計算機リハビリ中

以下の計算機の調子が悪くなり、SDPA などで負荷を掛けると頻繁に落ちるようになりました。
BIOS を更新して、現在リハビリ中（負荷を掛けて試験中）です。

データ : 30.new.mps

○ GLPK 4.65 : 29.304s

○ CBC 2.10.5 : 14.323s

○ SCIP 7.0.1: 64.420s

○ CPLEX 12.10 : 503.12s

○GUROBI 9.0.1 : 13.610s

◯計算サーバ
CPU : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2687W v4 @ 3.00GHz x 2個 (24コア)
メモリ：512GB
OS : Ubuntu 20.04

OpenMPI 4.0.5

OpenMPI 4.0.5 が出ましたので、以下の組合せで動作確認しました。 正常に動作しています。

OS : CentOS 7.8
コンパイラ：Intel Compiler (icc version 19.1.2.254)
CUDA : 11.0.3-1
MPI :OpenMPI 4.0.5

[gpdpotrf] ### END n=50052, nb=2048, 4x4 procs, ver 50: 10.368sec --> 4031.173GFlops ###

phase.value = pdOPT
Iteration = 20
mu = +2.3808249292224667e-09
relative gap = +1.9408544039057916e-08
gap = +2.3808199784980388e-06
digits = +7.7120070426394314e+00
objValPrimal = +1.2266865545457617e+02
objValDual = +1.2266865307375619e+02
p.feas.error = +2.8421709430404007e-14
d.feas.error = +4.7064877961481090e-15
total time = 364.177187
main loop time = 363.462903
total time = 364.177187
file check time = 0.000000
file change time = 0.007976
file read time = 0.706308
SDPA end at [Sat Aug 29 22:53:15 2020]
ALL TIME = 376.377554

sdpa-gmp-7.1.3 と Fedora 32

Fedora 32 でも sdpa-gmp-7.1.3 は無事に make & 実行出来ました。。。

$ time ./sdpa_gmp ~/data/sdplib/gpp124-1.dat-s out.gpp124-1
SDPA-GMP start at Sat May 2 22:10:32 2020
data is /home/fujisawa/data/sdplib/gpp124-1.dat-s : sparse
parameter is ./param.sdpa
out is out.gpp124-1

