結局不定冠詞を使うとある種、特別な意味になるのでは?
「装置の運転を制御する」は以下のように訳せる。
1) control an operation of the device
2) control the operation of the device
権利関係が問題にならないような一般的な文脈で、特に「運転」に意味が無くて、とにかく装置の(通常の、当たり前の)運転を指すのであれば2)で良いと思います。
"an operation"でも良いんでしょうが、その場合ただの運転というより何かより具体的な、妙に生々しい、説明をして欲しくなるような運転のニュアンスになるような気がします。
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