openmpi と mvapich2 その２

現在運用中の以下の新クラスタ計算機では二種類の MPI が使用可能である。

1: OpenMPI 1.5.1
2: MVAPICH2 1.6rc1

念のために両者の性能差があるのかを調べてみた。結果は以下の通り。現時点では速度差はともかく超巨大 SDP の場合では MVAPICH2 でしか解くことができない。

◯問題１ : nug12_r2.dat-s
OpenMPI 1.5.1 : 29.2秒
MVAPICH2 1.6rc1 : 27.8秒

◯問題２： N.4P.DZ.pqgt1t2p.dat-s
OpenMPI 1.5.1 : 535.3秒
MVAPICH2 1.6rc1 : 534.7秒

◯問題３： TSPeil51.dat-s
OpenMPI 1.5.1 : 1694.0秒
MVAPICH2 1.6rc1 : 1713.7秒

○新クラスタ計算機
１：PowerEdge M1000e(ブレードエンクロージャー) x 1台
２：PowerEdge M710HD(ブレードサーバ) x 16台
ブレードサーバの仕様：
CPU : インテル(R) Xeon(R) プロセッサー X5670(2.93GHz、12MB キャッシュ、6.4 GT/s QPI) x 2個
メモリ： 128GB (16X8GB/2R/1333MHz/DDR3 RDIMM/CPUx2)
Disk : 73GB x 2(1台のみ 300GB x 2)
NIC : GbE x 1 & Inifiniband QDR(40Gbps) x 1
OS : CentOS 5.5 for x86_64