DENSE computations
mu thetaP thetaD objP objD alphaP alphaD beta
0 1.0e+04 1.0e+00 1.0e+00 +0.00e+00 -7.45e+03 1.0e+00 9.0e-01 2.00e-01
1 1.5e+03 0.0e+00 1.0e-01 +1.70e+04 -8.16e+02 9.0e-01 9.0e-01 2.00e-01
2 3.3e+02 8.6e-80 1.0e-02 +2.02e+04 -1.49e+02 2.0e+00 9.0e-01 2.00e-01
3 1.9e+01 8.6e-80 1.0e-03 +2.04e+03 -8.23e+01 1.1e+00 9.0e-01 2.00e-01
4 2.5e+00 1.7e-79 1.0e-04 +2.24e+02 -7.41e+01 8.5e-01 9.0e-01 2.00e-01
5 7.8e-01 2.6e-79 1.0e-05 +3.47e+01 -6.18e+01 7.2e-01 9.0e-01 2.00e-01
6 2.8e-01 2.6e-79 1.0e-06 +3.23e+00 -3.19e+01 8.6e-01 6.7e-01 2.00e-01
7 1.2e-01 2.6e-79 3.4e-07 -5.18e+00 -1.95e+01 8.6e-01 8.0e-01 2.00e-01
8 4.1e-02 2.6e-79 6.9e-08 -6.87e+00 -1.19e+01 9.4e-01 8.0e-01 2.00e-01
9 1.4e-02 2.6e-79 1.4e-08 -7.25e+00 -9.01e+00 9.9e-01 9.0e-01 2.00e-01
10 3.9e-03 2.6e-79 1.4e-09 -7.33e+00 -7.81e+00 1.1e+00 9.0e-01 2.00e-01
11 1.1e-03 2.6e-79 1.4e-10 -7.34e+00 -7.47e+00 1.4e+00 9.0e-01 2.00e-01
12 2.9e-04 4.3e-79 1.4e-11 -7.34e+00 -7.38e+00 2.3e+00 9.0e-01 2.00e-01
13 8.2e-05 5.2e-79 1.4e-12 -7.34e+00 -7.35e+00 1.2e+00 9.0e-01 2.00e-01
14 2.3e-05 5.2e-79 1.4e-13 -7.34e+00 -7.35e+00 1.2e+00 9.0e-01 2.00e-01
15 6.3e-06 6.0e-79 1.4e-14 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 9.0e-01 2.00e-01
16 1.7e-06 6.0e-79 1.4e-15 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 9.0e-01 2.00e-01
17 4.8e-07 6.9e-79 1.5e-16 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 9.0e-01 2.00e-01
18 1.3e-07 7.8e-79 1.5e-17 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.9e-01 2.00e-01
19 3.8e-08 8.6e-79 1.6e-18 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 9.0e-01 2.00e-01
20 1.0e-08 8.6e-79 1.7e-19 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.9e-01 2.00e-01
21 3.0e-09 9.5e-79 1.8e-20 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.9e-01 2.00e-01
22 8.3e-10 1.0e-78 1.9e-21 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.8e-01 2.00e-01
23 2.4e-10 1.1e-78 2.3e-22 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.9e-01 2.00e-01
24 6.8e-11 1.2e-78 2.5e-23 -7.34e+00 -7.34e+00 1.2e+00 8.8e-01 2.00e-01
25 2.0e-11 1.3e-78 3.1e-24 -7.34e+00 -7.34e+00 1.3e+00 8.7e-01 2.00e-01
26 6.0e-12 1.3e-78 3.9e-25 -7.34e+00 -7.34e+00 1.0e+00 7.8e-01 1.00e-01
27 1.7e-12 1.4e-78 8.4e-26 -7.34e+00 -7.34e+00 9.6e-01 7.7e-01 1.00e-01
28 5.3e-13 1.5e-78 1.9e-26 -7.34e+00 -7.34e+00 1.0e+00 6.6e-01 1.00e-01
29 2.1e-13 1.6e-78 6.6e-27 -7.34e+00 -7.34e+00 8.0e-01 6.1e-01 1.00e-01
30 9.6e-14 1.6e-78 2.6e-27 -7.34e+00 -7.34e+00 5.8e-01 5.6e-01 1.00e-01
31 4.7e-14 1.7e-78 1.1e-27 -7.34e+00 -7.34e+00 3.7e-01 5.3e-01 1.00e-01
32 2.5e-14 1.7e-78 5.3e-28 -7.34e+00 -7.34e+00 2.2e-01 5.5e-01 1.00e-01
33 1.3e-14 1.8e-78 2.4e-28 -7.34e+00 -7.34e+00 1.7e-01 6.7e-01 1.00e-01
34 5.1e-15 1.9e-78 7.8e-29 -7.34e+00 -7.34e+00 3.5e-01 2.8e-01 1.00e-01
35 3.8e-15 1.9e-78 5.7e-29 -7.34e+00 -7.34e+00 5.3e-01 3.7e-01 1.00e-01
36 2.5e-15 1.9e-78 3.6e-29 -7.34e+00 -7.34e+00 8.6e-01 3.8e-01 1.00e-01
37 1.6e-15 1.9e-78 2.2e-29 -7.34e+00 -7.34e+00 1.2e+00 4.5e-01 1.00e-01
38 9.7e-16 1.8e-78 1.2e-29 -7.34e+00 -7.34e+00 4.8e-01 5.9e-01 1.00e-01
39 4.6e-16 1.9e-78 5.1e-30 -7.34e+00 -7.34e+00 7.7e-01 5.0e-01 1.00e-01
40 2.5e-16 1.8e-78 2.6e-30 -7.34e+00 -7.34e+00 4.3e-01 3.6e-01 1.00e-01
41 1.7e-16 1.9e-78 1.6e-30 -7.34e+00 -7.34e+00 1.4e+00 4.4e-01 1.00e-01
42 1.0e-16 2.0e-78 9.1e-31 -7.34e+00 -7.34e+00 2.0e+00 1.9e-01 1.00e-01
43 9.3e-17 2.1e-78 7.4e-31 -7.34e+00 -7.34e+00 9.7e-01 9.3e-02 1.00e-01
44 8.9e-17 2.1e-78 6.7e-31 -7.34e+00 -7.34e+00 8.4e-01 7.9e-01 1.00e-01
45 2.9e-17 2.2e-78 1.4e-31 -7.34e+00 -7.34e+00 1.0e+00 4.6e-01 1.00e-01
46 1.6e-17 2.2e-78 7.4e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 5.2e-01 4.8e-01 1.00e-01
47 9.0e-18 2.2e-78 3.9e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 3.7e-01 1.8e-01 1.00e-01
48 7.2e-18 2.2e-78 3.2e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 3.1e-01 1.4e-01 1.00e-01
49 6.3e-18 2.2e-78 2.7e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 9.4e-01 3.8e-01 1.00e-01
50 4.5e-18 2.3e-78 1.7e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 6.9e-01 4.1e-01 1.00e-01
51 2.8e-18 2.3e-78 1.0e-32 -7.34e+00 -7.34e+00 3.9e-01 2.3e-01 1.00e-01
52 2.3e-18 2.4e-78 7.8e-33 -7.34e+00 -7.34e+00 3.9e-01 2.3e-01 1.00e-01

