小島論文、Featured Articlesに選ばれる

新学術領域研究『ゲノム支援』の採択課題として、宮崎大学（林哲也教授）と東京工業大学（黒川顕教授）との共同研究で実施した成果がISME Journalに受理されたことは既にお知らせいたしました。

この『Thioplocaメタゲノム論文』ですが、Featured Articlesに選ばれました。今なら、無料でこの論文がダウンロードできます。地道にコツコツと進めて来た研究（『ジミコツ研究』）ですが、微生物生態学研究分野の専門家の皆さんに評価していただいたことは素直に嬉しく思います。



小島さんへの「バースデープレゼント」になりました！　おめでとうございます。

新たな綱の発見：春採湖からLimnochordia綱

自然研究者は常に自然現象に力をつくして、常に現象に注意することに仕向けられれば良いのであって、初めの中は少なくともつとめてその行動に馴らされることが必要である。夢寐（むび）忘るる事なく自然現象の探求が念頭にあって離れなければ、自ら研究の進捗が見られる。またその目的のためにはなんでも勉強してかかればよいのであって、この傾向が習慣となれば必ず一世の大学者となれるのである。労作なきところに学なし、古来の自然研究者にて怠惰なるものの大学者となった例はない。しかも目的ある努力は一生中継続することはむずかしい。博士になろうと思って努力するもの、賞牌を貰わんがために労作するもの、これらはその目的が達すれば勉強を放棄するのである。外観的にはいかに努力と見えても内心は楽しんで学に携わるものは、後世恐るべきものとなるのである。論語に、
　　之れを知る者は之を好む者に如かず　
　　之れを好む者は之を楽む者に如かず。
　　　　（石本巳四雄著「科学を志す人々へ」より）

当研究グループの大学院生・渡邊美穂さんがまたもや快挙です。北海道釧路市にある春採湖（はるとりこ）の堆積物から、高次分類群である新しい『綱』の微生物を発見いたしました。その名は、『Limnochordia綱』です。分類学の階級は高次から、門、綱、目、科、属、種ですので、新しい「綱」の微生物の発見がいかに素晴らしいものであるか容易に理解できるかと思います。

新しい『綱』名は、Limnochordia。その新綱新目新科新属新種名はLimnochorda pilosaで、「もじゃもじゃした湖のひも」という意味です。その麗しき姿は当研究分野のホームページのトップページに掲載されております。



いやはや、美穂さんの不断の努力に敬服。


Watanabe M, Kojima H. and Fukui M. Limnochorda pilosa gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic, facultative anaerobic pleomorphic bacterium and proposal of Limnochordaceae fam. nov., Limnochordales ord. nov. and Limnochordia classis nov. in the phylum Firmicutes. Int J Syst Evol Microbiol. in press. Doi:10.1099/ijs.0.000270

研究論文update150421

【2015年以降】

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Draft genome sequence of a sulfur-oxidizing autotroph, Sulfuricella sp. strain T08, isolated from a freshwater lake. Genome Announcements. in press.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima, Manabu Fukui. Limnochorda pilosa gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic, facultative anaerobic pleomorphic bacterium and proposal of Limnochordaceae fam. nov., Limnochordales ord. nov. and Limnochordia classis nov. in the phylum Firmicutes. International Journal of Systematic and Evolutionaly Microbiology. in press. Doi:10.1099/ijs.0.000270

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfoplanes formicivorans gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from a brackish meromictic lake, and emended description of the family Desulfomicrobiaceae. International Journal of Systematic and Evolutionaly Microbiology. in press.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfuriferula multivorans gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake, reclassification of 'Thiobacillus plumbophilus' as Sulfuriferula plumbophilus sp. nov., and description of Sulfuricellaceae fam. nov. and Sulfuricellales ord. nov.　International Journal of Sysytematic and Evolutionary Microbiology. in press.

*. Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Eriko Takeda, Yusuke Yokoyama and Manabu Fukui. Biogeochemistry and limnology in Antarctic subglacial weathering: molecular evidence of the linkage between subglacial silica input and primary producers in a perennially ice-covered lake. Progress in Earth and Planetary Science. in press.

*. Hisaya Kojima, Yoshitoshi Ogura, Nozomi Yamamoto, Tomoaki Togashi, Hiroshi Mori, Tomohiro Watanabe, Fumiko Nemoto, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi and Manabu Fukui. Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. The ISME Journal : in press..

【2014年】

*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa and Manabu Fukui. Mizugakiibacter sediminis gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 3983-3987. 2014.

*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa, Kouhei Kogure, Yuki Kobayashi, Masayuki Itoh, Fuh-Kuw Shiah, Noboru Okuda and Manabu Fukui. Community structure of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir characterized by dominance of phylotype closely related to nitrite reducer. Scientific Reports 4: 5728. DOI: 10.1038/srep05728.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Complete genomes of freshwater sulfur oxidizers Sulfuricella denitrificans skB26 and Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H: Genetic insights into the sulfur oxidation pathway of betaproteobacteria. Systematic and Applied Microbiology 37: 387-395.2014.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Proposal of Effusibacillus lacus gen. nov., sp. nov. and reclassification of Alicyclobacillus pohliae as Effusibacillus pohliae comb. nov. and Alicyclobacillus consociatus as Effusibacillus consociatus comb. nov.. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 2770-2774.2014.

*. Kyoko Kubo, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical distribution of major sulfate-reducing bacteria in a eutrophic shallow meromictic lake. Systematic and Applied Microbiology 37: 510-519. 2014.

*. Hisaya Kojima, Johanna Moll, Joerg Kahnt, Manabu Fukui and Seigo Shima. A reversed genetic approach reveals the coenzyme specificity and the catalytic properties of three enzymes putatively involved in anaerobic oxidation of methane with sulfate. Environmental Microbiology 16: 3431-3442. 2014.

*. Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe, Tomoya Iwata and Manabu Fukui. Identification of major planktonic sulfur oxidizers in stratified freshwater lake. PLoS ONE : e93877. 2014.

*. Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfurisoma sediminicola gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 1587-1592. 2014.

【2013年】

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, Yoshinori Takano and Manabu Fukui. Diversity of sulfur-cycle prokaryotes in freshwater lake sediments investigated using aprA as functional marker gene. Systematic and Applied Microbiology 36: 436-443.2013.

*. Yoshinori Iizuka, Barbara Delmonte, Ikumi Oyabu, Torbjoern Karlin, Valter Maggi, Amuel Albani, Manabu Fukui, Takeo Hondoh and Margareta Hansson. Sulphate and chloride aerosols during Holocene and last glacial periods preserved in the Talos Dome Ice Core, a peripheral region of Antarctica. Tellus B 65: 20197.2013.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfotomaculum intricatum sp. nov., a sulfate-reducer isolated from freshwater lake sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 3574-3578. 2013.

*.Takato Matsui, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Effects of temperature on successive anaerobic decomposition of high-molecular organic matter under sulfate-reducing conditions. Estuarine, Coastal and Shelf Science 119: 139-144. 2013.

*. Akiko Kamono, Marianne Meyer, Thomas Cavalier-Smith,　Manabu Fukui and Anne Maria Fiore-Donno. Exploring slime mould diversity in high altitude forests and grasslands by environmental RNA analysis. FEMS Microbiology Ecology 84: 98-108. 2013.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Miho Watanabe and Manabu Fukui. Desulfatitalea tepidiphila gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from tidal flat sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 761-765. 2013.

【2012年】

*. Yoshinori Takano, Jonathan James Tyler, Hisaya Kojima, Yusuke Yokoyama, Yukiko Tanabe, Takaharu Sato, Nanako O. Ogawa, Naohiko Ohkouchi, and Manabu Fukui. Holocene lake developments and glacial-isostatic uplift at Lake Skallen and Lake Oyako, Luetzow-Holm Bay, east Antarctica: based on biogeochemical facies and molecular signatures. Applied Geochemistry 27: 2546-2559. 2012.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Draft genome sequence of a psychrotolerant sulfur-oxidizing bacterium Sulfuricella denitrificans skB26 and proteomic insights into cold adaptation. Applied and Environmental Microbiology 78: 6545-6549. 2012.

