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葉月のブログ

命題：ウイルスの糖鎖はヒトの糖鎖と同一なので病因とはならない

香港チームのウイルス同定論文

2020-07-18 | 2003年SARS

Viruses were isolated on fetal rhesus kidney cells from the lung biopsy and nasopharyngeal aspirate, respectively, of these two patients. The initial cytopathic effect noted was the appearance of rounded refractile cells appearing 2–4 days after inoculation. The cytopathic effect did not progress in the initial culture tubes but on subsequent passage, and appeared in 24 h.

これら2人の患者の肺生検および鼻咽頭吸引液から、それぞれ胎児のアカゲザル腎細胞上でウイルスを分離した。最初に観察された細胞変性効果は、接種後2~4日でみられた丸い屈折性細胞の出現であった。細胞変性効果は最初の培養管では進行せず、次の継代で進行し、 24時間で出現した。 

この最後の文の意味はどういうことでしょうか。

最初の培養管では、細胞変性効果がみられなかった。
これは、臨床サンプルをおそらく遠心分離で分離して、胎児アカゲザル腎臓細胞に添加したもので細胞変性効果を観察して、何も起きなかったということでしょうか。

継代したものということは、最初の培養管の上澄みを、新しい胎児アカゲザル腎臓細胞に添加して、24時間後に細胞変性効果が見られたとうことでいいでしょうか。

SARS-Cov-2では、CDCの単離論文では、臨床サンプルで細胞変性効果がみられています（Vero細胞）。そして、他の研究室では、継代するとプラークの大きさが変わったり、変異が起きたりすることが報告されているのですが、SARSでも継代で何か変わったと考えられますか。

2003年のSARSの時、香港の健康部局長はマーガレット・チャンだった

2020-07-17 | 2003年SARS
（WHOの緊急情報の日本語訳は、上記アドレスの最後の番号48を適宜変更すればアクセスできます、例えば年表は http://idsc.nih.go.jp/disease/sars/update95.html）

WHOによる重症急性呼吸器症候群（SARS）
多国同時集団発生の報告
                （5月6日、更新第48報） 
        
      
香港：SARS制圧に向けた賞賛すべき前進、中国の状況

　WHOスタッフは、香港におけるSARSの状況を協議するため、本日早く、香港政府とテレビ電話会議を行った。香港からは健康・福祉・食品担当秘書のENG-kiong Yeoh博士、健康部局長のMargaret Chan博士、健康・福祉・食品部局の研究部門の長のLo Su Vui博士が参加。また、David Heymann博士を含むWHOスタッフと、ウイルス学、疫学、臨床医学の専門家が参加した。



マーガレット・チャンのウィキペディアから

カナダのオンタリオ州立ウェスタンオンタリオ大学にて1973年に文学士、1977年に医学学士号を取得。シンガポール国立大学において公共衛生修士号も取得している。1978年に医師（婦人と小児健康科）として香港政府に勤務。1989年11月に衛生署助理署長（署長補佐）、1992年4月に同副署長、1994年6月に署長へ昇進した。1997年の鳥インフルエンザ発生では中国本土からの鶏の輸入禁止とともに、香港域内の鶏の全量処分を行った。2003年のSARS大流行の際にも対策の指揮をとった。2003年8月に退職し、WHO事務局へ転任し、伝染病対策などを担当している。
2006年7月25日、SARS対策の功績により中華人民共和国政府からWHO事務局長選挙において候補として推挙され、同11月8日当選。2007年1月4日に第7代事務局長に就任した。 

葉月：CCPとDSのどっちなの？
中国で新型インフルエンザどうだった？
中国と米国でサーバリックスの被害がないのは何故？
GSK追い出したよね。

2003年SARSでの同時感染症、肺炎クラミジア30％

2020-07-17 | 2003年SARS
北海道の2020年1月の新型コロナ陽性患者でも肺炎クラミジアが陽性だった

2003年のSARSでも当初中国の医師たちの中にはクラミジア肺炎だと報告している人がいたが、後にSARSの診断を遅らせたと非難されている。

一方、2006年の論文で、2003年のSARSでも他の感染症の同時感染が多数報告されており、検査法によっては見逃してしまうケースがあると報告している。
Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: Variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays
Severe acute respiratory syndrome (SARS) caused the first epidemic of the 21st century and continues to threaten the global community.To assess the incidence of coinfection in patients confirmed to have SARS-associated coronavirus (SARS-CoV) infection, ...

Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: Variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays
Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: Variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays

結論
SARSが確定されている患者における非典型的な細菌の同時感染率は、診断アッセイに依存している。最近または急性感染の血清学的エビデンスは、肺炎クラミジアで３０％、肺炎マイコプラズマで9％であり、既に報告されている肺炎同時感染と類似している。しかしながら、PCR法では、血清陽性の患者から採取した気道サンプルで肺炎マイコプラズマや肺炎クラミジアのどちらも核酸を検出できなかった。SARS患者の非典型的同時感染率を確定的に決定することには限界があった。呼吸器系病原体の診断検査をするときは、用いる診断法の限界に留意する必要がある。27％の患者で多数の呼吸器系病原体の感染があるので、他の感染病の診断でSARS診断を除外する際には注意が必要である。SARSの疑いがある場合には、SARSに特異的なテストにより診断の除外または適用を行うべきである。


ランカ博士の説では、SARSのものとされているRNAは、細胞で作られる代謝産物のRNAであり、何らかの感染が起きたときに転写されるRNAだとすれば、感染によりSARS陽性となるプロセスはランカ博士の説を支持している。

2003年SARSウイルス粒子同定の論文2報

2020-07-16 | 2003年SARS
2003年3月19日、WHOにウイルス粒子を検出したと報告した香港とドイツのグループの論文

この2つの論文を見ていきたいと思います。

香港チーム　4月8日オンライン掲載




ドイツのチーム　4月10日オンライン掲載と思われるもの

Manamiさんのブログの部分訳と解説




ドイツの症例というのは、奇跡的偶然でドイツに存在したもの

3月1日
26歳の女性が、呼吸器症状でシンガポールの病院に入院。シンガポール住民であり、2月21日から25日まで香港のメトルポールホテルの9階に滞在した。

3月15日
午前2時、シンガポール健康省は、緊急遠距離通信によりWHO職員に伝言、シンガポールの最初の２つのSARS症例を診察した32歳の医師が、医学会議に出席後フランクフルト経由でシンガポールに戻るためニューヨークで飛行機に搭乗した。飛行機に乗る少し前に、シンガポールの同僚に症状を報告した、この同僚がWHOに連絡した。WHOは飛行便を特定し、この医師と、30歳の妊娠中の妻と、62歳の義母をフランクフルトで隔離した。彼らが、ドイツの最初のSARS症例となった。

（まるで映画みたい、💀ドロステン👿役の俳優は決まっているのかな？）

SARSの電子顕微鏡写真

2020-07-16 | 2003年SARS
WHOのサイトに掲載されたSARSの電子顕微鏡写真
香港大学のチームが撮影したと思われる

この写真だと、スパイクがよく見えないから、CDCは後にこちらの写真を提供している



スパイクがないと、オーストラリアのパース学派の人たちが、単離できていないだろうといちゃもんをつけてくるのを知っているので。

2003年のSARSパンデミックがどう始まったのか

2020-07-16 | 2003年SARS
（2003年3月20日イラク戦争開始）

2003年5月29日のBBCホライズン番組放送のサイトから
SARSパンデミックの始まり
(https://www.dailymotion.com/video/x7oqr59)
若きマイク・ライアンがインタビューに答えている



ナレーション: 3月15日、WHOは、「全世界警告レベル」を発表。
マイクライアン医師: この時点で、我々の状況は、その24時間前と全く異なるものだった。我々は、世界に向けて注意を喚起する必要を感じた。何かとても深刻な事態、何か新しいこと、我々が知らないこと、そして準備していなくてはならないことが起こっているから注意しろ。　（これ、パンデミック中毒じゃないかな）


WHOの時系列
2002年11月16日　広東省仏山市で非定型肺炎患者発症
2003年
2月10日　WHO北京オフィス、広東省で非定型肺炎患者100人以上死亡したというメールを受信
2月11日　WHO、中国保健省より広東省で急性呼吸器症候群300症例5人死亡という報告を受ける

2月2１日　広東省の大学病院医師64歳が香港を訪問、メトロポールホテル9階に滞在。
2月22日　広東州64歳医師、入院。
2月23日　カナダ・トロント在住旅行者78歳、メトロポールホテルをチェックアウト。

2月26日　中国系米国人48歳、ベトナム・ハノイのフレンチ病院入院。2月17日より23日まで香港滞在。23日メトロポールホテルの9階客室滞在。ベトナムにてイタリア人医師カルロ・ウルバニが診察。
2月28日　ウルバニ医師、マニラのWHOオフィスに鳥インフルエン疑いを報告。