phase.value = pdOPT
Iteration = 52
mu = 2.2789845206496143e-18
relative gap = 4.7043872312577665e-78
gap = 2.8259408056055218e-16
digits = 7.7327496937468297e+01
objValPrimal = -7.3430762652465374e+00
objValDual = -7.3430762652465374e+00
p.feas.error = 2.4181271954264445e-76
d.feas.error = 9.6386622480280966e-29
relative eps = 8.6361685550944446e-78
total time = 74.040
main loop time = 74.020000
total time = 74.040000
file read time = 0.020000

real 1m14.167s
user 1m14.063s
sys 0m0.018s

◯計算サーバ
CPU : Intel(R) Core(TM) i7-4790 CPU @ 3.60GHz x 1個
メモリ：16GB
OS : Fedora 32

Recent Bug Fixes by Version : Gurobi 9.0.2

Recent Bug Fixes by Version

Fixed issue with concurrent batch upload in Cluster Manager (9.0.2a)
Fixed issue with infinite dives on bilinear and poolsearchmode
Fixed performance issue with running a heuristic in parallel to the root cut loop
Fixed bug in IIS for SOS variables with negative upper bounds
Fixed python 3.8 issue on Windows with DLL load path
Fixed a wrong translation of quadratic constraints into second order cones
Fixed numerical issue with QC cuts and huge primal solution values
Fixed numerical issue for convex MIQCPs if LP relaxation is unstable
Fixed bug with a corner case in presolve when detecting piece-wise linear structures
Fixed rare segmentation fault when root LP solve runs into numerical issues
Fixed bug for a special case of QC cuts that could lead to wrong answers
Fixed performance issue in presolve reduction to substitute sub-expressions
Reduced memory consumption during conversion of QCPs or MIQCPs into SOCP form
Fixed segmentation fault for a very rare case in which the environment creation runs out of memory
Fixed issue with recording asynchronous solves
Fixed wrong behaviour when querying certain attributes in some gurobipy classes
Fixed performance issue with memory management for general constraint translation on Windows
Fixed issue with the global dual bound for models that have disconnected components
Fixed performance issue with memory management for non-zero cancellation on Windows
Fixed issue with applying sifting for barrier crossover in current LP
Fixed bug in propagating quadratic constraints that can lead to wrong answers
Fixed issue with empty names in gurobipy's addVars() method
Fixed issue when a sub-MIP heuristic produces a non-convex continuous model for non-convex MIQCPs
Improved cycling detection in QP simplex
Fixed a presolve reduction for integer knapsacks on models with at most 3 variables
Accept empty structs in MATLAB API
Fixed assertion in Python setup on Windows

