ASC の新環境では、PBS を用いてジョブを投入する場合には以下のように行う。
まず以下のようなシェルスクリプトファイルを作成する。
---------------
#!/bin/sh
cd /home/xxxxx/sdpa/prog/new/sdpara/
pbs_mpirun ./sdpara -ds /m00fs/xxxxx/data/newdata/t2.dat-s
-o /m00fs/xxxxx/data/newdata/t2.out
-p /home/xxxxx/sdpa/prog/new/sdpara/param.sdpa
---------------
その後で以下のように qsub コマンドでキューに入れる
<8x1 の場合:8CPU で 8台>
PBS の排他利用(exclusive)、という機能を使用する。
qsub -l nodes=8#excl <job-script>
<4x2 の場合:4 CPU で 8台>
qsub -l nodes=4:ppn=2 <job-script>
上記指定で、PBS が自動的に machinefile を作成し、pbs_mpirun がそれを
使ってジョブを実行することになる。
まず以下のようなシェルスクリプトファイルを作成する。
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#!/bin/sh
cd /home/xxxxx/sdpa/prog/new/sdpara/
pbs_mpirun ./sdpara -ds /m00fs/xxxxx/data/newdata/t2.dat-s
-o /m00fs/xxxxx/data/newdata/t2.out
-p /home/xxxxx/sdpa/prog/new/sdpara/param.sdpa
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その後で以下のように qsub コマンドでキューに入れる
<8x1 の場合:8CPU で 8台>
PBS の排他利用(exclusive)、という機能を使用する。
qsub -l nodes=8#excl <job-script>
<4x2 の場合:4 CPU で 8台>
qsub -l nodes=4:ppn=2 <job-script>
上記指定で、PBS が自動的に machinefile を作成し、pbs_mpirun がそれを
使ってジョブを実行することになる。