湖にて動きまわる：新属硫酸還元細菌の発見

ときどき木立をすかして見える海の面も、ぎらぎらとまぶしく僕の眼を射た。ぼくはすがすがしい空気を胸いっぱいに吸いながら、ゆっくりと歩をはこんだ。散歩時間にはまだ間のあることとて、ときたま、知らぬ人に行き会うだけだった。
　（シュトルム『散歩』より）

春採湖は北海道釧路市の市街地にある部分循環湖。隣接して海底炭坑もある。そんな湖から新属の硫酸還元菌Desulfoplanes formicivoransを発見。大学院生・渡邊美穂さんによる素晴らしい成果である。蟻酸を食べて動きまわる硫酸還元細菌だべさ。

Miho Watanabe, Hisaya Kojima, Manabu Fukui. Desulfoplanes formicivorans gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from a brackish meromictic lake, and emended description of the family Desulfomicrobiaceae. International Journal of Systematic and Evolutionaly Microbiology. in press.

研究論文update150322

【2015年以降】

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfoplanes formicivorans gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from a brackish meromictic lake, and emended description of the family Desulfomicrobiaceae. International Journal of Systematic and Evolutionaly Microbiology. in press.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfuriferula multivorans gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake, reclassification of 'Thiobacillus plumbophilus' as Sulfuriferula plumbophilus sp. nov., and description of Sulfuricellaceae fam. nov. and Sulfuricellales ord. nov.　International Journal of Sysytematic and Evolutionary Microbiology. in press.

*. Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Eriko Takeda, Yusuke Yokoyama and Manabu Fukui. Biogeochemistry and limnology in Antarctic subglacial weathering: molecular evidence of the linkage between subglacial silica input and primary producers in a perennially ice-covered lake. Progress in Earth and Planetary Science. in press.

*. Hisaya Kojima, Yoshitoshi Ogura, Nozomi Yamamoto, Tomoaki Togashi, Hiroshi Mori, Tomohiro Watanabe, Fumiko Nemoto, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi and Manabu Fukui. Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. The ISME Journal : in press..

【2014年】

*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa and Manabu Fukui. Mizugakiibacter sediminis gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 3983-3987. 2014.

*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa, Kouhei Kogure, Yuki Kobayashi, Masayuki Itoh, Fuh-Kuw Shiah, Noboru Okuda and Manabu Fukui. Community structure of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir characterized by dominance of phylotype closely related to nitrite reducer. Scientific Reports 4: 5728. DOI: 10.1038/srep05728.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Complete genomes of freshwater sulfur oxidizers Sulfuricella denitrificans skB26 and Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H: Genetic insights into the sulfur oxidation pathway of betaproteobacteria. Systematic and Applied Microbiology 37: 387-395.2014.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Proposal of Effusibacillus lacus gen. nov., sp. nov. and reclassification of Alicyclobacillus pohliae as Effusibacillus pohliae comb. nov. and Alicyclobacillus consociatus as Effusibacillus consociatus comb. nov.. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 2770-2774.2014.

*. Kyoko Kubo, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical distribution of major sulfate-reducing bacteria in a eutrophic shallow meromictic lake. Systematic and Applied Microbiology 37: 510-519. 2014.

*. Hisaya Kojima, Johanna Moll, Joerg Kahnt, Manabu Fukui and Seigo Shima. A reversed genetic approach reveals the coenzyme specificity and the catalytic properties of three enzymes putatively involved in anaerobic oxidation of methane with sulfate. Environmental Microbiology 16: 3431-3442. 2014.

*. Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe, Tomoya Iwata and Manabu Fukui. Identification of major planktonic sulfur oxidizers in stratified freshwater lake. PLoS ONE : e93877. 2014.

*. Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfurisoma sediminicola gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 1587-1592. 2014.

【2013年】

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, Yoshinori Takano and Manabu Fukui. Diversity of sulfur-cycle prokaryotes in freshwater lake sediments investigated using aprA as functional marker gene. Systematic and Applied Microbiology 36: 436-443.2013.

*. Yoshinori Iizuka, Barbara Delmonte, Ikumi Oyabu, Torbjoern Karlin, Valter Maggi, Amuel Albani, Manabu Fukui, Takeo Hondoh and Margareta Hansson. Sulphate and chloride aerosols during Holocene and last glacial periods preserved in the Talos Dome Ice Core, a peripheral region of Antarctica. Tellus B 65: 20197.2013.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfotomaculum intricatum sp. nov., a sulfate-reducer isolated from freshwater lake sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 3574-3578. 2013.

*.Takato Matsui, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Effects of temperature on successive anaerobic decomposition of high-molecular organic matter under sulfate-reducing conditions. Estuarine, Coastal and Shelf Science 119: 139-144. 2013.