香港ファンド、日本へ退避可能に 金融庁最短3日承認

香港ファンド、日本へ退避可能に 金融庁最短3日承認

政情不安の続く香港から投資ファンドを受け入れる新たな仕組みができた。金融庁は大規模なデモなどで業務の継続が難しい場合、通常の登録手続きを免除し、最短3日で日本を一時的な退避先とすることを認める。アジアを代表する金融センターの香港から、優秀な人材を呼び込む契機にしたい考えだ。

IEEE Cluster 2020 Accepted Posters

IEEE Cluster 2020 Accepted Posters

P03: Masahiro Nakao (RIKEN R-CCS), Yuetsu Kodama, Katsuki Fujisawa, Mitsuhisa Sato, Koji Ueno, Performance Evaluation of Supercomputer Fugaku using Breadth-First Search Benchmark in Graph500

Abstract
There is increasing demand for the high-speed processing of large-scale graphs in various fields. However, such graph processing requires irregular calculations, making it difficult to scale performance on large-scale distributed memory systems. Against this background, Graph500, a competition for evaluating the performance of large-scale graph processing, has been held. We developed breadth-first search (BFS), which is one of the benchmark kernels used in Graph500, and took the top spot a total of 10 times using the K computer. In this paper, we tune BFS performance and evaluate it using the supercomputer Fugaku, which is the successor to the K computer. The results of evaluating BFS for a large-scale graph composed of about 1.1 trillion vertices and 17.6 trillion edges using 92,160 nodes of Fugaku indicate that Fugaku has 2.27 times the performance of the K computer. Fugaku took the top spot on Graph500 in June 2020.

ベース・レジストリ

ベース・レジストリって美味しいの？

カタカナの聞き慣れない単語で、普通の人は「なんだろう？」と思います。IT系の人はPCの基本設定機能の事かと思うかもしれません。デジタル社会では、社会の基盤となる重要情報のことを「ベース・レジストリ」と呼びます。ここでは、その概要を解説します。

第176回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会

第176回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会

開催日程　：　2020年9月25日（金）
開催形式　：　オンライン開催

■大規模並列処理（10:00～11:00） 座長：
（1） Massive Parallelization for Finding Shortest Lattice Vectors Based on Ubiquity Generator Framework
Tateiwa Nariaki (Kyushu University), Shinano Yuji (Zuse Insitute Berlin), Nakamura Satoshi (NTT Secure Platform Laboratories), Yoshida Akihiro (Kyushu University), Kaji Shizuo (Kyushu University), Yasuda Masaya (Rikkyo University), Fujisawa Katsuki (Kyshu University)

（2） 投機を用いた疑似焼きなまし法の分散並列処理手法
鈴木 基己，鷹野 芙美代，井手口 裕太，荒木 拓也 (NEC)

■GPU・性能解析（11:15～12:15） 座長：
（3） ABCI上でのジョブ実行履歴の分析による深層学習計算の傾向把握
滝澤 真一朗，坂部 昌久，谷村 勇輔，小川 宏高 (産総研)

（4） マルチGPU環境上で大規模データを処理するためのディレクティブの検討
水津 大樹，沈 靖程，伊野 文彦 (阪大)

□昼休み (12:15～13:30)

■数値解析（13:30～14:30） 座長：
（5） Single-Precision Calculation of Iterative Refinement of Eigenpairs of a Real Symmetric-Definite Generalized Eigenproblem by Using a Filter Composed of a Single Resolvent
村上 弘 (都立大)

（6） メニィコアクラスタ向け並列多重格子法
中島 研吾 (東大／理研)

■ストレージ（14:45～15:45） 座長：
（7） ファイルシステムの利用動向を中心とした「京」のジョブの特徴分析と「富岳」の運用に対する一検討
辻田 祐一 (理研)，宇野 篤也 (理研)，関澤 龍一 (富士通)，山本啓二 (理研)，末安 史親 (富士通)

