クラスタ計算機

東工大の研究室で Magny-Cours 48 コア搭載マシンが 5 台構成のクラスタ計算機を見せていただいた。これでだけでも 48 x 5 = 240 コアなので、以下のクラスタ計算機をコア数では上回ることになる。結果的には SDP でも最短路の計算でも Magny-Cours クラスタでも良かったかもしれない。SDP の計算のおけるボトルネック箇所は問題の規模や疎性に依存するので、CPU メニーコアが有利な問題、CPU + GPU で大規模並列を行うと爆速になる問題など何でも作ることができるし、実際に様々な種類の大規模実用問題が存在している。



当初はこのクラスタ計算機はメモリ 144GB (18 x 8GB) にする予定だったのだが、予算の都合で 128GB となった。購入前に Nehalem-EP マシンでいろいろと試してみた。例えば量子化学に対する SDP に対しては CPU コア内部の演算以外の処理で時間がかかるので、メモリバンド幅がボトルネックになることは起こりにくく、それよりもメモリ量を重視した方が良いという結論になった。それでも以下のように巨大 SDP に対しては大量のメモリが必要となるので、16 ノード x 128GB = 2TB のメモリでも全く足りない。