琵琶湖周辺では、水を守る運動が盛んです。普通の田んぼでは、代かきの時期には水田から流れ出た酸素の少ない富栄養化した濁った水が河川から琵琶湖へ流れ込みます。自然耕の田んぼでは代かきや間断湛水しないため、濁水や栄養分・農薬で琵琶湖を汚染しません。
自然耕の田んぼでは、田植え後は食物連鎖のもとになる植物性・動物性のプランクトンがたくさん湧き、大量の藻類がCO2をたくさん吸収して光合成し、溶存酸素を多く含むクリーンな水を作ります。
自然耕の田んぼの収穫前の水抜きでは、このクリーンな水を琵琶湖へ流します。棚田を守り、ホタルや絶滅危惧種の昆虫などを守っています。