（8） ストレージコネクタspark-ceph-connectorの書き込み性能の改善
高橋 宗史 (筑波大)，建部 修見 (筑波大)

「脱香港」受け皿に 大阪・福岡に国際金融拠点、コロナ後見据え分散

「脱香港」受け皿に　大阪・福岡に国際金融拠点、コロナ後見据え分散

政府が大阪を中心とする関西圏と福岡県を候補地に挙げ、外資金融機関の誘致強化に乗り出す方針を固めたことが１９日までに分かった。政府はこれまで、東京での国際金融センターづくりを目指していたが、相次ぐ災害発生のリスクや新型コロナウイルス収束後の地域分散型社会を見据え、戦略を転換する。９月末に締め切る２０２１年度予算の概算要求に関連事業を盛り込む。

Xeon 4コア v.s. Corei9 16コア

やっぱりコア数は力です。。。

ソフトウェア：SDPA 7.4.1

◯問題１：karate.dat-s
計算サーバ１： gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 84.17s
計算サーバ２： gcc 7.5.0 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 334.24s

◯問題２：DSJC500.9.dat-s
計算サーバ１： gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 26.97s
計算サーバ２： gcc 7.5.0 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 92.42s

◯問題３：NH3+.2A2\".STO6G.pqgt1t2p.dat-s
計算サーバ１： gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 66.20s
計算サーバ２： gcc 7.5.0 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 615.01s


◯計算サーバ１
CPU : Intel(R) Core i9 7960X (16コア/32スレッド/2.8GHz/tb4.2GHz/22MB/165W) LGA2066,
メモリ : 128GB (32GB×4) DDR4 2666(PC4-21300)
OS : CentOS 8.1

◯計算サーバ２
CPU : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1620 v4 (4コア/8スレッド/3.50GHz)
メモリ： 128GB
OS： Ubuntu 18.04

データプロバイダー向け AWS Data Exchange

データプロバイダー向け AWS Data Exchange

AWS Data Exchange はセキュアで効率的な流通チャネルを使って、数百万人もの AWS のお客様にデータをお届けしています。AWS Data Exchange を使うと、データの保存、配信、請求、資格付与するためのインフラストラクチャを構築および管理する必要がなくなります。新規顧客にアクセスするだけでなく、既存の顧客にも無料で資格を付与できます。このため、新規および既存顧客のどちらにもアクセスできる単一の API を提供でき、顧客が AWS クラウドでデータを使用できるようにもなります。

The IEEE Cluster 2020 Poster

Masahiro Nakao, Koji Ueno, Katsuki Fujisawa, Yuetsu Kodama and Mitsuhisa Sato,
Performance Evaluation of Supercomputer Fugaku using Breadth-First Search Benchmark in Graph500,
poster, the IEEE Cluster 2020, September 14-17, 2020, Kobe, Japan.

There is increasing demand for the high-speed processing of large-scale graphs in various fields. However, such graph processing requires irregular calculations, making it difficult to scale performance on large-scale distributed memory systems. Against this background, Graph500, a competition for evaluating the performance of large-scale graph processing, has been held. We developed breadth-first search (BFS), which is one of the benchmark kernels used in Graph500, and took the top spot a total of 10 times using the K computer. In this paper, we tune BFS performance and evaluate it using the supercomputer Fugaku, which is the successor to the K computer. The results of evaluating BFS for a large-scale graph composed of about 1.1 trillion vertices and 17.6 trillion edges using 92,160 nodes of Fugaku indicate that Fugaku has 2.27 times the performance of the K computer. Fugaku took the top spot on Graph500 in June 2020.

