『黒いモスクワ』は「ＳＴ 警視庁科学特捜班」の初期シリーズ第3弾で、タイトルの通りSTがモスクワで活躍する話です。ロシアの捜査当局と情報交換のために急遽出張を命じられた百合根警部と赤城主任。二人は研修の名目でアレクという元KGBの日本語に堪能な捜査官とともにラスプーチンゆかりだと噂のグレゴリー教会で起こった爆発でマフィアのボスが死亡した事件の捜査に協力することになります。そこへ休暇を取っていた黒崎が美作竹上流という武術の指導のためにもう一人に指導官と共にモスクワに来て、美作竹上流のモスクワ支部設立を画策していたアレクを通して百合根警部たちと合流します。また山吹も檀家に招かれてモスクワに向かう飛行機の中で黒崎たちの一緒になります。さらに黒崎たちと飛行機で一緒になった神秘主義関係の取材をするジャーナリストも合流して、グレゴリー教会の事件について情報を得ようとします。このジャーナリストは夜に見張りの警察官がいなくなったグレゴリー教会に忍び込み、翌朝死体で発見されます。
日本人が殺害されたかもしれないということで、応援として菊川警部補とSTの残りの美形コンビがモスクワに派遣されることになります。最初二人はモスクワに行く気などさらさらなかったのですが、菊川にうまく乗せられて俄然行く気になるところが面白いです。
こうしてSTメンバーがモスクワで勢揃いし、黒崎の嗅覚、結城翠の聴覚と爆発物の知識、そして青山のプロファイリングで真相に迫ります。STがロシア側に肯定的に認知される一方、大人数で派遣されてきたSAT特殊機動隊は訓練に相当参っていてロシア側の評価は得られなかったという結果は、彼らがSTをおまけ扱いしてバカにしていただけに、いい気味と思えます（笑）