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, Akifumi Ohtaka and Manabu Fukui. Filamentous sulfur-oxidizing bacteria of the genus Thioploca from Lake Tonle Sap in Cambodia. Aquatic Microbial Ecology 66: 295-300. 2012.

*. Anne Maria Fiore-Donno, Akiko Kamono, Marianne Meyer, Martin Schnittler, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. 18S rDNA phylogeny of Lanmproderma and allied genera (Stemonitales, Myxomycetes, Amoebozoa). PLoS ONE 7: e35359. 2012.

*. Hisaya Kojima, Masazumi Tsutsumi, Kanako Ishikawa, Tomoya Iwata, Marc Mussmann and Manabu Fukui. Distribution of putative denitrifying methane oxidizing bacteria of a freshwater lake. Systematic and Applied Microbiology 35: 233-238. 2012.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Isolation and characterization of novel sulfate-reducing bacterium capable anaerobic degradation of p-xylene. Microbes and Environments 27: 273-277. 2012.

*. Masanaori Fujii, Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, Jotaro Urabe and Manabu Fukui. Dissolved organic carbon as major environmental factor affecting bacterioplankton communities in mountain lakes of eastern Japan. Microbial Ecology 63: 496-508. 2012.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical profiles of abundance and potential activity of methane-oxidizing bacteria in sediment of Lake Biwa, Japan. Microbes and Environments 27: 67-71. 2012.

【2011年】

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Diversity of freshwater Thioploca species and their specific association with filamentous bacteria of the phylum Chloroflexi. Microbial Ecology 62：753-764.2011.

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuritalea hydrogenivorans gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61: 1651-1655. 2011.

*. Masazumi Tsutsumi, Tomoya Iwata, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Spatiotemporal variations in an assemblage of closely related planktonic aerobic methanotrophs. Freshwater Biology 56: 342-351. 2011.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Temperature-dependent differences in community structure of bacteria involved in degradation of petroleum hydrocarbons under sulfate-reducing conditions. Journal of Applied and Microbiology　110: 314-322. 2011.

*. Kyoko Kubo, Katrin Knittel, Rudolf Amann, Manabu Fukui and Katsumi Matsuura. Sulfur-metabolizing bacteria populations in microbial mats of the Nakabusa hot spring, Japan. Systematic and Applied Microbiology 34: 293-302, 2011.

【2010年】

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuricella denitrificans gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60:2862-2866. 2010.

*. Keiichi Tabuchi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Seasonal changes in organic matter mineralization in a sublittoral sediment and temperature-driven decoupling of key processes. Microbial Ecology 60: 551-560. 2010.

*. Masanaori Fujii, Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Tamotsu Hoshino, Ryoichi Tanaka and Manabu Fukui. Microbial community structure, pigment composition, and nitrogen source of red snow in Antarctica. Microbial Ecology 59: 466-4775.2010.

*. Anne Fiore-Donno, Akiko Kamono, Ema Chao, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. Invalidation of hyperamoeba by transferring its species to other genera of Myxogastria. Journal of Eukaryotic Biology 52: 189-196. 2010.

【2009年】

*. Akiko Kamono, Hisaya Kojima, Jun Matsumoto, Kimitaka Kawamura and Manabu Fukui. Airborne Myxomycete spore: Detection using molecular techniques, Naturwissenschaften　96: 147-151.2009.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, Shigeru Uemura, Kiyomi Ono, Akihiro Sumida, Toshihiko Hara and Manabu Fukui. Structure and activity of soil-inhabiting methanotrophic communities in northern forest of Japan. Soil Biology and Biochemistry　 41: 403-408.2009.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Tatsunori Nakagawa, Shinya Sato and Manabu Fukui. A novel n-alkane-degrading bacterium as a minor member of p-xylene-degrading sulfate-reducing consortium. Biodegradation　20: 383-390.2009.　