材料科学における幾何と代数I

IMI Workshop II:
材料科学における幾何と代数I
※ この研究集会はマス・フォア・インダストリ研究所 共同利用・共同研究の公開プログラムです．

【開催期間】
2020年9月7日(月) - 8日(火)

【開催場所】
On-line 研究会 (Zoom)

オンラインのため，参加にあたっては，下記の参加申込をお願いします．
https://forms.gle/24Ekb8s6GgmVqwLbA
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
1. Program
(全10講演)

9 月 7 日 (月)
11:00-11:05 オープニング

11:05-11:45 川原一晃 (東京大学) 界面接合の実験と数理

11:45-13:30 昼休憩

13:30-14:10 熊野知二(日本製鉄 (株)) 材料技術者のための四元数と行列を用いた対応格子関係の導出

14:30-15:10 小林舜典 (大阪大学) Geometrical modeling and numerical analysis on dislocations in solid

15:30-16:10 下川智嗣 (金沢大学) Relationship between the development of lattice defects and mechanical properties in solid materials through atomic simulations

16:30-17:10 田中良巳 (横浜国立大学) ゲルの破壊と浸透圧の力学

9 月 8 日 (火)
11:00-11:30 山岸弘幸 (都立高専) 正多面体における離散ソボレフ不等式の最良定数

11:35-12:05 關戸啓人 (京都大学） C60 における離散ソボレフ不等式の最良定数

12:05-14:00 昼休憩

14:00-14:40 田中　守 (都城高専) 結晶構造に近いアモルファス構造のモデル化とパーコレーション

15:00-15:40 松江要 (IMI） 有限時間特異性: 力学系的アプローチ

16:00-16:30 中川淳一 (東大数理) 東京大学大学院数理科学研究科ＦＭＳＰ社会数理実践研究： 結晶と準結晶に動機付けられた数学の問題 II

16:30-16:35 クロージング

ABCI初心者講習会

ABCI初心者講習会

ABCI利用者及び、ABCIUG会員向けに「ABCI初心者講習会」を開催します。
講習会は、オンライン会議システムを使って遠隔会議で実施されます。PCとインターネット接続環境があれば、どこからでも参加できます。


参加希望の方は事前にabci-application-ml@aist.go.jpまでメールでご連絡ください。

2020年度は、下記の予定で開催予定です。
第３回は申込多数のため受付を終了し、追加で第４回を9/16(水)に開催します。

第１回：　６/１９（金）＜完了＞
第２回：　７/１７（金）＜完了＞
第３回：　９/９（水）１４時〜１６時　(受付終了しました。)
第４回：　9/16（水）１４時〜１６時　メールで申込む(8/21(金)17:00まで受付中。定員になり次第、受付を終了します。)
第５回：　１１月（予定）

Important Announcement on IEEE CLUSTER2020 KOBE

Important Announcement on IEEE CLUSTER2020 KOBE
Dear researchers,

On behalf of the Organization Committee of IEEE Cluster2020 Kobe, we like to announce about the operation of the conference. Due to world wide situation under COVID-19, we have decided to operate the IEEE Cluster2020 Conference in Kobe as ON-LINE style. There is no physical activity on-site in Kobe. It is our deepest regret to make this decision, but we concluded that it is quite difficult for all the attendees to have an international travel although Japan is relatively calm against to the circumstance with COVID-19. Most importantly, the top priority is your health and not spreading this corona virus in the world. We sincerely beg your understanding.

Currently, we are trying to make the best program in this situation, keeping the conference schedule date as the original one, and arranging the session including keynote talks as much as possible in real-time and bidirectional interaction. But it does NOT mean that we do everything on time with remote conferencing. We arrange the conference schedule to reduce your stress to join it so long time along inconvenient hours in every day. Please wait for the next announcement on our solution.

Here is another important issue. The conference proceedings is issued perfectly same as ordinary conference from IEEE including technical papers and poster abstracts. It means that the review process is under going as same with ordinary manner, and all the authors will be announced of the decision by the program committee.

The organizing committee will continue to work to make the conference as one of the best in this series. Please stay tuned!

Taisuke Boku (University of Tsukuba) and Pete Beckman (Argonne National Laboratory)
IEEE Cluster 2020 Kobe General Co-Chairs