*. Akiko Kamono, Marianne Meyer, Thomas Cavalier-Smith,　Manabu Fukui and Anne Maria Fiore-Donno. Exploring slime mould diversity in high altitude forests and grasslands by environmental RNA analysis. FEMS Microbiology Ecology 84: 98-108. 2013.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Miho Watanabe and Manabu Fukui. Desulfatitalea tepidiphila gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from tidal flat sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 761-765. 2013.

【2012年】

*. Yoshinori Takano, Jonathan James Tyler, Hisaya Kojima, Yusuke Yokoyama, Yukiko Tanabe, Takaharu Sato, Nanako O. Ogawa, Naohiko Ohkouchi, and Manabu Fukui. Holocene lake developments and glacial-isostatic uplift at Lake Skallen and Lake Oyako, Luetzow-Holm Bay, east Antarctica: based on biogeochemical facies and molecular signatures. Applied Geochemistry 27: 2546-2559. 2012.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Draft genome sequence of a psychrotolerant sulfur-oxidizing bacterium Sulfuricella denitrificans skB26 and proteomic insights into cold adaptation. Applied and Environmental Microbiology 78: 6545-6549. 2012.

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, Akifumi Ohtaka and Manabu Fukui. Filamentous sulfur-oxidizing bacteria of the genus Thioploca from Lake Tonle Sap in Cambodia. Aquatic Microbial Ecology 66: 295-300. 2012.

*. Anne Maria Fiore-Donno, Akiko Kamono, Marianne Meyer, Martin Schnittler, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. 18S rDNA phylogeny of Lanmproderma and allied genera (Stemonitales, Myxomycetes, Amoebozoa). PLoS ONE 7: e35359. 2012.

*. Hisaya Kojima, Masazumi Tsutsumi, Kanako Ishikawa, Tomoya Iwata, Marc Mussmann and Manabu Fukui. Distribution of putative denitrifying methane oxidizing bacteria of a freshwater lake. Systematic and Applied Microbiology 35: 233-238. 2012.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Isolation and characterization of novel sulfate-reducing bacterium capable anaerobic degradation of p-xylene. Microbes and Environments 27: 273-277. 2012.

*. Masanaori Fujii, Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, Jotaro Urabe and Manabu Fukui. Dissolved organic carbon as major environmental factor affecting bacterioplankton communities in mountain lakes of eastern Japan. Microbial Ecology 63: 496-508. 2012.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical profiles of abundance and potential activity of methane-oxidizing bacteria in sediment of Lake Biwa, Japan. Microbes and Environments 27: 67-71. 2012.

【2011年】

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Diversity of freshwater Thioploca species and their specific association with filamentous bacteria of the phylum Chloroflexi. Microbial Ecology 62：753-764.2011.

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuritalea hydrogenivorans gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61: 1651-1655. 2011.

*. Masazumi Tsutsumi, Tomoya Iwata, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Spatiotemporal variations in an assemblage of closely related planktonic aerobic methanotrophs. Freshwater Biology 56: 342-351. 2011.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Temperature-dependent differences in community structure of bacteria involved in degradation of petroleum hydrocarbons under sulfate-reducing conditions. Journal of Applied and Microbiology　110: 314-322. 2011.

*. Kyoko Kubo, Katrin Knittel, Rudolf Amann, Manabu Fukui and Katsumi Matsuura. Sulfur-metabolizing bacteria populations in microbial mats of the Nakabusa hot spring, Japan. Systematic and Applied Microbiology 34: 293-302, 2011.

【2010年】

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuricella denitrificans gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60:2862-2866. 2010.

*. Keiichi Tabuchi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Seasonal changes in organic matter mineralization in a sublittoral sediment and temperature-driven decoupling of key processes. Microbial Ecology 60: 551-560. 2010.

*. Masanaori Fujii, Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Tamotsu Hoshino, Ryoichi Tanaka and Manabu Fukui. Microbial community structure, pigment composition, and nitrogen source of red snow in Antarctica. Microbial Ecology 59: 466-4775.2010.

*. Anne Fiore-Donno, Akiko Kamono, Ema Chao, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. Invalidation of hyperamoeba by transferring its species to other genera of Myxogastria. Journal of Eukaryotic Biology 52: 189-196. 2010.

【2009年】

*. Akiko Kamono, Hisaya Kojima, Jun Matsumoto, Kimitaka Kawamura and Manabu Fukui. Airborne Myxomycete spore: Detection using molecular techniques, Naturwissenschaften　96: 147-151.2009.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, Shigeru Uemura, Kiyomi Ono, Akihiro Sumida, Toshihiko Hara and Manabu Fukui. Structure and activity of soil-inhabiting methanotrophic communities in northern forest of Japan. Soil Biology and Biochemistry　 41: 403-408.2009.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Tatsunori Nakagawa, Shinya Sato and Manabu Fukui. A novel n-alkane-degrading bacterium as a minor member of p-xylene-degrading sulfate-reducing consortium. Biodegradation　20: 383-390.2009.　