3月11日　ウルバニ医師、タイでの会議に出席のためタイ訪問直後発病。
3月12日　香港とベトナムの病院スタッフ発病。

3月15日　シンガポール医師32歳、米国での会議から帰国途中、トランジットのフランクフルトにて発病。義母62歳、妻30歳同伴。3人がドイツの最初のSARSケースとなる。
カナダ保健省、8症例と2死亡例報告。

3月19日　香港とドイツのチームがSARS患者のサンプルからパラミクソウイルス科のウイルス粒子を検出。

3月21日　カナダのチームがヒトメタニューモウイルスを検出したと発表。

3月22日　香港のチームがウイルスの培養に成功。同チームは信頼できる診断法も開発。（血清抗体検査）

3月26日　中国の症例で、クラジミア感染検出。同時感染か。合同チームでは、原因病原体がコロナウイルスではないかという意見が強くなっているが、２つのウイルスの同時感染で重症化という意見もある。

3月27日　香港の3つのチームが、PCR診断法を開発。他の香港の研究者は、免疫蛍光抗体法（IFA）による診断法も開発した。

4月14日　カナダのチーム、SASウイルスゲノム全配列決定。
CDCの開発したPCRテストは、それ以前のSARS用PCRテストの10倍感度が高い。

4月15日　ハンブルグのチームが、PCR診断キット販売計画を報告。

4月17日時点のプライマー

4月17日　ドイツのPCR診断テストが、発症初期の患者でウイルス検出に偽陰性となる懸念表明


4月14日、CDCが遺伝子配列全長決定。　SARS-CoV (Urbani strain) 

カナダのチームによる遺伝子配列決定。 Tor2 strain

Bernhard-Nocht Institute  
Bernhard-Nocht Str. 74
D-20359 Hamburg
Germany

BNIoutS/BNoutAs: sense ATGAAT TAC CAA GTC AAT GGT TAC
antisense CAT AAC CAG TCG GTA CAG CTA C
FraGment lenGth 195 bp

BNIinS/BNIAs: sense GAA GCT ATT CGT CAC GTT CG
antisense CTGTAGAAA ATC CTA GCT GGA G
Fragment length 110 bp

SAR1s/SAR1as: sense CCT CTC TTG TTC TTG CTC GCA
antisense TAT AGT GAG CCG CCA CAC ATG
Fragment length 150 bp

Amplicon sequence (BNI-1, Bernhard-Nocht Institute, Hamburg, Germany)
TACCGTAGACTCATCTCTATGATGGGTTTCAAAATGAATTACCA
AGTCAATGGTTACCCTAATATGTTTATCACCCGCGAAGAAGCTAT
TCGTCACGTTCGTGCGTGGATTGGCTTTGATGTAGAGGGCTGTCAT
GCAACTAGAGATGCTGTGGGTACTAACCTACCTCTCCAGCTAGGA
TTTTCTACAGGTGTTAACTTAGTAGCTGTACCGACTGGTTATGTTGA
CACTGAAAATAACACAGAATTCACCAGAGTTAATGCAAAACCTCC
ACCAGGTGACCAGTTTAAACATCTTATACC

More information 

    Centers for Disease Control & Prevention  
National Centers for Infectious Diseases,
Atlanta GA 30333
1600 Clifton Road, NE, MS-C12
United States

    SARS-specific primers:
Cor-p-F2 (+) 5'CTAACATGCTTAGGATAATGG 3',
Cor-p-F3 (+) 5'GCCTCTCTTGTTCTTGCTCGC 3',
Cor-p-R1 (-) 5'CAGGTAAGCGTAAAACTCATC 3',
Product size:
Cor-p-F2/Cor-p-R1 :368 bp
Cor-p-F3/Cor-p-R1 :348 bp

- More Information 
- SARS-CoV Specific RT-PCR Primers
 

    Government Virus Unit
9/F Public Health Laboratory Centre
382 NAm Cheong Street
Shek Kip Mei
Kowloon, Hong Kong SAR
Hong Kong - SAR China

COR-1,COR-2: sense 5' CAC CGT TTC TAC AGG TTA GCT AAC GA 3'

antisense 5' AAA TGT TTA CGC AGG TAA GCG TAA AA 3'

Product size: 310 bp

   
Queen Mary Hospital
The University of Hong Kong
University Pathology Building
Hong Kong - SAR China
   

HKU: sense 5' TACACACCTCAGCGTTG 3'

antisense 5' CACGAACGTGACGAAT 3'

