品川駅～相模原市の神奈川県駅～甲府市の山梨県駅～飯田市の長野県駅～中津川市の岐阜県駅～名古屋駅の２８６キロ区間で問題が起きています。
長野県内の南アルプス山脈をトンネル掘削を行う事で、静岡県内を流れる大井川の水が毎秒2トン減少すると試算されています。大井川の水は流域60数万人の水道水源です。
ＪＲは、いったんは全量回復を約束しましたが、今年8月に撤回し県民から怒りの声が出ています。
長野県南木曽町では、リニアトンネルが3ヵ所の水道水源の真下を通ります。
岐阜県恵那市岡瀬沢地区では、地上を４９０m走行しますが地上部を覆う防音フードは１１０ｍしか工事を行いません。
同じ野畑地区では、半地下構造でリニアが通過します。盛り土による壁で地域が分断されてしまいます。
中津川市では、今年4月、山口トンネル非常口の斜坑で崩落事故が起きました。
瑞浪市では、残土を処分場まで運ぶ2キロのベルトコンベアーの騒音問題やウランなど有害物質を含む土砂置き場の問題が起きています。
名古屋市の名城非常口で地下水が噴き出し、掘削が中断。
新駅設置の地元負担も深刻で、中津川市では年間予算に匹敵する４００億円をかけて開発が行われています。
沿線の他の地域でも被害がたくさん出ています。