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Shinya Sato, Manabu Fukui. Microbial community analysis at crude oil-contaminated soils targeting the 16S ribosomal RNA, xylM, C23O, and bcr genes. Journal of Applied Microbiology　107: 126-135. 2009.

*. Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, and Manabu Fukui. DNA-based analysis of planktonic methanotrophs in a stratified lake. Freshwater Biology　54: 1501-1509.2009.

*. Akiko Kamono, Jun Matsumoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Characterization of myxomycete communities in soil by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)-based method. Soil Biology and Biochemistry 41: 1324-1330. 2009.

*. Hisaya Kojima, Haruo Fukuhara and Manabu Fukui. Community structure of microorganisms asssociated with reddish-brown iron-rich snow. Systematic and Applied Microbiology 32: 429-437. 2009.

雪氷微生物培養実験

一週間弱札幌滞在のミャンマーからの研究者たち。その間に行える実験には限りがあります。一方で、低温科学研究所ならではテーマにしたい。そこで、雪氷微生物の培養実験を行うことといたしました。

寒天平板培地に雪氷試料を接種して培養を開始。毎日観察するも微生物コロ二ーは出現せず。ところが、最終日の夕方、ようやく！

早速、コロニーの観察及び計数を行うミャンマー研究者のAさんとBさん。





もう少し時間があれば単離培養もできたのですが、残念。滞在中激しい降雪もありましたが、彼らにとって札幌滞在は有意義であったでしょうか。

河村公隆教授最終講義

３月１２日、低温科学研究所河村公隆教授の最終講義。タイトルは、『有機酸の地球化学とその七変化～100年後の大気海洋と人類社会の展望～』。





地球化学、特に大気環境研究において卓越した研究を遂行された河村教授ですが、生物系の私にも大きな刺激を与えてくれています。長い間お世話になり、ありがとうございました。



最終講義後の記念パーティーでご紹介させていただいたのですが、半谷高久先生が執筆された『社会地球化学』は若い研究者に強くお薦めしたい本です。５０年前に書かれた本ですが、その内容は示唆に富むものです。



『社会地球化学』のページをめくっていると、大学３年生だった頃の私の筆跡に遭遇。当時の私は本書の本質をどこまで理解できていたのか？　そんなこんな思いながらの記念パーティーでした。私もいつかは、『地球・微生物・思う』と言うタイトルの本を執筆しようか？

台湾で湖沼調査

この時期雨の日が多い台北。雨の中での調査が懸念されていましたが、調査日は快晴に転じました。調査メンバーの中に晴れ男がいるのかもしれません。

水深１００mから湖水採取。骨の折れる作業ですが、皆さん明るく、微笑ましくもあります。



採取後速やかに滅菌ボトルへ湖水を分取。手際よく作業する低温科学研究所のAさん。



無事調査を終え、桟橋に向かいます。海外調査が初めてのBさんも、満足そうです。



調査後、エネルギー補給のため、遅めの昼食を。とても庶民的な食堂へ連れて行っていただきました。



米粉麺、牛肉そぼろごはん、そしていくつかの小皿料理を美味しく頂く。いつも献身的にお世話していただいている中央研究院の皆さんに感謝。

ミャンマーからのゲスト

気温３５℃を越えるミャンマーから研究者２名が当研究室に滞在中です。旧首都ヤンゴンに次ぐミャンマー第２の都市パテインから。彼女たちの所属するパテイン大学の学長はかつて北海道大学に留学した経験があるとのことです。

熱帯からの微生物学研究者のお二人は、雪氷微生物の培養実験を行っています。さてさて、どんな微生物が現れるのでしょうか？結果が楽しみです。



雪解けの進んだ札幌とは言え、熱帯モンスーン気候帯からいらした彼らには寒いことでしょう。体調を崩さないことを願っております。

台湾で微生物生態学、再び

「湖の深層水に脱窒メタン酸化細菌がこれほど多かったのには驚いた。この細菌の群集が湖沼の環境保全に重要な役割をしているのは間違いない。湖水の生態系研究の新しい突破口になる。亜熱帯だけでなく、温帯や寒帯の深い湖沼にも、この細菌の群集がいるかどうか、調査したい」
（JSTサイエンスポータルより）

と言うことで、台北で湖沼調査。毎度、中央研究院（アカデミアシニカ）の夏復國先生には大変お世話になっております。野外調査が予想以上に行えるのは、夏先生とグループスタッフのおかげです。ありがとうございます！