東京農工大学公開講座（バイオインフォマティクス入門）

講座案内：東京農工大学公開講座（バイオインフォマティクス入門）

日程：2012年 （平成24年）10月4日 (水)～5日(金) 10:00-18:00
講師：東京農工大学「農学系ゲノム科学人材育成プログラム」担当教員
場所：東京農工大学農学部2号館2-319号室
定員：6名
参加費：10,000円　（事前振込）
申し込み先： kishii @ cc.tuat.ac.jp（石井 一夫氏）
URL: http://www.tuat.ac.jp/~genome/

東 京農工大学「農学系ゲノム科学人材育成プログラム」では，初心者を対象とし次世代シーケンサーからの産生データのゲノムデータ解析などの バイ オインフォマティクスの実習を中心とした公開講座を開催します。なお学生も応募可能です。当日は、約50種類のゲノム解析データ解析ソフトをプレ インストールしたパソコンを貸与し、インターネットから取得した次世代シーケンサーデータを用いて、DNA-Seq, RNA-Seq, Chip-Seqなどのデータ解析実習を行います。また、リモートログインにより約100種類のゲノム解析データ解析ソフトを使用できる 環境 （Linux）を用意します。用意したこれらの解析ソフト群の日本語マニュアルにアクセスしていただき、自分のパソコンを持参された希望者には、ソフトウェアのインストールもサポートします。（申し込みが殺到して即日定員に達し
募集締切りの場合がありますので、ご注意ください。）

使用するソフトウェアの例：
ABySS(Assembler), R/BioConductor(Statistics), clustalx.app(Multiple Alignment), bioperl(Programming), biopython(Programming), bioruby(Programming), biojava(Programming), blast(Homology Search), blast+(Homology Search), bowtie(Mapping), bowtie2(Mapping), bwa(Mapping), cap3(Assembly), clustalw(Multiple Alignment), cufflinks(Mapping), emboss(Gene Analysis Suite), fastqc(Quality Check), hmmer(Multiple Alignment), igv(Viewer), macs(ChIP-Seq), meme(Multiple Alignment), mira3(Assembler), numpy(Mathematics, Statistics), oases(Assembler for RNA-Seq), phred-phrap-consed(Assembler,Sequence Edittor), phylip(Phylogenic Assay), quest(ChIP-Seq), samtools(Data Analysis, Viewer), sissrs(ChIP-Seq), spp(ChIP-Seq), t-coffee(Multiple Alignment), tophat(RNA-Seq), velvet(Assembler), mafft(Phylogenic Assay), mysql(Datebase), octave(Statistics), etc