新環境での初めてのクラスタ計算機の構築中である。普通は OS 名を明かすのはセキュリティ上危険なのだが CentOS Ver 5 を用いている。OS の選択はいろいろと迷うところだが、インテルコンパイラなどバイナリ配布しているものはいまだに Fedora Core 3 や 4 あたりで止まっていることも多いので、逆に一昔前の Linux ディストリビューションの方が使いやすいことも多い。でもサーバではサポートがすでに終了したものを使うわけにはいかないので、今ならば CentOS 5 や Fedora Core 6 などが選択肢になる。
すでに昨年から試していたのだが、mpich も Version 1 がすでに終了して、mpich2 に移行しているので、新クラスタでは mpich-1.2.6 と mpich2-1.0.5p4 を両方インストールして使うことにする。mpich のインストール自体は極めて簡単だが、mpich2 は mpich と異なり mpd というデーモンを動かす必要がある。
両者とも各ノード相互に rsh か ssh でパスワードなしでログインできるようにする必要があるが、mpich2 の方は結構面倒である。
1: /etc/hosts を設定。ここで 127.0.0.1 は localhost のみにする。この行にホスト名も入っていると failed to ping mpd on xxxxx といったエラーの原因になる。
2: /etc/hosts.equiv と .rhosts の設定
3: rsh, rexec, rlogin を on にして xinetd を再起動
4: /etc/securetty に rsh を追加
5: 必要に応じて /etc/hosts.allow や /etv/hosts.deny も編集。SELinux やファイアーウォール機能は切った方が作業が簡単
とりあえず mpich と mpich2 の両方で SDPARA と SDPARA-C が動作するようになる。性能は mpich2 の方がやや上回っている。
すでに昨年から試していたのだが、mpich も Version 1 がすでに終了して、mpich2 に移行しているので、新クラスタでは mpich-1.2.6 と mpich2-1.0.5p4 を両方インストールして使うことにする。mpich のインストール自体は極めて簡単だが、mpich2 は mpich と異なり mpd というデーモンを動かす必要がある。
両者とも各ノード相互に rsh か ssh でパスワードなしでログインできるようにする必要があるが、mpich2 の方は結構面倒である。
1: /etc/hosts を設定。ここで 127.0.0.1 は localhost のみにする。この行にホスト名も入っていると failed to ping mpd on xxxxx といったエラーの原因になる。
2: /etc/hosts.equiv と .rhosts の設定
3: rsh, rexec, rlogin を on にして xinetd を再起動
4: /etc/securetty に rsh を追加
5: 必要に応じて /etc/hosts.allow や /etv/hosts.deny も編集。SELinux やファイアーウォール機能は切った方が作業が簡単
とりあえず mpich と mpich2 の両方で SDPARA と SDPARA-C が動作するようになる。性能は mpich2 の方がやや上回っている。
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