かずたん先生がRStudio 0.99で日本語が入力できないと仰っていたので、調査してみました。
ひと工夫必要ですが、無事に動作しました。
まず前提として、14.04のUbuntuを用意してください、RStudio 0.99は12.04でも動作するようですが、これで日本語を入力できるようにするにはちと骨が折れます(ただしFcitxを使用している場合)。
Fcitxが無事に動作しているのも前提として、fcitx-frontend-qt5がインストールされているかどうかを確認してください。もしインストールされていなければ、インストール後に一度ログアウトして再ログインしてください（重要）。
RStudioを動作させるためには、r-baseとlibjpeg62パッケージが必要なので、事前にインストールします。
RStudio 0.99のインストーラーをダウンロードしてください。この際、ダウンロードするアーキテクチャを間違えないでください。
ダウンロードが済んだらインストールしてください。
ここで、次のおまじないを唱えます。間違えないようにコピペするのがおすすめです。アーキテクチャの違いは吸収するようになっています。
$ sudo ln -s /usr/lib/$(dpkg-architecture -qDEB_BUILD_MULTIARCH)/qt5/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.so /usr/lib/rstudio/bin/plugins/platforminputcontexts/
ここまで済んだら、RStudioを起動してください。
おまじないの解説は以下のとおりです。
RStudio 0.98(現時点の安定版)ではQtのバージョンは4.8のようですが、開発版の0.99では途中から(!)Qt 5に移行し、現在はQt 5.4でビルドされています。
Qtはシステムのものではなく、自前でビルドしたものを使用しています。それでUbuntu 12.04にも対応できるのですね。
ただ、Qt 4.xの頃はXIMで入力できたので、おそらく0.98もそうなのではないかと思うのですが(未確認)、Qt 5.xになってからXIMでの入力ができなくなりました。
IMモジュールが必須になったということであり、IBusにはQtレベルで対応しているので、RStudio 0.99もIBusであれば普通に入力できるものと思われます。
しかし、Fcitxはそうではなく、またシステムのQtを使用しているわけではないので、個別対応が必要です。
パッケージをざっと見ると、/usr/lib/rstudio/bin/plugins/platforminputcontexts/にlibibusplatforminputcontextplugin.soがあり、このフォルダーにFcitxのIMモジュールプラグイン（という言い方が正確なのか知りませんけど）を置けばいいことがわかります。そして、それはfcitx-frontend-qt5に含まれる/usr/lib/$(dpkg-architecture -qDEB_BUILD_MULTIARCH)/qt5/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.soなので（長いよ！）、このフォルダーにこのファイルのシンボリックリンクを作れば動作する、というわけです。
なお、RStudio 0.99をアンインストールする場合は、事前に
$ sudo unlink /usr/lib/rstudio/bin/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.so
を実行してください。シンボリックリンクはrmとかしたらダメです。
追記:
どうもこの方法では14.04にしか対応できないようなので、タイトルを変更しました。
追記(2016/11/02):
Ubuntu 16.04 + Fcitx + RStudio 1.0で日本語を入力する方法
トータル