京大 T2K スパコンと SDPARA その２

SDPA 64bit を用いて1台のサーバのみで H2O と NH3 の問題を解いたので、スパコンとクラスタとサーバの３者での実験結果を比較してみる。スパコンとクラスタ上では SDPARA 7.3.2 を実行している。この場合では CPU(MPI) x コア数(Pthread) で並列計算数を表現している。SDPA 7.3.2 はスレッド並列に用いたコア数を示している。結論から言うと１サーバでもこの程度の大きさの問題ならば何とか解くことができるが、やはりスパコンやクラスタは必要だと感じる。

問題１： H2O
○京大 T2K スパコン(CPU x コア数)
27,523.8s(128 x 16) ～ 7.6 時間
○SDPA クラスタ(CPU x コア数)
49,037.9s(16 x 8) ～ 13.6 時間
○計算サーバ２(コア数)
809,261.3s(12) ～ 224.8時間(9.4日)

問題２： NH3
○京大 T2K スパコン(CPU x コア数)
68,593.4s(128 x 16) ～ 19.1 時間
○SDPA クラスタ(CPU x コア数)
146,763.2s(32 x 4) ～ 40.8 時間
○計算サーバ１(コア数)
943,486.0s(8) ～ 262.1時間(10.9日)


○ 京大 T2K スパコン : SDPARA 7.3.2
128 Nodes, 512 CPUs, 2048 CPU cores; (今回使用した分のみ)
CPU : AMD Opteron 8356 2.3GHz (quad cores) x 4 / node
Memory 32GB / node
NIC : GbE x 2 and Infiniband x 4 / node
OS : RHEL 4.x for x86_64

○ SDPA クラスタ : SDPARA 7.3.2
16 Nodes, 32 CPUs, 128 CPU cores;
CPU : Intel Xeon 5460 3.16GHz (quad cores) x 2 / node
Memory : 48GB / node
NIC : GbE x 2 and Myrinet-10G x 1 / node
OS : CentOS 5.5 for x86_64

○計算サーバ１ : SDPA 7.3.2 (64bit)
CPU : Intel Xeon 5550 (2.66GHz / 8MB L3) x 2
Memory : 72GB (18 x 4GB / 800MHz)
OS : Fedora 12 for x86_64

○計算サーバ２ : SDPA 7.3.2 (64bit)
CPU : AMD Opteron 2435（2.6GHz / 6MB L3）x 2
Memory : 64GB（16 x 4GB / 800MHz）
OS : Fedora 12 for x86_64