2013-06-25 第313回 九州大学数値解析セミナー (Q-NA)

2013-06-25 第313回 九州大学数値解析セミナー (Q-NA) で以下の講演を行うことになりました。当 CREST での最新の研究結果をお知らせする予定です。

投稿者： 田上 大助 (九州大学 IMI)
会場: 九州大学伊都キャンパス 伊都図書館 3階 中セミナー室4
概要: 中央大学の藤澤 克樹先生に, "次世代スパコン技術を用いた超大規模グラフ解析と実社会への応用" という題目で講演していただきます.

日程 2013年 6月25日(火) 15:30-17:00
会場 九州大学伊都キャンパス 伊都図書館 3階 中セミナー室4
講演者 藤澤 克樹 (中央大学, JST CREST)
題目 次世代スパコン技術を用いた超大規模グラフ解析と実社会への応用
概要 新しいスーパーコンピュータの応用として大規模なグラフ解析やデータ処理が注目を集めている. グラフ解析の応用分野としては大規模災害等で突発的に発生しリアルタイムに状況が変化し早急な解決が望まれる諸問題に対する対応(避難誘導計画等)や社会公共政策や企業経営等のためソーシャル・ネットワーク等の大規模データの有効活用等が想定されているが,非常に計算量やデータ量さらに電力使用量などの規模が大きく従来の手法では処理が困難である. 本講演ではポストペタスケールスーパーコンピュータ(次世代スパコン)における最重要カーネルのひとつである超大規模グラフ処理を実現するためのJSTCRESTプロジェクトを紹介する. 具体的には大規模グラフデータに対するリアルタイムストリーミング処理,計算量とデータ移動量を考慮したグラフ最適化アルゴリズム,ストレージの階層性を考慮した大規模グラフデータストアなどの研究が含まれる. さらに現在,大規模な最適化問題(半正定値計画問題,整数計画問題等)に対する数千個のCPUやGPUを用いたスパコン上での並列ソフトウェアについても紹介する.

The Universally Quickest Flow その３

現在 The Universally Quickest Flow(最速フロー)のプログラムを作成中。結果は近日中に公開します。

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◯Universally Quickest Flow：どの時点てもそれまでの避難完了人数が最大となる実行可能な動的フロー

The Universally Quickest Flow が存在しない場合では The Lexicographic Maximum Flow を求めていく。The Lexicographic Maximum Flow はフローネットワークを時空間に拡張して、Super sink ノードの導入、残余ネットワークの操作さらに最大フロー問題のプログラムを繰り返し使用することによって求めることが可能となっている。

理研RICC新搭載GPUと科学へのアプリケーション

以下のシンポジウムが開催されます。理研RICCのGPUが2013/1に入れ替わり、NVIDIAのC2075が100枚導入されました。

理研RICC新搭載GPUと科学へのアプリケーション

日時
2013年6月27日(木)　10:00-17:30

会場
独立行政法人 理化学研究所 和光キャンパス 鈴木梅太郎記念ホール

イノベーション・ジャパン2013 ～大学見本市&ビジネスマッチング～

当 CREST チームでは、以下のイノベーション・ジャパン 2013 で展示等を行うことになりました。

◯展示の概要
情報科学・数理科学分野のアルゴリズムとビッグデータの利活用を行い、次世代アプリケーション基盤技術をペタスケールスパコン上で構築する研究を行なっている。特にグラフデータ解析はソーシャルネットワーク、災害対策、脳の機能解明等の分野で大きな期待が寄せられている。本システムでは、大規模グラフデータに対する高い並列性を要したグラフ解析システム、GPU 等のアクセラレータを用いた数理最適化ソルバー、ストレージの階層性を考慮した大規模グラフデータストア、超大規模グラフのリアルタイム可視化など従来実現されていなかった新しい技術によって超大規模グラフに対する高速解析システムを構築することを目的としている

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イノベーション・ジャパン2013 ～大学見本市&ビジネスマッチング～
日時
2013年8月29日（木） 9：30～17：30
　　　　8月30日（金）10：00～17：00
会　場
東京ビッグサイト　西展示棟西1ホール　（東京都江東区有明3-11-1）