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Shinya Sato, Manabu Fukui. Microbial community analysis at crude oil-contaminated soils targeting the 16S ribosomal RNA, xylM, C23O, and bcr genes. Journal of Applied Microbiology　107: 126-135. 2009.

*. Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, and Manabu Fukui. DNA-based analysis of planktonic methanotrophs in a stratified lake. Freshwater Biology　54: 1501-1509.2009.

*. Akiko Kamono, Jun Matsumoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Characterization of myxomycete communities in soil by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)-based method. Soil Biology and Biochemistry 41: 1324-1330. 2009.

*. Hisaya Kojima, Haruo Fukuhara and Manabu Fukui. Community structure of microorganisms asssociated with reddish-brown iron-rich snow. Systematic and Applied Microbiology 32: 429-437. 2009.

EMBOワークショップでポスター賞（小島久弥さん）

デンマークで開催されたヨーロッパ分子生物学機構ワークショップ『Microbial Sulfur Metabolism（微生物学的硫黄代謝）』で、ポスター賞を受賞いたしました（小島久弥さん）。小島さんの粘り強く研究した成果が評価されたのだと思います。




この会議は硫黄代謝研究者が一堂に会し、缶詰状態で研究発表と議論を行うものです。かなり突っ込んだ議論が行われますので、大変勉強になります。

小島さんの受賞で思うこと。近年、特に若手の学会ポスター発表では、煌びやかで魅力的だが中味が薄いものが多いような気がいたします。一方、小島さんのポスターはカラフルではありませんが、緻密な研究計画のもとにしっかりとしたデータを積み重ねた結果を誠実に表現したものです。まさに玄人受けするポスターなのです。

さて、賞品は何かと言えば、Paul de Kruif著「Microbe Hunters」（微生物の狩人）です。小島さんには最適の贈り物ですね。



このワークショップは三年に一度開催され、今回で４回目。次回はオーストリアのウィーンで。

無駄な情熱、再び

歳を重ねるに連れて高い効率で事を済まそうとする傾向があるようです。若き日々、無駄な情熱ゆえの赤面行動。遠い海の記憶のようです。

21年ぶりにデンマークのHelsingørに来ています。首都コペンハーゲンからローカル電車で45分程度の港町。その対岸はスウェーデンのヘルシンボリで、フェリーで僅か20分間。風が強く、鉛色の雲。そんな光景は映画『バべットの晩餐会』を思い出させます。






あの頃の無駄な情熱の愚行。ああ、恥ずかしい。DGGEを開発したGerard Muyzerもあの頃は。現在彼は、オランダにあるアムステルダム大学の教授です。

さて、これからMuyzerに会ってきます。

研究分野ホームページ更新：寺島さんの情報をアップ

４月１日付けで助教として寺島美亜さんが低温科学研究所に赴任いたしました。今後のご活躍が期待されます。

微生物生態学分野ホームページの『メンバー』を更新いたしました。

新年度研究グループ新メンバー

４月１日。新年度スタート。当研究グループも構成メンバーが下記の通り変更となりました。

【教員】
福井　学　（教授）
小島久弥　（助教）
寺島美亜　（助教）

嶋　盛吾　（客員教授　マックスプランク陸生微生物学研究所）

【スタッフ】
篠原ありさ　（研究支援推進員）
時沢里保　（研究支援推進員）

【博士研究員】
渡邉友浩　（非常勤研究員）
三浦　彩　（学術研究員）

【大学院生】
渡邊美穂　（博士後期課程）
梅澤和寛　（博士後期課程）
岡本　怜　（博士前期課程）
藤原孝貴　（博士前期課程）

【国費留学生】
Melody Christine Cabrera Ospino （コロンビア）

【グループ秘書】（三研究分野共通）
鋸屋麻子

『微生物生態学分野』のホームページも近日中に更新予定です。