Product size 182 bps

A War Like No Other

2020-07-13 | 2003年SARS
Manamiさん💗がブログで2002年のSARSの疑惑について調べるということでしたので、こちらでも資料を上げていきます。大橋先生💗の仮説と重複する部分があります。

追記：　英語版見つけました。

ドイツ語のpdfファイル、グーグルに翻訳してもらいました。
誤解ウイルス
コロナ危機の始まりと終わり 

ステファン・ランカ博士💗

SARSとコロナまたはCovid-19の定義では、非定型肺炎は疾患の特徴とリスクのプロファイルであると考えられています。 肺炎で既知の病原体が検出できる場合、肺炎は典型的ではないとしても典型的であると説明されています。 SARSとコロナ危機の決定的な2つの要因の1つは、すべての肺炎の少なくとも20〜30％が異型であることです。 非定型肺炎の原因は非常によく知られているため、未知のウイルスの原因として挙げるべきではありません。

この事実は、感染症やウイルス学者によって抑制されており、現在の不安の発生とパニックの基礎となっています。 恐らく新しい病気のための薬やワクチンが存在します。 

関係者から隠されている、新しいウイルスの検査手順が提供された時点から、健康な人も「積極的に」検査し、症例数は自動的に増加します。 最初に典型的な肺炎の人が記録され、次に他の病気の人がますます増えています。 これは、ウイルスの拡散の実際的な証拠と見なされます。 原疾患「異型肺炎」に自動的に加わる疾患が増え、この「症候群」が「新ウイルス病」として出力されます。 

他の事実は、SARSとコロナ危機にとって決定的であるだけでなく、それらが病原性ウイルスであると主張するウイルス学者が明白な理由で理解可能な理由を抑制するということです。 提供されるウイルス検査手順は、遺伝子検出手順です。 彼らはウイルスから検出テストに使用する遺伝子配列を分離しません。 それらは、組織や細胞が死ぬときにますます放出される典型的な遺伝子配列を分離します。 これらの一般的に短い遺伝子配列、ヒトの代謝の構成要素は、さらなる実験室作業の基礎を形成しますが、ウイルス学者はコンピュータープログラムの助けを借りて多くの短い遺伝子配列から遺伝物質の長い鎖を構築することしかできません。 これらは、実際のウイルスゲノム株として発行されます。 これが、健康な人が検査を受けても常に陽性の検査結果がある理由です。 

これらのウイルス学者が反論しないように、彼らは科学で規定された2つの規則を一貫して無視します。 1つは、すべての申し立てを一貫して自分で確認することです。 もう1つは、制御テストによって使用されるすべての仮定と方法をテストすることです。 彼らが対照実験を行った場合、彼らはウイルスゲノムにのみリンクする短い遺伝子配列のすべてが、疑わしいウイルスからの外部からではなく、人間の代謝からのものであることに気付くでしょう。 

コロナ危機の勢いは、2019年12月30日、インターネット上で若い眼科医からのメッセージによって引き起こされました。 彼は友人に数人が彼の病院で隔離された、そしてSARSの7つのケースが確認された、そして彼らは注意深く自分自身を守るべきだと友達に話しました。 ベルリンのCharitéのChristian Drosten教授💀はそれについて聞いて、SARSに関する中国からの報告が真実で証明されているかどうか、とりわけ何よりも、SARSウイルスのテスト方法の開発をすぐに始めました。 中国のウイルス学者が彼らの結果を発表する前。 

中国疾病対策局（CCDC）の関連ウイルス学者は、2020年1月24日と2020年2月3日に結果を発表しました。 彼らは多くの短い遺伝子配列の分離について報告しており、それらは一緒につながれると、新しいウイルスの遺伝的鎖を表す可能性があります。 著者らは、これまでに関与した他のすべてのウイルス学者を含め、絶対に必要な実験がまだ実施されていないことを明確に指摘している。これにより、それが実際に疾患を引き起こすウイルスのゲノムであると断言できるようになる。 それどころか、中国のウイルス学者は、構築された遺伝物質の鎖は無害で知られている数十年に渡ってコウモリのコロナウイルスと言われている遺伝物質の鎖と最大90％の類似性があることを明確に指摘しています。 

2020年1月21日（CCDCの最初の発行の3日前！）に、WHOはすべての国にドロステン教授が開発したテスト手順を使用することを推奨しました。 ドロステン教授は、彼の雇用契約の一部である科学的研究の明確に定義された規則を無視し、思考法則と論理に違反することにより、中国で急速に広がっているウイルスの信頼できるテスト方法を開発したと主張しました。 中国の流行の増加とグローバル化を引き起こし、もたらしたウイルス学。