Ubuntu 8.04 で SDPARA

海外から Ubuntu 8.04 で SDPARA を実行したいという要望があったので、試しに SDPARA のバイナリを作ってみたところ結構大変だった。ここ数年は RedHat 系の Linux(RHEL, CentOS, Fedora, Vine など)しか使ったことがないので、Ubuntu などの debian 系は /etc 以下の構成が異なり、経験がある人ならばわかると思うのだが、これが結構戸惑うものだ。SDPARA を make するだけならば簡単だが、MPI のため rsh の設定などが必要になる。

SDPARA 1.0.1 + ATLAS 3.8.2 では以下のように動作が変になっている。

opt-ubuntu:~/tmp$ /usr/local/mpich/bin/mpirun -np 1 ./sdpara ./data/b200-9.b.dat-s out
SDPARA start at Tue Oct 14 02:18:42 2008
let me see your ...
data is ./data/b200-9.b.dat-s : sparse
parameter is ./param.sdpa
out is out

mu thetaP thetaD objP objD alphaP alphaD beta
0 1.0e+04 1.0e+00 1.0e+00 -0.00e+00 +2.00e+04 7.7e-01 9.0e-01 2.00e-01
Cannot cholesky decomposition X or Z :: iam = 0 :: line 308 in rsdpa_algebra.cpp
1 1.0e+04 1.0e+00 1.0e+00 -0.00e+00 +2.00e+04 7.7e-01 9.0e-01 2.00e-01

phase.value = noINFO

一方で SDPARA 7.0.1 + ATLAS 3.8.2 or GotoBLAS 1.26 では正常に動作。というわけでライブラリの作成は成功しているようだ。

○SDPARA 7.0.1 + ATLAS 3.8.2
................
21 4.9e-11 1.1e-16 4.7e-17 +4.94e+01 +4.94e+01 1.8e-05 1.8e-05 1.00e-01

phase.value = pdFEAS
Iteration = 21
mu = 4.9497163467186202e-11
relative gap = 1.9966281288414327e-10
gap = 9.8994326934372405e-09
digits = 9.6997028147642563e+00
objValPrimal = 4.9401170306289949e+01
objValDual = 4.9401170296426372e+01
p.feas.error = 1.0658141036401503e-14
d.feas.error = 1.3411494137471891e-13
total time = 33.202
file read time = 0.077144
main loop time = 33.106304
total time = 33.202076

○SDPARA 7.0.1 + GotoBLAS 1.26
................
21 9.5e-11 7.0e-17 1.8e-17 +4.94e+01 +4.94e+01 3.4e-06 3.4e-06 1.00e-01

phase.value = pdFEAS
Iteration = 21
mu = 9.5228586846044132e-11
relative gap = 3.8577399824982333e-10
gap = 1.9045717369208827e-08
digits = 9.4136670478097493e+00
objValPrimal = 4.9401170307502554e+01
objValDual = 4.9401170288444867e+01
p.feas.error = 1.0658141036401503e-14
d.feas.error = 6.5702998597316764e-13
total time = 17.956
file read time = 0.075698
main loop time = 17.862916
total time = 17.956211