主　催
独立行政法人 科学技術振興機構
独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構

入場料
無料

何かの測定中 その２

電力性能比という点では、以下のマシンなどが非常に強かった。。。DC 電源による駆動というのが大きな利点。Intel NUC などは、全力計算中でも 20W 程度の電力量。

Peta-scale General Solver for Semidefinite Programming Problems with over Two Million Constraints

以下の論文（研究）のポスターを作ってみました。

Peta-scale General Solver for Semidefinite Programming Problems with over Two Million Constraints

Abstract―Mathematical models and optimization software are becoming increasingly important as practical applications become larger and more complicated. The semidefinite programming (SDP) problem is one of the most central problems in mathematical optimization. The numerical results of solving large-scale SDP problems can provide useful information and solutions in many research fields. The primal-dual interior-point method (PDIPM) is one of the most powerful algorithms for solving SDP problems, and many research groups have employed it for developing software packages. However, two well-known major bottleneck parts i.e., the generation of the Schur complement matrix (SCM) and its Cholesky factorization, exist in the algorithmic framework of PDIPM.
SDP is relevant to a wide range of fields such as combinatorial optimization, structural optimization, control theory, quantum chemistry, sensor network location, machine learning, and data mining; however, identification of a bottleneck part strongly depends on the problem size, the number of constraints, and the sparsity of the problem. We have developed a new version of SDPARA, which is a parallel implementation on multiples CPUs and GPUs for solving extremely large-scale SDP problems with over a million constraints.SDPARA can automatically extract the unique characteristics from an SDP problem and identify the bottleneck. When the generation of SCM becomes a bottleneck part, SDPARA can attain high scalability using a large quantity of CPU cores and some techniques of processor affinity and memory interleaving. SDPARA can also perform parallel Cholesky factorization using thousands of GPUs and techniques to overlap computation and communication if an SDP problem has over a million constraints and Cholesky factorization constitutes a bottleneck part. We demonstrate that SDPARA is a high-performance general solver for SDPs in various application fields through numerical experiments on the TSUBAME 2.0 supercomputer, and we solved the largest SDP problem (which has over 2.33 million constraints), thereby creating a new world record. Our implementation also achieved 1.018 PFlops in double precision for large-scale Cholesky factorization using 2,720 CPUs and 4,080 GPUs.

2014年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム（HPCS2014)

来年の１月に開催予定の HPCS2014 に関する情報です

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2014年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム（HPCS2014)

日程
2013年1月7日（火）～8日（水）の2日間

会場
学術総合センター 一橋記念講堂
住所：〒101－8439　東京都千代田区一ツ橋2-1-2

何かの測定中

何かの測定中。それぞれ何を何のためにやっているのでしょうか？

2013年度 初夏のワークショップ

2013年度 初夏のワークショップですが、申し込みの締め切りが６月７日（今日）となっております。

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ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 関係者の皆さま

お世話になります．ERATO 札幌オフィスの白井です．
本メールは，当プロジェクトの関係者，共同・連携研究者の方々，および
セミナ会員の方々にお送りしております．

さて，一部の方には以前お伝えいたしましたが，6/28（金）,29（土）に北大
にてERATO湊離散構造処理系プロジェクト「2013年度 初夏のワークショップ」
の開催を予定しております．

本ワークショップは，当プロジェクトに関係のある方，あるいはご興味のあ
る方に集まっていただいて，幅広い発表，ディスカッションを行うもので，
毎年初夏と秋に開催しています．

(*) 過去の初夏のワークショップについては，以下にプログラムと発表資料
があります．

「2010年度 初夏のワークショップ」
http://www-erato.ist.hokudai.ac.jp/html/php/sub_html.php?id=2
「2011年度 初夏のワークショップ」
http://www-erato.ist.hokudai.ac.jp/html/php/sub_html.php?id=10
「2012年度 初夏のワークショップ」
http://www-erato.ist.hokudai.ac.jp/html/php/sub_html.php?id=15

