムを収集しているサイト、色合いがきれいなので2月の中旬ごろから眺めていたのですが、ときどき、変異数が30とかいうのがひょっこり現れて、翌日削除されたりして、フェアアイルニットの編み物のインスピレーションに活用していました。
今回は、台湾で3月16日に採取されたサンプルが、既に変異数が23というこれは「スーパーミューテイター」とでも呼ばれるに相応しいヒトから採取された新型コロナウイルスのゲノムではないかと思いましたので、報告いたします。
ファウチは、ＨＩＶ陽性でもＡＩＤＳを発症しない人を、「エリートコントローラー」と呼んでいました。ＡＩＤＳの特効薬（カクテル）ができる前の話し。特効薬ができた後は、薬が効いていることになっています。
