SDPARA 7.3.1 と水分子 その２

以下の SDPA クラスタでは、32ノード(MPI) x 4 スレッド(pthread) よりも、 16ノード(MPI) x 8 スレッド(pthread) の方が速かった。結果は以下の通りである。14時間を切ったのはなかなか凄い。

問題名 : H2O.1A1.DZ.pqgt1t2p.dat-s

SDPARA 7.3.1 :
32 x 4 : 55510.9s(37反復 : pdOPT) : 約15時間25分
16 x 8 : 49917.4s(37反復 : pdOPT) : 約13時間52分


○ SDPA クラスタ
16 Nodes, 32 CPUs, 128 CPU cores;
CPU : Intel Xeon 5460 3.16GHz (quad cores) x 2 / node
Memory : 48GB / node
HDD : 6TB(RAID 5) / node
NIC : GbE x 2 and Myrinet-10G x 1 / node
OS : CentOS 5.3 for x86_64