今年度のタイムスケジュールの詳細は未定ですが，おおむね昨年同様，28日の
午前から29日の昼過ぎまでとなるかと思います．また，28日の夜には懇親会を
予定していますので，ご都合のつく方はどうぞご参加ください．

本ワークショップ（6/28-29）に，ご参加をいただける方は，お手数ですが以下
のフォームに記入の上，6月7日までに admin-h@erato.ist.hokudai.ac.jp 宛，
御返送ください．
会場規模・発表件数は例年並みを想定していますが，会場の調整等が必要に
なる場合も想定されますので，参加を検討されている方は，未確定でも一度ご
連絡いただけると助かります．

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御参加者氏名：
email：
所属：
参加日：初日のみ／二日目のみ／両日とも参加
発表の御希望：有／無／未定
発表タイトル（発表有の場合）：（未定でも可）

(*1)一般研究発表については，原則としてポスター発表（ポスターセッション冒
　　頭で１人２分程度のポジショントーク）を予定していますが，その他のご希望が
　　あればご連絡ください．

(*2)ERATOから旅費サポートを出せる場合がありますので，もし希望される場
　　合はご相談ください．
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GraphCREST ホームページ

あまりここでは宣伝していなかったのですが、当 CREST プロジェクトのホームページがあります。ご覧下さい。

JST CREST (Core Research for Evolutional Science & Technology)
応募研究領域 : ポストペタスケール高性能計算に資するシステムソフトウェア技術の創出
研究課題名 : ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤

GraphCREST ホームページ

e-サイエンスに向けた革新的アルゴリズム基盤：第4回シンポジウム

以下のシンポジウムがいよいよ来週になりました。今回はかなり理論寄りの話になると思います。


e-サイエンスに向けた革新的アルゴリズム基盤：第4回シンポジウム

http://www.alg.cei.uec.ac.jp/itohiro/e-science/e-science_Symp4_20130612.html

日時：2013年6月12日（水曜日）　13:00--16:55

場所：京都大学 総合研究8号館 NSホール

プログラム：
13:00--13:05　開会の挨拶（代表者：加藤直樹（京大））
13:05--13:45　渡辺治（東工大）「計算限界解明への挑戦：Ｐ＝ＮＰの世界を目指して」
13:45--14:25　湊真一（北大, ERATO）
　　　　　　　「BDD/ZDDを基盤とする離散構造処理系の最近の研究と今後の展開」
14:25--15:05　河原林健一（NII, ERATO）「巨大グラフの解析とアルゴリズム」
15:05--15:30　（休憩 25分）
15:30--16:10　徳山豪（東北大）「データの圧縮と構造化：理論革新とその未来」
16:10--16:50　岡田真人（東大）「スパースモデリングとデータ駆動科学」
16:50--16:55　閉会の挨拶（加藤直樹）

e-サイエンスに向けた革新的アルゴリズム基盤のHP
http://www.alg.cei.uec.ac.jp/itohiro/e-science/

2013 IEEE International Conference on Big Data (IEEE BigData 2013) 締切り延長

以下の BigData 2013 ですが、論文の投稿期限が以下のように６月２３日に延長されました。予定通りなのか、それとも投稿数が。。。

2013 IEEE International Conference on Big Data (IEEE BigData 2013)
October 6-9, 2013, Silicon Valley, CA, USA

We have received many email requests for paper submission extension in the memorial holiday weekend, the organization committee has decided to extend the paper submission deadline to June 23, 2013.

Intel コンパイラ 2013.4.183(13.1.2)

新しい Intel コンパイラ 2013.4.183(13.1.2) がリリースされたので、CentOS 6.4 上で gcc 4.4.7 と性能比較を行ってみた。

