京大 T2K スパコンと SDPARA

公開された記事には量子化学分野の超大規模SDPに対する計算時間が掲載されているが、こちらのクラスタでの計算結果と並べて掲載する。現在 SDPA 64bit 版で NH3 と H2O の計算を Dell の PowerEdge サーバ（1台）上で計算を行っている。スパコンやクラスタと比較した場合では大量の実行時間を要するものの、１台のサーバと SDPA 64bit 版で以下の全ての問題が解けそうである。この２ヶ月間の進歩は早いもので、今度どこかのスパコンで実行するときは、さらに巨大な問題に挑戦できるだろう。SDPARA の最新版を使いこなすのはスパコンと最適化の両方の知識と経験が必要なので難しいようだ。

　京大 T2K スパコン(CPU x コア数)　　　SDPA クラスタ(CPU x コア数)
1: H2O 27,523.8s(128 x 16)　　　　　49,037.9s(16 x 8)
2: NH3 68,593.4s(128 x 16)　 　　　146,763.2s(32 x 4)
3: CH3 72,025.6s(128 x 16)　 　　　154,043.3s(32 x 4)
4: O2 5,943.1s(128 x 16)　　　　　　21,910.5s(64 x 2)

○ 京大 T2K スパコン
128 Nodes, 512 CPUs, 2048 CPU cores; (今回使用した分のみ)
CPU : AMD Opteron 8356 2.3GHz (quad cores) x 4 / node
Memory 32GB / node
NIC : GbE x 2 and Infiniband x 4 / node
OS : RHEL 4.x for x86_64

○ SDPA クラスタ
16 Nodes, 32 CPUs, 128 CPU cores;
CPU : Intel Xeon 5460 3.16GHz (quad cores) x 2 / node
Memory : 48GB / node
NIC : GbE x 2 and Myrinet-10G x 1 / node
OS : CentOS 5.4 for x86_64