2001（平成13）年 1月31日（水）、日本航空B747－400D（JA8904）は、同社のJL907便（東京国際空港－那覇空港）として東京国際空港を離陸し、東京航空交通管制部（埼玉県所沢市）の上昇指示に従って高度約37,000ft付近を上昇飛行中、同管制部からの指示により高度35,000ftへ降下を開始した。
また、同社所属DC10－40（JA8546）は、同日、同社のJL958便（釜山国際空港－新東京国際空港）として釜山国際空港を離陸し、飛行計画に従って高度37，000ftで愛知県知多半島の河和VORTACを通過し、大島 VORTACへ向けて巡航中であった。
両機は同日15時55分ごろ静岡県にある焼津NDBの南約7nm（約13km）の海上上空約35,500ft～35,700ft付近で異常に接近し、双方が回避操作を行ったが、907便において回避操作による機体の動揺により乗客及び客室乗務員42人が負傷した。