◯ ソフトウェア SDPA 7.4.0 + OpenBLAS 0.2.5

◯問題１：karate.dat-s
gcc 4.4.7 : 187.40s
icc 13.1.2 : 182.15s

◯問題２：nug12_r2.dat-s
gcc 4.4.7 : 59.82s
icc 13.1.2 : 60.87s

◯問題３：FH2+.1A1.STO6G.pqgt1t2p.dat-s
gcc 4.4.7 : 35.05s
icc 13.1.2 : 37.33s

◯問題４：NH3+.2A2\".STO6G.pqgt1t2p.dat-s
gcc 4.4.7 : 133.31s
icc 13.1.2 : 137.60s

◯計算サーバ：Intel Xeon SandyBridge-EP 32 コアマシン
CPU Intel Xeon E5-4640 (8-core 2.40GHz 16MB cacheTDP:95w) x 4
Memory 512GB ACTICA製HPC専用メモリ DDR3 1600Mhz (16GB x 32枚) x 32
OS : CentOS 6.4

未来を担う若手研究者の集い2013

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日本オペレーションズ・リサーチ学会
「最適化の理論と応用」研究部会（SOTA）
－未来を担う若手研究者の集い2013－　ご案内

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プログラムを公開しましたので情報を再送いたします．
http://www.misojiro.t.u-tokyo.ac.jp/~y-koba/SOTA/mirai13.html

「最適化の理論と応用」研究部会（SOTA）では，
恒例の1泊2日の合宿形式の研究集会を以下の様に予定しております．
皆様のご参加をお待ちしております．

特に本研究集会は，未来を担うであろう若手研究者の交流を念頭において
企画されておりますので，周辺の学生にも参加を勧めていただきたく存じます．
また，本研究部会が最適化関連分野の研究者の交流の場になればと思いますので，
興味を持たれそうな方に広く周知していただけましたら幸いに存じます．

開催日 : 2013年6月29日(土), 30日(日)
会　場 : 筑波大学
参加費 : 無料（ただし, 宿泊, 懇親会への参加は有料）
事前登録：不要

［主なプログラム］
・一般講演セッション　
・特別講演（塩浦昭義先生，山本芳嗣先生）
・懇親会（第1日夜, 別会場）

詳しくはホームページをご参照ください．
http://www.misojiro.t.u-tokyo.ac.jp/~y-koba/SOTA/

GeForce GTX TITAN & Tesla C2075 その３

GeFOrce GTX TITAN は新しい製品なので、以下のように nvidia-smi コマンドなども正式に対応していない。

◯GeForce GTX TITAN x 2枚
> nvidia-smi
+------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 5.319.23 Driver Version: 319.23 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 GeForce GTX TITAN Off | 0000:01:00.0 N/A | N/A |
| 30% 32C N/A N/A / N/A | 64MB / 6143MB | N/A Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
| 1 GeForce GTX TITAN Off | 0000:02:00.0 N/A | N/A |
| 30% 34C N/A N/A / N/A | 14MB / 6143MB | N/A Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+
| Compute processes: GPU Memory |
| GPU PID Process name Usage |
|=============================================================================|
| 0 Not Supported |
| 1 Not Supported |
+-----------------------------------------------------------------------------+


◯Tesla C2075 x 4 枚

> nvidia-smi
Sat Jun 1 02:13:13 2013
+------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 3.295.41 Driver Version: 295.41 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| Nb. Name | Bus Id Disp. | Volatile ECC SB / DB |
| Fan Temp Power Usage /Cap | Memory Usage | GPU Util. Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0. Tesla C2075 | 0000:02:00.0 On | 0 0 |
| 34% 82 C P0 85W / 225W | 0% 10MB / 5375MB | 0% Default |
|-------------------------------+----------------------+----------------------|
| 1. Tesla C2075 | 0000:03:00.0 Off | 0 0 |
| 30% 77 C P0 81W / 225W | 0% 10MB / 5375MB | 0% Default |
|-------------------------------+----------------------+----------------------|
| 2. Tesla C2075 | 0000:83:00.0 Off | 0 0 |
| 30% 81 C P0 80W / 225W | 0% 10MB / 5375MB | 0% Default |
|-------------------------------+----------------------+----------------------|
| 3. Tesla C2075 | 0000:84:00.0 Off | 0 0 |
| 40% 83 C P0 93W / 225W | 0% 10MB / 5375MB | 0% Default |
|-------------------------------+----------------------+----------------------|
| Compute processes: GPU Memory |
| GPU PID Process name Usage |
|=============================================================================|
| No running compute processes found |
+-----------------------------------------------------------------------------+