『水車館の殺人〈新装改訂版〉』（2008）は館シリーズの第2作で、岡山の山間に今は亡き建築家・中村青司によって建てられた3つの水車を持つ館「水車館」で起こる連続殺人事件の物語です。館の主人藤沼紀一（ふじぬまきいち）は有名な幻想画家藤沼一成（ふじぬまいっせい）の息子で、事故で傷ついた顔を下面で隠し、病死した一成の弟子の娘由理絵を形ばかりの妻として世間から隠れるように暮らしていますが、1年に1度、一成の命日である9月28日だけは一成と昔馴染みである4名を水車館に招き、絵画コレクションの鑑賞を許すことになっていました。1985年9月28日は、客たちが全員到着する頃には台風による暴風雨が始まっており、そんな中で住み込み家政婦が当のバルコニーから水路へ落ちて亡くなります。道路が土砂で不通となり、警察が翌朝まで来れないその夜、客の一人である古川恒仁（ふるかわつねひと、島田潔の友人）が「消失」し、さらにコレクションの一つの絵が無くなり、誰かが逃げる姿を見たと言って追いかけて行った館の居候・正木慎吾が翌朝焼却炉の中でバラバラにされた焼死体となって発見されます。その焼死体が正木のものと推定されたのは、焼却炉前に落ちていた左手の薬指が指輪の跡や血液型が彼のものと一致したからでした。警察では古川が正木を殺害し、絵を盗んで逃走したものとして捜査されますが、未解決のまま1年が経ち、古川を除く客たちがまた水車館に招かれます。そこへ友人の嫌疑に疑問を持った島田潔が招かざる客としてやってきます。そして、過去の事件を検証する間にもまた新たな殺人が起こります。
焼死体（顔のない死体）、残された身元証明のための指、行方不明者、そして仮面の男、と来れば、ミステリーを読み慣れている人ならすぐに「被害者と加害者の入れ替え」「バールストン先攻法（ギャンビット）」などの王道のトリックが思い浮かび、大筋の見当がついてしまいますが、この作品の面白いところは「犯人は誰か」という謎解きではなく、カラクリを依頼主に内緒でよく仕込んだといわれる変わった建築家中村青司による人里離れた館、そして嵐に閉ざされているという舞台設定の醸し出す雰囲気と、どんなカラクリが水車館に仕込まれているのか、そしてそれがどのように犯罪に利用されたのかを探るところにあります。1年前の事件と現在の状況・事件が交互に語られるところも面白いです。
最後に藤沼一成の最後の大作となったずっと非公開だった絵がついに明かされるところがファンタジックで印象的です。ずっと非公開だった理由はそれだったのか！と納得できる物語の締めくくりとなっています。