MPICH2 のインストールと実行

MPICH2 を試しにインストールして SDPARA を MPICH2 を用いて再コンパイルして実行してみた。SDPARA は ATLAS, CLAPACK, BLACS, SCALAPACK を用いているが、この中でBLACS と SCALAPACK は MPI を用いるので、これらのも MPICH2 を用いて再コンパイルする必要がある。つまり MPICH のバイナリは MPICH2 では正常に動作しない。MPICH2 では、実行する前に各ノードで mpd というプロセスを立ち上げる。その後で mpiexec というコマンドを用いて並列実行を行う。MPICH との互換性も考慮して mpirun コマンドも用意されている。肝心のパフォーマンスだが、理由は良くわからないが概ね SDPARA を実行した場合にはMPICH2 の方が遅くなっている。引き続き調査する必要があるだろう。
明日でちょうどブログを始めて１年になる。